Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsLima_11g0004750 | OGI:11010520 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:3517721-3537017 | ||||||||
Gene Symbol | - | ||||||||||
DNA seq | 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CDS seq | atgaaggttactactgcatctggacatctcctcttggtgttgtttgcttccatcttccacccagccgtcagctcaatttcaggaaatggaacagatcgacttgcattgctagaattcaagaatgcaatcactcacgatccacagaaatccctaatgtcttggaatgacagcaatcacttgtgcagctgggaaggtgtctcgtgcagctccaagaatccacctcgtgtcacctctattgatctcagcaaccaaaatcttgcaggcaacatttccccttcacttggcaacctgacattccttaagcatctgtcattggcgacgaacgagttcaccggacggattcctgaatctctcggccacctgcgtcgtctccgatcactctacctgagcaacaacacgctccaggggatcataccgagcttcgccaactgctccgatctgagggtgctatggctggatcacaacgagctcaccggaggactccccgacggcctgcctcttggcctcgaggaattgcaggtctcgtcgaacactctcgtcgggactatcactccctcgctcggcaacgtcacgacgctgaggatgcttcgcttcgcgttcaacggcatcgagggtggcatcccaggcgagctcgcggcgctgcgcgagatggagatactgaccatcggcggcaaccggttgtcaggtgggtttccagagccgatcatgaacatgtcggtgctcattcggctcagcctcgaaaccaaccgcttcagcggcaagatgccatccggcattggtacctcgctgcctaatctatggcggctcttcattggcggcaacttcttccaagggaatctcccttcttccttggcaaatgcttcgaatcttgttgatcttgatatttctcagaataactttgttggggtggtgcctgctttcattggcaagcttgccaatcttacatggttgaatcttgagatgaatcagctccatgctcgtatcaagcaagattgggatttcatggatagcttaaccaactgcactcagctacaagcattatctatggctgggaatcagctggaaggacatttaccaaattcagtaggaaattcttctgttcagcttcagcgtctttacttgggacagaatcaattatcagggagttttccttcaggcattgaaaaccttccaaacctgatagtttttggactggattacaacaggtttacaggttctgtgccaccatggctcggcggattgataacattgcaggtactaagcttgactaacaacaattttacagggtatattccttcctccctttccaatttgtcacatttggtagagctttatctgcaatcaaatcagttgcttggaaacataccttcaagctttggaaaacttcagttccttacaagaatcgacatttctgataacagtcttaatggtagtctgccaaaggagatcttcaggattcctacgatagcagaggttgggttctcattcaacaatctcagtggagaacttcctacagaagtagggtatgccaagcaactccgcagtttgcatctctcatctaataatctgtcgggagatattcctaatactttgggtaactgtgaaaatttgcaagaagtggtgctagaccagaataattttggtggaagtattcctgcttcccttggcaaattaattagcctgaaatctctcaacctgtcacacaatatattaaatggttcaataccagtgtcacttggtgatcttgagcttcttgagcagatagatttgtcgttcaaccatcttagtggtcaggtcccaactaaaggaattttcaagaattcaactgccacgcatatggatggaaatttggggctttgtggaggtgcaccggagttacacctacctgaatgtcccattgtgccttcaaataaaagtaaacacaagctatatgtaacactgaaagttgtgatcccattagccagcacggtgacacttgccatagtgatattggtcatatttatctggaagggaaaacgaagggaaaaatcaatatctctatcctcatctggtagagaatttcccaaagtttcttatagggatcttgctagagcaacaaatgggttctcaacatccaatttaattggaagagggagatatagttctgtataccaaggacaactatttcatgatataaatgcagttgctatcaaggtctttagtctagagacaaggggagcacaaaagagcttcattgcagagtgcaatgctttgagaaatgtgcgacatcgcaatctagttcctatcttaacggcatgctcaagcattgattcaagtgggaatgacttcaaagcattggtatataaattcatgccaagaggagacttgcataaattactgtactcaaatccaaatgatgaaagatcttcaggtatatgctatatttcactggcccaaaggttaagtattgcggttgacttgtctgatgcattggcatacctacaccacagtcatcaaggaacaattattcattgtgatctcaaacctagcaatattcttttggatgacaatatgatagctcatgttggagactttggactagcaaggttcagaattgattccagaacatctttcggtaactcaaattctacaataaatggcaccataggatatgttgctccagaatgtgccataggtggtcaagtttcaactgctgcagacgtatacagcttcggggttgttctccttgagattttcataaggaggaggctaacagacgacatgttcaaggatggattgaccattgcaaagtatacagagataaacatccctgataagatgctgcagattgttgatcctcagctagtacaagagttgggcctgtcccaagaagatccagtgcgtgtcgatgaaactgcaacacattgccttctttctgtactgaacattggactgtgctgcaccaagtcatccccgagtgagcgcatcagcatgcaggaggtggctaccaagctacatagaatcagggagtcatatcttagatga
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Protein seq | MKVTTASGHLLLVLFASIFHPAVSSISGNGTDRLALLEFKNAITHDPQKSLMSWNDSNHLCSWEGVSCSSKNPPRVTSIDLSNQNLAGNISPSLGNLTFLKHLSLATNEFTGRIPESLGHLRRLRSLYLSNNTLQGIIPSFANCSDLRVLWLDHNELTGGLPDGLPLGLEELQVSSNTLVGTITPSLGNVTTLRMLRFAFNGIEGGIPGELAALREMEILTIGGNRLSGGFPEPIMNMSVLIRLSLETNRFSGKMPSGIGTSLPNLWRLFIGGNFFQGNLPSSLANASNLVDLDISQNNFVGVVPAFIGKLANLTWLNLEMNQLHARIKQDWDFMDSLTNCTQLQALSMAGNQLEGHLPNSVGNSSVQLQRLYLGQNQLSGSFPSGIENLPNLIVFGLDYNRFTGSVPPWLGGLITLQVLSLTNNNFTGYIPSSLSNLSHLVELYLQSNQLLGNIPSSFGKLQFLTRIDISDNSLNGSLPKEIFRIPTIAEVGFSFNNLSGELPTEVGYAKQLRSLHLSSNNLSGDIPNTLGNCENLQEVVLDQNNFGGSIPASLGKLISLKSLNLSHNILNGSIPVSLGDLELLEQIDLSFNHLSGQVPTKGIFKNSTATHMDGNLGLCGGAPELHLPECPIVPSNKSKHKLYVTLKVVIPLASTVTLAIVILVIFIWKGKRREKSISLSSSGREFPKVSYRDLARATNGFSTSNLIGRGRYSSVYQGQLFHDINAVAIKVFSLETRGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPILTACSSIDSSGNDFKALVYKFMPRGDLHKLLYSNPNDERSSGICYISLAQRLSIAVDLSDALAYLHHSHQGTIIHCDLKPSNILLDDNMIAHVGDFGLARFRIDSRTSFGNSNSTINGTIGYVAPECAIGGQVSTAADVYSFGVVLLEIFIRRRLTDDMFKDGLTIAKYTEINIPDKMLQIVDPQLVQELGLSQEDPVRVDETATHCLLSVLNIGLCCTKSSPSERISMQEVATKLHRIRESYLR |
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Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGP4] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsLima_11g0004750 | OsLima_11g0004750.01 | Chr11 | 3517721 | 3537017 | + | NAM | ||
CDS seq | atgaaggttactactgcatctggacatctcctcttggtgttgtttgcttccatcttccacccagccgtcagctcaatttcaggaaatggaacagatcgacttgcattgctagaattcaagaatgcaatcactcacgatccacagaaatccctaatgtcttggaatgacagcaatcacttgtgcagctgggaaggtgtctcgtgcagctccaagaatccacctcgtgtcacctctattgatctcagcaaccaaaatcttgcaggcaacatttccccttcacttggcaacctgacattccttaagcatctgtcattggcgacgaacgagttcaccggacggattcctgaatctctcggccacctgcgtcgtctccgatcactctacctgagcaacaacacgctccaggggatcataccgagcttcgccaactgctccgatctgagggtgctatggctggatcacaacgagctcaccggaggactccccgacggcctgcctcttggcctcgaggaattgcaggtctcgtcgaacactctcgtcgggactatcactccctcgctcggcaacgtcacgacgctgaggatgcttcgcttcgcgttcaacggcatcgagggtggcatcccaggcgagctcgcggcgctgcgcgagatggagatactgaccatcggcggcaaccggttgtcaggtgggtttccagagccgatcatgaacatgtcggtgctcattcggctcagcctcgaaaccaaccgcttcagcggcaagatgccatccggcattggtacctcgctgcctaatctatggcggctcttcattggcggcaacttcttccaagggaatctcccttcttccttggcaaatgcttcgaatcttgttgatcttgatatttctcagaataactttgttggggtggtgcctgctttcattggcaagcttgccaatcttacatggttgaatcttgagatgaatcagctccatgctcgtatcaagcaagattgggatttcatggatagcttaaccaactgcactcagctacaagcattatctatggctgggaatcagctggaaggacatttaccaaattcagtaggaaattcttctgttcagcttcagcgtctttacttgggacagaatcaattatcagggagttttccttcaggcattgaaaaccttccaaacctgatagtttttggactggattacaacaggtttacaggttctgtgccaccatggctcggcggattgataacattgcaggtactaagcttgactaacaacaattttacagggtatattccttcctccctttccaatttgtcacatttggtagagctttatctgcaatcaaatcagttgcttggaaacataccttcaagctttggaaaacttcagttccttacaagaatcgacatttctgataacagtcttaatggtagtctgccaaaggagatcttcaggattcctacgatagcagaggttgggttctcattcaacaatctcagtggagaacttcctacagaagtagggtatgccaagcaactccgcagtttgcatctctcatctaataatctgtcgggagatattcctaatactttgggtaactgtgaaaatttgcaagaagtggtgctagaccagaataattttggtggaagtattcctgcttcccttggcaaattaattagcctgaaatctctcaacctgtcacacaatatattaaatggttcaataccagtgtcacttggtgatcttgagcttcttgagcagatagatttgtcgttcaaccatcttagtggtcaggtcccaactaaaggaattttcaagaattcaactgccacgcatatggatggaaatttggggctttgtggaggtgcaccggagttacacctacctgaatgtcccattgtgccttcaaataaaagtaaacacaagctatatgtaacactgaaagttgtgatcccattagccagcacggtgacacttgccatagtgatattggtcatatttatctggaagggaaaacgaagggaaaaatcaatatctctatcctcatctggtagagaatttcccaaagtttcttatagggatcttgctagagcaacaaatgggttctcaacatccaatttaattggaagagggagatatagttctgtataccaaggacaactatttcatgatataaatgcagttgctatcaaggtctttagtctagagacaaggggagcacaaaagagcttcattgcagagtgcaatgctttgagaaatgtgcgacatcgcaatctagttcctatcttaacggcatgctcaagcattgattcaagtgggaatgacttcaaagcattggtatataaattcatgccaagaggagacttgcataaattactgtactcaaatccaaatgatgaaagatcttcaggtatatgctatatttcactggcccaaaggttaagtattgcggttgacttgtctgatgcattggcatacctacaccacagtcatcaaggaacaattattcattgtgatctcaaacctagcaatattcttttggatgacaatatgatagctcatgttggagactttggactagcaaggttcagaattgattccagaacatctttcggtaactcaaattctacaataaatggcaccataggatatgttgctccagaatgtgccataggtggtcaagtttcaactgctgcagacgtatacagcttcggggttgttctccttgagattttcataaggaggaggctaacagacgacatgttcaaggatggattgaccattgcaaagtatacagagataaacatccctgataagatgctgcagattgttgatcctcagctagtacaagagttgggcctgtcccaagaagatccagtgcgtgtcgatgaaactgcaacacattgccttctttctgtactgaacattggactgtgctgcaccaagtcatccccgagtgagcgcatcagcatgcaggaggtggctaccaagctacatagaatcagggagtcatatcttagatga
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Protein seq | MKVTTASGHLLLVLFASIFHPAVSSISGNGTDRLALLEFKNAITHDPQKSLMSWNDSNHLCSWEGVSCSSKNPPRVTSIDLSNQNLAGNISPSLGNLTFLKHLSLATNEFTGRIPESLGHLRRLRSLYLSNNTLQGIIPSFANCSDLRVLWLDHNELTGGLPDGLPLGLEELQVSSNTLVGTITPSLGNVTTLRMLRFAFNGIEGGIPGELAALREMEILTIGGNRLSGGFPEPIMNMSVLIRLSLETNRFSGKMPSGIGTSLPNLWRLFIGGNFFQGNLPSSLANASNLVDLDISQNNFVGVVPAFIGKLANLTWLNLEMNQLHARIKQDWDFMDSLTNCTQLQALSMAGNQLEGHLPNSVGNSSVQLQRLYLGQNQLSGSFPSGIENLPNLIVFGLDYNRFTGSVPPWLGGLITLQVLSLTNNNFTGYIPSSLSNLSHLVELYLQSNQLLGNIPSSFGKLQFLTRIDISDNSLNGSLPKEIFRIPTIAEVGFSFNNLSGELPTEVGYAKQLRSLHLSSNNLSGDIPNTLGNCENLQEVVLDQNNFGGSIPASLGKLISLKSLNLSHNILNGSIPVSLGDLELLEQIDLSFNHLSGQVPTKGIFKNSTATHMDGNLGLCGGAPELHLPECPIVPSNKSKHKLYVTLKVVIPLASTVTLAIVILVIFIWKGKRREKSISLSSSGREFPKVSYRDLARATNGFSTSNLIGRGRYSSVYQGQLFHDINAVAIKVFSLETRGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPILTACSSIDSSGNDFKALVYKFMPRGDLHKLLYSNPNDERSSGICYISLAQRLSIAVDLSDALAYLHHSHQGTIIHCDLKPSNILLDDNMIAHVGDFGLARFRIDSRTSFGNSNSTINGTIGYVAPECAIGGQVSTAADVYSFGVVLLEIFIRRRLTDDMFKDGLTIAKYTEINIPDKMLQIVDPQLVQELGLSQEDPVRVDETATHCLLSVLNIGLCCTKSSPSERISMQEVATKLHRIRESYLR
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|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.011960 | 0.0 | None |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0173432 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g07225 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0173432 | SBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0004940 | RBH | 0.027774 | 0.0 | 0.0 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0004930 | SBH | 0.145897 | 1.520357 | 0.670409 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0004950 | SBH | 0.351912 | 0.244407 | 1.702016 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0004840 | RBH | 0.216128 | 0.044515 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0004730 | SBH | 0.153046 | 0.0 | 1.074549 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0061200 | RBH | 0.3629345 | 0.024787 | 0.005779 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0004800 | SBH | 0.000000 | 0.023156 | 0.053376 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0061800 | SBH | 0.3220435 | 0.126046 | 0.0049055 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0004760 | RBH | 0.464186 | 0.118494 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0004860 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0004860 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0004780 | RBH | 0.152264 | 0.0 | 0.102352 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0004840 | RBH | 0.034522 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G004840 | RBH | 0.012716 | 0.072135 | 0.295710 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0004810 | RBH | 4.826402 | 0.871399 | 1.661659 |