Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsARC_04g0000170 | OGI:04000670 | 8/16 | ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr04:293116-300090 | ||||||||
| Gene Symbol | YK28, SDRLK-21, SDRLK-22 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g19130 [UniProtKB/Swiss-Prot:O64477] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_04g0000170 | OsARC_04g0000170.01 | Chr04 | 293116 | 300024 | - | NAM | ||
| CDS seq | ATGCCTTCTCTCTACATATTCCTTGGGCTTCTTCTCTTCTCCCTGCAGGCTCCTCCATGTCCTGCTGCAACTGATATTCTGAAGACAGGACAAGTGCTCTCTGCCGGTGACAAGCTCGTCTCGAGGAATGGCAAGTTCGCGCTCGGCTTCTTCAACCCAAGCGCAAACATCAGTAAGTCATCTGACAACATCTCCTCCAGTTGGTACATTGGCATATGGTTCAACAAGATCCCAGTTTTTACTGTCGTGTGGGTCGCTAATAGGGAGAGGTCAATCGCTGAGCCCGACCTCAAGCTAACACAGCTCAAAATATCACAAGATGGCAATCTTGCCATCGTAAACCATGCCAATGAATCCATAATATGGTCCACTCGTATTGTCAATAGGACAGAGGCCAGCATGAACACAAGTGTTCTTCTCCATGACAGTGGAAATCTTGTCATACAAAGCACATCTAATGCAGTGCTGTGGCAAAGCTTTGACTACCCAACAGATGTTGCTCTTCCTAATGCCAAGATTGGCTGGAACAAGGTAACCGGCCTGAACCGTGTTGGTGTTTCGAAGAAGAGCCTCATTGATATGGGCACTGGCTCTTATAGTGTACAACTATACACCAATGGCACCAGAAGGGTGACCCTCGAGCACCGAAACCCTTCAATAGAGTACTGGTATTGGTCGCCAGATGAATCGGGAATGAAGATACCAGCACTCAAGCAACTACTGTACATGAATCCACAGACCAGAGGTTTAGTCACCCCGGCATATGTTAACAGCAGTGAAGAGGAGTACTACAGCTACAATTCATCAGATGAATCATCTTCCACATTCCTCTTGCTAGACATTAATGGCCAGATCAAATTCAATGTTTGGTCTCAAGACAAGCACTCATGGCAAAGCCTATATACCCAACCCGTTGATCCGTGCAGGTCATATGATACTTGTGGACCATTCACCATCTGCAACGGCAATTCACAACCATTTTGTGACTGTATGGAGAATTTCACTCGAAAGTCACCTCGGGATTGGGACCTTGGTGATCGAACAGGAGGGTGTTCTAGGAATAGTCCATTAGATTGCACCAGAAACACAAGTTCAACAGACATCTTCCACCCATTAATTCATGTTACATTGCCCCGTAACCCCCAAACCATACAAGAAGCTACCACTCAGAGCGAATGTGCACAAGCTTGCCTCAGCTCCTGCCCCTGCACTGCTTATTCCTACCAAAATACTAGCACTTGCTCTATCTGGCATGACGAATTGTTTAGTGTAAACCAAGATGATGGCATTGAAATTCATTCTCAAGATGTTCTTTACCTCCGCCTTGCCGCCAAAGATTTGCAGAGTTTGAGAAACAACAAAAGGAAACCAAATGTTGCAGTTGTTATTGCTGCAAGCGTAATTGGTTTTGTGTTATTAATGGTCGGGATGTTTTTACTGATTTGGAGGAACAGATTCGAGTGGTGTGGTGCGCCATTACATGACGGTGAAGACAGCAGTGGAATTAAGGCATTTAGATACAATGATCTAGTTCATGCCACTAAAAATTTCTCAGAAAAGCTTGGAGCAGGTGGTTTTGGCTCTGTGTTCAAGGGAATGTTAATTGATCTAACTACCATAGCTGTGAAAAGACTTGATGGTGATCGTCAGGGAGAGAAACAATTCCGTGCTGAGGTGAGCTCAATTGGATTGATCCAACATATCAACCTAGTGAAATTGATTGGTTTTTGCTGTGAAGGCCGTAAGAGGCTACTTGTGTACGAACACATGTTAAATGGTTCTCTGGATGCCCATTTGTTTCAGAGCAATGCTGGTACACTAAACTGGAGCATTAGGTATCATATAGCCCTAGGAGTTGCTCGAGGATTGGCATACTTGCATCAGAGTTGCCACGAATGCATCATACACTGTGATATTAAGCCACAAAATATACTTCTTGATGCATCATTTGCTCCTAAAATTGCTGACTTTGGGATGGCAGCATTTGTAGGGAGAGATTTTAGCAGAATTCTGACAACATTCAGAGGAACTGTAGGGTATCTTGCCCCAGAGTGGATTAGCGGAGTTGCTGTTACACCAAAAGTTGATGTTTATAGCTTTGGTATGGTACTACTGGAAATTATATCTGGACGAAGGAATTCACCTAATGAATACACTAGTGATAATTACCATGTTTCGTATTTCCCTGTGCAAGCCATCAACAAGCTACACGAGGGAGATGTGCGGAATTTGGTGGATCCACAATTATGTGATGATTTTAGTTTGGAAGAGGCTGAAAGGGTTTGCAAGGTTGCATGTTGGTGCATCCAAGATGATGAGCATGATCGACCGACAATGAGTGAAGTGGTTCGGGTCCTTGAGGGTATGCAAGAGCTTGAAATGCCCCCAATGCCAAGATTACTTGCAGCTTTAACAAAATGCTCTGACAGCTATGCATTTCTTGGCCTTGTTCTTCTCCTCTTCTCCCTGCTTCCTCTTGCTCCATGCTCTGCTGCAAATCTAAATAATGATACTCTCCTGGCTGGCCAAGCGCTCGCCGTCGGTGACAAGCTCATCTCGAACAACGGCAAGTTCACCCTCGGCTTCTTCCAGCCAGACGCAGGCACCAGTAAGTCATCTGATACTAGCACCAATTCCCCTGGCTGGTACCTTGGCATATGGTTCAATAAGATCCCAGTTTTTACTACTGTATGGGTTGCCAACAGGGAGAGGCCACTCACTATCCCTGAGCTCAATCTAACACAGCTCAAATTCTCATCAGATGGCAATCTTGTCATCTTTAACCATGCCACTGAATCCATAATCTGGTCCACTCGCGTTATTATCGATAGTCATAGGACACAAGAAACCAGCAGCACGAACACGAGTGTCGTTCTATTGAACACCGGAAACCTTGTGATAGAAAGCACAACAAATGTAGTGCTGTGGGAAAGCTTTGACTCCCCAACAGATGTTGTGCTCCCTGGTGCCAAGTTTGGTTGGAACAAGATCACTGGCCTGAACCGTCAATGCATCTCAAAGAAGAGCTTGATAGATCCAGGTCTTGGCTCATACAGTGTTGAACTAGACACTAATGGTACCAAGGGGGTGATCCTCATGCTCCGCAACCCTCCTAAAGTGTATTGGTATGGTCTAACATCACCAACTCTTATACCAGAGCTCAGATCCCTGCTAGCAATGGATCCACGGACGAGAGGTTTGATCATCCCTACATATGTTGATAACAGCCAAGAGGAGTACTACATGTACACTTTATCCAACGAATCGTCTTCTTCGTTCCTCTCACTGGACATGTCTGGTCAGATCATGCTCAATGTATGGTCAGAAGCTAACCAGTCTTGGCAAATCATATATGCCCAGCCTGCTGATCCCTGCAACCCATTTGCTACATGTGGACCTTTTACCATCTGCAACGGCAATTCAAATCCAGTATGTGAATGTATGGATAGTTTTACTCGAAAGTCGTCTCAGGATTGGGACCTTGGTGATCGGACAGGAGGATGCTCCAGAAATACTCCATTAGATTGCACTATTAGCGGTAACAGGACAAGTTCAGCAGACATGTTCCACCCTATAGCTCATGTTAAATTGCCCTATGACTCTGAAAGCATACAAGATGCCACCACTCAGAGCAAATGTGCACAAGCCTGTCTCAGTTCCTGCTCATGCACTGCTTACTCCTATCAGAACAACATATGCTCTGTCTGGCATGGGGATTTGTTTAGTGTAAATCAGAATGATGGCATTGAAAATCATTTCGATGATGTTCTTTACCTCCGCCTTGCAGCCAAAGATTTGCAAAGTTTGAGCAAAAACAAAAGAAAACCAATTGTTGGAGTTGTTACAACCATAAGCATTATTAGTCTTGTGTTACTAATAATGCTCATGGTGTTGGTAATGGTTTGGAGGAATAGATTCAAGTGGTGTGGTGTGCCATTACACAGAAGCCAAGGTGGTAGTGGAATTATAGCCTTCAGATATAGTGATTTAGACCATGCTACTAAAAATTTCTCAGAGAAGTTGGGAGAAGGAGGTTTCGGCTCCGTGTTTAAGGGAGTGTTGAGGGACTTGACTGTTGTAGCAGTGAAAAGGCTTGATGGTGCCCGTCAAGGCGAGAAGCAGTTCAGGGCTGAGGTGAGCTCAATCGGATTGATCCAACATATCAACCTAGTCAAGTTGATTGGTTTCTGCTGCCAAGGTGACAAGAGGCTACTTGTTTATGAACACATGTTAAACGGTTCTCTTGATACCCATCTGTTTCAGAGCAATGCTACTATACTGACGTGGAGCACGAGGTATCAAATAGCCATAGGAGTTGCTAGAGGACTTTCCTACTTGCATCAGAGTTGCCACGAATGCATCATACACTGTGATATTAAGCCACAAAACATACTTCTCGGCGAATCATTTACTCCTAAAATTGCAGATTTTGGGATGGCAGTATTTGTAGGAAGGGATTTTAGCAGAGTTCTGACTACATTTAGAGGAACAGTTGGATATCTTGCCCCGGAGTGGATTAGTGGTGTCGCAATTACACCAAAAGTTGATGTTTACAGCTATGGTATGGTGTTGCTAGAGATCATATCAGGAATGAGAAGTTTACCTAATGTACACAGTAGCAACAGTCATCATGCTGCTTACTTCCCTGTGCAAGCCATCAGCAAGCTTCATGAGGGAGATGTGCAGAGTTTGGTGGATCCACGTTTGAGTGGCGACTTCAATTTAGAAGAGGCTGAAAGGGTTTGCAAAGTTGCTTGTTGGTGCATTCAAGATAATGAGTTCGATCGGCCGACAATGGGTGAAGTGGTCCTGGTTCTTGAAGGTCTACAGGAGTTTGATATGCCCCCTATGCCAAGACTACTTGCAGCTATAACGAGATCTTCTAATGTAGCTGAGATGTAA
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| Protein seq | MPSLYIFLGLLLFSLQAPPCPAATDILKTGQVLSAGDKLVSRNGKFALGFFNPSANISKSSDNISSSWYIGIWFNKIPVFTVVWVANRERSIAEPDLKLTQLKISQDGNLAIVNHANESIIWSTRIVNRTEASMNTSVLLHDSGNLVIQSTSNAVLWQSFDYPTDVALPNAKIGWNKVTGLNRVGVSKKSLIDMGTGSYSVQLYTNGTRRVTLEHRNPSIEYWYWSPDESGMKIPALKQLLYMNPQTRGLVTPAYVNSSEEEYYSYNSSDESSSTFLLLDINGQIKFNVWSQDKHSWQSLYTQPVDPCRSYDTCGPFTICNGNSQPFCDCMENFTRKSPRDWDLGDRTGGCSRNSPLDCTRNTSSTDIFHPLIHVTLPRNPQTIQEATTQSECAQACLSSCPCTAYSYQNTSTCSIWHDELFSVNQDDGIEIHSQDVLYLRLAAKDLQSLRNNKRKPNVAVVIAASVIGFVLLMVGMFLLIWRNRFEWCGAPLHDGEDSSGIKAFRYNDLVHATKNFSEKLGAGGFGSVFKGMLIDLTTIAVKRLDGDRQGEKQFRAEVSSIGLIQHINLVKLIGFCCEGRKRLLVYEHMLNGSLDAHLFQSNAGTLNWSIRYHIALGVARGLAYLHQSCHECIIHCDIKPQNILLDASFAPKIADFGMAAFVGRDFSRILTTFRGTVGYLAPEWISGVAVTPKVDVYSFGMVLLEIISGRRNSPNEYTSDNYHVSYFPVQAINKLHEGDVRNLVDPQLCDDFSLEEAERVCKVACWCIQDDEHDRPTMSEVVRVLEGMQELEMPPMPRLLAALTKCSDSYAFLGLVLLLFSLLPLAPCSAANLNNDTLLAGQALAVGDKLISNNGKFTLGFFQPDAGTSKSSDTSTNSPGWYLGIWFNKIPVFTTVWVANRERPLTIPELNLTQLKFSSDGNLVIFNHATESIIWSTRVIIDSHRTQETSSTNTSVVLLNTGNLVIESTTNVVLWESFDSPTDVVLPGAKFGWNKITGLNRQCISKKSLIDPGLGSYSVELDTNGTKGVILMLRNPPKVYWYGLTSPTLIPELRSLLAMDPRTRGLIIPTYVDNSQEEYYMYTLSNESSSSFLSLDMSGQIMLNVWSEANQSWQIIYAQPADPCNPFATCGPFTICNGNSNPVCECMDSFTRKSSQDWDLGDRTGGCSRNTPLDCTISGNRTSSADMFHPIAHVKLPYDSESIQDATTQSKCAQACLSSCSCTAYSYQNNICSVWHGDLFSVNQNDGIENHFDDVLYLRLAAKDLQSLSKNKRKPIVGVVTTISIISLVLLIMLMVLVMVWRNRFKWCGVPLHRSQGGSGIIAFRYSDLDHATKNFSEKLGEGGFGSVFKGVLRDLTVVAVKRLDGARQGEKQFRAEVSSIGLIQHINLVKLIGFCCQGDKRLLVYEHMLNGSLDTHLFQSNATILTWSTRYQIAIGVARGLSYLHQSCHECIIHCDIKPQNILLGESFTPKIADFGMAVFVGRDFSRVLTTFRGTVGYLAPEWISGVAITPKVDVYSYGMVLLEIISGMRSLPNVHSSNSHHAAYFPVQAISKLHEGDVQSLVDPRLSGDFNLEEAERVCKVACWCIQDNEFDRPTMGEVVLVLEGLQEFDMPPMPRLLAAITRSSNVAEM
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_04g0000170 | OsARC_04g0000170.02 | Chr04 | 297480 | 300090 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | ATGGCCAGATCAAATTCAATGTTTGGTCTCAAGACAAGCACTCATGGCAAAGCCTATATACCCAACCCGTTGATCCGTGCAGGTCATATGATACTTGTGGACCATTCACCATCTGCAACGGCAATTCACAACCATTTTGTGACTGTATGGAGAATTTCACTCGAAAGTCACCTCGGGATTGGGACCTTGGTGATCGAACAGGAGGGTGTTCTAGGAATAGTC
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| Protein seq | MARSNSMFGLKTSTHGKAYIPNPLIRAGHMILVDHSPSATAIHNHFVTVWRISLESHLGIGTLVIEQEGVLGIV |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.069744 | 0.323755 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_04g0103700 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.387844 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g01320 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.104959 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os04g0225250 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_04g0000150 | SBH | 0.211760 | 2.395765 | 3.749433 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_04g0000160 | RBH | 0.096671 | 2.853943 | 1.208340 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_04g0000150 | SBH | 0.808031 | 5.019080 | 3.806088 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_04g0013320 | SBH | 0.019342 | 0.033247 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_04g0000140 | RBH | 0.605598 | 3.359040 | 4.364083 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0003700 | RBH | 0.8073645 | 24.093412 | 1.8771285 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_04g0000160 | RBH | 0.381690 | 0.585906 | 0.808173 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0004400 | RBH | 0.4654525 | 3.383674 | 0.200008 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_04g0000150 | RBH | 0.390810 | 0.135176 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_04g0000170 | RBH | 0.035487 | 3.797025 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_04g0000170 | RBH | 0.766307 | 8.266186 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_04g0000140 | RBH | 1.239633 | 0.798403 | 0.959144 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_04g0000150 | RBH | 0.0 | 4.059380 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_04G000180 | RBH | 0.673993 | 2.495537 | 0.991814 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0000120 | RBH | 0.342205 | 15.181497 | 3.611933 |
