Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_04g0026280 | OGI:04041790 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr04:32724759-32773361 | ||||||||
| Gene Symbol | RLCK159, OsRLCK159, - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_04g0026280 | OsLima_04g0026280.02 | Chr04 | 32724759 | 32753492 | - | NAM | ||
| CDS seq | 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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_04g0026280 | OsLima_04g0026280.01 | Chr04 | 32754545 | 32773361 | - | NAM | ||
| CDS seq | atggctctctctgtgctcctgctgcttcttgcagcggttgctcaggctcagaaagcaccgacggcgacgactgatcggattgaggcggaggcgctgaaggctgtgttcgacaagctcaaccagaaggcggaatggaacaccaccggtgatctgtgcagcggcacggcgacggacggcaccgacatcaacgactccagcatcaacccggccatcaagtgcgactgctccgaccagaacaacaccgtgtgccacatcaccgggctgaagatatatgccaaggatgcaaatggccagataccaggagagctgcggaacctcacacatttaacctatctgaatttatcaaaaaatttgttgaaagggcctattccaccgttcattggggagttgactgctatgcagtacatttttatgtggctgacatgcactaatttggggtatgttttcaggggcatcggctcaaacagttttagcggcttccttccttcagaactggggaatctgttcaaacttgagcaattgtacattgacagtgctggtttaagtggaccgctaccatcatcgtgggcatcggataataattttactgggcaaataccagattacattggaggctggaatttaactgacctgcggtttcaaggaaataatttccatggtccacttcctgctactctttctaatcttgtccaattaacaaacttggttttgaggaactgcaggatatctgataatcttgcatcgatcaacttttcgaacttctcgaatttaaccctactggatttgagttttaacaatatcactggcctagtaccacaaaccctgttgaatctgaattctctcaactacctgaagccttccaagctcaaagggaccttcacttacaaatttgtatttggtggcaaacaattttgtgatcgacagatccaacagtgtcttgcctttgggactggagtgccttcagcgaaatacaacctgttctcttggtccactttcccctttgctgtgaactgtggtggctataggtccatgatagactcagagaacatttaccaaactgatgacgccagtcttggacctgcatcatgttatgtgaaaaacacaagtccaccaatatgggtcgttagcaatgttggaaagttcatggatgcatcagataggaattacacaatcttctctggaagccagtctcagaatacactagcttcagaactgttccaaagtgcaagagtgtcgccatcgtctttaagatattatggtattggacttgagaatggaaactatactgggGagcgtaaggagcagaattttgacatcaggaatgcagtaggtggtaaatctaacacggctattaagaaggattacattattcatgtcaccaaaaatatcattgagattcatcttttctgggctggcaagggcacttgctgcattccttatgaaggctactatggtccttctatctcagctctgagtgtaacccCaatggacttgatgtcagatttcacccctggggcacataatgctgcacagaagaatagtagtagtaaaaaaggtgtaattgttggggttgtaactggtgtgacagttttagggttggtagcacttgctgcaatttttatgtggatgcagaaaaggagaaagctatccctggagcaacaagaactgtacagtatTgttggaagacctaatgtattcagttatggtgaactaaggtcgggaactgaaaattttagctccagtaaccttcttggtgaaggaggatatggaagtaggagattgaacctggactgggcaacgcgctttgagatattcttaggcattgcaaggggtctggcttatctccacgaagagtccagaatccgtgttgttcacagggacatcaaggctagcaatgtcctactcgacaccaatctcaatcctaagatctcagattttgggctggccaaactttatgatgacaagacgacacatgtcagcacgaaagtagctggtacatttggttatcttgcacctgagtacgccatgagaggtcacatgactgagaaagttgatgtgtttgcatttggtgtggtcttattggagactttagctggacggccaaactacgatgatgcgcttgaagaagataaggtgtggcggctgtacgagagcgaccgcgctcttgacatcgtagacccagacctcacagaattcaacagcgaggaggtgctccgcgccatccacgtggccctcctctgcacccagggctcacctcaccggcggccgtccatgtcgagggtggtggcgatgctcaccggcgacgccgagctgggcgaggtggcggcgaagcccagctacatcacggagtggcagatcaagggcggcggcaccaccaccaccggctcctcgtccacgagcagcagcgccgccaacgggcagtggagctcggcgccgccgccgccgagggccacctcctcgccgaagatgtcgtcgccgttcttgagctccgtcgtcgacgaaggcaggtcgagggtgaggaggcagatacacctccatggctctgtgttgctcatcatcctgctgcttcttgcagcagcggttgctcaggctcagcaggcaccgacCACgaggactgatcccactgaagcggcggcgctgaacgcggtgttcgccaagctcgggcagaaggcgcagccgtcatggaacatcaccggcgacccctgcaccggccgcgccacggacggctcctccacggaagacgacagcttcaacccggccatcacctgcgactgcaccgaccagaacggcaccgtctgccacatcaccaagctgaagatatacgccatggatgcgtctgggccgataccagaagagctgaggaacctcacccgcttgaccaatctgggtttgggctcaaacaattttagtggccccCttccttcagaactgggGaacctggacaaacttacgggattgtgggcatcagataataattttactgggaaaataccagattatatcgggagctggaatttaacagacttgcgatttcagggcaattcttttcaaggttcaattccagctactctttctaaacttgtccaactaactaacttacgaatcggtgatattgaaaatggaagctcttcactggcattcatcagtaacatgacatctttgagcatactggatttgagttttaacaatatcactggtcaagtaccagaagccatgttgggtttgaattcgctcaacttcttagatttttcttacaaccagctctcaggaaattttccttcttgggcaaatgagaagaatttacaattgaatttggtggcaaacaattttgtgctcgataattccaataacagtgtcttaccttcaggGctggagtgccttcagagaaacacgccctgctttcttgctgcctcctttgctgtgaattgtggtagcaacagatccatatcaggctcggataattacgtgtatcaagctgatggtgtcagtcttggagctgcacaatattatgttacaggagagacaaaatggggtgttagcaatgttggaaagttcatggatgcaccatcaaacggaatttacatattcaacagctcacgccagtttcagagcacactggatccagaactgttccaaactgcaaggctgtcaccatcatcttTacgatactatggtattggacttgagaatggaaactatactgtcacacttcaatttacagagattgagttcgaagatacaaagtcttggaagagcttagggagaagggtttttgatatatatATccagggcgaacgtaaggagaggaactttgacatcaggaaggccacaggcggtaaatcttacactgctgttaagaagcagtacctcatccctgtcaccaaaaactttgttgagattcatctcttctgggctggcaagggcacttgctgcattcctgctcaaggctactatgggccctctatctcggctctgagtttaaaaccaacacttgctgcaatctttctgtggatgcagaaaaggagaaagctatcattggagcaacaagagctgtactgtattgttggaagacctaatgtattcagttatggtcaActaaggtctgcaactgaaaattttaatttcagcaaccgccttggtgaaggaggatatggggctgtttataagggtaagttaactgatggaagggtagtggcagtaaaacagctatctcagacatctaatcaagggaaacaacaatttgcgactgaaatagaaactatatctcgagtgcaacaccgtaatcttgtgaagttgtatggttgctgccttgaaggcaaacatccactgctggtttatgagtacttggagaatggaagccttgataaagcactatttggaactgagaaattgaacattgactggccagcacgttttgagatatgcttaggcattgcaagaggtctggcttatcttcatgaagagtccagcatccgtgttattcacagggacatcaaggccagtaatattttagctggccgaccaaactatgatgatgcgcttgaagaagacaagatttatattttcgaatgggcctgggatctgtacgagaacaacaaccctctgggcctcgtagacccaaagctcgaggagttcaaccgggaggaggtgctccgtgccatccgcgtcgccctcctctgcacccagggctcgcctcaccagcggccgccaatgtcgagggtcgtgacgatgctcgccggcgacgtcgaggcgccggaggtggtgacgaagccgagctacatcacggagtggcagctcaagggcggcgacaccagctacttggacagcgaagtcagctggcagtcgagctcggcgccgggaggaccggcctcgccgcggacctcgtcgccgttcttgagctccgtcgactag
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| Protein seq | MALSVLLLLLAAVAQAQKAPTATTDRIEAEALKAVFDKLNQKAEWNTTGDLCSGTATDGTDINDSSINPAIKCDCSDQNNTVCHITGLKIYAKDANGQIPGELRNLTHLTYLNLSKNLLKGPIPPFIGELTAMQYIFMWLTCTNLGYVFRGIGSNSFSGFLPSELGNLFKLEQLYIDSAGLSGPLPSSWASDNNFTGQIPDYIGGWNLTDLRFQGNNFHGPLPATLSNLVQLTNLVLRNCRISDNLASINFSNFSNLTLLDLSFNNITGLVPQTLLNLNSLNYLKPSKLKGTFTYKFVFGGKQFCDRQIQQCLAFGTGVPSAKYNLFSWSTFPFAVNCGGYRSMIDSENIYQTDDASLGPASCYVKNTSPPIWVVSNVGKFMDASDRNYTIFSGSQSQNTLASELFQSARVSPSSLRYYGIGLENGNYTGERKEQNFDIRNAVGGKSNTAIKKDYIIHVTKNIIEIHLFWAGKGTCCIPYEGYYGPSISALSVTPMDLMSDFTPGAHNAAQKNSSSKKGVIVGVVTGVTVLGLVALAAIFMWMQKRRKLSLEQQELYSIVGRPNVFSYGELRSGTENFSSSNLLGEGGYGSRRLNLDWATRFEIFLGIARGLAYLHEESRIRVVHRDIKASNVLLDTNLNPKISDFGLAKLYDDKTTHVSTKVAGTFGYLAPEYAMRGHMTEKVDVFAFGVVLLETLAGRPNYDDALEEDKVWRLYESDRALDIVDPDLTEFNSEEVLRAIHVALLCTQGSPHRRPSMSRVVAMLTGDAELGEVAAKPSYITEWQIKGGGTTTTGSSSTSSSAANGQWSSAPPPPRATSSPKMSSPFLSSVVDEGRSRVRRQIHLHGSVLLIILLLLAAAVAQAQQAPTTRTDPTEAAALNAVFAKLGQKAQPSWNITGDPCTGRATDGSSTEDDSFNPAITCDCTDQNGTVCHITKLKIYAMDASGPIPEELRNLTRLTNLGLGSNNFSGPLPSELGNLDKLTGLWASDNNFTGKIPDYIGSWNLTDLRFQGNSFQGSIPATLSKLVQLTNLRIGDIENGSSSLAFISNMTSLSILDLSFNNITGQVPEAMLGLNSLNFLDFSYNQLSGNFPSWANEKNLQLNLVANNFVLDNSNNSVLPSGLECLQRNTPCFLAASFAVNCGSNRSISGSDNYVYQADGVSLGAAQYYVTGETKWGVSNVGKFMDAPSNGIYIFNSSRQFQSTLDPELFQTARLSPSSLRYYGIGLENGNYTVTLQFTEIEFEDTKSWKSLGRRVFDIYIQGERKERNFDIRKATGGKSYTAVKKQYLIPVTKNFVEIHLFWAGKGTCCIPAQGYYGPSISALSLKPTLAAIFLWMQKRRKLSLEQQELYCIVGRPNVFSYGQLRSATENFNFSNRLGEGGYGAVYKGKLTDGRVVAVKQLSQTSNQGKQQFATEIETISRVQHRNLVKLYGCCLEGKHPLLVYEYLENGSLDKALFGTEKLNIDWPARFEICLGIARGLAYLHEESSIRVIHRDIKASNILAGRPNYDDALEEDKIYIFEWAWDLYENNNPLGLVDPKLEEFNREEVLRAIRVALLCTQGSPHQRPPMSRVVTMLAGDVEAPEVVTKPSYITEWQLKGGDTSYLDSEVSWQSSSAPGGPASPRTSSPFLSSVD
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_04g0026280 | OsLima_04g0026280.03 | Chr04 | 32766710 | 32768654 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | atggtattggacttgagaatggaaactatactgtcacgcttcaatttgcagagcttggtttcacagactctcaatcttggacaggcacagggagaagggtctttgatatatatgtccaagggGagcgtaaggagcagaattttgacatcaggaatg |
|||||||
| Protein seq | MVLDLRMETILSRFNLQSLVSQTLNLGQAQGEGSLIYMSKGSVRSRILTSGM |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A5 | Chr04 | 32767111 | 32768393 | - | OsLima_04g0026280.03 | OsLima_04g0026280.03,OsLima_04g0026280.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.388759 | 0.306683 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_04g0616600 | RBH | 0.455917 | 1.254487 | 0.557158 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g52614 | RBH | 0.206819 | 0.452704 | 0.423533 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os04g0616600 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_04g0026560 | RBH | 0.431785 | 2.766697 | 1.430352 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_04g0027340 | RBH | 0.087790 | 2.043086 | 1.179086 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_04g0027070 | RBH | 4.737163 | 31.328411 | 8.384205 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_04g0026750 | RBH | 0.767228 | 0.378999 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_04g0027040 | RBH | 3.099421 | 7.380616 | 2.684844 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0492500 | RBH | 0.2865575 | 2.573822 | 0.459313 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_04g0025860 | RBH | 0.388789 | 2.995223 | 0.101723 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0497100 | RBH | 5.1998375 | 90.3632885 | 9.530799 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0006210 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_04g0026110 | RBH | 0.164607 | 18.463884 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_04g0026150 | RBH | 6.280768 | 28.330269 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_04g0026620 | RBH | 1.068267 | 0.108958 | 0.231745 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_04g0026780 | RBH | 0.0 | 0.610552 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_04G026000 | RBH | 1.069878 | 3.189906 | 1.895100 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0025890 | RBH | 5.244827 | 65.479820 | 3.933135 |
