Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsN22_08G006440 OGI:08015860 | 16/16 N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) Chr08:5826554-5842977
Gene Symbol SHR5
DNA seq

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Function Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_08G006440 OsN22_08G006440_02 Chr08 5826587 5842922 + NAM
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Protein seq

MFILFIILHILTADYSFAVDCGSNRSIRGSDNTMYELDFTDLGGSSYYVTSETRWGVSNVGKYFQSPNDSKIIYSNEKIQNAVVSELFQTARMSPSSLRYFGLGLENGNYTVLLQFAELGYPDSPTWKSLGRRVFDIYIQGDLKEKDFDIRKMAGGKSFTAVYKSYTTTVSKNFLEIHLFWAGKGTCCIPIQGYYGPLISALSITPNFTPTVRNGVPKRKSKAGAISGISIGASVVGLAALFGIFMFIKKRRRLAQQQGELYNLVGRPDVFSNAELKLATNNYSSQNILGEGGYGPVYKGMLPDGRVIAVKQLSQSSHQGKNQFVTEVATISSVQHRNLVKLHGCCIDSNTPLLVYEYLENGSLDQALFRKNSLKLDWATRFEIILGIARGLTYLHEESSVRIVHRDIKASNVLLDTDLTPKISDFGLARLYDEKKTHVSTGIAGTFGYLAPEYAMRRHLTEKVDVYAFGVLALETVAGRSNTNNSIEESKIYLLEWAWDLYEKEQAQRIVDPRLEDFNKDEVLRVIHVALLCTQGSPNQRPPMSRVMAVLTGDAEVVEMVTKPSYITEWQYRDGNSTNSESTTSEFSKQKEIDPLTMSPTITGSSHDGSSSSVHGFLWLMLVYASCAAVQAQQAARTDPAEVAALNTILGRWGLRASPAWNISGEPCSGVAIDETGVDNNPNINPAIKCDCSFNAGTVCHIIRLRVFSLNVVGQIPEELQNLSYLNNLAVSLNPLSGPLPKEIGNLRNLLSLGISSNNFTGELPAELGNLEKLEQMYIISSGFSGPFPSTFSKLKNLKILWASDNDLTGKIPDYFGSFPNLQDLRIGDILNGSSSLSFISNLTSLNVLILRNCKISDNLGTVNFSKLAGLTLLNLVANDFILDSTNNRAKLSPARYSLFPWFSRINKSTRGSDNTLYETDAQNIGAASYYVSDNVRWGVSSVGKFNEASNGSYAIYSPQQFQSALNSELFQTARMSPSSLRYYGIGLENGNYTVSLEFAEFVYPNSLTSNSIGRRVFDIYVQGELKEKNFNIRKMAGGKSLIAVNKRYTATVSKNFLEIHLFWAGKELYNMVGRRNVFSNAELKLATENFGSQNILGEGGYGPVYKGILTDGRVVAVKQLSQSSQQGKSQFVTEVATISSVQHRNLVKLYGCCIDSNTPLLVYEYLENGSLDQALFGDGRFNLGWSTRFEIILGIARGLSYLHEEANVCIVHRDIKASNILLDPDLTPKISDFGLAKLYDEKKTHVNTKVAGTFGYLAPEYAMRGHLTEKVDVFSFGVVALETVAGRSNTDYSLVEDKKYLFEWAWGLYEREQALGIVDPRLEEINEEEVLRVIRISFLCTQGSPHQRPPMSRVVAMLTGDIPVSDVVAKPNYIIELQLRGRNSSHVTTGYSGSTADELSGQRETSPLTPSLEINREIIDDGR

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_08G006440 OsN22_08G006440_05 Chr08 5826684 5833438 + IsoSeq
CDS seq

ATGATACATTTATTTCATATTTGCAGAGATTTTTCATACAACCAGCTCACTGGAAGCTTTCCCTCCTGGTCTACCCAGAACAACTTGCAATTGAATTTGGTGGCAAACAACTTTGATCTTGGCAGCACCAACAACGGTATTCTACCTCCAGGGCTAAACTGCCTCCAGAAAGACACTCCATGTTTACGAGGTTCTCCAGAATATTATTCCTTTGCGGTAGACTGTGGTAGTAACAGATCTATCAGAGGCTCAGATAATACTATGTATGAATTGGATTTCACGGACCTTGGTGGCTCATCATATTACGTTACCAGTGAAACAAGATGGGGTGTTAGCAATGTAGGAAAATATTTCCAGTCTCCAAATGATAGTAAGATAATATATAGCAATGAGAAGATTCAGAATGCGGTGGTTTCAGAACTATTCCAAACTGCAAGGATGTCACCATCGTCTCTGAGATACTTTGGCCTTGGACTTGAGAATGGAAATTACACTGTTCTGCTTCAATTTGCAGAGTTAGGTTATCCAGACTCACCAACTTGGAAAAGCTTAGGAAGGAGAGTTTTTGACATATATATACAGGGTGACCTAAAAGAAAAGGACTTCGATATAAGGAAGATGGCTGGTGGAAAATCTTTCACTGCTGTTTACAAGAGTTACACGACAACTGTGTCGAAAAACTTCCTTGAAATCCATCTGTTCTGGGCTGGAAAGGGCACTTGTTGCATTCCTATTCAAGGTTACTACGGGCCATTGATCTCAGCATTAAGCATCACTCCAAATTTTACTCCTACTGTGCGAAACGGTGTACCCAAAAGGAAAAGTAAAGCAGGTGCAATTTCTGGAATATCGATTGGTGCCTCAGTTGTAGGATTAGCAGCCCTATTTGGAATATTTATGTTCATAAAGAAGAGAAGAAGACTTGCACAACAGCAAGGAGAACTGTATAACCTAGTTGGACGGCCTGATGTCTTCAGTAATGCTGAACTCAAGTTAGCTACAAATAATTACAGTTCCCAAAACATTCTTGGGGAAGGTGGATATGGACCAGTCTATAAGGGTATGCTACCTGATGGAAGAGTTATAGCTGTAAAACAACTTTCTCAATCATCCCATCAGGGGAAAAACCAGTTTGTGACAGAGGTTGCAACAATTTCTTCTGTGCAACACCGGAATCTTGTCAAATTGCATGGTTGTTGCATTGACAGTAATACACCTTTGTTAGTTTATGAGTACCTTGAAAATGGAAGCCTAGATCAAGCACTCTTCAGAAAGAATAGCTTAAAACTGGACTGGGCAACTCGCTTCGAGATCATTTTAGGAATCGCAAGAGGCCTAACTTATCTTCATGAGGAGTCAAGTGTGCGCATTGTGCACAGGGACATCAAGGCCAGCAATGTCCTACTTGACACCGACCTCACCCCAAAGATATCAGACTTTGGACTCGCTAGGCTCTATGATGAGAAGAAGACTCATGTCAGCACGGGGATTGCGGGCACATTTGGTTATCTGGCTCCTGAGTATGCAATGAGACGTCATTTGACTGAAAAGGTTGATGTTTATGCATTCGGGGTGCTCGCATTAGAGACTGTCGCTGGTCGATCGAACACTAATAACTCCATCGAGGAAAGCAAGATCTATCTCTTAGAGTGGGCCTGGGACCTGTACGAAAAGGAGCAAGCACAAAGAATTGTTGATCCAAGACTTGAGGATTTCAATAAAGATGAAGTTCTCAGAGTCATTCATGTTGCGCTCCTCTGCACACAGGGCTCACCAAATCAGCGACCGCCAATGTCGAGGGTCATGGCAGTGCTCACTGGAGATGCTGAGGTAGTTGAGATGGTGACGAAACCGAGCTACATCACTGAGTGGCAATATAGAGATGGAAACAGCACCAACTCAGAATCTACCACCTCAGAGTTCAGCAAGCAGAAAGAGATCGACCCTCTCACCATGTCGCCAACAATCACCGGATCTAGTCATGATGGA

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Protein seq

MIHLFHICRDFSYNQLTGSFPSWSTQNNLQLNLVANNFDLGSTNNGILPPGLNCLQKDTPCLRGSPEYYSFAVDCGSNRSIRGSDNTMYELDFTDLGGSSYYVTSETRWGVSNVGKYFQSPNDSKIIYSNEKIQNAVVSELFQTARMSPSSLRYFGLGLENGNYTVLLQFAELGYPDSPTWKSLGRRVFDIYIQGDLKEKDFDIRKMAGGKSFTAVYKSYTTTVSKNFLEIHLFWAGKGTCCIPIQGYYGPLISALSITPNFTPTVRNGVPKRKSKAGAISGISIGASVVGLAALFGIFMFIKKRRRLAQQQGELYNLVGRPDVFSNAELKLATNNYSSQNILGEGGYGPVYKGMLPDGRVIAVKQLSQSSHQGKNQFVTEVATISSVQHRNLVKLHGCCIDSNTPLLVYEYLENGSLDQALFRKNSLKLDWATRFEIILGIARGLTYLHEESSVRIVHRDIKASNVLLDTDLTPKISDFGLARLYDEKKTHVSTGIAGTFGYLAPEYAMRRHLTEKVDVYAFGVLALETVAGRSNTNNSIEESKIYLLEWAWDLYEKEQAQRIVDPRLEDFNKDEVLRVIHVALLCTQGSPNQRPPMSRVMAVLTGDAEVVEMVTKPSYITEWQYRDGNSTNSESTTSEFSKQKEIDPLTMSPTITGSSHDG

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
RI Chr08 5829871 5830069 + OsN22_08G006440_05 OsN22_08G006440_01,OsN22_08G006440_05,OsN22_08G006440_03,OsN22_08G006440_02 All
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A5 Chr08 5830329 5830432 + OsN22_08G006440_01,OsN22_08G006440_05 OsN22_08G006440_01,OsN22_08G006440_05,OsN22_08G006440_02,OsN22_08G006440_03 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 1.226671 0.304876 1.482515

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_08g0203600 RBH 1.001811 2.086140 5.714814
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os08g10320 RBH 0.790798 1.313621 1.382893
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os08g0203700 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_08g0006650 SBH 2.053545 3.530581 8.296441
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_08g0006600 RBH 0.140585 1.337147 4.148973
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_08g0006720 RBH 1.894804 2.803652 8.249969
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_08g0006560 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_08g0006610 SBH 4.170760 1.612104 56.630119
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_08G0091400 RBH 10.8169235 14.028789 0.731616
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_08g0006330 SBH 2.277794 0.190318 4.557525
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0094100 SBH 7.2143315 14.259834 5.57544
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_08g0006250 SBH 0.020270 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_08g0006320 RBH 0.207751 5.179120 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_08g0006360 RBH 2.114534 3.288301 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_08g0006610 RBH 0.000000 0.132268 0.404706
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_08g0006380 RBH 1.396480 1.157436 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_08G006430 RBH 0.0 0.000000 0.0
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_08g0006290 RBH 2.782911 17.499987 6.217990
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