Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsZS97_04G0497100		OGI:04041790 \| 16/16			Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU			Chr04:32965304-33014029		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		RLCK159, OsRLCK159, -
DNA seq		TCACCTGCCCTCGTCGATGATGGAGGTGAACAATGGCGAGGGAGTCAGCGGGCTGCCTTCCCCTGCGCCCTGGCTACTCGCCTGGCCGGCGCCGCCATCACCGGAGGACGGCGGCGTCGACGCCGAGCCGACCTGGCTGCTGCCCGTGTGGTGGCAGCTCCCGACCTTGATCTGCCACTCCGTGATGTAGCTCGGCTTTGCGGCATCTTCGGTTATGTCGGCGTCTCCGGTGAGCATGGAGACTACCTTCGACATTGGCAGCCGCTTGTGAGGGGAGCCCTGTGTGCAGAGGAGGGCGACGCGGATGACTCTGATCACCTCCTCGCTGTTGAATTCCGAGAGTTTTGGGTCCACGAAGTCGAGCGGGTGCCCGTTTTCATACAGCTCCCAGACCTGAAACATTGAGAATTTTTAGCAAATTATACATTACAGACTTACAGTGTATCGACATGTATGGTTTGCAATGTAAAGGGGAAAAGGATGAATTCAAGGTGCTCTGTGGATGATGAATTCTGGCCTTACCCTTTCAAATATGTAAGTTCTGTCTTCCTCAAGTGTATTCTGGTAGTTTGATTCACCAGCAACAGTCTCCAACGCGACCACGCCGAATGCAAACACATCAACTTTCTCAGTCATATGACCTCTCATGGCATACTCAGGTGCAAGGTAGCCACTGGGCAAAGTGAAGTCGACCAATGGCAGTTAGAACATATCCGTCAATAGCACAGTAACATAGAACAGTCAGGTGATAGATCACTTACAATGTGCCAGCAACTTTTGTGCTGACGTGAGTTTTCTTGTTATCATAGAGCTTGGCAAGCCCAAAATCTGAAATCTTAGGGTTGAGACCGGCATCTAGCAAGACATTACTGGCCTTTATGTCCCTGTGCACGATGCGGACGGTAGAATCCTCGTGAAGATAAGCTATACCTCTTGCTAGGCCTAAGCATATCTCAAATCTTGTTGGCCAATCCAGGTTCAAGCTTCCCTTTCCTGAAGATAAAGTTTGATGTTTTAAAATTTTGGCATTTAAGTAAAATTCCAAGTCATGTAAAACCAAATAAACTTATACCAAACAGTGCTTGGTCAAGGCTTCCATTCTCCAGATACTCATAAACCAACAGCGGCGTATTGCTCTCAAGGCAGCAACCATACAATGTCACGAGGTTACAGTGTTGTACTCGAGATATAGTTTCGATTTCTGTAGCAAATTGCTTTTTCCCCTGATTAGATGACTGAGAGAGCTGCTTCACTGCCACCGCCCTTCCATCACTTAATCTACCCTGCAAGAAAGTTGCACTTGTCAACTATGCAGGGCATTTCATAATTCAGGGAGTTAAACAAGTTATGCCGATGAATGCACTTGAAAAGGCACTAGTTTACAATAAAAGGCATATCTCTTGAGTTTTGACTTTCCTGTGTACTAATATTTAAATTACCACGAACTTGCTTTCAGCAACCAAATTCAAACATGGCATGCAAATCCAGAAATTTACTACACAAACAGACCTTGTGAACCAATCCATATCCTCCTTCACCAAGTAGGTTACTAGAACTAAAATTTTCCGTAGCTGACCTTAGCTCATTATAACTGAAGACATTTGGTCTTCCAACTATGTTGTACAGCTCTGGAGATTAAATCACAACAAAACTTGTTAGCATAACCTCCACGTCAAGTTGAAGCACACAACGTGACACTGGTATATGAAATACCTTCTAGCTCCAATAATATCTTTCTCTTCTTCTGTCTCCATATAAAGTGTCCAGCAAGTGCAGCCAATGCAAAAACTGCAACACCAACCATAACTACAATGATCACAGCAATTTTGCTCCTGCTCTTGTTGTCTGCAGGGCTACGGACCGTTGGGATGAAGTCTGGAGAAAGCTAACTAAGTCAGAGCATGAAAAGGTTCAAATAAAACTTAAAAAAAATAATATGTACAACTACAAAACATTGATCATGTGTGTTTTGATATTTATATGCGTTTGAAACATATTCATTCAACTTAATTCATCCATAAATTTAAGAGGGATATTTATATATTGGTCTTATAGCCAAATATTTTGCTGGCACAGACTGCTAACTTCATTACAGAGGCTTTTGATCATTCACTTTAGAATTGCATATTCAGTTAAATCTTTAAAACATGATGGAAGTACCTCTAGCACCAAACATGGTGGATCATTGCCCAAAGTTTTTTTTTAGAAAATATCAAAGCATGCATCAGCATGTCACAGTGATGATTTTTTTTTTTCAACCAGAAGAGGTATACCGATATATCTTAGATGACTCCCAAATGGCGTTGTGAACAGTTAGTATAACAGAAATATAGAACGAAAAAAAATTCTAGTTTAGATCAGTACTTGGAGTAGCGCTCAAAGCTGATATTGCAGGCCCATAGTAGCCTTGATGAGGAATGCAGCAAGTACCCTTGCCAGCCCAGAAGAGATGAATCTCAAGGAAATTTTTTGTCACAGGGACAACATACTGCTTCTTAACAACAGTGAAAGATTTCCCTCCTGCTGCCTTTCTTATGTCAAAGTTCTGCTCCTTACGCTCCCCCTATACAAGATACAAAAATGAAGAAAAATAGTTTTGATCAGAGCTAATGAGCTAAAAGCATCAAATACCAGAGAAATTGTAAGTTTGCAGGCCACCTGAATGTAGATCTCAAAAATCCTCCTCCCTCTGCTCCTCCAAGACTGCACATCAGGGAAATCCACCTCGGCAAATTGAAGTGTTACAGTGTAGTTCCCATTCTCAAGTCCAATGCCATAGTATCTCAAAGATGATGGTGACATCCTTGCTGTTTGGAACAGTCCAGAATCTAGTGTATTATCGAACTGGCGTGAACTGTAGATTATGTAACTTCCATTGGGTGGATCCATGAATCTTCCAGTGGTGCTAACACCCCACGTAGGTGTGCCTGCCACATAGTATGATGCAGCACCAAGATTGGCGTTATCAGCCTGATACATGGCATTATCTGAGCCTGATATGGTTCTACTACCACCACAGTCCACCGCGAAAGAGGCAGCTGGAGGAAAAATATCAAATCAAAAGTCTTAGTAATCTGCAACTACGATTTTATAGTTTTGAATTCTCTGAAGTAGGCATATGCACAAAGTTACAGAGATGAAGGCTTACACTTCGGAGAACCGAGAAAACAGGGGGTATTCCGCTGAAGACAATTCAATCCCCATGGCAGACCACTACAGATAGAATACATCACTATTTTAAATTCTATTTACAACTTACAAGCTGAAATGAATATAGTGTTTTACCTAAAGGAGCTAATGGTCTTAATAAGAAAAAAAAATGGTAGCAACTGGCAAGTACCTCATATCAGTGCCATCAATCACAAAGTCATTTGCCACCAAATTCCTTAGAAAATGCACATCAGATATCACTTTTAGATTTTTCTGTCTTTGTAATTTGTATATTCAATCGTAAAGAGGTATATACAGAAGTTTCAAGCCATGAAACATACAGTTGTAAATCTTTCTGGGCAGTCCAAGAAGGAAAGTTTCCTGAGAGGTGGTTGTATGAAAAATCTCTGAAAAGTAACATGGGATATTTTAGAATTAGATCGATACATATTTTGATCATTGAAACAATATGGGAACATACAAGGAAAATATGAACATACAAATTTGAAAGCAGAGGACTTTTCATGGCTGGCAGACTTCCTGAAAGGCTATTATTCCCAAGAAATCTGACTCAAACATGTTTTGGAATAAGATATTTGCAAACATCAGCACACAGCAAAAAGAAAAACATTGTTGCAAAAACAAGGTTAGAATCCCTGCACCAGCACTTACAGAAAAGTAAGAGAAGGAAGATTCACGATTGACGGAGGAATTTGACCTGTGATATTGTTAAAACTCAAATCCCTGCACCAACAATAATGAGTTAGACAACGGCATGGAAAACTTGTTGGAGATTTTTGTGATAGGTGAAAATTCTTACAGTAGATTTAAACTTCCAAACTTGGAGAAGTCCACTGATGCAAGTGAATCAGAAATCCTGCTGTTTCTCAAGACACTGAAAGACAAAAAGTTAAATTCTTAAGATCTTAAACTGTTACGAGAAGTAAAGTGGTGTGAAAGTGCCGTACAGATCACCCAAAGATGTCATGCTTCCAATGAACGCCAGTGAAGAGCTTCCATTTACTATATCCCCTATTCTTCTGTTAAATTGGGACAATCAATGCTTCTATCACTGCCATAAGCTTATGTTTGCAACAAAAACACAGTCATTGTCACTGAAACACTAGGAACTTACAAGCTTCTCAACTTGACAAGATTATATAAGCTTCTAGGAATAGGACCTTGAAAAGAGTTCCCTTGGAGCCTCCTAAAAATAGACATATGTTTGGTCATAAATAAGCAACGCGGACTATTCTAGCTCTTCGTGAGAAACAAGATGCATTTCACATAAACATTTCATGCTAGCAAAACATGCACAGCATTTCCTTGCTATTTGTGCCAAGAGAACAGTTAGAAAAAAAAGGGGTTAAATATCGGTAATTGGCCAAAGATAGATCTTACAGTTGGGTTAAGTTGGTCAAACTCCCAAGATAATCAGGTATTTGCCCAGTGAAATTATTATCCAATGCCCACCTGGATGCACAATGACAATGGTGTCCATAATTATTTGTTGAAATTTCATGAGAAACAATAAAATCCCAAACACTGCTTTGCGAAATTACAAGGTGGACAGGTTCGTAAGTTGTGATAAAGTCGTTGGTAGAGGACCACTGAAGTCGTTACTATCAATGTACCTACAATTCAGACATACAACTTCATTCAAGCAGATGATTGTCACCTCTAAACAACAAACAAAAACTGATGATCATATAAAATAAAATGAAAACAAGACCAAACGGATAACTTACAGCTGTTGAAGTTTTGTCAATTTACCCAGCTCATCGGGAAGTGATCCATTAAAATTATTTGAGCCCAATGCCCTGAGAGTATAAGATTTTAAATAGG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Protein seq		MRRFIRSRVRRQIHLHGSVLLIILLLLAAAVAQAQQAPTTRTDPTEAAALNAVFAKLGQKAQPSWNITGDPCTGRATDGSSTEDDSFNPAITCDCTDQNGTVCHITKLKIYAMDASGPIPEELRNLTRLTNLYELSAFFHGMELRTKYFDWAYSIIHRGVDSYAVHGFQNSELKGLGSNNFSGPLPSELGNLDKLTELWASDNNFTGKIPDYIGSWNLTDLRFQGNSFQGSIPATLSKLVQLTNLRIGDIENGSSSLAFISNMTSLSILDLSFNNITGQVPEAMLGLECLQRNTPCFLAASFAVNCGSNRSISGSDNYVYQADGVSLGAAQYYVTGETKWGVSSVGKFMDAPSNGIYIFNSSRQFQSTLDPELFQTARLSPSSLRYYGIGLENGNYTVTLQFAEIEFEDTKSWKSLGRRVFDIYIQGERKERNFDIRKATGGKSYTAVKKQYLIPVTKNFVEIHLFWAGKGTCCIPAQGYYGPSISALSLKPTLAAIFLWMQKRRKLSLEQQELYCIVGRPNVFSYGQLRSATENFNFSNRLGEGGYGAVYKGKLTDGRVVAVKQLSQTSNQGKQQFATEIETISRVQHRNLVKLYGCCLEGKHPLLVYEYLENGSLDKALFGTEKLNIDWPARFEICLGIARGLAYLHEESSIRVIHRDIKASNVLLDANLNPKISDFGLAKLYDDKKTHVSTKVAGTFGYLAPEYAMRGRMTEKVDVFAFGVVLLEILAGRPNYDDALEEDKIYIFEWAWDLYENNNPLGLVDPKLEEFNREEVLRAIRVALLCTQGSPHQRPPMSRVVTMLAGDVEAPEVVTKPSYITEWQLKGGDTSYLDSELAVELGAGRTGLAADLVAVLELRRLGWRLHCRLHCRHRLAAHRFSSPGRGGEVSRRKMGWRMAVSRLLHGCVLVLLLAAAVVQAQRAATRTDPTEAAALNAVFAKLGQQAQSSWNLSGDPCTGRATDGSAIDDTSFNPAITCDCTFQNSTICRITKLKIYAVDASGQIPEELRNLTRLTDLGLGSNHFNGSLPTELGNLINLQELYIDSAGLSGPLPSSLSKLTRMQILWASDNNFTGQIPDYIGSWNLTDLRFQGNSFQGPIPAALSNLVQLSSLRIGDIENGSSSSLAFISNMTSLSILILRNCRISDNLVSLDFSKFASLSLLDLSFNNITGEVPATLLVSYLQGWHAFREIHPAFLVLHTSSFAVNSGSNRFISGSDNLRYETDDVNLRAASYYVTGAPTWGVSNVGKFMEAPNGSYIIYSSRQFQNTLDSELFQTSRMSPSSLRYYGIGLENGNYTVTLQFAEFGIEDTQSWKSLGRRGERKEKNFDIRKTAGDKSYTVVKKQYKVPVTKNFLEIHLFWAGKGTCCIPTQGYYGPTISALSVIPADFTPTVGNTAQKNKSTSKTGVIVGVVVGVTVLGLVALVGIFMWRQKRRKLSLEQQELYSIVGRPNVFSYSELRSATENFSSSNRLGEGGYGAVYKGKLTDGRVVAVKQLSQTSHQGKKQFATEIETISRVQHRNLVKLYGCCLEGNNPLLVYEYMENGSLDKALFGTEKLTIDWPARFEICLGIARGLAYLHEESSIRVVHRDIKASNVLIDANLNPKISDFGLAKLYDDKKTHVSTKVAGTFGYLAPEYAMRGHMTEKVDVFAFGVVLLETLAGRPNYDDTLEEDKIYIFEWAWELYENNNPLGLVDPKLKEFNREELLRAIRVALLCTQGSPHQRPPMSRVASMLAGDVEVPDVLTKPSYITEWQIKGGNTSFANSAVSGQSSSAPGSASEQQGSSLFLNSVIPEGRGQMVCETVSFAVQCSSQRASLSTPEDIIHLTFRQFVTGSARLIASLLPETEASRRLKVKEGDDEGEPSPPPWRCAPAASCSRGCSGSAAAALNAVFAKLGQQAASTWNLSGDPCTGAATDGTPIDDNPNFNPAIKCDCTFQNNTICRITKLKIYALDVPGTIPQELRNLTRLTHLNLGQNILTGPLPSFIGELTNMQNMGLGSNRFNGSLPSELGNLDKLQELYIDSAGLSGPLPSSFSKLTRMQTLWASDNDFTGQIPDYIGNWNLTDLRFQGNSFQGPIPSALSNLVQLSSLRIGDIENGSSSSLAFIGNMTSLSILILRNCKISDNLASIDFSKFASLNLLDLSFNNITGQVPTTLLGLNLLNSLDFSYNQLSGNFPPWASGKNLQLNLVANNFGLHAFKEIHHVLQTSSFAVDCGSNRLISGSDNFRYQTDDASLGAASYSVTGEPTWGVSNVGKFMDAPNGSYIIYSSRQFQNTLDSELFQTSRMSPSSLRYYGIGLENGNYTVTLQFAEFGIEDTQSYKSLGRRVFDIYLQGERQEKNFDIRKAAGDKSYTVVKKSYKVPVTKNFLEIHLFWAGKGTCCIPGQGYYGPTISALSVTPADFTPTVGVVAEQNKSTSKTRVIVGVVVGVAVLGLVALVAIFMWRQKRRKLSLEQQELYSIVGRPNVFSYSELRSATENFSSNNRLGEGGYGAVYKGKLNDGRVVAVKQLSQTSHQGKKQFATEIETISRVQHRNLVKLYGCCLEGNNPLLVYEYMENGSLDKALFGTEKLNIDWPARFDICLGIARGLAYLHEESSIRVVHRDIKASNVLLDANLSPKISDFGLAKLYDDKKTHVSTKVAGTFGYLAPEYAMRGHMTEKVDVFAFGVVLLETLAGRPNYDDTLEEDKIYIFEWAWELYENNNPLGIVDSNLREFNRVEVLRAIHVALLCTQGSPHQRPPMSRVVSMLTGDTEVTDVLMKPSYITEWQIKGGNTSFANSAVRGQSSSAPGSTSQQASSVFLNSIIQEGRLSYCCYLHGCLCVLVLLLCSWRAADAQAQQPPPHTDPTEAAALNAMMARLGLSAPPSWNISGDPCSGAATDDTPLDDNPAFNPAIKCDCSDHNNTLCHITRLKINTLDVVGPIPEELRNLTHLIKLDFRKNYFTGPLPAFIEELTALKYITVGINALSGPIPKELGNLTNLVSLALGSNNFNGSLPDELGKLTKLQQLYIDSNDFSGPLPTTLSQLTNLSTLWALDNNFTGQIPDYLGSLTNLTQLVLRNSRISDSLASVDFSKFGSLNLLDLSFNNITGQIPPSIVNLPSLTFLFLGNNSLSGSLPAMKSPLLSNLYVHIFLRFFIQPPLRKLSFLDCPERFTTWSAMGIELSSAEYPLFSRFSEITKTFDLIFFLQLPLSRWTVVADNANLGAASYYVAGTPTWGVSTTGRFMDPPNGSYIIYSSRQFDNTLDSGLFQTARMSPSSLRYYGIGLENGNYTVTLQFAEVDFPDVQSWRSRGRRIFEIYIQVACKLTISLGERKEQNFDIRKAAGGKSFTVVKKQYVVPVTKNFLEIHLFWAGKGTCCIPHQGYYGPAISALSATPNFIPTVRSPADNKSRSKIAVIIVVMVGVAVFALAALAGHFIWRQKKRKILLELEELYNIVGRPNVFSYNELRSATENFSSSNLLGEGGYGLVHKGRLSDGRAVAVKQLSQSSNQGKKQFATEIETISRVQHCNLVTLYGCCLESNTPLLVYEYLENGSLDQALFGKGSLNLDWPTRFEICLGLARGIAYLHEDSTVRIVHRDIKASNVLLDAGLNPKISDFGLAKLYDNKKTHVSTKVAGTFGYLAPEYAMRGHMTEKVDVFAFGVVALETVAGESNYQNTLEEDRTYIFERVWELYENGHPLDFVDPKLSEFNSEEVIRVIRVALLCTQGSPHKRLPMSKVVSMLTGDADITEDAAKPSYITEWQIKVGSCHHTGSSQVGSASTPPSSGDGGAGQASSQGAGEGSPLTPSPLFTSIIDEGR
Function		Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
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Strand

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Expression

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ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_04g0026750	RBH	0.767228	0.378999	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_04g0027050	RBH	4.165082	21.620441	9.249182
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_04G0492500	RBH	0.2865575	2.573822	0.459313
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_04g0025870	RBH	0.074286	0.243259	0.219068
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_04G0210100	SBH	0.0147545	0.879504	0.2396305
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_04g0026280	RBH	0.388759	0.306683	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_04g0026110	RBH	0.164607	18.463884	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_04g0026150	RBH	6.280768	28.330269	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_04g0026620	RBH	1.068267	0.108958	0.231745
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_04g0026780	RBH	0.0	0.610552	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_04G026000	RBH	1.069878	3.189906	1.895100
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_04g0025890	RBH	5.244827	65.479820	3.933135

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