Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsKeNa_01g0020140 OGI:01059280 | 16/16 KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr01:20052573-20061816
Gene Symbol -
DNA seq

caatcgcaacgcgctggcccacttccactcctctgcgcatccctctgctgccaacggacgctagcaacatgtcaaaccccaaggccatcccccagctggtatgtgccccgtgttcccctttccccagtacacaggtcttgcgactgctactgcccttagtaagttaggattcgacggttagtgttgtttcgaattgggcttgtcttgtgtggattggccgtgcggagctgtagaatcaggtgatactaaatgggaatagagcaattagcttatttttatcagcaggaacaatgagtgtagcaactgcttcatagcttttttcagttcattcgctttagttgggacttgggactggatgaggattatcactgtttttttttttttgcattatgttgactatgtcagtcttagtttttttttgggacttgggactggatgaggattttcactttagtgtcctctttttaagtaatctactgtgaaatcagttgctggatgtttcagtaaccatgacgtgtgggttagtaaatatgtgcggattattaccgggtagtgcatttacccacatactgattcagaggaacaaaatatattgccattgattatttattctgctgtgaggtaaaggaggatttaggttgcaattaataaaattgtactactgcatttgtccctaagaagtcacaactctttctggtaaaaaatttagcatgctgttttacaacttctagatttatttgtttttcagtgcaagtcactgactttacggtattggagttcgagtagaagatcagctgctccgtcatcgacgatggcctgatccacagatgaattttggtgctgatacttccagggaggtaaattattgttctatttggcacatgctggtggggtgcgatgtcatctgtgccaaatggacctaaaaatattgttagctagcctgactgtcatcagccaatgcttttcagttgggtgctcgaagttcagaaaaagctgctaggtggatcaggacaatggaatctgccttaaaggttggagtttttcttatttattttatttcacacaatcattatgttcaaaaaagcactaacatgatgtctgtcatgtgagcagcccccaagaaaggatgaacttgttagctgttcacatacaagatggcaagcttttaggtaagctgctatgcagatcaatctttattttgtcaattacttagcaatggactggagattcatgcactgtttatttattgagaaatgctcttactgttagactcatccttttcttttctttttcagtttataaagtttttcctctttttgtatctttttcattgaaaacagtatgtagattctaaaggctactgtcaaatgtttggcacacatttcataaaatttccaaattatctaccattgtgctagccctcttttttgaaaggcctcctcttgttagtgctggaaacaatcagtagttatggctgtatgaaatgccatgagatcatttactttagattgaatcattgaactaaatagtttttactgtttttagatgggatgcagcacatgctcgtgctttcaagttacaagagaacaatgatgcctatatgtaattttatacatcaccttttcttttcttttctttttttgtaaaaatataattaatcatatgactgatgctttgttctgagtttgactgctagcctctacagtcctatgctccatcctctgttgtacatatttggatagaagtttcattttcttcatcacttgggttgatgtttaattataataaaaaagtacccaactgtccttgttctattggctaatctgtggctatatctttgcaggctaagccgctgcagtaaccgcatgcactcaataggtaactatcgtcttataatgtactccctctctagaataaacaaaattctagaaatgttatagttaagtttttctaatcattttcacataaaataatcaacatatgaatattgaaagtgatagtaaaagtttcttcttggaggctgtaaaatggcaaagttgagtaaatattcttaaattaagggagcaagacgaaattatagtactacttttagtgattcaattaactatctttatttctttaacatgtcaaacaataaaacctgtgtctctttactgtcattgttttccttatttttactgttctgtgcaaaatattctaccaggttggactgtattttcttctgtccataacgatcctatggcatctgatgttattgcaccttctccatggacaatatttgactgtaaaaatggtaagtataaaaaaaatctcatttctttacatcactagattttgcgctgaatccgacttacatttaggattccgtttgtttactgaggcaaaagatggtggttcagaggggaaggtaattcttgtatgaaacaaaggttgcatatccttcttatgacgattctagcaaggtaaggttgattcttgcttgtgtgccttcatttggttaattacatagcagagcttgccctttcatgttcatgagctggttctatttattgccaattgacttctctccatattagcttgccaattgatttggttaatcttgacacctccactatattagctggataatacatgcacttgggtggaaggattcatgtggtctcaattgattatttaacttgaaattggtaccttggattaatctcagtggattaatctttgcgttaagagttttttttttgttgatgatgagagaggaaatagggtgtccatgcttcatgattactggttatgtatgcttccttcattctttttcatgctaatgtacgtttccttgtatgatcaaggtcggtattgccatgggtgccttggagcttaatcatttgcctgattctcagcatgcttgtctgaaaagcagattgacctgagtttgtgtggtaagtggaggtgtccctgcaaagtgaagtcctcggtttattccagcttccattacataggaggagccccattgatagcacatttgaaccggtggctcatgataaaccagttagttgactgaaggagctgctccatctgcttttctctttgatcatttagcatatcgatgcatacgaactatgaaggagctggtccatctgcttttttgtcgcaatgatctgtgtacatgccccctccttatctcttcgtctttaaggaataatgtagtttgatccaatggacgaatgagattgttttggttggatgtttacatcatcagaacgaacagaataactagatgtgttatgataaataccaattgttctttatcttcagcgttcaatttatgggttgccttggccaataaccttactttttttatgatctatttcagctatagctgatgatggaattttttttaaaagtaatatgattttaatggaaaatcgcaaaactataggtcagttaggcgaaatcgcaagtttagcaccctatcgaacaaccgtggttcgacaaggtacctatcgaacaaccacagttcgatagggtacctgtcgaactgcggtagttcgacaggtgattaaaaaaatcaaaaaaagagaaaaatcactgttgcacactgttcacaataccctatcgaactaaggcagttcgatatgtgtctgcgagcactgtagcatcactgttcacgcaaccctatcgaactttggctgttcgatatgtccctgcctagcattgtagtgatactgttcatgtaattttttatttgtttttggaccacctaccctgtcgaactgacgcagttcgacatgtacctgtcgaactgtggttgttcgataggtatccctgtcgaaccgcggttgttcgacagggtgctaaacttgcgatttcgcctaactgatctatagttttgcgattttccattaaaatcatattgtttttaaaaaaaattcctgatgaacttcctgaccccactctccgtggacgaccaccgtgcctccttgcggtcttctcatcgctctctggtggaggtgatccagcacgcttgaacggcagtgatgtcaacaatgaccgtgtgtggacatctgatccccctccctatacacaggtagaaccaatttttcctttttctcttcctgctgcctttttatgttaactgaatttatgaagcaggaatttgtttgaatacatttgttgtcataattccaatttgataaatacataaatggattctacaattgacataaatatgtgaaaatatgaacagggagttggggcttcagacaaatgatgaaatgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttatgataatgaaaccagtttgctgcagttgtcagataaggtgtagattttggatattctctctttgcaactgctttcgatttctgtataattttttttgtctgataagaaaaactgaaaaaacaagcctctaggttcagtttcagaactgcatggtacaactgttccacagggttgcaaaatgcttagatgattttgacttacaaataagttctttccaaattcacaattctaatttgaagtgggcatcgagtaatagttgttcataaattgtttctcctctgtgtatcatgttcagctttaatatttgcaactatctgttcctaaaaatgcttgtagtacatgatttaaaaaattaacatgttttttctagataagggggatggcataagatttccttcatgaagtacttgcagagctatttatttatcagttgaatttgctaaaaaagaaacaggttaaattcagactgttaatagatacaggatttattgatatatgttgttgtactctacgggctcagttacccacataaacattgtagtattctgctgaacctattacttgaattctgaggttgcaacttctcaattgattctctgaagcctctgactatactatgactaacttaaaataatcttacttggattgtctctgtgttgctaggataaggacaccaatgaggcaatgaaaggtgaggt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CDS seq

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Protein seq

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Function Putative B3 domain-containing protein LOC_Os07g12820 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q84YL3]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKeNa_01g0020140 OsKeNa_01g0020140.01 Chr01 20052573 20056608 + NAM
CDS seq

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKeNa_01g0020140 OsKeNa_01g0020140.02 Chr01 20052641 20061816 + NAM
CDS seq

atgtcaaaccccaaggccatcccccagctgatgaattttggtgctgatacttccagggagttgggtgctcgaagttcagaaaaagctgctaggtggatcaggacaatggaatctgccttaaagcccccaagaaaggatgaacttgttagctgttcacatacaagatggcaagcttttagatgggatgcagcacatgctcgtgctttcaagttacaagagaacaatgatgcctatatgctaagccgctgcagtaaccgcatgcactcaataggttggactgtattttcttctgtccataacgatcctatggcatctgatgttattgcaccttctccatggacaatatttgactgtaaaaatggattccgtttgtttactgaggcaaaagatggtggttcagaggggaaggataaggacaccaatgaggcaatgaaaggtgaggttgatgttctttgtgttggttacatgatgagatgcttgagactgaaaatcatcatctcctattttgcaatttttgtagttattttcagttttaatctggccaaacaacaatggaaatgcatgctaacgggatga

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKeNa_01g0020140 OsKeNa_01g0020140.03 Chr01 20058110 20061816 + NAM
CDS seq

atggatccaccaacattcttcacgatctggatgaccgcggcaaatcagcactgtgcgtgtattccacccgcaattgtgcaagcatatgaactcaaggacggtcaaaaaagatgggcccagtttatagaagcaactggtctgcaggttcaagagcccgccgttttcagggttttatcaacctcgaagatgcatttcatcatatttgcaaaggacggttatcttagatgcccagttccagacaaacccagagactctgaaccgaccagacaatcgtttcgcacatcaagcccacaagggaaagccactacaattacttcgcctatccaatgctgcatcaaagggaagctaaaacatgatggcacatccacttctgcaagcaacaacaggcgcactatcagcgaaatgtgtttctgcaccaaggacatcaggttatcagctgaagtcaagaactacatcaaagatattgcgccattcctccagccctcagacaaattttatgtgactgccataaatgcaacattcatgaaggaagggagagtgtacttagtaaaggaattttcaaagaagtacattgcaccgcttgcacgatga

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKeNa_01g0020140 OsKeNa_01g0020140.04 Chr01 20058110 20061816 + NAM
CDS seq

atgtacatgacagcaggatgggcccagtttatagaagcaactggtctgcaggttcaagagcccgccgttttcagggttttatcaacctcgaagatgcatttcatcatatttgcaaaggacggttatcttagatgcccagttccagacaaacccagagactctgaaccgaccagacaatcgtttcgcacatcaagcccacaagggaaagccactacaattacttcgcctatccaatgctgcatcaaagggaagctaaaacatgatggcacatccacttctgcaagcaacaacaggcgcactatcagcgaaatgtgtttctgcaccaaggacatcaggttatcagctgaagtcaagaactacatcaaagatattgcgccattcctccagccctcagacaaattttatgtgactgccataaatgcaacattcatgaaggaagggagagtgtacttagtaaaggaattttcaaagaagtacattgcaccgcttgcacgatga

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Protein seq

MYMTAGWAQFIEATGLQVQEPAVFRVLSTSKMHFIIFAKDGYLRCPVPDKPRDSEPTRQSFRTSSPQGKATTITSPIQCCIKGKLKHDGTSTSASNNRRTISEMCFCTKDIRLSAEVKNYIKDIAPFLQPSDKFYVTAINATFMKEGRVYLVKEFSKKYIAPLAR

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKeNa_01g0020140 OsKeNa_01g0020140.05 Chr01 20054806 20056130 + IsoSeq
CDS seq

atcctatggcatctgatgttattgcaccttctccatggacaatatttgactgtaaaaatggcaaaagatggtggttcagaggggaaggtaattctt

Protein seq

ILWHLMLLHLLHGQYLTVKMAKDGGSEGKVIL

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
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A3 Chr01 20054865 20054953 + OsKeNa_01g0020140.02 OsKeNa_01g0020140.05,OsKeNa_01g0020140.02,OsKeNa_01g0020140.01 All
RI Chr01 20060332 20060643 + OsKeNa_01g0020140.02,OsKeNa_01g0020140.04 OsKeNa_01g0020140.04,OsKeNa_01g0020140.02,OsKeNa_01g0020140.03 All
RI Chr01 20061202 20061816 + OsKeNa_01g0020140.02,OsKeNa_01g0020140.04 OsKeNa_01g0020140.04,OsKeNa_01g0020140.02,OsKeNa_01g0020140.03 All
SE Chr01 20053741 20054416 + OsKeNa_01g0020140.02 OsKeNa_01g0020140.02,OsKeNa_01g0020140.01 All
A5 Chr01 20060879 20060969 + OsKeNa_01g0020140.02 OsKeNa_01g0020140.04,OsKeNa_01g0020140.02,OsKeNa_01g0020140.03 All
AL Chr01 20055508 20056608 + OsKeNa_01g0020140.05 OsKeNa_01g0020140.05,OsKeNa_01g0020140.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 1.600250 9.037033 17.338793

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_01g0541000 RBH 4.642141 2.897840 3.125316
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os01g35930 RBH 1.183195 0.998598 0.932590
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os01g0541000 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_01g0020530 RBH 1.835649 4.583171 18.625303
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_01g0020470 RBH 1.836420 1.150985 22.459005
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_01g0019850 RBH 0.441194 0.520115 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_01g0019750 RBH 12.548853 33.266109 52.790546
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_01G0338100 RBH 6.9005695 44.381212 35.4173785
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_01g0021380 SBH 0.953485 0.769099 7.750226
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU NA NA NA NA NA
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_01g0013820 SBH 0.217419 0.162570 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_01g0013840 SBH 3.864647 6.072633 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_01g0019760 RBH 0.810785 1.389047 2.015940
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_01g0019660 RBH 0.601680 12.470798 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_01G013960 SBH 0.795083 0.550388 3.837579
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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