Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_11g0004810 | OGI:11010520 | 16/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:3529825-3585256 | ||||||||
| Gene Symbol | RLCK314, OsRLCK314, 25L2, Hwi1, HWI1, 25L1 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MKAPSVGELLLVFIACSCCAHVVVCSSLPGNETDRLSLLEFKKAISADPQQSLNSWNESTHFCSWEGVLCRAKAPLRVTSLNLTDCGLAGNISPSIANLTFLKSLSLGKNSFFGEIPASLGHLHRLHTLVLSYNKLQGRIPDLANCSNLRSLWLDRNNLVGKIPNLPPRLQELMLHVNNLSGTIPPSLGNITTLTKFGCAFNNVEGNIPTEFESLPGLQYLSVNTNKLAGWFQLAILNISTLVTLDLGANNLRGEVPSNLGNSLPNLQYLILSDNFFYGHFPSSLINASKLNLIDMAENNFTGVIPRSIGKLAKLNVLSLQLNQFQAGTKKEWEFMDSLANCTELEVFSVARNRLQGQLPSSLSNISSQLQYLYLGQNQLSGGFPSGIAKFRNLIILGLDHNQFTGVVPEWLGTLQALQKLSLLDNNFIGFLPTSLSNLSQLSELFLGSNKFDGSIPLGLGDLQMLQVLSISNNNIQGRVPKEIFNLPTITEIDLSFNKLFGQLPTEIGNAKQLTSLELSSNKLFGDIPNTLRNCESLEDIRLDRNAFTGIIPTSLGNIRSLKVLNLSHNNLTGSIPVSLGNLQLLEQLDLSFNHLKGKVPTNGVFMNETAIQIDGNHGLCGGAMELHLPECSMTPNPTKSKQFMVLKIVIPTTSIILLAIAISIMLLKRRKHEGNSTSLPSFGRKFPKVPYNELAEATEGFSESNLIGKGRYGYVYRGNLFQGTNVVAIKVFNLETMGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPILTACSSIDPNGNDFKALVYEFMPMGDLYNLLYTPQCDSNLRHITLAQRIGIVADVADAMDYLHHNNQGTIVHCDLKPSNILLDDNMTAHVGDFGLARFNFGSTTASLGDTNSTSSAAIKGTIGYIAPECAGGGQVSTAADVYSFGVVLLEIFIRRRPTDDMFKDGLTIAKFTEINIPDKMLDIVDPQLAQELGLCEEAPMADEESGARCLLFVLNIGLCCTRLAPNERISMKEVTTATAHFLWVFLASISHSVICSTLGNETDRLSLLEFKNSITLNPHQSLISWNDSTHFCSWEGISCSSKNPPRVTAIDLRNQGLVGHISPSLGNLTFLRNLSLATNGFTGQIPESLGHLRRLRSLYLSNNTLQGIIPSFANCSELTVLWLDHNDLAGGFPGGLPLGLQELQLSSNRLVGTIPPSLSNITALRKLSFAFNGITGSIPGELATLSGVEILYASSNRLLGGFPEAILNMSALVALSLSTNSFSGELPSGIGSLLPNLRQLAIGINFFHGDIPSSLANASNLVKIDISENNFTGVVPASIGKLANLTRLNLEMNQLHARSKQDWEFMDSVANCTQLQGISIARNQMEGEVPGSLGNFSVQLQYLFLGQNQLSGSFPSGIANLPNLIILGLDYNRFSGSVPQWLGGLKTLQKLSLSTNSFTGYLPSSLSNLSHLTEILLDTNQFIGNIPSSFGNLQFLTTITITDNNLHGGVPKEIFRIPTIAEVGFALNNLSGELPTEIGNAKQLIYLQLSSNNLSGDIPNTLSNCENLQHVELDQNNFSGGIPTSFGKLISLKFLNLSHNKLSGSIPVSLGDLQLLEQIDLSFNHLTGQVPTKGIFKNSTSMQIDGNLALCGGALELHLPECPITPSNTTKGKLPVLLKVVIPLASMVTLAIVILVLYLIWKGKQRTNSISLPSFGREFPKVSYKDLARATNGFSTSNLIGEGRYGSVYQGQLFQDINVVAIKVFSLETKGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPVLTACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHKLLYSTPHDETSSDLCYISLAQRLSIVVNVSDALAYLHHNHQGTIIHCDIKPTNILLDDNMTAHVGDFGLARFKNDSRQSFGNSHLTSSFAINGTVGYVAPGTCGPLHTNGFIICLFIGAFEINSSYMQSVECAGGGQISTAADVYSFGVVLLEIFIRRRPTDDMFKDGLSIAKFTEMNIPDKMLQIVDPQLVQELSLCKEDSVINDENGAQCITAVGQLILVLMACSSHAVICSTFGNGTDQLSLLEFKKAISLDPQQSLISWNDSTNYCSWEGVSCSLKNPGRVTSLNLTNRALVGHISPSLGNLTFLKYLALLKNALSREIPPSLGHLRRLQYLYLSGNTLQGSIPSFANCSELKVLWVHRNNLTGQFPADWPPNLQQLQLSINNLTGTIPASLANITSLNVLSCVYNHIEGNIPNEFAKLPNLQTLYVGSNQLSGSFPQVLLNLSTLINLSLGLNHLSGEVPSNLGSALPNLEIFELPVNFFHGRIPSSLTNASNLYFLELSNNNFTGLVPRTIGELNKLQMLNLEWNQLQAHREQDWEFLQSLGNCTELQVFSMTGNRLQGHVPSSLGNLSDQLQKLHLAESKLSGDFPSGIANLQNLIIVALGANLFTGVHPEWLGTIKTLQKVSLGSNFFTGAIPSSFSNLSQLGELYLDSNQLVGQLPPSFGTLPILQVLIVSNNNLHGSIPKEIFRIPTIVQISLSFNNLDAPLHNDIGKAKQLTYLQLSSNNISGYIPSTLGDSESLEDIELDHNVFSGSIPASLENIKTLKVLNLSYNNLSGSIPASLGNLQLVEQLDLSFNNLKGEVPTKGIFKNTTAIRVGGNPGLCGGSLELHLLTCSSTPLNSVKHKQFIFLKVALPIAIMTSLVIAISIMWFWNRKQNRQSISSPSFGRKFPKVSYSDLVRATEGFSASNLIGRGRYGSVYQGKLFPERNLVAVKVFNLETRGAGKSFIAECNALKNVRHRNLITILTACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHNLLYSTRDGNGSSNLSYVSLAQRLNIAVDVSDALAYLHHNHQGSIVHSDLKPSNILLDDNMTAHVGDFGLAAVKSDSAASSFGDSSLTSSFAIKGTIGYVAPECAGGGRVSTASDIYSFGIVLLEIFIRRKPTDDMFKDGLSISKYTEINFPDKMLQIVDPQLLRELDICQETSINVEKNEVCCLLSVLNIGLHCTKLVPGERMSMQEI |
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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGP4] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_11g0004810 | OsNaBo_11g0004810.03 | Chr11 | 3581411 | 3585256 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgaaggtcatgccaattggtctgcttctcctcgtgctcatagcctggagttcagaagctgttatctgcaactccttaaatgaaagtgagatagatcgacggtcacttcttgaattcaagaaaggaatcagcatggatccacagaaagccctcatgtcatggaatgacagcactctcctttgcaattgggaaggagtcttgtgcagggtgaagacgcctcgccgtgtcacttctctgaatcttacaaatcgaggtttagtagggaagatttctccttcacttggaaacctcacatttctgaagtttctgctcctgccaacaaactcgttaactggagagattccttcatcctttggttacctgcatcgcctccaattcctctacttgagtaacaacacattgcaaggaatgatacctgatctgacaaattgttccaacctgaaggcgatatggctggatagtaatgatctagttggacagatacctaatattctccctcctcatcttcaacaattgcagctttacaacaataacctcaccggaaccattccttcttatcttgccaatatcacatctctgaaagaacttatctttgtttccaaccAaattgagggaaacatcccaaatgagtttgccaagttgccgaatctgaaggtcctatatgccggtgcgaacaaattagaaggtaagtttccacaagccatcttaaacatttctactctcaccggtcttagcctcacttataataatcttagtggtgagttaccatcaaatctcttcacatatctaccaaatctccaagatcttggtttagccgcgaacctctttcaaggacatatcccaaattcacttgcaaatgcttccaaactatatatgttggatatagcactgaattatttcactggaatcatacctacctccattggcaaacttaccgaactatcatggttaaatcttgagcacaaccgactccaagctcgtagcaagcaagattgggagtttatgacaagcttagccaactgcagtgagctgaacattttctcgatgaaggacaatcttctggaaggccatgtgccaagttcattaggcaacctttctgttcaacttcaacatctgctcttgggaacaaataaattatcaggagattttccTtttggcatagcaaaccttcctggcctaacgatgttaggattggaagataacaaatttaccggcattgttcctgaatggcttggatctctacaaaatttacagggaatagagttggcaaacaacTttttcacaggagttattccatcatccctagcaaacatatctatgttggaagaactctttctagaatccaaccagttatatggatatataccctctagtttgggaaaactcaacgttcttagtgtattgagtatgtccaacaatagtctacatggcagcataccagaggagatattcagaattccaaccataaggaagattagtttatctttcaataatttagatgcaccccttcatgatgacattggcaacgcaaaacaactcacatatctgcagctttcgtcaaataatataaccgggtatattcctagcactttgggtaattgtgaaagtttggaagacatcgaattggaccataatgttttcagtggaagcatccctacaactctgggcaacataaagactctaaaagttctcaaattatctaacaacaacctgactggatcgataccggcttctcttggaaacctacaacttcttgagcaactagatttatcattcaataatcttaagggtgaggtcccaaccaaaggcatcttcaagaatgcaactgctatgcgggttgatggaaataaaggactttgtggggggtcactggagctacacctactcacctgttctaacaagcctttggattcagttaagcataaacaatctattttgctgaaagtagtactcccaatgaccatcatggtgtcacttgttgctgcgatctctattatgtggttctgtaagagaaaacataagagacagtctatctcttcaccctcatttggtaggaaatttcccaaagtttcttatcatgatcttgtcagagcaactgaggggttctccacatccaatctaattggcagaggaagatatggctctgtatatcaagggaaattatttgaagggagaaatgtggttgcagtgaaagtcttcaatcttgaaactaggggagcaggaaagagcttcatcgcagaatgtaatgccctgaaaaatgtacgacatcgcaatctagtcactatccttactgcatgctccagtattgattcagctggaaatgatttcaaagccctagtctatgaatttatgccacaaggggacttgcataatttactatactcaactcgagatggtgatggatcttcaaatctgcgcaatgtttcacttgctcaaaggttaagcattgcagtggatgtgtcagatgcattggcatacttgcatcataaccaccaaggaaccattgttcacagtgatataaaacctagcaacatccttctaaatgatgacatgacggctcatgttggagactttggactagcaaggttcaaatctgattctgccacatcatcttttgtcaactcaaattcgacctcttctattgcaataaagggaactataggatatgttgctccagaatgtgctgaggatggtcaagtttcaactgcctcggatgtttacagcttcggaattgttctcctcgagatattcattcgaaagaagccgacggatgacatgtttaaggacggactgagcattgtaaagtatacagagatcaacttgcctgagatgttgcagattgttgatcctcagctgctgcaggagttgcacatttggcacgaaaccccaacggatgttgagaagaatgaagtcaattgcctgctttctgtgctaaatattggacttgattgcaccaggttggtcccaagcgagcgcatgagcatgcaggaggtggcctccaagctgcatggaatcagggatgaatatctgagaggagactga
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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| Protein seq | MKAPSVGELLLVFIACSCCAHVVVCSSLPGNETDRLSLLEFKKAISADPQQSLNSWNESTHFCSWEGVLCRAKAPLRVTSLNLTDCGLAGNISPSIANLTFLKSLSLGKNSFFGEIPASLGHLHRLHTLVLSYNKLQGRIPDLANCSNLRSLWLDRNNLVGKIPNLPPRLQELMLHVNNLSGTIPPSLGNITTLTKFGCAFNNVEGNIPTEFESLPGLQYLSVNTNKLAGWFQLAILNISTLVTLDLGANNLRGEVPSNLGNSLPNLQYLILSDNFFYGHFPSSLINASKLNLIDMAENNFTGVIPRSIGKLAKLNVLSLQLNQFQAGTKKEWEFMDSLANCTELEVFSVARNRLQGQLPSSLSNISSQLQYLYLGQNQLSGGFPSGIAKFRNLIILGLDHNQFTGVVPEWLGTLQALQKLSLLDNNFIGFLPTSLSNLSQLSELFLGSNKFDGSIPLGLGDLQMLQVLSISNNNIQGRVPKEIFNLPTITEIDLSFNKLFGQLPTEIGNAKQLTSLELSSNKLFGDIPNTLRNCESLEDIRLDRNAFTGIIPTSLGNIRSLKVLNLSHNNLTGSIPVSLGNLQLLEQLDLSFNHLKGKVPTNGVFMNETAIQIDGNHGLCGGAMELHLPECSMTPNPTKSKQFMVLKIVIPTTSIILLAIAISIMLLKRRKHEGNSTSLPSFGRKFPKVPYNELAEATEGFSESNLIGKGRYGYVYRGNLFQGTNVVAIKVFNLETMGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPILTACSSIDPNGNDFKALVYEFMPMGDLYNLLYTPQCDSNLRHITLAQRIGIVADVADAMDYLHHNNQGTIVHCDLKPSNILLDDNMTAHVGDFGLARFNFGSTTASLGDTNSTSSAAIKGTIGYIAPECAGGGQVSTAADVYSFGVVLLEIFIRRRPTDDMFKDGLTIAKFTEINIPDKMLDIVDPQLAQELGLCEEAPMADEESGARCLLFVLNIGLCCTRLAPNERISMKEVTTATAHFLWVFLASISHSVICSTLGNETDRLSLLEFKNSITLNPHQSLISWNDSTHFCSWEGISCSSKNPPRVTAIDLRNQGLVGHISPSLGNLTFLRNLSLATNGFTGQIPESLGHLRRLRSLYLSNNTLQGIIPSFANCSELTVLWLDHNDLAGGFPGGLPLGLQELQLSSNRLVGTIPPSLSNITALRKLSFAFNGITGSIPGELATLSGVEILYASSNRLLGGFPEAILNMSALVALSLSTNSFSGELPSGIGSLLPNLRQLAIGINFFHGDIPSSLANASNLVKIDISENNFTGVVPASIGKLANLTRLNLEMNQLHARSKQDWEFMDSVANCTQLQGISIARNQMEGEVPGSLGNFSVQLQYLFLGQNQLSGSFPSGIANLPNLIILGLDYNRFSGSVPQWLGGLKTLQKLSLSTNSFTGYLPSSLSNLSHLTEILLDTNQFIGNIPSSFGNLQFLTTITITDNNLHGGVPKEIFRIPTIAEVGFALNNLSGELPTEIGNAKQLIYLQLSSNNLSGDIPNTLSNCENLQHVELDQNNFSGGIPTSFGKLISLKFLNLSHNKLSGSIPVSLGDLQLLEQIDLSFNHLTGQVPTKGIFKNSTSMQIDGNLALCGGALELHLPECPITPSNTTKGKLPVLLKVVIPLASMVTLAIVILVLYLIWKGKQRTNSISLPSFGREFPKVSYKDLARATNGFSTSNLIGEGRYGSVYQGQLFQDINVVAIKVFSLETKGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPVLTACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHKLLYSTPHDETSSDLCYISLAQRLSIVVNVSDALAYLHHNHQGTIIHCDIKPTNILLDDNMTAHVGDFGLARFKNDSRQSFGNSHLTSSFAINGTVGYVAPGTCGPLHTNGFIICLFIGAFEINSSYMQSVECAGGGQISTAADVYSFGVVLLEIFIRRRPTDDMFKDGLSIAKFTEMNIPDKMLQIVDPQLVQELSLCKEDSVINDENGAQCITAVGQLILVLMACSSHAVICSTFGNGTDQLSLLEFKKAISLDPQQSLISWNDSTNYCSWEGVSCSLKNPGRVTSLNLTNRALVGHISPSLGNLTFLKYLALLKNALSREIPPSLGHLRRLQYLYLSGNTLQGSIPSFANCSELKVLWVHRNNLTGQFPADWPPNLQQLQLSINNLTGTIPASLANITSLNVLSCVYNHIEGNIPNEFAKLPNLQTLYVGSNQLSGSFPQVLLNLSTLINLSLGLNHLSGEVPSNLGSALPNLEIFELPVNFFHGRIPSSLTNASNLYFLELSNNNFTGLVPRTIGELNKLQMLNLEWNQLQAHREQDWEFLQSLGNCTELQVFSMTGNRLQGHVPSSLGNLSDQLQKLHLAESKLSGDFPSGIANLQNLIIVALGANLFTGVHPEWLGTIKTLQKVSLGSNFFTGAIPSSFSNLSQLGELYLDSNQLVGQLPPSFGTLPILQVLIVSNNNLHGSIPKEIFRIPTIVQISLSFNNLDAPLHNDIGKAKQLTYLQLSSNNISGYIPSTLGDSESLEDIELDHNVFSGSIPASLENIKTLKVLNLSYNNLSGSIPASLGNLQLVEQLDLSFNNLKGEVPTKGIFKNTTAIRVGGNPGLCGGSLELHLLTCSSTPLNSVKHKQFIFLKVALPIAIMTSLVIAISIMWFWNRKQNRQSISSPSFGRKFPKVSYSDLVRATEGFSASNLIGRGRYGSVYQGKLFPERNLVAVKVFNLETRGAGKSFIAECNALKNVRHRNLITILTACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHNLLYSTRDGNGSSNLSYVSLAQRLNIAVDVSDALAYLHHNHQGSIVHSDLKPSNILLDDNMTAHVGDFGLAAVKSDSAASSFGDSSLTSSFAIKGTIGYVAPECAGGGRVSTASDIYSFGIVLLEIFIRRKPTDDMFKDGLSISKYTEINFPDKMLQIVDPQLLRELDICQETSINVEKNEVCCLLSVLNIGLHCTKLVPGERMSMQEI
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|
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_11g0004810 | OsNaBo_11g0004810.04 | Chr11 | 3553178 | 3556786 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atggatagaggagagaggaacctagtccaaatgaaaacacctataagtagcagctggccacaagtacacgacgacctacgcactgctgctgctccaactggcctgcatcgtattctgcaagggtttggtttgtcactcactcctcatgagttagtttctgccagaaagagtgaaaatttaccattgttggacttt |
|||||||
| Protein seq | MDRGERNLVQMKTPISSSWPQVHDDLRTAAAPTGLHRILQGFGLSLTPHELVSARKSENLPLLDF |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A5 | Chr11 | 3555896 | 3556308 | + | OsNaBo_11g0004810.04 | OsNaBo_11g0004810.01,OsNaBo_11g0004810.04 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 4.826402 | 0.871399 | 1.661659 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0173750 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 1.566186 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g07140 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0173900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0004950 | SBH | 0.623089 | 0.000000 | 0.563668 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0004850 | SBH | 0.051975 | 0.000000 | 0.916183 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0004860 | RBH | 0.373688 | 0.0 | 0.783316 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0004820 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0004740 | RBH | 4.526733 | 0.899943 | 2.512842 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0061400 | RBH | 4.575236 | 3.059625 | 1.525088 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0004800 | RBH | 0.000000 | 0.023156 | 0.053376 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0061800 | RBH | 0.3220435 | 0.126046 | 0.0049055 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0004750 | RBH | 0.011960 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0004740 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0004820 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0004840 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0004800 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G004850 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0004770 | RBH | 0.000000 | 2.348453 | 0.000000 |
