Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsKeNa_08g0018000 | OGI:08064480 | 16/16 | KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:23182307-23195315 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MPHFPSGSRVKCTMLAVLCGKVGKQRMPPDPVPESQRPRPSFPFPELISSGRLDVHTLINPTVDQFLEAQRALQPRFMYFQGQQLDKEEEIGRLVWGDADVSDPQIFSSLICPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKGISYIMYWRYSLSSFAASHFRHSLMSVVPSSCSHAWDAFQLAYTSFEQYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNKMAEEEDTSEYFPDIKIYDEDVHLKLLICGAHCTPIRFIYIELTRGWFECSSQ |
||||||||||
| Function | AT-rich interactive domain-containing protein 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6NQ79] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsKeNa_08g0018000 | OsKeNa_08g0018000.01 | Chr08 | 23182592 | 23195295 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgtcagttgttccgagctcatgcagccatgcatgggatgcatttcagcttgcatatacttcgtttgaacaatactgcgattcatctatattgaactcactagaggatggtttgaatgctcttctcaatattgaaactgtgcagcatacccacatccaagaacttagtagtagtggtggtgactgtgctgctcctcctcttcatgttgattcaactctattagacggggtggttacaatatgttgtgatatcacaacatccagttcttcacacgtgtcactgcttcattctggcagtccgcaaacctgttttgatgacaagcttttggagaagcatattaagaaagaacttattgagagccgccggttagttcgtgttgtctcagttagcgaggatgatagaccatcttcagccgagcctttgacttcaatgtccgtggcttctggagcttccacttttgaagtcttgatgaccttacctaagtgggcagcacaggttttgaaatatcttgctcaagaaacgtcttacaaaagcctggttccacttggaattgcttctgtaaatggcactccagtatcttcgttcgatagacaagatgtggatcggcttcttttcttttgcacaaaccaagatgaagatgaagctattgcaaatggtctatatcaccatccgccaagatggtctgcatcccttgcgaaggacagagtgaagggaaatatggtgtcaaaaccaggtgaaggatacaagggcaatggcaatttgtag
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| Protein seq | MSVVPSSCSHAWDAFQLAYTSFEQYCDSSILNSLEDGLNALLNIETVQHTHIQELSSSGGDCAAPPLHVDSTLLDGVVTICCDITTSSSSHVSLLHSGSPQTCFDDKLLEKHIKKELIESRRLVRVVSVSEDDRPSSAEPLTSMSVASGASTFEVLMTLPKWAAQVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVSSFDRQDVDRLLFFCTNQDEDEAIANGLYHHPPRWSASLAKDRVKGNMVSKPGEGYKGNGNL
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsKeNa_08g0018000 | OsKeNa_08g0018000.02 | Chr08 | 23182307 | 23195315 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | atgcctcatttcccgagcggctcaagggtgaagtgcacgatgctcgcagtgctgtgcggtaaggtaggcaagcagcggatgccacctgatccagtgcccgagtcccagcggccgcggccgtcattcccattcccggagttgatctcatccgggaggttggacgtgcacacgctgatcaatcctacggttgatcaatttctggaggcacaacgtgctttgcagccccgcttcatgtacttccagggtcagcagcttgacaaggaggaagaaattggtagacttgtctggggcgatgctgatgtatcggatccacagatattttcttcactcatttgtccgccttttcctaccatagtttatttggaagttccaagtggagaaaagattgctcaatctcttcaatcgaaggggatttcatatataatgtattggagatattcattatcatcgtttgcagcatctcattttcgccattccttgatgtcagttgttccgagctcatgcagccatgcatgggatgcatttcagcttgcatatacttcgtttgaacaatactgcgtaagaaataatgaggtgcaacgtctcatgcttgggcctcatctacttggggatgctccaaggatatatatcacccctcctggaaacaaaatggctgaggaagaagatacctccgaatattttccagacataaagatatacgatgaagatgtgcacttaaagcttcttatttgtggagcacattgcacccctataagattcatctatattgaactcactagaggatggtttgaatgctcttctcaa
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| Protein seq | MPHFPSGSRVKCTMLAVLCGKVGKQRMPPDPVPESQRPRPSFPFPELISSGRLDVHTLINPTVDQFLEAQRALQPRFMYFQGQQLDKEEEIGRLVWGDADVSDPQIFSSLICPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKGISYIMYWRYSLSSFAASHFRHSLMSVVPSSCSHAWDAFQLAYTSFEQYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNKMAEEEDTSEYFPDIKIYDEDVHLKLLICGAHCTPIRFIYIELTRGWFECSSQ
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr08 | 23182623 | 23182713 | - | OsKeNa_08g0018000.02 | OsKeNa_08g0018000.01,OsKeNa_08g0018000.02 | All |
| A3 | Chr08 | 23185229 | 23185746 | - | OsKeNa_08g0018000.02 | OsKeNa_08g0018000.01,OsKeNa_08g0018000.02 | All |
| A5 | Chr08 | 23184753 | 23185039 | - | OsKeNa_08g0018000.02 | OsKeNa_08g0018000.01,OsKeNa_08g0018000.02 | All |
| MX | Chr08 | 23183485 | 23184697 | - | OsKeNa_08g0018000.02 | OsKeNa_08g0018000.01,OsKeNa_08g0018000.02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.000000 | 1.365136 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
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| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g35050 | SBH | 0.890544 | 0.930738 | 0.881747 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0451700 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0018130 | SBH | 0.231759 | 1.479577 | 6.358894 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0018020 | RBH | 0.298112 | 4.741985 | 3.014068 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0017940 | RBH | 0.000000 | 1.118082 | 2.507283 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0018190 | SBH | 0.465441 | 0.533887 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0018070 | RBH | 5.474795 | 15.647523 | 14.244743 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0352900 | SBH | 8.334441 | 14.150129 | 12.079542 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0017970 | SBH | 0.436620 | 0.657838 | 2.465963 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0370100 | SBH | 9.0515035 | 15.4582955 | 14.557594 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0017300 | SBH | 0.431156 | 0.220857 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0017570 | SBH | 0.672360 | 0.450635 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0017400 | SBH | 9.516006 | 23.129610 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0018240 | SBH | 0.355332 | 0.463865 | 0.440228 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0017610 | SBH | 0.610785 | 8.585841 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G017840 | RBH | 0.225481 | 1.810848 | 1.284249 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0017880 | SBH | 1.341773 | 17.909979 | 11.033903 |
