Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLiXu_11g0004880 | OGI:11010520 | 16/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:3697934-3713015 | ||||||||
| Gene Symbol | RLCK312, OsRLCK312, RLCK314, OsRLCK314, 25L2, Hwi1 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MVTLAIVILVLYLIWKGKQRTNSISLPSFGREFPKVSYKDLTRATNGFSTSNLIGEGRYGSVYQGQLFQDINVVAIKVFSLETKGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPVLSACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHKLLYSTPHDETSSDLCYISLAQRLSIVVNVSDALAYLHHNHQGTIIHCDIKPTNILLDDNMTAHVGDFGLARFKNDSRQSFGNSHLTSSFAINGTVGYVAPECAGGGQISTAADVYSFGVVLLEIFIRRRPTDDMFKDGLSIAKFTEMNIPDKMLQIVDPQLVQELSLCKEDSVINDENGAQCITAVGQLILVLMACSSHAVICSTFGNGTDQLSLLEFKKAISLDPQQSLISWNDSTNYCSWEGVSCSLKNPGRVTSLNLTNRALVGHISPSLGNLTFLKYLALLKNALSGEIPPSLGHLRRLQYLYLSGNTLQGSIPSFANCSELKVLWVHRNNLTGQFPADWPPNLQQLQLSINNLTGTIPASLANITSLNVLSCVYNHIEGNIPNEFAKLPNLQTLYVGSNQLSGSFPQVLLNLSTLINLSLGLNHLSGEVPSNLGSALPNLEIFELPVNFFHGRIPSSLTNASNLYFLELSNNNFTGLVPRTIGELNKLQMLNLEWNQLQAHREQDWEFLQSLGNCTELQVFSMTGNRLQGHVPSSLGNLSDQLQELHLAESKLSGIANLQNLIIVALGANLFTGVLPEWLGTIKTLQKVSLGSNFFTGAIPSSFSNLSQLGELYLDSNQLVGQLPPSFGTLPILQVLIVSNNNLHGSIPKEIFRIPTIVQISLSFNNLDAPLHNDIGKAKQLTYLQLSSNNISGYIPSTLGDSESLEDIELDHNVFSGSIPASLENIKTLKVLNLSYNNLSGSIPASLGNLQLVEQLDLSFNNLKGEVPTKGIFKNTTAIRVGGNPGLCGGSLELHLLTCSSTPLNSVKHKQFIFLKVALPIAIMTSLVIAISIMWFWNRKQNRQSISSPSFGRKFPKVSYSDLVRATEGFSASNLIGRGRYGSVYQGKLFPERNLVAVKVFNLETRGAGKSFIAECNALKNVRHRNLITILTACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHNLLYSTRDGNGSSNLSYVSLAQRLNIAVDVSDALAYLHHNHQGSIVHSDLKPSNILLDDNMTAHVGDFGLAAFKSDSAASSFGDSSLTSSFAIKGTIGYVAPECAGGGRVSTASDIYSFGIVLLEIFIRRKPTDDMFKDGLSISKYTEINFPDKMLQIVDPQLLRELDICQETSINVEKNEVCCLLSVLNIGLRCTKLVPGERMSMQEVASKVMPIGLLLLVLIAWSSEAVICNSLNESEIDRRSLLEFKKGISMDPQKALMSWNDSTLLCNWEGVLCRVKTPRRVTSLNLTNRGLVGKISPSLGNLTFLKFLLLPTNSLTGEIPSSFGYLHRLQFLYLSNNTLQGMIPDLTNCSNLKAIWLDSNDLVGQIPNILPPHLQQLQLYNNNLTGTIPSYLANITSLKELIFVSNQIEGNIPNEFAKLPNLKVLYAGANKLEGKFPQAILNISTLTGLSLAYNNLSGELPSNLFTYLPNLQDLGLAANLFQGHIPNSLANASKLYMLDIALNYFTGIIPTSIGKLTELSWLNLEHNRLQARSKQDWEFMTSLANCSELNIFSMKDNLLEGHVPSSLGNLSVQLQHLLLGTNKLSGDFPFGIANLPGLTMLGLEDNKFTGIVPEWLGSLQNLQGIELANNFFTGVIPSSLANISMLEELFLESNQLYGYIPSSLGKLNVLSVLSMSNNSLHGSIPEEIFRIPTIRKISLSFNNLDAPLHDDIGNAKQLTYLQLSSNNITGYIPSTLGNCESLEDIELDHNVFSGSIPTTLGNIKTLKVLKLSNNNLTGSIPASLGNLQLLEQLDLSFNNLKGEVPTKGIFKNATAMRVDGNEGLCGGSLELHLLTCSNKPLDSVKHKQSILLKVVLPMTIMVSLVAAISIMWFCKRKHKRQSISSPSFGRKFPKVSYHDLVRATEGFSTSNLIGRGRYGSVYQGKLFEGRNVVAVKVFNLETRGAGKSFIAECNALKNVRHRNLVTILTACSSIDSAGNDFKALVYEFMPQGDLHNLLYSTRDGDGSSNLRNVSLAQRLSIAVDVSDALAYLHHNHQGTIVHSDIKPSNILLNDDMTAHVGDFGLARFKSDSATSSFVNSNSTSSIAIKGTIGYVAPECAEDGQVSTASDVYSFGIVLLEIFIRKKPTDDMFKDGLSIVKYTEINLPEKMLQIVDPQLLQELHICHETPTDAEKNEVNCLLSVLNIGLNCTRLVPSERMSMQEVASKLHGIRDEYLRGD |
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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGP4] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_11g0004880 | OsLiXu_11g0004880.01 | Chr11 | 3697934 | 3712723 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggtgacacttgccatagtgatattggtcctgtatttgatttggaagggaaaacaaaggacaaactcgatatctttgccctcatttggtagagaatttcccaaagtttcttataaagatcttaccagagcaactaatgggttctcaacatccaatttgattggcgaaggaagatatggttctgtataccaaggacagttatttcaagacataaatgtagttgctatcaaagtcttcagtctagagacaaagggagcacaaaagagcttcattgcagagtgtaatgctttgagaaatgtgcggcatcgcaatctggttcctgtcttgtcggcgtgctcaagcattgattcaagtggaaatgacttcaaagcactggtatatgaattcatgccacgaggagacttgcataaattgttgtactcaactccacacgacgaaacatcttcagatctgtgctatatttcactagctcaaaggttaagcattgtggtcaatgtttctgatgcattggcttacctacaccacaaccatcaagggacaattatccattgtgatatcaagcccaccaatattcttttggatgataatatgacagctcatgtcggagactttgggcttgcaaggttcaaaaatgattccagacaatcgtttggtaactcacatttgacctcttcatttgcgataaatggaaccgtaggatatgttgctccagaatgtgccggaggtggacaaatttcaactgctgcagatgtatacagcttcggagttgttctcctcgagatattcataaggaggaggcccacagacgacatgttcaaggatggattgagcattgcaaagttcacagagatgaacatccctgataagatgctgcagattgttgatcctcagctagtacaagagttgagcctctgcaaagaagattcagtcattaacgatgaaaatggagcacaatgtattactgcagttggacagttgatcttggttctgatggcttgcagctcacatgcagtcatctgctcaacttttggaaatggaacagatcagctgtcacttcttgaattcaagaaggcaatcagtcttgatccgcagcaatccttgatctcctggaatgatagcaccaactactgcagctgggaaggtgtctcatgcagtctgaagaatccaggtcgtgtcacctcccttaatcttacaaaccgagctctagtagggcacatctctccttcacttgggaacctaacattcctgaagtatcttgcactgctcaaaaatgcactctctggagaaatccctccttcccttggacatttgcgtcgcctccagtatctttacttgagtggcaacacactgcaaggaagcataccaagctttgcaaactgctcagagctcaaggttctgtgggtgcacagaaacaacctaactgggcagtttcctgcagattggcctcctaatcttcaacagctgcaactttcaatcaataatctgacaggtacaatccctgcttctcttgccaacatcacctcactgaatgtgcttagttgtgtgtataatcacatagaagggaacattccgaatgagtttgcgaagttacccaaccttcagactctttatgtgggttctaatcaactgtcaggtagctttccacaagtcctcttgaatctttctactctcattaaccttagccttggccttaatcatctaagtggagaggttccatccaatctcggtagcgctctgcccaatcttgagatatttgaattgcctgtcaacttctttcatgggcgtattcccagttcactgacaaacgcttccaatttatatttccttgagttatcaaataacaatttcaccggattggtgcctagaacaattggggaacttaacaagctccagatgttgaatcttgaatggaatcagctccaagcacatagagaacaagattgggagtttctgcaaagcttgggcaactgcactgagctacaagttttctccatgactgggaaccgtctacaagggcatgtgcctagttcgttgggtaacctttctgatcaactccaggagctacacttggcagaaagtaaactttcaggtatagcaaaccttcagaacctgattattgtggcgttgggtgctaatctatttacaggtgtgcttccagaatggcttggaaccatcaaaactttgcaaaaggtatctttgggtagcaatttctttactggagccatcccatcatctttctcaaatctgtctcaattgggagaactatatttagactcaaaccagttagttggccaattaccaccaagctttggaaccctcccaatccttcaagtattgattgtctcgaacaataatcttcatggtagcataccaaaggagatcttcagaattccaaccatagtgcaaattagcttatctttcaacaatctagatgcacccctccataatgacattggcaaggcaaaacaactcacatatcttcagctttcatcaaataatatatctggatatattcctagcactttgggtgactctgaaagtttggaagacatagagttggaccacaacgttttcagtggaagcatccctgcatctctagaaaacataaagactctaaaagttctcaacttgtcttacaacaacctgtctggatcaataccggcatcacttggtaacctacaacttgttgaacaactagacctatcattcaacaatcttaagggagaggtcccaacaaaaggtatattcaagaacacaactgctataagggttggtggaaatccaggactttgtgggggttccctggagctacacctactcacttgttctagcactcctttgaattcagttaagcataagcaatttatttttctgaaagtagctctcccaatagctatcatgacttcacttgtcatcgccatctctattatgtggttctggaatagaaaacaaaacagacagtctatttcttcaccttcatttggcaggaaatttcccaaagtttcttacagtgatcttgtgagagcaacagagggattctctgcatccaatttaattggcagaggaagatatggttctgtatatcaggggaaactatttccagagaggaatttggttgccgtgaaagtcttcaatcttgaaacaaggggtgcaggcaagagttttatcgcagaatgtaatgccctgaaaaatgtgcgacatcgtaatctaatcactatccttactgcatgctccagtattgattcatctggaaatgattttaaagccctagtgtatgaatttatgccacgaggggacttacataacttactatactcaactcgagatggcaatggatcttcaaatttgtcctatgtttcccttgctcaaagattaaacatcgcggtggacgtatcagatgcattggcatacctacaccataaccatcaaggaagcattgttcacagtgatctaaaacctagcaacattcttctcgatgataatatgacagctcatgttggagactttggactagcagcattcaaatctgattcagcagcatcatcttttggtgactcaagtttgacttcttcctttgcaataaagggaaccataggatatgttgctccagaatgtgctgggggtggtcgagtttcaaccgcctcggacatctacagctttggaattgttctcctcgagatattcattcgaaggaagccgacagatgacatgttcaaggatggactgagcatctcaaagtatacagagatcaatttccctgataagatgttgcagattgttgacccacagctgctccgagaactagacatctgccaagaaacctcaattaatgttgagaaaaatgaagtgtgttgcctgctttctgtgctaaatattggacttcgttgcaccaagttggtcccgggcgagcgcatgagcatgcaggaggtggcctccaaggtcatgccaattggtctgcttctcctcgtgctcatagcctggagttcagaagctgttatctgcaactccttaaatgaaagtgagatagatcgacggtcacttcttgaattcaagaaaggaatcagcatggatccacagaaagccctcatgtcatggaatgacagcactctcctttgcaattgggaaggagtcttgtgcagggtgaagacgcctcgccgtgtcacttctctgaatcttacaaatcgaggtttagtagggaagatttctccttcacttggaaacctcacatttctgaagtttctgctcctgccaacaaactcgttaactggagagattccttcatcctttggttacctgcatcgcctccaattcctctacttgagtaacaacacattgcaaggaatgatacctgatctgacaaattgttccaacctgaaggcgatatggctggatagtaatgatctagttggacagatacctaatattctccctcctcatcttcaacaattgcagctttacaacaataacctcaccggaaccattccttcttatcttgccaatatcacatctctgaaagaacttatctttgtttccaaccaaattgagggaaacatcccaaatgagtttgccaagttgccgaatctgaaggtcctgtatgccggtgcgaacaaattagaaggtaagtttccacaagccatcttaaacatttctactctcaccggtcttagcctcgcttataataatcttagtggtgagttaccatcaaatctcttcacatatctaccaaatctccaagatcttggtttagccgcgaacctctttcaaggacatatcccaaattcacttgcaaatgcttccaaactatatatgttggatatagcactgaattatttcactggaatcatacctacctccattggcaaacttaccgaactatcatggttaaatcttgagcacaaccgactccaagctcgtagcaagcaagattgggagtttatgacaagcttagccaactgcagtgagctgaacattttctcgatgaaggacaatcttctggaagg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| Protein seq | MVTLAIVILVLYLIWKGKQRTNSISLPSFGREFPKVSYKDLTRATNGFSTSNLIGEGRYGSVYQGQLFQDINVVAIKVFSLETKGAQKSFIAECNALRNVRHRNLVPVLSACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHKLLYSTPHDETSSDLCYISLAQRLSIVVNVSDALAYLHHNHQGTIIHCDIKPTNILLDDNMTAHVGDFGLARFKNDSRQSFGNSHLTSSFAINGTVGYVAPECAGGGQISTAADVYSFGVVLLEIFIRRRPTDDMFKDGLSIAKFTEMNIPDKMLQIVDPQLVQELSLCKEDSVINDENGAQCITAVGQLILVLMACSSHAVICSTFGNGTDQLSLLEFKKAISLDPQQSLISWNDSTNYCSWEGVSCSLKNPGRVTSLNLTNRALVGHISPSLGNLTFLKYLALLKNALSGEIPPSLGHLRRLQYLYLSGNTLQGSIPSFANCSELKVLWVHRNNLTGQFPADWPPNLQQLQLSINNLTGTIPASLANITSLNVLSCVYNHIEGNIPNEFAKLPNLQTLYVGSNQLSGSFPQVLLNLSTLINLSLGLNHLSGEVPSNLGSALPNLEIFELPVNFFHGRIPSSLTNASNLYFLELSNNNFTGLVPRTIGELNKLQMLNLEWNQLQAHREQDWEFLQSLGNCTELQVFSMTGNRLQGHVPSSLGNLSDQLQELHLAESKLSGIANLQNLIIVALGANLFTGVLPEWLGTIKTLQKVSLGSNFFTGAIPSSFSNLSQLGELYLDSNQLVGQLPPSFGTLPILQVLIVSNNNLHGSIPKEIFRIPTIVQISLSFNNLDAPLHNDIGKAKQLTYLQLSSNNISGYIPSTLGDSESLEDIELDHNVFSGSIPASLENIKTLKVLNLSYNNLSGSIPASLGNLQLVEQLDLSFNNLKGEVPTKGIFKNTTAIRVGGNPGLCGGSLELHLLTCSSTPLNSVKHKQFIFLKVALPIAIMTSLVIAISIMWFWNRKQNRQSISSPSFGRKFPKVSYSDLVRATEGFSASNLIGRGRYGSVYQGKLFPERNLVAVKVFNLETRGAGKSFIAECNALKNVRHRNLITILTACSSIDSSGNDFKALVYEFMPRGDLHNLLYSTRDGNGSSNLSYVSLAQRLNIAVDVSDALAYLHHNHQGSIVHSDLKPSNILLDDNMTAHVGDFGLAAFKSDSAASSFGDSSLTSSFAIKGTIGYVAPECAGGGRVSTASDIYSFGIVLLEIFIRRKPTDDMFKDGLSISKYTEINFPDKMLQIVDPQLLRELDICQETSINVEKNEVCCLLSVLNIGLRCTKLVPGERMSMQEVASKVMPIGLLLLVLIAWSSEAVICNSLNESEIDRRSLLEFKKGISMDPQKALMSWNDSTLLCNWEGVLCRVKTPRRVTSLNLTNRGLVGKISPSLGNLTFLKFLLLPTNSLTGEIPSSFGYLHRLQFLYLSNNTLQGMIPDLTNCSNLKAIWLDSNDLVGQIPNILPPHLQQLQLYNNNLTGTIPSYLANITSLKELIFVSNQIEGNIPNEFAKLPNLKVLYAGANKLEGKFPQAILNISTLTGLSLAYNNLSGELPSNLFTYLPNLQDLGLAANLFQGHIPNSLANASKLYMLDIALNYFTGIIPTSIGKLTELSWLNLEHNRLQARSKQDWEFMTSLANCSELNIFSMKDNLLEGHVPSSLGNLSVQLQHLLLGTNKLSGDFPFGIANLPGLTMLGLEDNKFTGIVPEWLGSLQNLQGIELANNFFTGVIPSSLANISMLEELFLESNQLYGYIPSSLGKLNVLSVLSMSNNSLHGSIPEEIFRIPTIRKISLSFNNLDAPLHDDIGNAKQLTYLQLSSNNITGYIPSTLGNCESLEDIELDHNVFSGSIPTTLGNIKTLKVLKLSNNNLTGSIPASLGNLQLLEQLDLSFNNLKGEVPTKGIFKNATAMRVDGNEGLCGGSLELHLLTCSNKPLDSVKHKQSILLKVVLPMTIMVSLVAAISIMWFCKRKHKRQSISSPSFGRKFPKVSYHDLVRATEGFSTSNLIGRGRYGSVYQGKLFEGRNVVAVKVFNLETRGAGKSFIAECNALKNVRHRNLVTILTACSSIDSAGNDFKALVYEFMPQGDLHNLLYSTRDGDGSSNLRNVSLAQRLSIAVDVSDALAYLHHNHQGTIVHSDIKPSNILLNDDMTAHVGDFGLARFKSDSATSSFVNSNSTSSIAIKGTIGYVAPECAEDGQVSTASDVYSFGIVLLEIFIRKKPTDDMFKDGLSIVKYTEINLPEKMLQIVDPQLLQELHICHETPTDAEKNEVNCLLSVLNIGLNCTRLVPSERMSMQEVASKLHGIRDEYLRGD
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_11g0004880 | OsLiXu_11g0004880.02 | Chr11 | 3708892 | 3713015 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atggcttggatctctacaaaatttacagggaatagagttggcaaacaactttttcacaggagttattccatcatccctagcaaacatatctatgttggaagaactctttctagaatccaaccagttatatggatatatacc |
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| Protein seq | MAWISTKFTGNRVGKQLFHRSYSIIPSKHIYVGRTLSRIQPVIWIYT |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 1.214927 | 0.0 | 0.097615 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0173800 | RBH | 0.052822 | 0.000000 | 0.580538 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g07124 | RBH | 0.0 | 0.163019 | 0.173802 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0172300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0004890 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0004930 | RBH | 0.145897 | 1.520357 | 0.670409 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0004920 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0004830 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0004670 | SBH | 1.364498 | 1.938285 | 3.784618 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0061600 | SBH | 0.7394805 | 0.097855 | 1.4294235 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0004810 | SBH | 0.297846 | 0.021683 | 0.170285 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0062000 | SBH | 0.2778095 | 0.5982645 | 5.1810125 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0004750 | SBH | 0.011960 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0004790 | SBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0004790 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0004770 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.561966 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0004850 | RBH | 0.056974 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G004890 | SBH | 0.838538 | 0.000000 | 0.368926 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0004720 | SBH | 0.0 | 2.282363 | 0.223592 |
