Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_06g0017940 | OGI:06008910 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr06:20677427-20685416 | ||||||||
| Gene Symbol | OsFbox297, Os_F0442, OsFbox328, Os_F0254, - | ||||||||||
| DNA seq | tacactccttgattcttctgtatttccacttattgttccaattccatggataacagaggaaagtaaccttgttgcattcggcatagaaatgggtaacaatttaatacaccaaagaaaactacaagatcgtggccatggtaaacaaatcgatgagaatgcaagaccaggtgtaaggcttgaagaccttccatgggtatgttcatcttaacttcttttctgtttgagtgttgggtagaaatgggatttatttataatctccaaatgtatgtgatgcatttgctgcaggaccttgtagtatacaaaattttatctaaattaccactgaaagaggctgcaaaaactagtgttttgtctaccaagtggaggtgcatctggttgacgtgccccagattgtgttttgatggtcttgcgatgttcaaatgcgaaaggggtgaactgttcttacacgctcggcaattcattgctcaggttaatgctgttttgcaaaaataccagggagaagtggttgaggaatttcatatcagatttgattttcacagcataccagctcattatcttgataattgggttatcttttccttgtcatctaagatgaagaatctagctttagatctgcaaaccaatgatattgaacgatatcctgcacgctacaaattcccctttgaacttttggacagtggaagcttgtccggtctacaacatgtgcagttcagttttgtatctatcaaaccaccttccaagttcagaggtttccctaacctgagaaagcttgatctgcaacttctagatgcctcttcaaaggattttgaaactatgctgtcaaattgcaaacttcttgaatggctaagcatggacagatgccgcctgaatggtgaacttagggtaggtagtccattgccccgtctggtatacctacaagttgtgtactgccaagtaaccaagatacaattccatgctgtggagctagctaattttgtatataaaggagactttgtgcccatagccctcaagcattcgttgaagctggaaaatgcaaacatcaggttatatagtttgaatgatcggcatgctatcagtgacctggtaaaatgttttccgaacttgcaaaatctgaattttcacctttcttggaacgatgcagaggtttgttctcagaaactaaccctccatgctacagttttagcttgtttaacataatctagtgaatgatctttgtccttttgttttccagactaagttgttatcagatacaccttggaagttttctcatctcaggtacttgcggttgaaaaactttgcagattctgggatcgtggagacggatttttttgtctcttttctcagggctgctccttttattgagaagttagagatccatgtaagtgctcttatcagtaactactactattctccaaactatttcttcacttgtatgttgacatgtcatgtaatactgatctccttttagtatcctgggtataccatgcagtaaaattaggtcagtctgctcacactggtcgttcatgtcttggttttagcatgttataattgactgcatatctgtgtattgtttctgagaatctgtctctgcacaatatatttttgtacttctattcagaaaacaatttcgccgttgtttacccaggagcgtttgcttaggccgtgcttagttcgtgtgccaaatcttttttgaagtatacggacacacatttgaagtattaaacgtagactaataacaaaacaaattatagattccgcctgtaaactgcgagacgaatttattaagcctaattaatctgttattagcaaatgtttactgtagcatcacattgtcaaatcatggtgtaattaggctcaaaagattcgtctcgcaatttacatgcaaactgtgcaattggttttttaatgctccatacatgtgtccaaacatttgatgtgacagaatttttggaagtttgaagggaactaaacactgccttagcaaggttttctttcaatagagtcaagtgagagtatacaattattactttgcagagtgggtatattatcgtatttttgcaaaatttcccaaacagcttcactgcttatgttacatctggatacacacaaacatacagttacattttctttttttaaaaaaataatgatgatgataacaatcactagatgcagtatgtatcatatcctaagtacacatatattaaaggatgtggatctaaacccagctgatcacatattgttatgttttaaccatgcagttttccatgaatttattaatactggatgaatcgcatgaggaccatcctatcaggcaacaacttggacgctgtgaatacaataacctgaagaacatgcgtatcataggatataaaggttcaagagatcaggtcgaatttcttctacatgttgtggagaatgcccctgcacttgaggttttaactctagaggcagctggaatagagtaccaggaggtttcatttgtgttgaatgaagcgtggatcgacagaattactcagagtgccgatagatctgctctgattgctcaacagtatctgagggagaaacttagctcaaagacacagctttgtattaagactactagttccagatagagctagcgctctatgcaagccatgtgaaaatagccattagtgtaagattaattaaataatattattataaacttgaaaataattgagtttatttgatttttctaaaggaatttgaaagttttttttaaataaaaaacacattgtttagcagtttggaaaacatattcacggtaatgaaggaattgcaaaagtaaaaggaggaaaaaacacacccttaacatttgttactctatccatcttaaattgatcatcatacacccttagcatgtacacattctctcttgctacattaattgtattcggatgaaatctgtgtccatgcagttatatgatgatcaatttgagaaattttggattttattatatgatagtcaatttgaacagatggagtattggttagttttaaaacaaacaggtcctattgtttagtagtatatctcttctctacaacttaaaaagtataagaaatttctgtcgtccgtaaaaaaaatatagagaaaagaaaaactaaaaaaagaagtccgattccccttaaaaaggaaaaaaaaagtccgagaaaaaatagcgaaaaaaaggtagatccgattcccctaaaaaggggaaaaaaaaagtccggtttaaaaaacagaaaaagtggcgaaaaaaatagatctgatcccttaaaaaggggaaaattttcctattcccacgcacggtttttctttttttcttcctttttttcgtttcttttcagttttttctttcccttttttctttttctgttttttttatttcttaatactatgtatgtatacaaactttatatatacacatatacaacctttgtatacgtgtatttttttatatgtttgtatataaactttgtatacatctctatctctactctctagtctctatctctactacttaaaaaattcaaaatgtttccttcgtctgtctctacttaaaaaattcagatagtggcaaaaaagggtttgtaaacgagaaaaaaaagtaaaaagggtgggaagcgcagcaaaaaaagtccaatttcttcattttaatagtccgtatatatctcttctctatgcctaatctaatctaatctatttaaaaagagatgttttcatcgtataaagttttcatcgtacaacttaaaaagaaaaaaatgcgcgagaaaataaaaacggtaaaaatgaaaaaatgcgcaagaaaataaaaatggttaaagaaacacgtgaggaaaaaatgtcagagaaaagcgctaaaaaaaggtttccgtagtcctaaaaaataaaaaaatgtacgagaaaaaaaatatttccatcgtccgtaaaaataataaaaaaacatgcgaggaaaaaacttttagaaaaaacgcacatttctaaaaaatggtttaaaaaaacctcgcatgaaaaatggtttgaaaaacgctaaattgatggacgccttgggtcagataggatccatcgattttttccatctcctacacaacttttgtttggtcatctattctcctgtattagagaccctgcacgtctctatatgcaattatcagactatttttgttaagtatagctactattgttgataacatatgatatggatataatattaaaaaataaacatatttttaattgttatttagagaagagttcacagtgactctattttgtgtagatttgaccatgcgaggtaatgtaggatttgattgatcgtattattggttgcaagaataagattcaaagagtattttagattatatgcatgttgtcacatgaataatccaattattttaggtaaagcaagcatcggtgaggttgtcatcgttgaggttgggccatttcatttaagatgttacaatttttttgattgtcttagctacaaacgatccatacaaacattgtcattgacatcgttatgtatgaaaatcctatattattattagaagtttttcacccgttgcaacgcacgggcatttttgctagtattataaaaatgagacatgcatgaaaaaaggagaatgcaccgcgtggccgtaactaggggtgaaaacggtacagaaattttcgagatttccggctaccgtttccagcttgcaccgaccgtttcagtcggtatcggtaaccgattgtggtggaaatggaaacgggtgatatcttctggaaatggtagtggaaatgggatggaggtttttccgaccgttttgtcggtaaccatatttgtacggtaatttctgtcaaaatttcgaaagttccccagcggctcagctagctcaacccattggaagcccatgaacggaaaaaaattctggtaggcttgcagcccataaaaaaaggggaagtgaccagggaaaatgctgttaaacctatgacatggcgtgtggattttgctgaactttggtct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| CDS seq | atgggtaacaatttaatacaccaaagaaaactacaagatcgtggccatggtaaacaaatcgatgagaatgcaagaccaggtgtaaggcttgaagaccttccatgggaccttgtagtatacaaaattttatctaaattaccactgaaagaggctgcaaaaactagtgttttgtctaccaagtggaggtgcatctggttgacgtgccccagattgtgttttgatggtcttgcgatgttcaaatgcgaaaggggtgaactgttcttacacgctcggcaattcattgctcaggttaatgctgttttgcaaaaataccagggagaagtggttgaggaatttcatatcagatttgattttcacagcataccagctcattatcttgataattgggttatcttttccttgtcatctaagatgaagaatctagctttagatctgcaaaccaatgatattgaacgatatcctgcacgctacaaattcccctttgaacttttggacagtggaagcttgtccggtctacaacatgtgcagttcagttttgtatctatcaaaccaccttccaagttcagaggtttccctaacctgagaaagcttgatctgcaacttctagatgcctcttcaaaggattttgaaactatgctgtcaaattgcaaacttcttgaatggctaagcatggacagatgccgcctgaatggtgaacttagggtaggtagtccattgccccgtctggtatacctacaagttgtgtactgccaagtaaccaagatacaattccatgctgtggagctagctaattttgtatataaaggagactttgtgcccatagccctcaagcattcgttgaagctggaaaatgcaaacatcaggttatatagtttgaatgatcggcatgctatcagtgacctgactaagttgttatcagatacaccttggaagttttctcatctcaggtacttgcggttgaaaaactttgcagattctgggatcgtggagacggatttttttgtctcttttctcagggctgctccttttattgagaagttagagatccatttttccatgaatttattaatactggatgaatcgcatgaggaccatcctatcaggcaacaacttggacgctgtgaatacaataacctgaagaacatgcgtatcataggatataaaggttcaagagatcaggtcgaatttcttctacatgttgtggagaatgcccctgcacttgaggttttaactctagaggcagctggaatagagtaccaggagagaaatgatcggcgccctcgacgtcggccggttgatggatcgatgggctcgggcagcccgtggcgtttgtggccggcgcagttgcagacgaacaggaggacgcctcgcagacacagcctctctggagtgatgacctcattgagcagaacgaggccccacctggtcagtgggacgaccaggacgcctctgccgtcgggcggtgacgtcattgcgcaggatgaggccccacctgtcagcgagcaggaggctcgtgcaccttttaaagtgctcgccttggcgctcgcccagagccccaagccgtaa
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| Protein seq | MGNNLIHQRKLQDRGHGKQIDENARPGVRLEDLPWDLVVYKILSKLPLKEAAKTSVLSTKWRCIWLTCPRLCFDGLAMFKCERGELFLHARQFIAQVNAVLQKYQGEVVEEFHIRFDFHSIPAHYLDNWVIFSLSSKMKNLALDLQTNDIERYPARYKFPFELLDSGSLSGLQHVQFSFVSIKPPSKFRGFPNLRKLDLQLLDASSKDFETMLSNCKLLEWLSMDRCRLNGELRVGSPLPRLVYLQVVYCQVTKIQFHAVELANFVYKGDFVPIALKHSLKLENANIRLYSLNDRHAISDLTKLLSDTPWKFSHLRYLRLKNFADSGIVETDFFVSFLRAAPFIEKLEIHFSMNLLILDESHEDHPIRQQLGRCEYNNLKNMRIIGYKGSRDQVEFLLHVVENAPALEVLTLEAAGIEYQERNDRRPRRRPVDGSMGSGSPWRLWPAQLQTNRRTPRRHSLSGVMTSLSRTRPHLVSGTTRTPLPSGGDVIAQDEAPPVSEQEARAPFKVLALALAQSPKP |
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| Function | Putative F-box/LRR-repeat protein At3g28410 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LSJ3] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_06g0017940 | OsLima_06g0017940.01 | Chr06 | 20677427 | 20685416 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgggtaacaatttaatacaccaaagaaaactacaagatcgtggccatggtaaacaaatcgatgagaatgcaagaccaggtgtaaggcttgaagaccttccatgggaccttgtagtatacaaaattttatctaaattaccactgaaagaggctgcaaaaactagtgttttgtctaccaagtggaggtgcatctggttgacgtgccccagattgtgttttgatggtcttgcgatgttcaaatgcgaaaggggtgaactgttcttacacgctcggcaattcattgctcaggttaatgctgttttgcaaaaataccagggagaagtggttgaggaatttcatatcagatttgattttcacagcataccagctcattatcttgataattgggttatcttttccttgtcatctaagatgaagaatctagctttagatctgcaaaccaatgatattgaacgatatcctgcacgctacaaattcccctttgaacttttggacagtggaagcttgtccggtctacaacatgtgcagttcagttttgtatctatcaaaccaccttccaagttcagaggtttccctaacctgagaaagcttgatctgcaacttctagatgcctcttcaaaggattttgaaactatgctgtcaaattgcaaacttcttgaatggctaagcatggacagatgccgcctgaatggtgaacttagggtaggtagtccattgccccgtctggtatacctacaagttgtgtactgccaagtaaccaagatacaattccatgctgtggagctagctaattttgtatataaaggagactttgtgcccatagccctcaagcattcgttgaagctggaaaatgcaaacatcaggttatatagtttgaatgatcggcatgctatcagtgacctgactaagttgttatcagatacaccttggaagttttctcatctcaggtacttgcggttgaaaaactttgcagattctgggatcgtggagacggatttttttgtctcttttctcagggctgctccttttattgagaagttagagatccatttttccatgaatttattaatactggatgaatcgcatgaggaccatcctatcaggcaacaacttggacgctgtgaatacaataacctgaagaacatgcgtatcataggatataaaggttcaagagatcaggtcgaatttcttctacatgttgtggagaatgcccctgcacttgaggttttaactctagaggcagctggaatagagtaccaggagagaaatgatcggcgccctcgacgtcggccggttgatggatcgatgggctcgggcagcccgtggcgtttgtggccggcgcagttgcagacgaacaggaggacgcctcgcagacacagcctctctggagtgatgacctcattgagcagaacgaggccccacctggtcagtgggacgaccaggacgcctctgccgtcgggcggtgacgtcattgcgcaggatgaggccccacctgtcagcgagcaggaggctcgtgcaccttttaaagtgctcgccttggcgctcgcccagagccccaagccgtaa
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| Protein seq | MGNNLIHQRKLQDRGHGKQIDENARPGVRLEDLPWDLVVYKILSKLPLKEAAKTSVLSTKWRCIWLTCPRLCFDGLAMFKCERGELFLHARQFIAQVNAVLQKYQGEVVEEFHIRFDFHSIPAHYLDNWVIFSLSSKMKNLALDLQTNDIERYPARYKFPFELLDSGSLSGLQHVQFSFVSIKPPSKFRGFPNLRKLDLQLLDASSKDFETMLSNCKLLEWLSMDRCRLNGELRVGSPLPRLVYLQVVYCQVTKIQFHAVELANFVYKGDFVPIALKHSLKLENANIRLYSLNDRHAISDLTKLLSDTPWKFSHLRYLRLKNFADSGIVETDFFVSFLRAAPFIEKLEIHFSMNLLILDESHEDHPIRQQLGRCEYNNLKNMRIIGYKGSRDQVEFLLHVVENAPALEVLTLEAAGIEYQERNDRRPRRRPVDGSMGSGSPWRLWPAQLQTNRRTPRRHSLSGVMTSLSRTRPHLVSGTTRTPLPSGGDVIAQDEAPPVSEQEARAPFKVLALALAQSPKP
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.000000 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_06g0713400 | SBH | 0.185495 | 0.734148 | 2.910670 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os06g49930 | SBH | 0.136030 | 0.476322 | 0.722779 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os06g0713400 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_06g0028970 | SBH | 0.900666 | 2.200527 | 4.340369 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_06g0006940 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.435386 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_06g0029170 | SBH | 0.0 | 0.000000 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_06g0007050 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_06g0018070 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 8.598825 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_06G0304200 | SBH | 0 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_06g0017570 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_06G0279100 | SBH | 2.3414015 | 12.884489 | 12.1672225 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_06g0017910 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_06g0017930 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_06g0017580 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_06g0018290 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_06g0017720 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_06G017680 | RBH | 0.241321 | 0.000000 | 1.306954 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_06g0017880 | RBH | 1.472878 | 15.858396 | 6.579690 |
