Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsMH63_02G0120100		OGI:02021150 \| 16/16			Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU			Chr02:7352386-7358616		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		RLCK70, OsRLCK70, RLK5, OsRLK5
DNA seq		TTAATTAATGCCTTCTTTATTTGGTTGATTGATCAGCTTATTATCACACAAACGATATGATGCATTGATCGAGATCTGATCAAATGGCCGGTGGCGATGGTAATGGGCAGTTGACCTGGCAGGCCTCGAGACTCTGGTAGCATTGCCCGTCGCTGACCTCACAACACCAGCAGTTCTTGCAGAGGTCTGGTCGCTTTGCACATAGCGGCCCGGGTGGTATGTTGATCTTCTCTCCCAACATGTCACCATTGCTCCGGCCTATTAAATATTAATTAATTAATTACAACGTCAAAACAATAATTAAATCATTAGCACAGACACATATGTATGCTATGGTGAAAATGATGGTTAAATGGAACTTGCACAAAGAATATAGAAACAAATTGCTCAAAGAATCCCTTCTATATTCATGAATTTTACTTTATCTTTACATGTCCTTGCGTTTTTTTTATCTCCTTTATATCTATTCTATTAGTTGACTGTTAGATTTTTTCAAAATGACTTATATGTCATACGTACTTATGCTTTCTACTTTGTAAACATAATCTAAAAAGAATTGTGATAAAATCAAACTGGACATAATTATGACCCCAAATATAGAAAATAGTTTTTTTTTACGAATTTGATGAAACACATACAAAAGATTCACCAAGAAACTGAAAAGGCAAAAGTTTTTTTCAGTTGGGTTTAAATTTCAGTGGAAACATTTAAAAATATTTACAAATATTAAATTTTTGGTCTGCTCCATTTGTTTTTTTCTTTTCATAAACGAATCTTTTTCACCTTGAAGCTACTCCCTCCGTTTCATCAGGTTATAAGACTTTTATAGCAAACATCTATATGAATGTAGGCAATGCTAGAAAGTCTTATAATATAAAACAGAGGAAGTATGCTAATTATTATTTCTAAAAGAGTCTAACGGTTAACTCGCAGTCGACTAGCTAGATGTATATAGGACGGTCATATGGTGCTTTAAGGTGTCTGGGCTTCAAGGGTTTAGAATGCACGGATTGGAAATTGGAATCCAAAATAATCAAGAACTCAGACACGTAAGGAACGAAACAAAATTTAGGGGAAAAATTTAATTGAAAACTCCGAGGAACCTAAGGAATTTTCTGTATATATATTGATCAGTATTCTCGAGACTAATTAAAAAGATGTTTGGACTTTGATTTAAACCACCCCCAAAACCATATACATACGCCATCGATCTTAATTAAGGTCCACATGCACCAGTGCTAATCCATTTTGGCGTTGAGTTTTCTGCTGCAGGTGAATCTGCACTACACTAACATCTACATCAACAGACGCTTTTGAACCACGAACAATTAATGGCATCAACAATTCTGGTCAATAATCCACCCTTTGTTCTACCCTATTTTGCCTAAGATTTATTAGGTGTTCATGCTAAGAGATCCTTTTCGAATCATTAAGTTCACCTCCACCAAAAGAAACAAAGTCAATTAACAATATATGTGGAGATAAACTAAGGGCACTCAACGTTCCATCTCATCTAACTTTCATAGTGTTAAATGCATTTTCATGTAAAACAAAACCGAGGTATCTAAAAAGTTAATGAGGAGAGATGAAAAAAGATGAAGAAATCATTAGTAAGAAACTACCTCTACACATAAATCAAGAATGAAAATAATAGATAAAAAAAAAGGAGAGATAAGAGAGGTGATTGGATGAGAGTTTATGTTGAACCAACCACACCCGCTGAGTATATATATAGTTCTTTTTTTAACGACGGCAAAGCTTGCCATTCATTGAATAAAGCAGGGAGCAATATTTACATGTAAGGAGAAAAGGTAATATTTACAAAGATCGAATAGACACTAAGGCAATATCTGCACTAGGCGTTTGGCTCCCGCCGTAGCCCAGAGTCGATAATTTCTAATTAGGATTGCCCTTACATTGCACTGCAGGAACAGCAGCGCATCCGATGATCAGCAGCAGCAGAAACAGCAACCGAGAATCGACGTTCTTCATCTCCATTATTTGTGGTCTGATTTTTGCAGGGCTCGATGATCTTTTAGAGAAGAATATAATCTGCAGGCTCTCGTGCTGGACGAGTAGACGATCTATTTATATAGAGGCCTCGTGAATAGTGTTAATTATCGCAATTTTTTTAGATAATGTTAATTATCGTAATTGATGCTGGCTATAAATAGATAATTGTAACCCGAGCCGGTATTTCTGTAATTAGAGACAATTGATGCCGTTTATTATTAGCAAGGCTGATATATAATGCTGCCTGTTGCGTTTGCTGGACTGATTTCTTTCTGTTTTCTCGACAAGTTCCATAAGAATATCTTGACAGCAATGGAAAGTAGGCGTAATGGGCCAAGACAGAATGTTAGCCTTGGGCTGTTGGGCCTTGGGGCCGAGGACGTGTTCATACCAGTTAATCCGTCCATACATTTATACTATAAAATTTTGATTTTCACAGCTTTACTCACCCTTAATAATTTTATAGACCGATAAAGCTGCAAAATGGACACGTCGCTAATTGTTGTCTTTCGAATCATGTCTTTACTCTTGCAGTGGAAGATGCTACGACGTACTACATCCTTATGAACAATGCAGCCCTGGAGCAGGGATTGTAATTTTAGTTTCGAAATTTCCGAAATTCCGGTAATTTCGGAAAGAGAGAATCTATTATATGCCACTGAGTTTATTACAGATCTATGAGTTGCCACTGACTTTATCACATTCTACAATATGCCACCGACTTTTGCTTAAATTCTTCGATTTACCATCGCCGTCCGGTTATCCTCCATTAGCACCGTACAATTTTGCCCAAATGACCAAAATACCCCTAGAAAAAAACTTACGAAATTTGAATAAAAATTCCAAAATATCATATTATAAACATAAGATTGTAAATATTCAAAATTTGGAAAAAACTTAAAATCCGATATTTCAAAATTTTTGAAAGTTTCTGTCCCAGGGGTATTTTGGTCATTTCGATAAATTTGTACAGTACTAACGGATACTAACTCAGTGAACGTAAAAGTTAAGCAAAAGTCGATGACGATGGTAAATCGTAGAAGTTAAGCAAAAGTCGATGGTAAATCGTAGAAGTTAACAAAGTCAATAGTATATCATAGACCTGTGATAAAGTCAGTGGTATATAATGGATTCTCTCTTTCGAAAACCCTCTCGGCAAGTCAATATCTCGGTCGATATTTTCGGGTTTTCTCAATTTTTTTGTGAATTTAATCAAAATTTTAGAAAATTTCAGCCAAAAAAACCTAAATTTCGGTTCTATCAAAATGGCCGAAATTTTAGCCGAAATCAAAATTGAAAACCCTGTCCTAGAGACACTTATCAGTCATGTTCAAACGACAATAGCATCACTGTTTGCATTTATCAAAGTAGTTCTGGTAGGTGTTCTTTTTACTAGGTACTCCAGTACATACCCCACAGGGGAGGCTCCTGCACTCCTGCTTATAGCTAGCTCTGTTGTTTCTACCTCTTAATTAGCTTTCATTTTTTTTTTATGATGAGATGGATTGAAACCAGACTCTACATCCATAGAGCGGTTGTACAGTTGTACACAGCCAATTTTGCTTTCATATATGGAACATGTTATTTGAGTTTTGCATACCTGTTTAGGGTGTAAGCGAGTAGTCAGATTATCATCCCCTAAACATGTGATCATGTTAAGCAGGTAACCCCAGCAAAATCTAGATGGCTTTCAATAAAAAGCTAGGTCTTTATTACCTTTATTCTTAAAAGAAAAAAAACATAGACGTAGGCCACGATGCACATTAGCCACTCAATACCATTGCCCACACACCATAGCTCCTACAAGGCTACGACGAATAAAGTAGATGGAGCTTGATATGAATGTGCGTGTGCATCTCTGCCTCTCTGGCCTTGAACTAACATGCAAAATACGGAGTAACATATAAAATACTCAGGTGGTTTAACAAGATGTTGGAATCAATCCAGATAGTTGGTTCCTAGAAAGATCCAGCCTGACAAGGTTGGCGAGCTTGGACATGTCTGGAGGTAGCATGCCAGAGAACAAATTATTTTTCGCTAAAAATCTATGGAGTCCAGTTGCAGAAGATATTGGAATTGCACCAGAGAACCTATTGTTTCCTCTCTAAATCTACGAGATGTTGGATGATATCTAACTTGGCAGAGTACCGGTGAAGTTGTTTCCTCCAATCATAACTATGGTAAGCATCGCACACGACCATATTTTCTCTGGGAAGTCCCCAACAAAGTGGTTGTTGGATGCCTTGAGAGCATCCGCAATGGTAAAGTAAGGTGCTATCTATAAAATATGTACATCTCAGCAATAAACTCGATTAATAGTAAACCACCTTAATAGTATGTCTACATTGGTATCTATAGCTCTCTCATGCATTGCCTCGTTTTTCTCTATAGACTATCTCTAAGTTAGTAGATAGTTTTGCTTTCTCTCTTCATTTAATACATTCCAAGTAGGAAAATATGCTGACATGGATCTCTTGTAGAGAGCCTATAGATAACCATTGTGGGTGCCCTGATAATGTGGATGGTGTCGCAGTCCCCGAGGCTCACCGGAAACACTCCATGGCACGTGAAGGAGTCCGATGCGTCCGGCTGTGGATTTGTTTTAGTAAATTGTGAAGATTTGGAATATGAGGCATTGAGTTCTACTGTGAATAGGAGTTCTACACCTACTTTGAGTAGGCGGATTTTGTTTGAGAGCAATTGATTTAATAGTTTAGTTAGGATTTCGAGTTTAGTCAAGATTTTTGTAAGGAGTGTTGTTGTTACACTTTGTAAATACAGAGAGAAGCAATAAAGTTGTCATTTACTTTGAGAGTTCTTCGATTTGTATTTCTTCGGGTTCAAGCGGCAGGGACGCGGTCTAACCGGCTGCGTGCGAGCGTTCCGACCGGCGGCGACAGGACTACGTCGAGATTTCCATCGATTTGAGGGTAACTTTTATTTTCGCTAAAAGTTTTGGGTTTTTGGTTTTTCCTACCATTCACCCCCCTCTGGTAGGCTTGTTACTTGTGTTCGATCCTACACAGAGAAGCTATTGTTGAACACCACAAGGTTAAAGAGCTTTCTGTTGAAGCAGAGCGTATCAGGTAGCTTACCGGACAGGTTGTTGTTGGACACCTGAAAATGTTCCAATTCTGAATATTTTCCAAGCTCTGAAGGGAGTGGGCCAGAAAGACTCTGTTACTGAATAGCCGAAGGTCGGTAAGATTCGGCAGCATTCCAACACCACTTGGGATTTGTCCAACGAGGTTGTTGTAGTACAAGTATAGAATTTTCAAGTTCTTCAAGTTCACAATATCTTCTGGTATTGATCCGGTGAGCTTGTTGATGGACAAATCAAGCTCCTGCAATTTGAGAGCTGAGATGTCAGAACCAATCTCGCCAATGAAATTGTTTCCGGAGAGGAACAACATCTCGAGCTTCTGAAGCTTCCATATCCACTTTGGGATTTTTTCCTTCCAACTTATTTATTGATATGTCCAATAGCTCGAGCTCTGTCAATGCTGACAGAACATTAGGGATGTTACCAATCAGGTTCATCCATGATAGCCACAGTTATGTCAGCTTAGTCAGCTTGCCAAACTCGTTTGGAATTAGACTAGCCTTGAACGGATTATATGCCAATGTTAGCATCTCAAGCTCCACGAGACCTCCAATGGCAGCACCCTGATAGGTCCCATTGAAATTGTTACTGTCAAGCACCAGCGACTTGAGCTTGGAAAACCGACCAATAGCCGATGGCAGGTCGCCGATGAAAGAATTGCTTGACAGGTTGAGGTGCTGCATCCCCAAGGACAGCTTGTCAACATGTTCCGGAAGTTTGCCAGTGAACTCATTGTTGGACAGGTCAAGGAACTGCAAAGCTGAGCAACTGTAGAGCGCCGTAGGGAACTCACCGGTGAGATTGTTGAAAGAGAGGTCTAAGTACTTCAGGTTCTTGAGGCTACAAATAGAAGCTGGGATTAGATTGGCTATTTGGAAGTTGTGGAAGGAGAGGGATGTAACCTGGCCATTTCTACAACCAATTCCTGCCCAATTACAGTGACTGAAAGAACTGGAGTTTCTCACCTTCCATGAGCTGAGTGCAGCAGGGCTACCCCAATCTCTCTTGATGGTTAGAAGTGTTTGGAGCTCGCCGCCGTCATCGAGCTCAGCACCGGACCCCAAGAAGAAGAGGAGCAGTAGTAATAAAATATTACTAGTATTATTATTGGACAT More
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Protein seq		MSNNNTSNILLLLLLFFLGSGAELDDGGELQTLLTIKRDWGSPAALSSWKVTSLSFHNFQIANLIPASICSLKNLKYLDLSFNNLTGEFPTALYSCSALQFLDLSNNEFTGKLPEHVDKLSLGMQHLNLSSNSFIGDLPSAIGRFSKLKSLVLDSNNFNGTYQGAAIGGLVELEMLTLAYNPFKASLIPNEFGKLTKLT
Function		Receptor-like protein 52 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7FZR1]

Transcripts

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Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
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Protein seq	MSNNNTSNILLLLLLFFLGSGAELDDGGELQTLLTIKRDWGSPAALSSWKVTSLSFHNFQIANLIPASICSLKNLKYLDLSFNNLTGEFPTALYSCSALQFLDLSNNEFTGKLPEHVDKLSLGMQHLNLSSNSFIGDLPSAIGRFSKLKSLVLDSNNFNGTYQGAAIGGLVELEMLTLAYNPFKASLIPNEFGKLTKLT

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Protein seq	MLFLSGNNFIGEIGSDISALKLQELDLSINKLTGSIPEDIVNLKNLKILYLYYNNLVGQIPSGVGMLPNLTDLRLFSNRVFLAHSLQSLENIQNWNIFRCPTTTCPAGAMVTCWERRSTYHPGRYVQSDQTSARTAGVVRSATGNATRVSRPARSTAHYHRHRPFDQISINASYRLCDNKLINQPNKEGIN

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Protein seq	MLFLSGNNFIGEIGSDISALKLQELDLSINKLTGSIPEDIVNLKNLKILYLYYNNLVGQIPSGVGMLPNLTDLRLFSNRVFLAHSLQSLENIQNWNIFRCPTTTCPGYFGHLGKIVRC

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.033817	0.273829	0

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_02g0227900	RBH	0.000000	0.0	0.367437
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os02g13460	RBH	0.000000	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os02g0227900	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_02g0009590	RBH	0.0	0.0	0.0
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_02g0009660	RBH	0.0	0.0	0.0
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_02g0009540	RBH	0.304762	0.0	0.0
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_02g0004250	SBH	0.061636	0.022630	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_02g0004280	SBH	1.714308	1.291915	1.010436
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_02G0120000	RBH	0.0817085	0.1032915	0.00787
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_02g0004280	SBH	0.048594	0.017924	0.096358
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_02G0122800	RBH	0.153188	0.493612	0
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_02g0004550	RBH	0.022579	0.127643	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_02g0004210	SBH	0.000000	0.847441	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_02g0009750	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_02g0009770	RBH	0.0	0.0	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_02g0004290	RBH	0.032945	0.534010	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_02G004310	SBH	0.850914	0.737580	0.524094
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_02g0004260	SBH	0.000000	0.353235	0.384476

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