Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsKYG_06g0017860 | OGI:06008910 | 16/16 | KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr06:20337168-20343853 | ||||||||
Gene Symbol | OsFbox297, Os_F0442, OsFbox328, Os_F0254, - | ||||||||||
DNA seq | ATGGCTGTCGTCACCGGCGCCAAAGAGGAGGGAGAGTTCGCCGGCGGTGGAATAATAAGTCGACGTCCCTCCGGTGAGCTACCCTCTCTCCCTTCCCCCTCATCCCGAGGTTGAAGATGCTTCCCCTAATCCTGAGGTTGAAGATGATGCCCTGGCAATTGGATCATAATCCAACGGCCAGGTCCAGGTGACTGAAATGTGCCTAGCGAATCCTAACATATTCGTTCTTTGGCCCCGGCGATGAGTAGCAAGTTTATTACTCTCTCCGTTTCAGGTTATAAAACATTTTGACTTTGGTCAAAGACAAACTGTTTCAAGTTTAACTAAGTTAGTTTCATCAAATCAATAATTGAATATATTTTTATAATAAATTTATCTTGGGTTGAAAATGTTACTACCTTTTTCTACAAACTTGATCGAACTTAAAACAATTTGACTTTAACCAAAGTCACCAAAGTCAAAACGTCTTATAACCTAAAACGGAGGGAGGGAGTACATGCCAAGTTGTTGTGAATTCCTTGCGGATAATAAAAGTCATCATCAGTAAATTCTATATATTTTTCATATATATCCAAACATTATTTCTTTTATCAGTTCTACACATACTTATTGTGGTATCAGTGCTTTGATGAGACGGATACCATCCTATGGTCGTGTATCAGAATAATTAGGAAAGCCTAGTGCTAAAAGCTCGAATACCTATCCTAAAATTTCTGGGACCCTGCTTGAAAACTGTCACATCCTGTTTTTTGTTTCAGGATTTATAAATTATTTAATAAATTATTATTAGAATTTATATTAAATGTTCATTAATTTACAAGTGAAGTTAAATGTGGGAAATAAAATTTCCTAAATATAAAGCATGGATGGATTTAATTTTTTATTAAATTCTCCATGGTTAATTATACTCTCTGGAATATTCTCGGATTTTTCGGAGCTCAATTCCTAATTTTAATAATACAAAGAACATTTCAGTAATTACCCACATATTAAATTAATCATTAAATGGTCTGATTATAATTTTTTTAAGTACTTTGAGTGTCCAAGTATTTTTAAGATTTTTCTTGGAATTATTTGAGCATAGGAAGTATTTTTAACAATTCAAAGATCATTTCATTGATTAATTTAATTGGAAAAAGTAATAAAAATCCTCCTCCTCAGCTTGGGCCATTTTTGGCCCATTCCTTCCTTTCCTTCCTCTCTCTTCCGCCGGCCCAACCCGAGCCTTCATCCTCTCTTCTTCTCTCAGCCAAAGTCCGGTTTTGCTCCCTCTTCTAATCAAGCTGAGAAAAGAAAAGCCCGGCAAGAAGTCTACTTTTTCCCCCTCCCGCGCAGCCGAGTCGGCCCAGCGCCGCCCGAGTCGGCTTAAGCCGAGCCGTCCGCCCTTCCTCTCATGGGACACCGACATGTGGGGCCCACATGTCGGGCCCTTCTCCTACCTCCGGCCGGCCGGCCTTGCTAGCCCGAGCCGCCCCTTTTCCCCTCCAAATCCACCCAATCCGGCCACCCCGAGTCCTTTTTTTGAGGGATTTTTATCCTCTCGTTCTCCTCTACCTTTCCCCTCAAGAATCGGAGCTAATCGTTGAGTGTCTTATCCGAATCGAACTCGTTTTTGAGTTTATCTCCAAAATCGAGTTTTTGATTTCCCGGATCGATTTCTTGCGGGAGGAGTCCGATCTCTTCAATCCAAGGCTATAAATAGGACCCCCTAGTCCTCCTCTTTCGTTTGCCCCCTCTCCCGAGCCTTCCCGTGCCTCGTAGTCTCGCCGCCACCGCCGCCTAGTCCGTCGTCGCCGCTGGCCGAGCTGCAGCCGCGCCGCCGCGCCGCCTTCGCCGTCGCCGCCGTTTGCCGTCGCCGCCCGTAGGTGCGCCAAGGGGTGGAGAAGCCCGGCCGCCCATCCCCCTTCGCCGCCGGCCGCCGTAGCCCGCCACCACCGTGCAAGCCGAGCCGCCGCCGTCGCCTCTTCGTCGCCGGCCGTCGTCGTTCGTCGTTTGGCACGAGGGTGAGTATCGTTAGGTTCGTCTCGTCGTCCTCTACGTGTTCATGTCCTCTAAAATCCCGGCCGATCATCCTAGCTCCGGCGAGGTCGCCATCCGAGCCGGCCGCCATTGATGACGTCATCATGACATCATCATCTTCCCCTTTTCCAGTTTTTTCTAATAGATTAAATCTTCGGAAAATCATAACTAAATAACCGTAGATCCGTTTCAGGTGGTTCAAGTTGCTAAATTTTTCTAAAATCAAGATCTACATGATAAAAATATCCACATGTACTGTTTATGCTTGTTTTTGTACTGTTTTGTTGATTTTTGTTCTTTCGCTTTAGTTTCCGACGTTCCAGAGGAGAGCGTTTTCGTTGAGGAAGGTTCGGAAGTGTTTGCGGAAGCCCAAGGCAAGTCACACAGATCCCAAATAACCCTTTGAGCATGTTGAACCCGTTTAAAGCTATTATTTTATTTCAACTATGCATTATTTTTTAATGTCATCGGGTGGTGAACCTTTCCCCGTTAATTAATGGCCGAAGATGATCTTATTTTCCTATGGGTTATAATTTGATTAGCATGAACCTTATATATCGGATTGGTTCAGCTAAATGCTATATGTAAGTTTGCTTAGCTATGCTTAGAAACATTAGCTAACTAAAGGGGTTAATTATAAACTATATTATATTATATTATTATTATGGTTATATTTAATGGTCGCTCACGATGGTTAATCGTGTGATGTTAATTAATTGATAATTAAAATCTGGTTAAGGTGGGTTGTGAGCATATGGTTTTGATGGTTGTGCTCATGACAATTAAGGACCGGTTCGCGAGCTACTGTTGTGAAACATTTACCGTGCCAACCACAAGCCAGCATGGGCAACGGCTTTACCTTTTGTATAGCATGATTCATTGCGGGGTGTCAGACTGTGAAGCGGCGAGAAGTCCGTGGGGGTCGCTGGGGAGTCCATTGCCTCTGGTTTTGAGGGGGAGATTATGATCCAGGAACAGTGCACTGTTTTGAGATTATGATCCAGGAACAGTGCACTGTTTTGAGTTGTGTTGTGCAAAGGGTACTGTCACGATTTCCCCCTTTGCAATGCCGTGGTGGTATTTCGGGGCATGGCAACATGTGTGGAATCGTGTCTTGTGGGTACAGTGGTACACCTCTGGCCAGAGTAAAACTATTCGAATAGCCGTGCCCGCGGTTATGGGCGAGTTGAGCAATGTTTTTCGTGATTAGTTTCACACTGCTCATCAATGTTAGTAATGTGATAATTAATTTGACTCCTGGTTTGGAATGGATAATTCCTGGTTTGGAGGTTTGATCTGTACGACCGGGGTTGGTTGTTCAGGTTTGGTTGGGCCTGAGCAGCATGGGTGTGCTGTTCAGTGTTGATTAAAATTGATGATTAACTACTCTACTGTTTTACTTATCTTAAATCTTTGCTAAATGCTGCTTTTGCAAATGAGCCTATATTATGCCATCCTTTGGAATCCTTGTGCACTTGCATATTTGCTGTGTGGCTTGTTGAGTATGTCATATGCTCATTCTTACAATAATCATCAAACCTCAGTTGAAGATAAAGGATCCAGAAGGAGAAGACGTTTGGCTTATACCCCAGTTGAGCTGCCTGTGGGAGTGGAGCTGAAGCCATCGCTAGACCGTTAATTCCGCTGCTGTTTTCTTTTCTTTGTAAGTATGTAACGTTATTATTAAGATGGATTTGTATATTAAATTGTCAGTTTGTGTACCTCGGCTGATTCCTGGACGAGGATTTTATGCACAAATAAGTTCGAAAATTACTAGTGAATTTCCGGGCGTGACAAAAACCAAGATTTTGTCTCAATTCAGACTGAAAATATTTTACACAGTGAAGAAAAATTGTGCAGAAACCAAACGTAAACTAGATGGATCATGCATTGTTTCAGCACCTTCTAATTAGCTAGTTGTCTTGAACAGTACACTCCTTGATTCTTCTGTATTTCCACTTATTGTTCCAATTCCATGGATAACAGAGGAAAGTAACCTTGTTGCATTCGGCATAGAAATGGGTAACAATTTAATACACCAAAGAAAACTACAAGATCGTGGCCATGGTAAACAAATCGATGAGAATGCAAGACCAGGTGTAAGGCTTGAAGACCTTCCATGGGTATGTTCATCTTAACTTCTTTTCTGTTTGAGTGTTGGGTAGAAATGGGATTTATTTATAATCTCCAAATGTATGTGATGCATTTGCTGCAGGACCTTGTAGTATACAAAATTTTATCTAAATTACCACTGAAAGAGGCTGCAAAAACTAGTGTTTTGTCTACCAAGTGGAGGTGCATCTGGTTGACGTGCCCCAGATTGTGTTTTGATGGTCTTGCGATGTTCAAATGCGAAAGGGGTGAACTGTTCTTACACGCTCGGCAATTCATTGCTCAGGTTAATGCTGTTTTGCAAAAATACCAGGGAGAAGTGGTTGAGGAATTTCATATCAGATTTGATTTTCACAGCATACCAGCTCATTATCTTGATAATTGGGTTATCTTTTCCTTGTCATCTGAGATGAAGAATCTAGCTTTAGATCTGCAAACCAATGATATTGAACGATATCCTGCACGCTACAAATTCCCCTTTGAACTTTTGGACAGTGGAAGCTTGTCCGGTCTACAACATGTGCAGTTCAGTTTTGTATCTATCAAACCACCTTCCAAGTTCAGAGGTTTCCCTAACCTGAGAAAGCTTGATCTGCAACTTCTAGATGCCTCTTCAAAGGATTTTGAAACTATGCTGTCAAATTGCAAACTTCTTGAATGGCTAAGCATGGACAGATGCCGCCTGAATGGTGAACTTAGGGTAGGTAGTCCATTGCCCCGTCTGGTATACCTACAAGTTGTGTACTGCCAAGTAACCAAGATACAATTCCATGCTGTGGAGCTAGCTAATTTTGTATATAAAGGAGACTTTGTGCCCATAGCCCTCAAGCATTCGTTGAAGCTGGAAAATGCAAACATCAGGTTATATA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CDS seq | ATGGCTGTCGTCACCGGCGCCAAAGAGGAGGGAGAGTTCGCCGGCGGTGGAATAATAAGTCGACGTCCCTCCGTTGTCTTGAACAGTACACTCCTTGATTCTTCTGTATTTCCACTTATTGTTCCAATTCCATGGATAACAGAGGAAAGTAACCTTGTTGCATTCGGCATAGAAATGGGTAACAATTTAATACACCAAAGAAAACTACAAGATCGTGGCCATGGTAAACAAATCGATGAGAATGCAAGACCAGGTGTAAGGCTTGAAGACCTTCCATGGGACCTTGTAGTATACAAAATTTTATCTAAATTACCACTGAAAGAGGCTGCAAAAACTAGTGTTTTGTCTACCAAGTGGAGGTGCATCTGGTTGACGTGCCCCAGATTGTGTTTTGATGGTCTTGCGATGTTCAAATGCGAAAGGGGTGAACTGTTCTTACACGCTCGGCAATTCATTGCTCAGGTTAATGCTGTTTTGCAAAAATACCAGGGAGAAGTGGTTGAGGAATTTCATATCAGATTTGATTTTCACAGCATACCAGCTCATTATCTTGATAATTGGGTTATCTTTTCCTTGTCATCTGAGATGAAGAATCTAGCTTTAGATCTGCAAACCAATGATATTGAACGATATCCTGCACGCTACAAATTCCCCTTTGAACTTTTGGACAGTGGAAGCTTGTCCGGTCTACAACATGTGCAGTTCAGTTTTGTATCTATCAAACCACCTTCCAAGTTCAGAGGTTTCCCTAACCTGAGAAAGCTTGATCTGCAACTTCTAGATGCCTCTTCAAAGGATTTTGAAACTATGCTGTCAAATTGCAAACTTCTTGAATGGCTAAGCATGGACAGATGCCGCCTGAATGGTGAACTTAGGGTAGGTAGTCCATTGCCCCGTCTGGTATACCTACAAGTTGTGTACTGCCAAGTAACCAAGATACAATTCCATGCTGTGGAGCTAGCTAATTTTGTATATAAAGGAGACTTTGTGCCCATAGCCCTCAAGCATTCGTTGAAGCTGGAAAATGCAAACATCAGGTTATATAGTTTGAATGATCGGCATGCTATCAGTGACCTGACTAAGTTGTTATCAGATACACCTTGGAAGTTTTCTCATCTCAGGGCTGCTCCTTTTATTGAGAAGTTAGAGATCCATTTTTCCATGAATTTATTAATACTGGATGAATCGCATGAGGACCATCCTATCAGGCAACAACTTGGACGCTGTGAATACAATAACCTGAAGAACATGCGTATCATAGGATATAAAGGTTCAAGAGATCAGATCGAATTTCTTCTACATGTTGTGGAGAATGCCCCTGCACTTGAGGTTTTAACTCTAGAGGCAGCTGGAATAGAGTACCAGGAGGTTTCATTTGTGTTGAATGAAGCTATCTGA
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Protein seq | MAVVTGAKEEGEFAGGGIISRRPSVVLNSTLLDSSVFPLIVPIPWITEESNLVAFGIEMGNNLIHQRKLQDRGHGKQIDENARPGVRLEDLPWDLVVYKILSKLPLKEAAKTSVLSTKWRCIWLTCPRLCFDGLAMFKCERGELFLHARQFIAQVNAVLQKYQGEVVEEFHIRFDFHSIPAHYLDNWVIFSLSSEMKNLALDLQTNDIERYPARYKFPFELLDSGSLSGLQHVQFSFVSIKPPSKFRGFPNLRKLDLQLLDASSKDFETMLSNCKLLEWLSMDRCRLNGELRVGSPLPRLVYLQVVYCQVTKIQFHAVELANFVYKGDFVPIALKHSLKLENANIRLYSLNDRHAISDLTKLLSDTPWKFSHLRAAPFIEKLEIHFSMNLLILDESHEDHPIRQQLGRCEYNNLKNMRIIGYKGSRDQIEFLLHVVENAPALEVLTLEAAGIEYQEVSFVLNEAI |
||||||||||
Function | Putative F-box/LRR-repeat protein At3g28410 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LSJ3] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKYG_06g0017860 | OsKYG_06g0017860.01 | Chr06 | 20337168 | 20343671 | + | NAM | ||
CDS seq | ATGGCTGTCGTCACCGGCGCCAAAGAGGAGGGAGAGTTCGCCGGCGGTGGAATAATAAGTCGACGTCCCTCCGTTGTCTTGAACAGTACACTCCTTGATTCTTCTGTATTTCCACTTATTGTTCCAATTCCATGGATAACAGAGGAAAGTAACCTTGTTGCATTCGGCATAGAAATGGGTAACAATTTAATACACCAAAGAAAACTACAAGATCGTGGCCATGGTAAACAAATCGATGAGAATGCAAGACCAGGTGTAAGGCTTGAAGACCTTCCATGGGACCTTGTAGTATACAAAATTTTATCTAAATTACCACTGAAAGAGGCTGCAAAAACTAGTGTTTTGTCTACCAAGTGGAGGTGCATCTGGTTGACGTGCCCCAGATTGTGTTTTGATGGTCTTGCGATGTTCAAATGCGAAAGGGGTGAACTGTTCTTACACGCTCGGCAATTCATTGCTCAGGTTAATGCTGTTTTGCAAAAATACCAGGGAGAAGTGGTTGAGGAATTTCATATCAGATTTGATTTTCACAGCATACCAGCTCATTATCTTGATAATTGGGTTATCTTTTCCTTGTCATCTGAGATGAAGAATCTAGCTTTAGATCTGCAAACCAATGATATTGAACGATATCCTGCACGCTACAAATTCCCCTTTGAACTTTTGGACAGTGGAAGCTTGTCCGGTCTACAACATGTGCAGTTCAGTTTTGTATCTATCAAACCACCTTCCAAGTTCAGAGGTTTCCCTAACCTGAGAAAGCTTGATCTGCAACTTCTAGATGCCTCTTCAAAGGATTTTGAAACTATGCTGTCAAATTGCAAACTTCTTGAATGGCTAAGCATGGACAGATGCCGCCTGAATGGTGAACTTAGGGTAGGTAGTCCATTGCCCCGTCTGGTATACCTACAAGTTGTGTACTGCCAAGTAACCAAGATACAATTCCATGCTGTGGAGCTAGCTAATTTTGTATATAAAGGAGACTTTGTGCCCATAGCCCTCAAGCATTCGTTGAAGCTGGAAAATGCAAACATCAGGTTATATAGTTTGAATGATCGGCATGCTATCAGTGACCTGACTAAGTTGTTATCAGATACACCTTGGAAGTTTTCTCATCTCAGGGCTGCTCCTTTTATTGAGAAGTTAGAGATCCATTTTTCCATGAATTTATTAATACTGGATGAATCGCATGAGGACCATCCTATCAGGCAACAACTTGGACGCTGTGAATACAATAACCTGAAGAACATGCGTATCATAGGATATAAAGGTTCAAGAGATCAGATCGAATTTCTTCTACATGTTGTGGAGAATGCCCCTGCACTTGAGGTTTTAACTCTAGAGGCAGCTGGAATAGAGTACCAGGAGGTTTCATTTGTGTTGAATGAAGCTATCTGA
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Protein seq | MAVVTGAKEEGEFAGGGIISRRPSVVLNSTLLDSSVFPLIVPIPWITEESNLVAFGIEMGNNLIHQRKLQDRGHGKQIDENARPGVRLEDLPWDLVVYKILSKLPLKEAAKTSVLSTKWRCIWLTCPRLCFDGLAMFKCERGELFLHARQFIAQVNAVLQKYQGEVVEEFHIRFDFHSIPAHYLDNWVIFSLSSEMKNLALDLQTNDIERYPARYKFPFELLDSGSLSGLQHVQFSFVSIKPPSKFRGFPNLRKLDLQLLDASSKDFETMLSNCKLLEWLSMDRCRLNGELRVGSPLPRLVYLQVVYCQVTKIQFHAVELANFVYKGDFVPIALKHSLKLENANIRLYSLNDRHAISDLTKLLSDTPWKFSHLRAAPFIEKLEIHFSMNLLILDESHEDHPIRQQLGRCEYNNLKNMRIIGYKGSRDQIEFLLHVVENAPALEVLTLEAAGIEYQEVSFVLNEAI
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsKYG_06g0017860 | OsKYG_06g0017860.02 | Chr06 | 20343480 | 20343853 | + | IsoSeq | ||
CDS seq | GATATAAAGGTTCAAGAGATCAGATCGAATTTCTTCTACATGTTGTGGAGAATGCCCCTGCACTTGAGG |
|||||||
Protein seq | DIKVQEIRSNFFYMLWRMPLHLR |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.594960 | 0.609840 | None |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_06g0713400 | SBH | 0.185495 | 0.734148 | 2.910670 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os06g49930 | SBH | 0.136030 | 0.476322 | 0.722779 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os06g0713400 | SBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_06g0004510 | SBH | 0.623865 | 0.000000 | 2.284978 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_06g0004420 | SBH | 0.182280 | 1.001310 | 1.664626 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_06g0004360 | SBH | 1.099971 | 4.044620 | 5.882079 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_06g0004470 | SBH | 0.052187 | 0.043166 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_06g0018070 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 8.598825 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_06G0304200 | SBH | 0 | 0 | 0 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_06g0017570 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_06G0279100 | SBH | 2.3414015 | 12.884489 | 12.1672225 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_06g0017940 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_06g0004360 | SBH | 0.125042 | 2.563911 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_06g0017610 | SBH | 0.000000 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_06g0018250 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_06g0017750 | SBH | 0.000000 | 1.083282 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_06G004190 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_06g0017880 | SBH | 1.472878 | 15.858396 | 6.579690 |