Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_08g0361000 | OGI:08048010 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:16626925-16633252 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | GTTCATTCGCACTCTTGTCATCGAAATATCAAGAGCCGGACGAACATGCAGGAACTGGAGTACTGGACGCACCATCACCCCTCGAAGCAATCCAACATGGCGCCTCCGCTCGCACGTCTCCCGCCCGGAGACCTGCCGTGCGATCCCGATTCCTCCCAAAATCCCTCCTCCGGAGCCAATGCCATGAGCCAAACACAACAACACCCGGGCCTGCGACGCATCCGATCCGATCGAAATGGATGCGGCCGAAAAAACCCAAAAGCAGTAGCAGCCGCAGCAGCAGATAATCAAAGCTGATCGAGGTATGCGCCCAGAAAAGCACAGAACAAATTCGGTTTTAATTTTTCTCTCCAATTCTCCTTCCAAATCCTGCTGCGAGAAAGCTAATTTAATCCGACATGTTTTTTGTTTTTCTCTCCGCAAGCTATGAATCATCGTCGTCGTCATCAGCATCAGCATCAGCAGGCCAGCAGCAGCCGTAGCAAATGTGAGGAATTGGGGAAAATCACGTTTCCGTGCATCGTTCGATCTCCAGTGCCTCGAGCGGTTCGTCCCTCCCGGCCAATCGATTTTTTTTTTTTTTGCCGTTACGATTTTGCCTTTTTTGCTTCGCTTCTGGGGATTAATCGGCGTTTTCCCCTTCATTTTTGGCTCTATTAAATGATCCGAGACCGAGAGGAAACCTAGGGTTCCGTTGCATTCTCGCCCCCATATCCCAGCTCCACCCTTTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCACCACCAAATGGATCGAGCGCTTCCACCGGCGTCCTAGCGGCTCAGGAGTCCCGATTCCGAGTTGTGGCAGTCGGTTTTGGTCTCCTGTTAGCTTAGATCCGCTCGATCCGATTTTCTCTGCTCGATCCCATTTTCGCTGCTCGATCCGATCTGGGGTATTCGTTTGATTTGCTCGGTTCCTTTTGTGTTCCTTGTTGGTTTCGGGTGGAGAACTATTGTGGAGGTCTGATCGATCTGCTGTTGCTATGGGTGCAAACCCTTGCAGGTTTTCAACCATGCCTCATTTCCCTAGCGGCTCAAGGGTGAAGTGCACGGTGCTTGCAGTGCTGTGTGGGAAGGTAGGCAAGCAGCGGGCGCCACCTTGTCCGGTGCCTGGGTCCCAGCAGCAGCGGCCATCGTACCCATTCCCGGAGTTGATCTCGTCCGGGAGGTTGGAGGTAAGTATCCTTTTGCTGTTTATTTTTGTTAAGGAGCAAGTTTAATTGTAGGCTATAATCCATCTAGTATAAACCTATGTGGAGGAGAGATAACCTGGAGAATAAAAAGTGTTAAGCTCTTGTGTATAAAAAGTTAGCTATACACATGCTCTAAGATCAGGGGCGGATCCAGTGTATGGTTACTGATGACACCAATTATTTTTGCTAATTATATTATTAAATATGCTTGGAACTAATAAATTACTCTTAGAATTGGCATTTGCACCATGGTATGTGAAGAGTGACCTCAATGATATTTTTGATAGCTCCACCCCTGTCTACGATAAATGCATTAATTATATAAATGAGAAAAAGAGAGAGAAGAAAATTAGAGACAACCTTATAACTAATCTGTTACACATGTGAGCCCTAATGCTACTTTTTGATTAGCTTATATCTAGTAGTTAGATCTACTATTAAACTTGCTCTTAAGTACATATATTTTGTTTGTCAGTTCTGAACTTGGAAAGCTGGGCATGCAGGTGCACACGCTGATTAACCCTACAGTTGATGAATTTCTGGAGGCACAACGTGCTTTGCAACCCCGCTTCATGTACCTCCGGGGTCAGCAGCTTGACAACGAAGAAGAAATTGGTACACTTGTCTGGCGCGATGCTGATGTATCTGATCCACAGATACTTAGTTCACTCATTCGTCCGCCTTTTCCTACCATTGTATGCACTAAACTCTGCTGATTTTCTATGTACTATACATTTTATCATGTCTAACTTAAACTAGCAAATGTTAGACAATACAATAGCCCTAGAGTGTCTGCAGGGCTGGCGCCTAGGAAATTAGCAAGCATATTACATAAAAATTAGACAGTACAACACTAAATTAGATCGCACAAGAGCACCTAAGGATGGCTAGCCGTCTAGTACACAATGTAATGCCTAATCCCAGGCGGCTAATAGGCGCCTAGCACCGATTTTTAGAGCACTGATGTTTGGCTGCTTGGTGCTTCAGCTCCCAATAGCACCTGGACTATGCTTCTTTTAGCGCTGCAGTCTATATAGCCAATATGCTTCTTTACATGTTTGGTTTACTGATCCATTTTAGTTATTAGTGTTTGCTGATGAAGTTTGCCAATTTGTATAATTTGGGTGCTAGAGTGCTTGCTAATGTAGTTATCACTGCTCTTAGCATACGGTATTGATCTTTTAATTGAGTGATCGATAATACGATTAATTCATGCATGCATGCAGCTGGGATTAGAGCCAGGCAACAATTGCATCAATACTCTTATGGAGCCATAAATATGGGCATTTAGGCTATCTCATTGGGTTTCTTGGTTTAATGCGAGAAAAATACACGGCCGATATAGTTATGCAGAGGGAATAGTTCATAAATGCATGCATCCAGGCTCCCTTTGTTATTGAGGTTGATTGTGTTTTAAGGGCCAATTTAGAGATTAACTAATTGGCCCTTTAAAATTACATATTTTGGTTTTTGTTTTTTTTAACTCTTGTAACCTTGTTTATATATTCCAGATATATTTGTCTGACTTGTAGCTACTAACAATTAAATTTCTTTTTAACCTTCCTCTCTGCCTATTTTCCTGTTTAGTTTAGTGAAAGTTTTTTTTTTCCAATTTTTCCTTAGTCTTCTTCCTTGTAGCTACTCATATTACCTTTTAAGCTATAATACAGGTTTATTTGGAAGTTCCAAGTGGAGAAAAGATTGCTCAATCTCTTCAATCGAAGGTAGTCTGTTTTATGATATTTTCAATTAGCTGTTTCTTATTTACGTTTGAGCTTGTAGATTGCTTATTGCTGCAAATCTCCTTTTGCCACAGGTGGGTATCTGCTTGTTGCGATGCGATATCCAAATGTCCCTATTTATTGGTTAAAAAATCATTTTCTTGTGGAGTATTATAGAGATTAGTTTCCATAAAACAATTACTACTAAACTGCATGTGTTATAACTTGTTTTGATTGGCATAGTGTGGTTCTATTGATGGAAATTTTATATAATTACATGCTTTTAATGTCTGCAATCACTGTCCATTTTTCCACATTCTGATTACTAATTTACATTTTTTTTGGGTAGTTTTACTAAGCTTTCCCCCCCCCCACCCAAAATACAATTCCTAATGTGCTATTATACTTCGGAATCTTATTTCTAATTTCAGATTTGCAATTTTCACACTCTTTCATTGCTAGGGTATTTCATATATAATGTATTGGAGATATTCATTATCATCGTATGCAGCATCTCATTTTCGCCATTCCTTGATGTCAGTTGTTCAGAGGTATCATATCCGTCTTGCATTTGTTGAATATATTGTAAGCCATTAAGTTTTGTTTCTTTATCCAATAATTGTGTATTCCTGTTTGTAGCTCCTGTAGCCATGCATGGGATGCATTTCAGGTTGCATATGCTACTTTTCAACTGTATTGTGTAAGAAATAATGAGGTGCAACGTCTTATGCTTGGGCCTCATCTACTTGGGGATGCTCCAAGGATATATATCACCCCTCCTGGAAACGAAATAGCCGAGGAAGAAGATACCTCGGAATATTTTCCAGACATAAAGATATATGATGAAGATGTGAACTTGAAGCTTCTTATTTGTGGAGCACATTGCACCCTTGTAAGTTTAAGCGATCATGCCTATATTTTTCTTCTAAAATATGGCATTTTTCTTATTCCAAATCAATGATTGTACTTCCATCTCTTTTACAGGATTCATCTCTATTGAACTCACTAGAGGATGGTTTGAATGCTCTTCTCAATATTGAAGTATGTGTCAAATCCTCTTCTAGTTACCATGTGTTGCTGCCTTTTATTTTCTATGTCTAATTAATTAGTGCTGAGTTCTAAATAGAGTATTACCCCAAAGACCTATTTTGTAGAAGTGCTAGGTTATTGGAGTAATGAAGTACATGATGCTAACTTACAAATCAGAAATACTGCTGCATCATAAGTAACATGCTAGTGGCCACCGGCCAGTATTGCTAAGCACCTTATACAAGCTGGTGGGCCGGGGCTAGGTTCTAAAGTCCATACTTGTATGGTGATGGAATGAAGCTCGATGTAGTTTAGTTGGAGTCTCACTTTCTGAGTTGTAAATATTCATTTTAGACTATGCAGCATACCCACATCGAAAAACTTAGTAGTGGTGGTGGTGACTGGTGGGTGTGCCTTCCCACCACCTCCTATTTTGTTTGGTAGGATCTTCTGATTTGTGGATTTATTTTTTGATTGATGTAGGATTGCAAATGTATTTGTTTTTTCATGAAATATATACAAATTTTAAAATTGGAACTTGTATATTTGTTGATTTTTGCAATACAATGGTATTTTGCTAGTACCATTGTATGTAAATTTTATGTACCATGAATTTAGGAACAAGATAATATGGCACATACTTTTCATATTCTCTGTCCATTTTTTTCTATTAAATTGGACAAGAAAAATTATGCAAGTAGTAAAATTGTTGGTAGGGCCTTGTTAATGTTTGATTTTCTTCTCTCCTTTTTTCAGTTTCGATGGTGCAAACTCCAGGATAGAGTCAGGTATCTTCCGCTGCTATATAATACATATTCAATATCTCACAACCTGTTGTATCTTAAATACTATTGCTCATGTGTGTGTTATGTTTGTGCCTGTGTCCTTGCTTCAGTAATCATATCATAATTTTCTATGCCACAGAAATATTTAAAGCTCAAACTGATGTTGTCTCAGTGAGCTAACTTGTATTTTGCTGCTAGTATAATTTAAAGGTTAACTGAGGTAACATTTCCTATAGACTAAAGACAAAACTTAATGGTA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| CDS seq | ATGCCTCATTTCCCTAGCGGCTCAAGGGTGAAGTGCACGGTGCTTGCAGTGCTGTGTGGGAAGGTAGGCAAGCAGCGGGCGCCACCTTGTCCGGTGCCTGGGTCCCAGCAGCAGCGGCCATCGTACCCATTCCCGGAGTTGATCTCGTCCGGGAGGTTGGAGGTGCACACGCTGATTAACCCTACAGTTGATGAATTTCTGGAGGCACAACGTGCTTTGCAACCCCGCTTCATGTACCTCCGGGGTCAGCAGCTTGACAACGAAGAAGAAATTGGTACACTTGTCTGGCGCGATGCTGATGTATCTGATCCACAGATACTTAGTTCACTCATTCGTCCGCCTTTTCCTACCATTGTTTATTTGGAAGTTCCAAGTGGAGAAAAGATTGCTCAATCTCTTCAATCGAAGGTAGTCTGTTTTATGATATTTTCAATTAGCTGTTTCTTATTTACGTTTGAGCTTGTAGATTGCTTATTGCTGCAAATCTCCTTTTGCCACAGGTGGGTATCTGCTTGTTGCGATGCGATATCCAAATGTCCCTATTTATTGGTTAAAAAATCATTTTCTTGTGGAGTATTATAG
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| Protein seq | MPHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVGKQRAPPCPVPGSQQQRPSYPFPELISSGRLEVHTLINPTVDEFLEAQRALQPRFMYLRGQQLDNEEEIGTLVWRDADVSDPQILSSLIRPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKVVCFMIFSISCFLFTFELVDCLLLQISFCHRWVSACCDAISKCPYLLVKKSFSCGVL |
||||||||||
| Function | AT-rich interactive domain-containing protein 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6NQ79] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_08g0361000 | OsNip_08t0361000-01 | Chr08 | 16626925 | 16633250 | + | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGCCTCATTTCCCTAGCGGCTCAAGGGTGAAGTGCACGGTGCTTGCAGTGCTGTGTGGGAAGGTAGGCAAGCAGCGGGCGCCACCTTGTCCGGTGCCTGGGTCCCAGCAGCAGCGGCCATCGTACCCATTCCCGGAGTTGATCTCGTCCGGGAGGTTGGAGGTGCACACGCTGATTAACCCTACAGTTGATGAATTTCTGGAGGCACAACGTGCTTTGCAACCCCGCTTCATGTACCTCCGGGGTCAGCAGCTTGACAACGAAGAAGAAATTGGTACACTTGTCTGGCGCGATGCTGATGTATCTGATCCACAGATACTTAGTTCACTCATTCGTCCGCCTTTTCCTACCATTGTTTATTTGGAAGTTCCAAGTGGAGAAAAGATTGCTCAATCTCTTCAATCGAAGGTAGTCTGTTTTATGATATTTTCAATTAGCTGTTTCTTATTTACGTTTGAGCTTGTAGATTGCTTATTGCTGCAAATCTCCTTTTGCCACAGGTGGGTATCTGCTTGTTGCGATGCGATATCCAAATGTCCCTATTTATTGGTTAAAAAATCATTTTCTTGTGGAGTATTATAG
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| Protein seq | MPHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVGKQRAPPCPVPGSQQQRPSYPFPELISSGRLEVHTLINPTVDEFLEAQRALQPRFMYLRGQQLDNEEEIGTLVWRDADVSDPQILSSLIRPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKVVCFMIFSISCFLFTFELVDCLLLQISFCHRWVSACCDAISKCPYLLVKKSFSCGVL |
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_08g0361000 | OsNip_08t0361000-02 | Chr08 | 16626959 | 16633252 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | CCGGACGAACATGCAGGAACTGGAGTACTGGACGCACCATCACCCCTCGAAGCAATCCAACATGGCGCCTCCGCTCGCACGTCTCCCGCCCGGAGACCTGCCGTGCGATCCCGATTCCTCCCAAAATCCCTCCTCCGGAGCCAATGCCATGAGCCAAACACAACAACACCCGGGCCTGCGACGCATCCGATCCGATCGAAATGGATGCGGCCGAAAAAACCCAAAAGCAGTAGCAGCCGCAGCAGC
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| Protein seq | PDEHAGTGVLDAPSPLEAIQHGASARTSPARRPAVRSRFLPKSLLRSQCHEPNTTTPGPATHPIRSKWMRPKKPKSSSSRSS |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| RI | Chr08 | 16629801 | 16630402 | + | OsNip_08t0361000-01 | OsNip_08t0361000-02,OsNip_08t0361000-01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.098156 | 0.798292 | 3.660006 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g27240 | RBH | 0.000000 | 0.115248 | 0.453384 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0361000 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0013340 | RBH | 0.123098 | 0.0 | 3.597636 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0018000 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 1.365136 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0017940 | SBH | 0.000000 | 1.118082 | 2.507283 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0013550 | RBH | 0.061168 | 0.049923 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0013190 | RBH | 0.861178 | 6.989181 | 2.950771 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0013290 | RBH | 0.044242 | 0.406149 | 0.822524 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0279700 | RBH | 3.5743385 | 5.4047015 | 16.89886 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0017300 | SBH | 0.431156 | 0.220857 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0017570 | SBH | 0.672360 | 0.450635 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0012860 | RBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0018210 | SBH | 1.397239 | 1.263690 | 2.057820 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0017610 | SBH | 0.610785 | 8.585841 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G017810 | SBH | 0.634735 | 2.763676 | 2.903577 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0013130 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 2.921517 |
