Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsIR64_08g0013290		OGI:08048010 \| 16/16			IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr08:17417812-17424184		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		AAAAGACTAGAGGGGGAACTGATCGAGCTGGTGCGCGACCGCCCGCGCATCAACCATCCCCATCTCCCTTCCGCTAGCATTTGTTCATTCGCACTCTTGTCATCGAAATATCAAGAGCCGGACGAACATGCAGGAACTGGAGTACTGGACGCACCATCACCCCTCAAAACAATCCAACATGGCGCCTCCGCTCGCACGTCTCCCGCCCGGAGATCTGCCGTGCGATCCCGATTCCACCCAAAATCCCTCCTCCGGATCCAATGCCATGAGCCAAACACAACACCACCCTGGCCGGCGACGCATCCGATCGAAGTGGATGCGGCCGAAAACCCCCAAAAGCAGTAGCAGCCGCAGCAGCAGGTAATCAAAGCCGAGGTATATGCGCCCAGAAAAGCACAGAACAAATTCGGTTTTATTTTTTCTCTCCAATTCTCCTCCAAATCCCGCTGCGAGAAAGCTAATTTAATCCGTCATGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTCTCTCCGCAAGCTATGAATCATCGTCGTCGTCATCAGCATCAGCAGCAGCAGGCCAGCAGCAGCCGTAGCAAATGTGAGGAATTGGGGAAAATCACGTTTCCGTGCATCGTTCGATCTCCAGTGCCTCGAGCGGTTCGTCCCTCCCGGCCAATCGAATTTTTTTTTTTTTGCCGTTACGATCTTGCCTTTTTTGCTTGCTTCTGGGGATTAATGAGCGTTTTCCCCTTCATTTTTTGCTCTATTAAATGATCCGAGACCGAGAGGAAACCTAGGGTTCCGTTGCATTCTCGCCCCCAATCCCAGCTCCACCCTTTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCACCAAATCGATCGAGCGCTTCCGCCGGCGTCCTAGCGGCTCAGGAGTCCCGATTTCGAGTTGTGGCAGTCGGTTTTGGTCTCCTGTTAGCTTAGATCCGCTCGATCCGATTTTCTCTGCTCGATCCCATTTCCGCTGCTCGATCCGATCTGGGGTACTATTCGTTTGATTTGCTCGGTTCTTTTAATTTTGTTCCTTGCTGGTTTCGGGTGGAGATCTATTGTGGAGGTCTGATCGATCTGTTGTTGCTATGGGTGCAAACCCTTGCAGGTTTTCAACCATGTCTCATTTCCCTAGCGGCTCAAGGGTGAAGTGCACGGTGCTTGCAGTGCTGTGTGGGAAGGTAGGCAAGCAGCGGGCGCCACCTTGTCCGGTGCCTGGGTCCCAGCGGCCGCGGCCATCGTACCCATTCCCGGAGTTAATCTCCTCCGGGAGGTTGGAGGTAAGTATCCTTTTGCTGCTTATTTTTTTTATGAGGAGTTTAATAGTAGGCTATAATCCAACTAGTAAACCTATGTGGAGGTGAGATAACATGGAGAATAAGAAGTGTTAGCTCTTGTGTAAAAGTTAGCTATACACATGCTCTAAGATAAGGGGCGGATCCAGTGTATAGTTACTGGTGTCAGATGACACCAATTATTTTTGCTAATTACATTATTAAATATGCTTGGAACTAATAAATTACTCTTAGAATTGGCATTTGCACCATGGTATGTGAAGAGTGACCCCAATGATATTTTTTATAGCTCCACCCCTGTCTAAGATAAATGCATTAATTAATTATATAAATGAGAAAAGAGAGAGAGAAGAAAAATAGAGACAACCTTATAACTAACTTGTTACACATGTGAGCCCTAATGCTACTTTTTGATTGGCTTATATCTAGTAGTTAGATCTACTATTAAACTTGCTCTTAAGTACATATTTTGTTTGTCAATTCTGAACTTAGCAAGCTGGGCATGCAGGTGCACATGCTGATCAACCCAACAGTTGATCAATTTCTGGAGGCACAACGTGCTTTGCAACCCCGCTTCATGTACCTCCAGGGTCAGCAGCTTGACAACGAAGAAAAAATTGGTACACTGGTCTGGGGCGATGCTGATGTATCTGATCCACAGATATTTAGTTCACTCATTCGTCCGCCTTTTCCTACCATAGTATGCACTAAACTCTGCTGATTTTCTATGCACTATACATTTTATCATGTCTAACTTAAACTAGCAAATGTTAGACAATACAAGAGCCCTAGAGTGTCTGCAGGGCTGGCGCCTAGGAAATTAGCAAGCATATTACATAAAAATTAGACAATACAACACTAAAATAGAAGCACAAGAGCACCTAAGGTTGGTTAGCCGTCTAGTACACAATGTAATGCATAATCCCAGGCGGCTAATAGGTGCCTAGCACCGGTTTTTAGAGCACTGATGTTTGGCTGCTTGGTGCTTCAGCTCCCAATAGCACCTGGACTATGCTTCTTTTAGCGCTACAGTCTATATAGCCAATATGCTTCTTTACATGTTTGGTTTACTGATCCATTTTAGTTATTAGTATGTGTTTGCTGATGAAGTTTGCCAATTTGTATAATTTGGGTGCTAGAGTGCTTGCTAATGTAGTTATCACTGCTCTTAGCATACGGTATTGATCTTTTAATTGAGTGATCAATAATACGATTAATTCATGCATGCATGCAGCTGGGATTAGAGCCGGGCAACAATTGCATCAATACTCTTATGGAGCCATAAATATGGGCATTTAGGTTATCTCATTGGGTTTCTTGGTTTAATGCGAGAAAAATACACGCCCGATAAAGTTATGCAGAGGGAGTAGTTCATAAATGCATGCATCCATGCTCCCTTTGTTATTGAGGTTGATTGTGATTTAAGGGCCAATTTAGAGATTAACAAATTGGCCCTTAAAATTACATATTTTGATTTTTGTTTTTTTTAACTTTTATAACCTTGTTTATATATTCCAGATATATTTGTAGCTACTAACAGTTAAATTTCCTTTTAACCTTCCTCTCTGCCTATTTTCCTGTTCAGTTTAGTTAAAGTTTTTCTTTTTTCCAATTTTTCCTTAGTCTTCTTCCTTGTAGCTACTCATCTTACCTTTAAAGCTCTAATACAGGTTTATTTGGAAGTTCCAAGTGGAGAAAAGATTGCTCAATCTCTTCAATCGAAGGTAGTTTGTTTTCTGATATTTTCAATTAGCTGTTTCTTATTTACGTTTGAGCTTGTAGATTGCTTATTGCTGCAAATCTCTTTTTGCCACATGGGTGGGTATCTGCTTGTTGCGATGCAATATCCAAATGTCCCTATTTATTGGTTAAAAAAATCATTTTCTTGTGAAGTATTATAGAGATTAGTTTCCATAAAACAATTACTACTAAACTGCATGTGTTTAACTTGTTTTGAATGGCATAGTGTGGTTCTATTGATGGAAATTTATATAATTATATGCTTTTAATGTCTGCAATCACTGTCCATTTTTCCACATGCTGATTACTAATTTACATTTTTTTGGCAGTTTTACTAAGCTTTTTTCTCCCCCAAAATACAATTCCTACTCTGCTATTACTTCGGAATCTTATTTCTAATTTCAGATTTGCAATTTTCACACTCTTTCATTGCTAGGGTATTTCATATATAATGTATTGGAGATATTCATTATCATCGTATGCAGCATCTCATTTTCGCCATTCCTTGATGTCAGTTGTTCAGAGGTATCATATCCGTCTTGCATTTGTTTAATATATTGTAAGCCTTTAAGTTTTGTTTCTTTATCCAGTAATTGTGTATTCCTGTTTGTAGCTCCTGTAGCCATGCATGGGATGCATTTCAGGTTGCATATGCTACTTTTGAACTGTATTGTGTAAGAAATAATGAGGTGCAACGTCTTATGCTTGGGCCTCATCTACTTGGGGATGCTCCAAGGATATATATCACCCCTCCTGGAAACGAAATGGCCGAGGAAGAAGATACCTCTGAATATTTTCCAGACATAAAGATATATGATGAAAATGTGAATTTGAAGCTTCTTATTTGTGGAGCACATTGCACCCTTGTAAGTTTAAGCGATCATGCCTATATTTTTCTTCTAAAATATGGCATTTTTCTTATTCCAAATCAATGATTGTACTTCCATCTCTTTTACAGGATTCATCTCTATTGAACTCACTAGAGGATGGTTTGAATGCTCTTCTCAATATTGAAGTATGTGTCAAATCCTCTTCTAGTTACCATGTGTTGCTGCCTTTTATTTTCTATGTCTAATTAATTAGTGCTGAGTTCTAAATAGAGTATTACCCCAAAGACCTATTTTGTAGAAGTGCTAGGTTATTGGAGTAATGAAGTACATGATGCTAACTTACAAATCAGAAATACTGCTGCATCATAAGTAACATGCTAGTGGCCACCGGCCAGTATTGCTAAGCACCTTATACAAGCTGGTGGGCCGGGGCTAGGTTCCAAAGTCCATACTTTTATGGTTATGGAGTGAAGCTCGATGTAGTTTAGTTGGAGTCTCACTTTCTGAGTTGTAAATTTTCATTTTAGACTATGCAGCATACCCACATCGAAAAACTTAGTAGTGGTGGTGGTGACTGGTGGGTGTGCCATCCCACCACCACCTATTTTGTTTGGTAGGATCTTCTGATTTGTGGATTTATTTTTTGATTGATGTGGGATTGCAAATGTACTTGTTTTTTCATGAAATATATACAAATTTTAAAATTGGAACTTGTATATTTGTTGATTTTTGCAATACAATGGTATTTTGCTAGTACCATTGTATGTAAATTTTATGTACCATGAATTTAGGAACAAGATAATATTGCACATACTTTTCATATTCTCTGTCCATTTTTGTCTATTAAACTGGACAAGAAAAATTATGCAAGTAGTAAAATTGTTGGTAGGGCCTTGTTAATGTTTGATTTTCTTCTCTCTTTTTTTCAGTTTCGATGGTGCAAACTCCAGGATAGAGTCAGGTATCTTCCGCTGCTATATAATACATATTCAATATCTCACAACCTGTTGTATCTTAAATACTATTGCTCATGTGTGAGTTATGTTTGTGCCTGTGTCCTTGCTTCAGTAACCATATCATAATTTTCTGTGCCACAGAAATATTTAAAGCTCAAACTGATGTTGTCTCAGTGAGCTA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Protein seq		MSHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVGKQRAPPCPGQQLDNEEKIGTLVWGDADVSDPQIFSSLIRPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKICNFHTLSLLGSCSHAWDAFQVAYATFELYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNEMAEEEDTSEYFPDIKIYDENVNLKLLICGAHCTLDSSLLNSLEDGLNALLNIEHTHIEKLSSGGGDWWFRWCKLQDRVSNHIIIFCATEIFKAQTDVVSLVSAHNISLCNAAPPLHVDSTLLDGMVTICCDITTSSSSHVSLLSGSPQTCFDDKVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVCLFDSQDVDWLLFFRTILDEAIGTSLYPHPPRWSASLAKDRVKGSMVSKPAR
Function		AT-rich interactive domain-containing protein 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6NQ79]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsIR64_08g0013290	OsIR64_08g0013290.02	Chr08	17418923	17424113	+	NAM
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Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsIR64_08g0013290	OsIR64_08g0013290.01	Chr08	17418923	17424113	+	NAM
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Protein seq	MSHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVGKQRAPPCPGQQLDNEEKIGTLVWGDADVSDPQIFSSLIRPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKICNFHTLSLLGSCSHAWDAFQVAYATFELYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNEMAEEEDTSEYFPDIKIYDENVNLKLLICGAHCTLDSSLLNSLEDGLNALLNIEHTHIEKLSSGGGDWWFRWCKLQDRVSNHIIIFCATEIFKAQTDVVSLVSAHNISLCNAAPPLHVDSTLLDGMVTICCDITTSSSSHVSLLSGSPQTCFDDKVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVCLFDSQDVDWLLFFRTILDEAIGTSLYPHPPRWSASLAKDRVKGSMVSKPAR More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsIR64_08g0013290	OsIR64_08g0013290.03	Chr08	17417812	17424184	+	IsoSeq
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Protein seq	KRLEGELIELVRDRPRINHPHLPSASICSFALLSSKYQEPDEHAGTGVLDAPSPLKTIQHGASARTSPARRSAVRSRFHPKSLLRIQCHEPNTTPPWPATHPIEVDAAENPQK

Event Type	Chromosome	Start	End	Strand	Alternative mRNAs	Total mRNAs	Source
RI	Chr08	17422599	17423220	+	OsIR64_08g0013290.03	OsIR64_08g0013290.03,OsIR64_08g0013290.02	All
SE	Chr08	17423220	17423627	+	OsIR64_08g0013290.03,OsIR64_08g0013290.02	OsIR64_08g0013290.03,OsIR64_08g0013290.02,OsIR64_08g0013290.01	All
SE	Chr08	17421854	17422599	+	OsIR64_08g0013290.01	OsIR64_08g0013290.03,OsIR64_08g0013290.02,OsIR64_08g0013290.01	All

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.044242	0.406149	0.822524

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_08g0361000	RBH	0.098156	0.798292	3.660006
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os08g27240	RBH	0.000000	0.115248	0.453384
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os08g0361000	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_08g0013340	RBH	0.123098	0.0	3.597636
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_08g0013370	SBH	0.235518	0.000000	1.432753
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_08g0013220	SBH	0.558408	0.000000	6.952973
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_08g0013550	RBH	0.061168	0.049923	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_08g0013190	RBH	0.861178	6.989181	2.950771
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_08G0254500	RBH	2.2502135	3.921672	4.3558255
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	NA	NA	NA	NA	NA
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_08G0279700	RBH	3.5743385	5.4047015	16.89886
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_08g0012840	SBH	0.000000	0.086443	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_08g0012980	RBH	0.107596	7.838734	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_08g0012860	RBH	0.000000	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_08g0018220	SBH	0.0	0.0	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_08g0012950	SBH	0.000000	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_08G013040	SBH	0.000000	1.226739	2.515425
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_08g0013130	SBH	0.000000	0.0	2.921517

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