Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsCMeo_01g0020470 OGI:01059280 | 16/16 CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr01:20968060-20977783
Gene Symbol -
DNA seq

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CDS seq

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Function Putative B3 domain-containing protein LOC_Os07g12820 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q84YL3]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsCMeo_01g0020470 OsCMeo_01g0020470.02 Chr01 20968060 20977750 + NAM
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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsCMeo_01g0020470 OsCMeo_01g0020470.01 Chr01 20968060 20977783 + NAM
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atgtcaaaccccaaggccatcccccagctgctgctccgtcatcgacgatggcctgatccacagatgaattttggtgctgatacttccagggagttgggtgctcgaagttcagaaaaagctgctaggtggatcaggacaatggaatctgccttaaagcccccaagaaaggatgaacttgttagctgttcacatacaagatggcaagcttttaggctaagccgctgcagtaaccgcatgcactcaataggttggactgtattttcttctgtccataacgatcctatggcatctgatgttattgcaccttctccatggacaatatttgactgtaaaaatggattccgtttgtttactgaggcaaaagatggtggttcagaggggaaggataaggacaccaatgaggcaatgaaaggacggtcaaaaaagttggtgacagcacatcaccttaaggtctacattgaactgaggaaagcatctaacaacatgtacatgacagcaggatgggcccagtttatagaagcaactggtctgcaggttcaagagcccgccgttttcagggttttatcaacctcgaagatgcatttcatcatatttgcaaaggacggttatcttagatgcccagttccagacaaacccagagactctgaaccgaccagacaatcgtttcgcacatcaagcccacaagggaaagccactacaattacttcgcctatccaatgctgcatcaaagggaagctaaaacatgatggcacatccacttctgcaagtacacatggcaacaacaggcgcactatcagcgaaatgtgtttctgcaccaaggacatcaggttatcagctgaagtcaagaactacatcaaagatattgcgccattcctccagccctcagacaaattttatgtgactgccataaatgcaacattcatgaaggaagggagagtgtacttagtaaaggaattttcaaagaagtacattgcaccgcttgcacgatga

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A5 Chr01 20976918 20977008 + OsCMeo_01g0020470.01 OsCMeo_01g0020470.02,OsCMeo_01g0020470.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 1.836420 1.150985 22.459005

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_01g0541000 RBH 4.642141 2.897840 3.125316
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os01g35930 RBH 1.183195 0.998598 0.932590
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os01g0541000 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_01g0020520 RBH 1.284327 7.302982 17.472364
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_01g0020140 RBH 1.600250 9.037033 17.338793
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_01g0019850 RBH 0.441194 0.520115 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_01g0019750 RBH 12.548853 33.266109 52.790546
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_01G0338100 RBH 6.9005695 44.381212 35.4173785
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_01g0021380 SBH 0.953485 0.769099 7.750226
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_01G0314300 SBH 0 0 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_01g0013820 SBH 0.217419 0.162570 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_01g0013840 SBH 3.864647 6.072633 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_01g0019760 RBH 0.810785 1.389047 2.015940
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_01g0019660 RBH 0.601680 12.470798 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_01G013960 SBH 0.795083 0.550388 3.837579
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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