Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLima_02g0004550 OGI:02001240 | 16/16 LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr02:3165204-3206833
Gene Symbol LRK5, OsLRK5, OsPSKR5, PSKR5, LRK1, OsLRK1, OsPSKR9, PSKR9, LRK3, OsLRK3, OsPSKR7, PSKR7, RLK5, OsRLK5, RLCK70, OsRLCK70
DNA seq

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Function Tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9C7S5]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_02g0004550 OsLima_02g0004550.02 Chr02 3174812 3204372 - NAM
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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_02g0004550 OsLima_02g0004550.03 Chr02 3165204 3174963 - NAM
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atgaagccaatgccaagacagctctcttcaagcagcaaccgagataatagcagattctgcatgcctcccttcggccaagctctgctgctactcctgctttgcttcgtctgtcatgccggttcatgcaccgagcaggcgagggaatctctcctccagttcctctccgggctatcgaacgatggcggccttggtgtgtcatggcaaaacggcacagactgctgcacctgggaaggcatcacctgcagcggaaacggagcggtggtcgaggtgatctctctggcatcaagaggccttgaagggagcatctcaccatccctcggcgacctcaccggtttactgaggctgaacttgtcccgcaactcgttgtccggtggcttaccgctggaactggtgtcatccagcagcattgtggtccttgatgtcagttttaactacttaacaggaggactgagtgagctgccatcttcaacccctgaccggccgctgcaggtattgaacatctcgagcaacttgtttacagggaattttccatcaaccacatgggagaggatgaacaatctggttgtgcttaatgccagcaacaacagatttactgggcagatgccaacctcgttctgtgccagcgcgccatcttttgctgtgcttgaactcagctataaccaattcagtggaagaatccctgcggggctcagcaattgctccaagctgacacttctgagcgctagctacaacaacctcaccgggactcttccagacgagctatttgatctgacctctttgaagcacctctgttttcttagaaaccagttagaaggatcaatcaaaggcatcaccaagcttaaaaatctagtgaccattgatcttggacaaaacaggcttagtggaagtatcccaaattcgataggtcagcttaagagactggagaagctccatttggcatacaacagcatgtccggggagttgccatcaactgtaggaaattgcagaaatcttaagaacatgaacctcgggggcaacaacttttcaggagatcttggcaatgtcaacttctccacattacgcaatttacagtccttagatcttatgtcgaacaatttcaccggaacagtgccagaaagcatctactcatgcagaaatctaagtgcattgcagctgtctaacaatagcttccatggccagctctcggagaaaatccgcaatctgaagtgcctctcatttgtatcacttgttgacatctctcttacaaatatcacaggttcacttcagatacttcagagctgcaggaacctgaccaccttgcttattgggtacaacttcatgcaagagaccatgccagaggatgacgagatttatggttttgagaatcttcggattttttccctgaacaattgttcattgtctggaaaaatacctaaatggttatcaaagctcacaaatctggagatgctatctttatataacaatcaactaaacggagcaatacctgactggatcagcagcctaaacttcttgttccatatagacatttcaaacaacagcctttcaggggaaattccatcagccttagttgagatgccaatgctaaaatcagataatgttccaccaaaggtctttgagctgcctatctgtacaggttatgcacttcaataccgaataaacagtgcattccctaaagtgctgaatctaggcatcaataatttcactggcatcatcccgaacgagattggtcagttgaaggcactccagttactcaatttgagttccaacagattgtctggagagataccagaatcaatctacaagctcacaaacctacaggtgcttgatttgtccagcaataatctcactggtacaattcctgatgggctgaacaaacttcacttcctttcagcattcaacatttctaacaatgaccttgaagggccagttccaaatgcaggacagcttagcacattcccaagtattagctttgatgggaacccaaagttgtgtggtcctatgcttgcacgccattgtggtttagcacaaacaccatttgtctccacaaaacaaaatgctgacaaggttgtatcatcatttgtctttatgatttcctttggtgcattctttgctgtaggggtgttatatgatcagattgtcctatcaaggctagcgatgccgtactctggcctcgctactgctgcattattgctgctgcttctcatcgtggccacctccgccatggcttgcgtcgagcaggagaagagttctctcctccagttccttgctgagctgtcgcatgacggtggcatcgccatgtcatggcagaatggcacgaactgctgtgtgtgggagggcatcacctgcaatgaagatggggctgtcattgaggttcgtctcacctctaaaggccttgaagggcaaatcgcaccgtcgctgggagagctcaccagcttgtcgcgcctcaacctgtcgtacaactccctatctggcggccttccagcagagctgatgtcttctggcagcattgtcgtccttgatgtcagcttcaatcgcctcaacggggacctgcaagagttgaatccatcagtatctgacaggccactgcaggtactgaatatctcaagcaaccggtttacaggagaatttccatccatcacatgggagaaaatgaggaacctggtcgcaatcaacgcgagcaacaacagttttaccgggcacataccttcctccttctgcagcaattcgccatcttttgctgttcttgatcttgggtacaaccagttcagtggcaacatcccccctggaataggtaaatgttctgcccttagacttctcaaggctaatgccaacaacatcagagggcctctcccaggtgatctcttcaatgccacatcattggagtacctctctttcgctaacaatggattgcaaggaacaattgatgatgctctcatcgtaaagctcatcaatcttgtttttgttgatcttggatggaatagattcagtggcaagatcccaaattctataggccagttgaaaagactaaaggagcttcacatttgcagcaacaacttatctggagagctgccatcatcattgggagattgcacaaaactagtaaccatcaacctcaggggaaacaagttgacgggtgagcttgccaaggttaactactccaatctacccaatctgaaaacattagattttgcctcgaatcacttcaccggcaaaattccagaaagcatatactcatgtagtaatttgacttggttgcggctatcttccaataggcttcacggccagttgacaaagaacatacagaatctgaattctatcaccttcttatctctttcctacaacaattttacaaatatcaaaaatactcttcacatactcaagagcttaaggaacctcaatgtcttgttaattgggggcaacttcatgcacgaagctatgccacaggatgaaacaattgatggtttcgagaatatttttggtattagcatacatgattgtgcattgactggaaaaatacctagttggctctcaaagctcggaaatttggcagttttagatttatccaacaataaactcaggggacctataccaacctggatcaatagcctaaacttccttaagtacgcagacatatccaataatagcctttcaggagaaataccacaagcactaatggagataccaatgctaaaatcagataagattgcagataactcagacccaagagcctttccttttccagtgtatgcaggcgcatgtctgtgttttcagtaccgtacagttactgctttccctaaaatgttgaatctaggtaataacaaattcactggtgcgatcccgatggagattggtgagttgaaagcactcgtttcactcaacttgagcttcaacaacctaaacagggagatcccacaatcgatcagcaacctcaagaatctgatggttctagacctgtcatacaaccatctgacaggtgcaatccctccagcactggtgaaccttcacttcctttctgaattcaatgtttcccacaatgatctaaaagggtctgtaccaattggaggccagttcagcacatttccaagttctagttttgctggaaacccagagctatgcagcccgatacttttgcaccgttgcaatgtagcagaagtagatttgtcttccccaaactcaacaaaagagtacatcaacaaggtcatctttgtgattgctttttgtgtattctttggagtaggagtgctatatgatcagatatggctccagccccagcaggatgaataccccaggcaaacctga

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_02g0004550 OsLima_02g0004550.01 Chr02 3204380 3206833 - NAM
CDS seq

atgaatactacatgtgtattggtcagcaatctcaagaatctaatggtgttagacctgtcttacaaccatctgacaggagcaatccattcatcactggcaaaccttcacttcctttctgaattcaacatttcttacaatgaccttgaagggcctgtgccagttataggacaatgtgttggacttgtccaacaactacctgtagatgtgttggacttgtccaacatgtctgggaagttgccatcagctctaggtaactgtactagtctcaaaaccatcagcatcaagcataacttcatcggagatattctgggttccataggtcagattaagagattggaggagctccatttggactacacccaacatatctggggagttgccatcagctctaggcaactcttaagagattggagaagcaccatttgggctacacctaacatgtctgggaagttgccatccgctctaggtaactgtactagtctcaaaaccatcagcatcaagcataacttcatcggagatattccgggttccataggtcagattaagagattggaggagctccatttggactaa

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Protein seq

MNTTCVLVSNLKNLMVLDLSYNHLTGAIHSSLANLHFLSEFNISYNDLEGPVPVIGQCVGLVQQLPVDVLDLSNMSGKLPSALGNCTSLKTISIKHNFIGDILGSIGQIKRLEELHLDYTQHIWGVAISSRQLLRDWRSTIWATPNMSGKLPSALGNCTSLKTISIKHNFIGDIPGSIGQIKRLEELHLD

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_02g0004550 OsLima_02g0004550.04 Chr02 3199158 3200510 - IsoSeq
CDS seq

atgtttccaacaacgacctggaaggggctattccaactggaggccagtttgatacatttgacaactcaagcttcactggtaatccaaagctatgtggtggtatgctcagtcaccactgtaactcagcaagagcacttcctagccctacttcatccacagatcaattcggtgacaaggttatctttggcatcacatttggcctgttctttgcttatggtgtgc

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Protein seq

MFPTTTWKGLFQLEASLIHLTTQASLVIQSYVVVCSVTTVTQQEHFLALLHPQINSVTRLSLASHLACSLLMVC

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.022579 0.127643 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_02g0155900 RBH 1.346298 0.557559 0.263913
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os02g06180 RBH 0.178056 0.515403 0.284927
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os02g0155400 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_02g0004350 RBH 0.028232 1.169921 0.406737
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_02g0018940 RBH 0.063395 0.0 0.818606
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_02g0004370 RBH 0.0 0.0 1.043334
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_02g0004160 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_02g0004300 RBH 0.0 0.0 0.0
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_02G0120100 RBH 0.033817 0.273829 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_02g0004300 RBH 0.0 0.0 0.055422
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_02G0053300 RBH 0.566111 0.406608 4.084004
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_02g0004370 RBH 0.096520 0.141066 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_02g0009450 RBH 0.0 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_02g0004320 RBH 1.197016 0.000000 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_02g0024820 RBH 0.000000 0.0 0.0
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_02g0018490 RBH 0.000000 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_02G004160 RBH 0.0 0.0 0.642113
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_02g0004060 RBH 0.0 0.000000 0.916466
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