Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_11g0687800 | OGI:11061890 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:27884593-27890936 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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||||||||||
| Function | Disease resistance protein RGA5 [UniProtKB/Swiss-Prot:F7J0N2] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_11g0687800 | OsNip_11t0687800-01 | Chr11 | 27884593 | 27890936 | + | RAP2018-11-26 | ||
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_11g0687800 | OsNip_11t0687800-02 | Chr11 | 27884617 | 27890894 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGTCTGAAGCGATAGCCCTTGCGATGTCAAAGATTGAAACCTGTGTAGAGACTGGAGCTTCATTCAACAACGCAATGTCCAAGCTATCTAAAAAGGATAAGGTTGTGAAGGAATTGCTGGAAAAGATCAAACAAATACAGGAGCAATTGGATATCACCAATGATTTCATCCAAAATCACATAGGCACAGCCAACCTTGGTGACCCATTAGATGAGAGTTGGATTGCCACAGTGAGGAGGCTGGCCTTCATTGTTGAGGATGTAATGGAGAAGTACTTGTATTATGCTCATCAACTGCAGGAAGAGGGGTCACAGAAGCACCCTGTCAAAAGGTCAAGCTATGTCGATGTTTTCAAAAAAGTTGGTCAGTTGATGGACAAGATAAATAATCGCATTGGGCACCTTTTAAGCATCAGAGAGCAGAGTAAGCTTGCACCGCAGCTTGTTCCTCACTCACCATACCCCGATTCAGAGGGCCAACCGGAGCTCATTGGTACCAATGGCCCAATTAATGTACTACTGAAATTTCTGAAGCATGGTGAGGACGGAGCTGTGCTGCAACTCAAGGTTCTATCTATGCTTGGAATTGGTGGAATTGGTAAAACCGCACTTGCATCCAAGGTGTATCGAATGCTTCGAGAAGAATTTCAGAGCCATGCTTTTGTGACAGTGTCCAAGATGCCTGATATGACAAGGGTCTTATTTGATATATTGGACCAAATTGGCCTGCGGAAGTATCCAGCTAGTTTGAACGAGAATCAAGTCATTACTCAAATTGGACAAGACCTAAAGGATAAGAGCTATCTCATTGTAATTGATGATTTATGGGATATGCAACATTGGAAGACTATCAAGGATGCCTTGCCTGATGTCAATTGTGGTAGCAGATTGATAGTTATAACTCGTCTAAACAACATAGCCAAAACATGTAGCTCTGGCCAGAATAATTTGACGTATAAGGTCATGCCTCTTGCTCACCATGACTCCAGAACATTGTTTCTCAAGGAAATTTTGGGCCATGAGGGCAGTTGCTTGGATGCACCAGTTTTTGATGAAATTTTGAAAATGTTTGGTGGTATGCCTTCAGCACTAAAATGTATTGGCTCATTTCTGCGCAACAAATCAGTCACAACTGAGTCTCAGAAGATCAATATGAGTTCTTTGTATTCTGAACTTGAGAATTTTCCTAGCTGGAAGAAATTGAAAATTGCTCTTTTCCTCAGTTGCTGTGGTCCTTCCCAAACTCTGGAGGCTTGCTCGTTGTACTTAAGTACATTACCAGACAATCATAAGATCGAGAGAGATATTTTGACTAGGAAATGGATTTCTGAAGGAATTATCCTTAAAGATGATGAGCTTAGTATTAACGGAGTGGTGAATAATTGCTTTGAGGAACTAATCAATAGGAATGTGATTCAGCAAGTGGACAATAGTTTTGGGGAGTAA
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.0 | 0.434315 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0686400 | SBH | 0.830266 | 0.567043 | 0.670688 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g46070 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.111706 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0687800 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0024440 | RBH | 0.0 | 4.865353 | 1.984355 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0024310 | RBH | 0.000000 | 1.192170 | 0.949306 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0009900 | SBH | 1.635445 | 1.659052 | 3.870215 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0023710 | SBH | 0.023583 | 0.155662 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0024190 | SBH | 0.0 | 2.872747 | 0.000000 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0441300 | RBH | 2.075267 | 4.3552255 | 2.1516435 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0019280 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0438200 | SBH | 1.6151365 | 18.0614225 | 0.111228 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0024500 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0024510 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0008000 | SBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0009700 | SBH | 0.447906 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0024010 | SBH | 2.767192 | 1.269637 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G024020 | SBH | 2.763694 | 0.0 | 1.427531 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0014490 | SBH | 0.000000 | 60.746300 | 0.0 |
