Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsKYG_08g0006310 OGI:08015860 | 16/16 KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr08:5732945-5748538
Gene Symbol SHR5
DNA seq

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Transcripts

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsKYG_08g0006310 OsKYG_08g0006310.03 Chr08 5739807 5740425 + IsoSeq
CDS seq

ATGAGTTTGACAGTGAGGAAGCCTCGAGAGTCATCTATGCCGCACTCCTGTGCACTCAAGGGTCACCACACCAGCGACCACCAATGTCTAGGGTCCTGGCAATTCTTACCGGAGACATTG

Protein seq

MSLTVRKPRESSMPHSCALKGHHTSDHQCLGSWQFLPETL

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
SE Chr08 5736110 5736538 + OsKYG_08g0006310.01 OsKYG_08g0006310.01,OsKYG_08g0006310.02 All
A5 Chr08 5734696 5734965 + OsKYG_08g0006310.02 OsKYG_08g0006310.01,OsKYG_08g0006310.02 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.039458 1.308960 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_08g0203400 RBH 0.0 0.0 0.338611
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os08g10310 RBH 0.0 0.0 0.082026
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os08g0203400 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_08g0006630 RBH 0.050981 15.893945 0.000000
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_08g0006570 RBH 0.166079 1.160552 0.314576
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_08g0006700 RBH 0.232678 3.023202 0.000000
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_08g0006550 RBH 0.144151 0.267361 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_08g0006610 RBH 4.170760 1.612104 56.630119
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_08G0091400 SBH 10.8169235 14.028789 0.731616
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_08g0006310 RBH 0.312493 0.230578 0.308257
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0093900 RBH 0.8972265 5.352218 1.558977
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_08g0006250 RBH 0.020270 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_08g0006260 RBH 0.0 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_08g0006340 RBH 0.000000 4.792430 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_08g0006590 RBH 0.016456 0.100886 0.000000
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_08g0006350 RBH 0.000000 3.166907 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_08G006420 RBH 0.051513 0.727958 0.293259
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_08g0006270 RBH 0.924928 16.056192 0.683328
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