Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsNaBo_04g0025890 OGI:04041790 | 16/16 NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr04:31081855-31138586
Gene Symbol RLCK159, OsRLCK159, -
DNA seq

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Function Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_04g0025890 OsNaBo_04g0025890.04 Chr04 31081855 31118490 - NAM
CDS seq

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_04g0025890 OsNaBo_04g0025890.07 Chr04 31098941 31107039 - IsoSeq
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tttagccacttctcgttggccgtgcgttgcatctgggacaatgttcgtcgcagcgtgcgtccctttctacgcccgaggatatcatccatctcacctttcgtcagttcgtcaccggctcggctcggctcatcgcttcgcttctcccagaaacggaggcgagcagaaggctcaaggtcaaggagggagacgatgagggtgagccatctcctcctccatggcggtgtgctcctgctgcttcttgcagccgcggctgttcaggctcagcgggtagcaacgaggactgatccgactgaagcggcggcgctgaacgcggtgttcgcgaagctcgggcagcaggcggcgtcgacatggaacctcagcggcgacccttgcaccggcgccgccacggacggcacccccatcgacgacaaccccaacttcaacccggccatcaagtgcgactgcaccttccagaacaacaccatctgccggatcaccaagctgaaaatatatgccttagatgtacctggcacgataccacaagagctgcggaacctcacgcgcttgacccatctgaatttagggcaaaatatattaacagggcctttaccatcattcattggggagttgactaatatgcagaacatgacatttcgcatcaattcattatctggacctattccaaaggagctcggtaaccttacgaatcttgtatcactgggtttaggctcaaacaggtttaatggctcccttccttcagaactggggaacctggacaagcttcaggaattgtacattgacagtgctggcttaagtggtccactaccatcatcattttccaagcttacaagaatgcaaacattgtgggcatcagataatgattttacaggacaaataccagattatatcgggaactggaatttgacagacctgcggtttcaaggaaattcttttcaaggtccaattccttctgctctttctaatcttgtccaactatcaagcttacgaatcggtgatattgaaaatggaagctcttcttcactggcattcatcggtaacatgacatcgttgagcatcctgattttgaggaactgtaagatatctgataatcttgcatcaatagacttttcgaagtttgcaagtttaaacttactggatttgagttttaacaatatcactggtcaagtaccaaccaccctgttgggtctgaatttgctgaactccttatttcttgggaataatagtctttcaggaagccttccaagctcaaaaggaccttcactttcaactttagatttttcttacaaccagctctcaggaaattttcctccatgggctagtgggaaaaatttacaattgaatttggtggcaaacaatttcgtgattgatagctccaataacagtgtcttaccttcagggcttgcatgccttcaaagaaatacaccatgttttcttggttctccaaagtcttcctcctttgctgtggactgtggtagcaatagactaatatcaggctcagataattttaggtatcaaactgatgatgctagccttggagctgcatcatattctgtcacaggagaaccaacatggggtgttagcaacgttggaaagttcgtggatgcaccaaatggaagttacataatctacagctcacgccagtttcagaacaccctagattcagaactgttccagacttcaaggatgtctccatcatctttaagatactatggtattggacttgagaatggaaactatacagtcactcttcaatttgcagagtttgggatcgaagacacgcagtcttataagagcctagggagaagggtttttgatatatatctccagggtgaacgtcaggagaagaactttgacatcaggaaggcagcaggcgataaatcttacactgttgttaagaagtcatataaagttcctgtgaccaaaaacttccttgagattcatctcttctgggctggcaagggcacttgctgcattcctggtcaaggctactatgggcccactatctcggctttgagcgtaacccctgcagatttcacccctacggtgggtgtcgtggcagaacaaaacaagagtactagtaaaacacgtgtaattgttggcgttgtggttggtgtggcagttttaggtctggtagcacttgttgcaatttttatgtggagacagaaaaggagaaaactgtcactggagcaacaagagctatacagtattgttggaagacctaatgtattcagttatagtgaactaaggtctgcaactgaaaattttagttccaacaaccgtcttggtgaaggaggatatggggcagtttataagggtaagttaaatgatggaagggtagtggcagtgaagcaactatctcaaacatctcatcaaggaaaaaagcaatttgcaacggaaatagaaactatatcccgagtgcaacaccgtaatctcgtgaagttatatggttgctgccttgaaggcaataatccactgctggtttatgagtacatggaaaatggaagccttgataaagcactctttggaactgagaaattaaacatagattggcctgcacgttttgacatatgcttaggcattgcaagaggtctggcttatcttcatgaagagtccagcatccgtgtcgtgcacagggacatcaaggccagcaatgtcttacttgacgccaatctcaatcctaagatctcggatttcgggctagccaaactttatgatgacaagaagacgcatgtcagcacgaaagttgctggtacattcggttatcttgcacctgagtacgccatgagaggtcatatgactgagaaagttgacgtctttgcatttggcgtggtcttattggagactttagctggacggccaaactacgatgatacacttgaagaagataagatttacattttcgaatgggcctgggagctgtacgagaacaacaaccctctgggcattgtagactcaaatctcagagaattcaacagggtggaggtgctccgggccatccacgtcgccctcctctgcacccagggctcacctcaccagcggccgcccatgtcaagggtcgtgtcaatgctcaccggcgacaccgaggtcaccgatgtattgatgaagccgagctacatcaccgagtggcagatcaagggcggcaacaccagcttcgccaacagcgccgtccgcgggcagtcgagctcggcgccaggatcgacgtcgcagcaagcctcgtcggtgttcttgaactccatcatccaggaaggc

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Protein seq

FSHFSLAVRCIWDNVRRSVRPFLRPRISSISPFVSSSPARLGSSLRFSQKRRRAEGSRSRRETMRVSHLLLHGGVLLLLLAAAAVQAQRVATRTDPTEAAALNAVFAKLGQQAASTWNLSGDPCTGAATDGTPIDDNPNFNPAIKCDCTFQNNTICRITKLKIYALDVPGTIPQELRNLTRLTHLNLGQNILTGPLPSFIGELTNMQNMTFRINSLSGPIPKELGNLTNLVSLGLGSNRFNGSLPSELGNLDKLQELYIDSAGLSGPLPSSFSKLTRMQTLWASDNDFTGQIPDYIGNWNLTDLRFQGNSFQGPIPSALSNLVQLSSLRIGDIENGSSSSLAFIGNMTSLSILILRNCKISDNLASIDFSKFASLNLLDLSFNNITGQVPTTLLGLNLLNSLFLGNNSLSGSLPSSKGPSLSTLDFSYNQLSGNFPPWASGKNLQLNLVANNFVIDSSNNSVLPSGLACLQRNTPCFLGSPKSSSFAVDCGSNRLISGSDNFRYQTDDASLGAASYSVTGEPTWGVSNVGKFVDAPNGSYIIYSSRQFQNTLDSELFQTSRMSPSSLRYYGIGLENGNYTVTLQFAEFGIEDTQSYKSLGRRVFDIYLQGERQEKNFDIRKAAGDKSYTVVKKSYKVPVTKNFLEIHLFWAGKGTCCIPGQGYYGPTISALSVTPADFTPTVGVVAEQNKSTSKTRVIVGVVVGVAVLGLVALVAIFMWRQKRRKLSLEQQELYSIVGRPNVFSYSELRSATENFSSNNRLGEGGYGAVYKGKLNDGRVVAVKQLSQTSHQGKKQFATEIETISRVQHRNLVKLYGCCLEGNNPLLVYEYMENGSLDKALFGTEKLNIDWPARFDICLGIARGLAYLHEESSIRVVHRDIKASNVLLDANLNPKISDFGLAKLYDDKKTHVSTKVAGTFGYLAPEYAMRGHMTEKVDVFAFGVVLLETLAGRPNYDDTLEEDKIYIFEWAWELYENNNPLGIVDSNLREFNRVEVLRAIHVALLCTQGSPHQRPPMSRVVSMLTGDTEVTDVLMKPSYITEWQIKGGNTSFANSAVRGQSSSAPGSTSQQASSVFLNSIIQEG

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
SE Chr04 31114727 31115990 - OsNaBo_04g0025890.06,OsNaBo_04g0025890.05,OsNaBo_04g0025890.01 OsNaBo_04g0025890.05,OsNaBo_04g0025890.01,OsNaBo_04g0025890.04,OsNaBo_04g0025890.06 All
A5 Chr04 31095742 31099038 - OsNaBo_04g0025890.06 OsNaBo_04g0025890.01,OsNaBo_04g0025890.02,OsNaBo_04g0025890.06,OsNaBo_04g0025890.04,OsNaBo_04g0025890.05 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 5.244827 65.479820 3.933135

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
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Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g52606 RBH 0.118893 0.040288 0.659019
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os04g0616200 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_04g0026560 RBH 0.431785 2.766697 1.430352
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_04g0027340 RBH 0.087790 2.043086 1.179086
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_04g0027080 RBH 0.562506 3.908379 3.085461
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_04g0026760 RBH 0.027891 0.127751 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_04g0027050 RBH 4.165082 21.620441 9.249182
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_04G0492500 RBH 0.2865575 2.573822 0.459313
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_04g0025850 RBH 0.0 0.000000 0.016270
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_04G0497100 RBH 5.1998375 90.3632885 9.530799
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_04g0026280 RBH 0.388759 0.306683 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_04g0026110 RBH 0.164607 18.463884 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_04g0026140 RBH 0.0 2.241474 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_04g0026620 RBH 1.068267 0.108958 0.231745
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_04g0026800 RBH 0.040776 1.921849 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_04G026010 RBH 0.146387 0.396267 0.890258
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_08g0006230 RBH 6.022739 0.000000 0.0
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