Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
LOC_Os08g10310 OGI:08015860 | 16/16 Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU Chr08:6015745-6023280
Gene Symbol SHR5
DNA seq

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Function Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130 [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGH2]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
LOC_Os08g10310 LOC_Os08g10310.1 Chr08 6015745 6023280 + MSU_osa1r7
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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
LOC_Os08g10310 LOC_Os08g10310.3 Chr08 6015745 6023280 + MSU_osa1r7
CDS seq

ATGGGTGGTGTTAGTGGTAAGCTGGTGTGGGTGTTGCTCGTGATGTGCTCCTCATGGCTGATCGCCGCTGTTCATGCCCAGCAAGCGGCAACAACTGATCCAATCGAAGTGGCGGCGCTGGAGGCGATCCTGGGGAGATGGGGCAAGACGACGTCGCCGCTGTGGAGGATGAGCGGCGAGCCATGCCGCGGCGTCCCCGTCGACGGCAGCACCGACCTCGACGGCAACCCCAAGAACAACCCCGGCATCAAGTGCGACTGTTCCTACAACAGCGGCACCGTCTGCCATATTACCCAGCTGAGGGTATACGCATTGAACGTTGTCGGTCAGATACCTGCAGAATTGCAGAACCTCACCTACCTAACTTACTTGAACCTGGATCAAAATTACTTGTCAGGCCCCATACCATCATTCATTGGGCAATTGACTGCCTTGACAGAATTGCACGTGGGATTCAATCCACTCTCAGGATCACTTCCAAAGGAACTTGGAAATCTCACGAACCTCAATTTGCTAGGCATTAGTTTGACCAATTTTTCTGGTCAACTTCCTGAAGAATTGGGCAACTTGACCAAACTTCGACAATTGTATACTGATAGTGCTGGGTTGAGTGGCCCATTCCCTTCTACGCTCTCAAGGCTTAAGAACCTAAAACTCCTGCGGGCATCAGATAACAATTTTACTGGAACAATACCTGATTTTATTGGGAGCTTGTCTAATTTGGAAGATCTGGCTTTCCAAGGTAATTCTTTTGAAGGACCGATCCCAGCAAGTTTGTCTAATCTAACCAAATTGACAACCTTGCGGATTGGTGATATTGTAAATGGGAGCTCTTCATTGGCCTTTATCAGCAGTCTGACATCTCTGGATACCCTCGTACTGAGGAACTGCAAGATATCTGGAGACCTTGGAGCAGTAGATTTTTCGAAGTTCGCAAACTTAACTTTCCTGGACTTGAGTTTTAACAATATCTCAGGGAATGTTCCTAAATCAATTCTGAATCTACAAAAGCTTATATTCCTGTTTCTTGGCAACAACAGCCTAACAGGAGAATTGCCAGATGGGATAAGCCCTTCGCTAACGAACTTAGATTTCTCATACAACCAGCTCACTGGTAGCTTTCCCTCCTGGGTTACCCAGAACAATCTGCAATTGAATTTGGTGGCAAACAACTTTATTCTTGGCAGCACCAACATTGGCATGCTACCTCCAGGGCTAAACTGCCTCCAGGAAGATACTCCATGTTTTCGTGGTTCTCCAAAATATTATTCCTTTGCGGTAGACTGTGGTAGTAATAGATCTATCAGAGTTTCGGATAATACTATGTACGAATTGGATTCCACAAACCTTGGGGACTCATCATATTATGTTACAAGTCAAACAAGATGGGGCGTTAGTAATGTAGGAAAATTATTCCAGGCCCCAAATGACAGTAAGATAATACATAGTGGTGAGAAGATCCAGAATGCAGTGGATTCAGAACTATTCCAAACTGCAAGGATGTCGCCGTCGTCTCTGAGATACTATGGCCTTGGACTTGAGAATGGAAATTACACCGTTCTGCTTAAATTTGCAGAGTTAGGTTTTCCAGACACGCCAACTTGGCAAAGCTTAGGAAGGAGATTTTTTGACATATATATCCAGGGTGAACTAAAAGAAAAGGACTTCAATATAAGAAAGATGGCTGGTGGAAAATCTTTCACTGCTGTTTACAAGAGTTACACAACAACTGTGTCAAAAAACTTTCTTGAAATCCATCTATTCTGGGCTGGAAAGGGCACTTGTTGTATTCCTATTCAAGGTTACTACGGACCATTGATCTCAGCATTAAGCATCACTCCAAATTTTAGTCCTACTGTGCGAAACGGTGTACCCAAAAAGAAAAGTAAAGCAGGTGCAATTGTTGGGATTGTGATTGCTGCCTCGGTTTTAGGATCAGCTATCTTATTCGGAATATTTATGGTCATAAAGAAGAGAAGAAGAATGGCAAAACAGCAAGAAGGTAATAGTTTTTAA

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.0 0.0 0.082026

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_08g0203400 RBH 0.0 0.0 0.338611
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g52600 SBH 2.057608 1.209673 0.305236
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os08g0203400 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_08g0006650 SBH 2.053545 3.530581 8.296441
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_08g0006600 SBH 0.140585 1.337147 4.148973
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_08g0006710 RBH 0.0 0.000000 0.000000
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_08g0006560 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_08g0006610 SBH 4.170760 1.612104 56.630119
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_08G0091400 RBH 10.8169235 14.028789 0.731616
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_08g0006320 RBH 0.0 0.000000 1.159389
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0094100 SBH 7.2143315 14.259834 5.57544
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_08g0006260 RBH 0.0 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_08g0006310 RBH 0.039458 1.308960 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_08g0006350 RBH 0.0 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_08g0006480 SBH 0.0 0.0 0.0
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_08g0006300 RBH 0.0 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_08G006430 RBH 0.0 0.000000 0.0
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_08g0006280 RBH 0.0 0.0 0.000000
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