Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsMH63_08G0091400 | OGI:08015860 | 16/16 | Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | Chr08:5915594-5975573 | ||||||||
Gene Symbol | SHR5 | ||||||||||
DNA seq | 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Function | Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsMH63_08G0091400 | OsMH63_08T0091400-mRNA-1 | Chr08 | 5915594 | 5965278 | + | maker | ||
CDS seq | 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CDS seq | ATGGGTGGCCACGTCATCGTGTGGATATTGCTCTCGGTGTGCTCATGGCGGATTTCAGCTGCTCAGGCTCAGCAACCACCAAGAACCGATCCTGTAGAAGTGGCGGCGCTGGAGGCGATCCTGGGGAGATGGAACAAGACCAATTCGCCGGTGTGGAGCATGAGCGGCGAGCCATGCCGCGGCGTCCCCGTCGACGGCGTCACCGGCCTCGACGGCAACCCCAAGAACAACCCCGGCATCAAGTGCGACTGCTCCTACATCAACGGCACCGTCTGCCATATCACCCAGCTAGGCATCAGTTTGACCAATTTTACTGGTCAACTTCCTGAAGAATTGGGCAACCTGACCAAACTTCAACGATTGTACACTGATAGTGCTGGCTTGAGTGGTCCATTCCCTTCAACGTTCTCAAAGCTTAAGAACCTGAAGCTCCTTGTATTGAGGAACTGCAGGATATCTGGAGACCTTGGAGCAGTAGACTTTTCAAAGTTCACAAAATTAGCCTTCCTAGATTTTTCATACAACCAGCTCACTGGAAGCTTTCCCTCCTGGGCTACCCAGAACAACTTGCAATTGAATTTGGTGGCAAACAACTTTGATCTTGGCAGCACCAACAACGGTATTCTACCTCCAGGGCTAAACTGCCTCCAGAAAGACACTCCATGTTTACGAGATTATTCCTTTGCGGTAGACTGTGGTAGTAACAGATCTATCAGAGGCTCAGATAATACTATGTATGAATTGGATTTCACAGACCTTGGCAGCTCATCATATTACGTTACCAGTGAAACAAGATGGGGTGTTAGCAATGTAGGAAAATATTTCCAGTCTCCAAATGACAGTAAGATCATATATAGCAATGAGAAGATTCAGAATGCAGTGGTTTCAGAACTACTCCAAACTGCAAGGATGTCACCATCGTCTCTGAGATACTTTGGCCTTGGACTTGAGAATGGAAATTACACTGTTCTGCTTCAATTTGCAGAGTTAGGTTATCCAGACTCACCAACTTGGAAAAGCTTAGGAAGGAGAGTTTTTGACATATATATCCAGGGTGACCTAAAAGAAAAGGACTTCGATATAAGGAAGATGGCTGGTGGAAAATCTTTCACTGCTGTTTACAAGAGTTACACGGCAACTGTGTCGAAAAACTTCCTCGAAATCCATCTGTTCTGGGCTGGAAAGGGCACTTGTTGCATTCCTATTCAAGGTTACTACGGGCCATTGATCTCAGCATTAAGCATCACTCCAAATTTTACTCCTACTGTGCGAAACGGTGTACCCAAAAGGAAAAGTAAAGTAGGTGCAATTGCTGGAATATCGATTGGTGCCTCAGTTGTAGGATTAGCAGCCCTATTTGGAATATTTATGTTCATAAAGAAGAGAAGAAGACTTGCACAACAGCAAGGAGAACTGTACAACCTAGTTGGACGGCCTGATGTCTTCAGTAATGCTGAACTCAAGTTAGCTACAAATAATTACAGTTCCCAAAACATTCTTGGGGAAGGTGGATATGGACCAGTCTATAAGGGTATGCTACCTGATGGAAGAGTTATAGCTGTAAAACAACTTTCTCAATCATCCCATCAGGGGAAAAACCAGTTTGTGACAGAGGTTGCAACAATTTCTTCTGTGCAACACCGGAATCTTGTCAAATTGCATGGTTGTTGCATTGACAGTAATACACCTTTGTTAGTTTATGAGTACCTTGAAAATGGAAGCCTAGATCAAGCACTCTTCAGGAAGAATAGCTTAAAACTGGACTGGGCAACTCGCTTCGAGATCATTTTAGGAATCGCAAGAGGACTAACTTATCTTCATGAGGAGTCAAGTGTGCGCATTGTGCATAGGGACATCAAGGCCAGCAATGTCCTACTTGACACCGACCTCACCCCAAAGATATCAGACTTTGGACTCGCTAGGCTCTATGATGAGAAGAAGACTCATGTCAGCACGGGGATTGCGGGCACATTTGGTTATCTGGCTCCTGAGTATGCAATGAGACGTCATTTGACTGAAAAGGTTGATGTTTATGCATTCGGGGTGGTCGCATTAGAGACTGTCGCTGGTCGATCGAACACTAATAACTCCATCGAGGAAAGCAAGATCTATCTCTTAGAGTGGGCCTGGGACCTGTACGAAAAGGAGCAAGCACAAAGAATCGTTGATCCAAGACTTGAGGATTTCAATAAAGATGAAGTTCTCAGAGTCATTCATGTTGCGCTCCTCTGCACACAGGGCTCACCAAATCAGCGACCGCCAATGTCGAGGGTCATGGCAGTGCTCACTGGAGATGCTGAGGTAGTTGAGACGGTGACGAAACCGAGCTACATCACTGAGTGGCAATATAGAGATGGAAACAGCACCAACTCGGAATCTACCACCTCAGAGTTCAGCAGGCAGAAAGAGATCGACCCTCTCACCTTGTCGCCAACAATCACCAGATCTAGTCATGATGGAAGCAGCAGCAGCGTCCATGGCTTCTTGTGGCTGATGCTCGTTTATGCGTCCTGTGCAGCTGTTCAAGCTCAGCAAGCAGCGAGAACTGATCCAGCAGAAGTGGCTGCACTGAACACGATCCTGGGGAGATGGGGCCTGCGGGCGTCGCCGGCGTGGAACATCAGCGGCGAGCCCTGCAGCGGCGTCGCCATCGACGAGACCGGCGTCGACAACAACCCCAACATCAACCCGGCCATCAAGTGCGACTGCTCCTTCAACGCCGGCACCGTCTGCCACATCATCAGACTGTACGTATCCTCTCAACCTGCGCTGATCCAGCTGCACACCAGGAGAGTGTTCTCGTTGAACGTTGTTGGTCAAATACCTGAGGAGCTGCAGAATCTCTCTTATCTGAATAACTTGGGCATTAGTTCAAACAATTTTACTGGTGAACTCCCTGCAGAACTGGGCAATTTGGAAAAACTCGAGCAAATGTATATTATTAGTTCTGGCTTCAGTGGTCCCTTCCCTTCAACATTCTCAAAGCTTAAGAATTTGAAGATTCTGTGGGCATCAGATAATGATTTAACAGGAAAAATACCTGATTATTTTGGGAGCTTTCCAAATTTACAAGATTTAATACTGAGGAACTGCAAGATATCTGATAATCTTGGAACAGTTAACTTTTCTAAGCTTTCAGGGAATTTGGTGGCTAATGACTTCATTCTTGATAGCACCAACAATAGTAATAAATCTACAAGGGGATCAGATAATACTTTGTATGAAACTGATGCTCAAAACATTGGAGCCGCATCTTATTATGTTAGTGACAATGCGAGATGGGGTGTAAGCAGTGTAGGTAAATTCAATGAGGCTTCCAATGGAAGTTATGCAATATATAGCCCCCAGCAGTTTCAGAGTGCACTTAACTCAGAATTATTCCAAACTGCAAGAATGTCACCATCATCACTTAGATACTATGGTATTGGACTTGAGAATGGGAATTACACTGTCTCACTTGAGTTCGCAGAGTTTGTTTATCCAAACTCACTAACTTCAAATAGCATCGGGCGGAGAGTTTTTGACATATATGTTCAGGGTGAGCTGAAGGAAAAGAACTTCAATATAAGGAAGATGGCTGGTGGAAAGTCTCTTATTGCTGTCAATAAGAGATATACTGCAACTGTGTCCAAAAACTTCCTTGAGATCCATCTGTTCTGGGCTGGGAAGGATTTTATTCCTACTGTGCGAAATGGTGTTCCAAAAAAGAAAAGTAAAGCAGGGACAATTTCTGGAGTAGTGATCGGCGCTTCATTCTTTGGATTAGCAGTCCTAGTTGGATTATTTATGTTGCTAAAGAAGAGAAGGAGAACATCACAACGGAAAGAAGAACTCTACAACATGGTTGGAAGGTGTAATGTCTTCAGCAATGCGGAGCTTAAGTTAGCTACGGAGAATTTTGGTTCTCAAAACATTCTTGGAGAAGGAGGATATGGACCAGTCTATAAGGGTATATTAACTGATGGAAGGGTGGTAGCTGTGAAACAACTTTCTCAATCATCCCAGCAGGGGAAAAGCCAGTTTGTGACAGAGGTTGCAACAATCTCTTCTGTGCAACATCGGAACCTTGTGAAATTATATGGCTGCTGCATTGACAGTAATACACCATTGTTGGTTTATGAGTACCTCGAAAATGGAAGTCTGGATCAAGCACTCTTCGGGGATGGTAGGTTCAACCTTGGCTGGTCAACACGTTTTGAAATCATTTTAGGCATTGCAAGAGGGCTAAGTTATCTTCATGAGGAGGCCAATGTGCGCATCGTGCATCGGGACATCAAGGCTAGTAACATCCTACTCGACCCTGATTTAACACCCAAGATATCTGATTTTGGGCTTGCCAAGCTCTATGATGAGAAGAAGACTCATGTTAACACAAAAGTTGCCGGCACATTTGGCTACCTGGCACCTGAGTATGCAATGAGAGGCCATTTAACTGAAAAGGTTGATGTTTTCTCATTTGGTGTGGTCGCTCTAGAGACTGTCGCTGGTCGATCAAACACCGACTACTCCCTTGTGGAAGACAAGAAATATCTCTTTGAATGGGCTTGGGGGCTCTATGAACGAGAGCAAGCGCTCGGAATCGTGGACCCAAGGCTCGAGGAAATCAATGAAGAGGAGGTCTTGAGAGTCATTCGTATCTCGTTCCTTTGCACCCAAGGCTCACCACACCAAAGACCACCTATGTCAAGGGTGGTGGCAATGCTCACTGGAGACATTCCGGTGAGTGATGTGGTGGCGAAGCCGAACTACATCATTGAGTTGCAGCTCAGGGGAAGGAATAGCAGCCATGTCACCACCGGCTACTCCGGGTCTACTGCCGATGAGCCCAGTGGGCAGAGGGAGACATCCCCTCTCACACCTTCCCTAGAGATTAACAGAGAAATTAAAGATGAATGCGAAGTTGCAAAGTGA
More
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|||||||
Protein seq | MGGHVIVWILLSVCSWRISAAQAQQPPRTDPVEVAALEAILGRWNKTNSPVWSMSGEPCRGVPVDGVTGLDGNPKNNPGIKCDCSYINGTVCHITQLGISLTNFTGQLPEELGNLTKLQRLYTDSAGLSGPFPSTFSKLKNLKLLVLRNCRISGDLGAVDFSKFTKLAFLDFSYNQLTGSFPSWATQNNLQLNLVANNFDLGSTNNGILPPGLNCLQKDTPCLRDYSFAVDCGSNRSIRGSDNTMYELDFTDLGSSSYYVTSETRWGVSNVGKYFQSPNDSKIIYSNEKIQNAVVSELLQTARMSPSSLRYFGLGLENGNYTVLLQFAELGYPDSPTWKSLGRRVFDIYIQGDLKEKDFDIRKMAGGKSFTAVYKSYTATVSKNFLEIHLFWAGKGTCCIPIQGYYGPLISALSITPNFTPTVRNGVPKRKSKVGAIAGISIGASVVGLAALFGIFMFIKKRRRLAQQQGELYNLVGRPDVFSNAELKLATNNYSSQNILGEGGYGPVYKGMLPDGRVIAVKQLSQSSHQGKNQFVTEVATISSVQHRNLVKLHGCCIDSNTPLLVYEYLENGSLDQALFRKNSLKLDWATRFEIILGIARGLTYLHEESSVRIVHRDIKASNVLLDTDLTPKISDFGLARLYDEKKTHVSTGIAGTFGYLAPEYAMRRHLTEKVDVYAFGVVALETVAGRSNTNNSIEESKIYLLEWAWDLYEKEQAQRIVDPRLEDFNKDEVLRVIHVALLCTQGSPNQRPPMSRVMAVLTGDAEVVETVTKPSYITEWQYRDGNSTNSESTTSEFSRQKEIDPLTLSPTITRSSHDGSSSSVHGFLWLMLVYASCAAVQAQQAARTDPAEVAALNTILGRWGLRASPAWNISGEPCSGVAIDETGVDNNPNINPAIKCDCSFNAGTVCHIIRLYVSSQPALIQLHTRRVFSLNVVGQIPEELQNLSYLNNLGISSNNFTGELPAELGNLEKLEQMYIISSGFSGPFPSTFSKLKNLKILWASDNDLTGKIPDYFGSFPNLQDLILRNCKISDNLGTVNFSKLSGNLVANDFILDSTNNSNKSTRGSDNTLYETDAQNIGAASYYVSDNARWGVSSVGKFNEASNGSYAIYSPQQFQSALNSELFQTARMSPSSLRYYGIGLENGNYTVSLEFAEFVYPNSLTSNSIGRRVFDIYVQGELKEKNFNIRKMAGGKSLIAVNKRYTATVSKNFLEIHLFWAGKDFIPTVRNGVPKKKSKAGTISGVVIGASFFGLAVLVGLFMLLKKRRRTSQRKEELYNMVGRCNVFSNAELKLATENFGSQNILGEGGYGPVYKGILTDGRVVAVKQLSQSSQQGKSQFVTEVATISSVQHRNLVKLYGCCIDSNTPLLVYEYLENGSLDQALFGDGRFNLGWSTRFEIILGIARGLSYLHEEANVRIVHRDIKASNILLDPDLTPKISDFGLAKLYDEKKTHVNTKVAGTFGYLAPEYAMRGHLTEKVDVFSFGVVALETVAGRSNTDYSLVEDKKYLFEWAWGLYEREQALGIVDPRLEEINEEEVLRVIRISFLCTQGSPHQRPPMSRVVAMLTGDIPVSDVVAKPNYIIELQLRGRNSSHVTTGYSGSTADEPSGQRETSPLTPSLEINREIKDECEVAK
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|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 10.8169235 | 14.028789 | 0.731616 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0203600 | RBH | 1.001811 | 2.086140 | 5.714814 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g10310 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.082026 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0203600 | RBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0006640 | RBH | 0.0 | 12.641209 | 1.108051 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0006550 | RBH | 0.0 | 1.309236 | 0.343427 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0006710 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 0.000000 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0006560 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0006600 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 11.541100 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_05G0143100 | RBH | 4.8085535 | 8.330694 | 30.6009175 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0006330 | RBH | 2.277794 | 0.190318 | 4.557525 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0093900 | RBH | 0.8972265 | 5.352218 | 1.558977 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0006240 | RBH | 0.000000 | 0.038452 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0006250 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0006350 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0006600 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0006370 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G006440 | RBH | 1.226671 | 0.304876 | 1.482515 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0006280 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |