Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsN22_08G013040		OGI:08048010 \| 16/16			N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr08:17333531-17338893		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		ATGGGTGCAAACCCTTGCAGGTTTTCAACCATGTCTCATTTCCCTAGCGGCTCAAGGGTGAAGTGCACGGTGCTTGCAGTGCTGTGTGGGAAGGTAGGCAAGCAGCGGGCGCCACCTTGTCCGGTGCCTGGGTCCCAGCGGCCGCGGCCATCGTACCCATTCCCGGAGTTAATCTCCTCCGGGAGGTTGGAGGTAAGTATCCTTTTGCTGCTTATTTTTTTTATGAGGAGTTTAATAGTAGGCTATAATCCAACTAGTAAACCTATGTGGAGGTGAGATAACATGGAGAATAAGAAGTGTTAGCTCTTGTGTAAAAGTTAGCTATACACATGCTCTAAGATAAGGGGCGGATCCAGTGTATAGTTACTGGTGTCAGATGACACCAATTATTTTTGCTAATTACATTATTAAATATGCTTGGAACTAATAAATTACTCTTAGAATTGGCATTTGCACCATGGTATGTGAAGAGTGACCCCAATGATATTTTTTATAGCTCCACCCCTGTCTAAGATAAATGCATTAATTAATTATATAAATGAGAAAAGAGAGAGAGAAGAAAAATAGAGACAACCTTATAACTAACTTGTTACACATGTGAGCCCTAATGCTACTTTTTGATTGGCTTATATCTAGTAGTTAGATCTACTATTAAACTTGCTCTTAAGTACATATTTTGTTTGTCAATTCTGAACTTAGCAAGCTGGGCATGCAGGTGCACATGCTGATCAACCCAACAGTTGATCAATTTCTGGAGGCACAACGTGCTTTGCAACCCCGCTTCATGTACCTCCAGGGTCAGCAGCTTGACAACGAAGAAAAAATTGGTACACTGGTCTGGGGCGATGCTGATGTATCTGATCCACAGATATTTAGTTCACTCATTCGTCCGCCTTTTCCTACCATAGTATGCACTAAACTCTGCTGATTTTCTATGCACTATACATTTTATCATGTCTAACTTAAACTAGCAAATGTTAGACAATACAAGAGCCCTAGAGTGTCTGCAGGGCTGGCGCCTAGGAAATTAGCAAGCATATTACATAAAAATTAGACAATACAACACTAAAATAGAAGCACAAGAGCACCTAAGGTTGGTTAGCCGTCTAGTACACAATGTAATGCATAATCCCAGGCGGCTAATAGGTGCCTAGCACCGGTTTTTAGAGCACTGATGTTTGGCTGCTTGGTGCTTCAGCTCCCAATAGCTCCTGGACTATGCTTCTTTTAGCGCTACAGTCTATATAGCCAATATGCTTCTTTACATGTTTGGTTTACTGATCCATTTTAGTTATTAGTACGTGTTTGCTGATGAAGTTTGCCAATTTGTATAATTTGGGTGCTAGAGTGCTTGCTAATGTAGTTATCACTGCTCTTAGCATACGGTATTGATCTTTTAATTGAGTGATCAATAATACGATTAATTCATGCATGCATGCAGCTGGGATTAGAGCCGGGCAACAATTGCATCAATACTCTTATGGAGCCATAAATATGGGCATTTAGGTTATCTCATTGGGTTTCTTGGTTTAATGCGAGAAAAATACACGCCCGATAAAGTTATGCAGAGGGAGTAGTTCATAAATGCATGCATCCATGCTCCCTTTGTTATTGAGGTTGATTGTGATTTAAGGGCCAATTTAGAGATTAACAAATTGGCCCTTAAAATTACATATTTTGATTTTTGTTTTTTTAACTTTTATAACCTTGTTTATATATTCCAGATATATTTGTAGCTACTAACAGTTAAATTTCCTTTTAACCTTCCTCTCTGCCTATTTTCCTGTTCAGTTTAGTTAAAGTTTTTCTTTTTTCCAATTTTTCCTTAGTCTTCTTCCTTGTAGCTACTCATCTTACCTTTAAAGCTCTAATACAGGTTTATTTGGAAGTTCCAAGTGGAGAAAAGATTGCTCAATCTCTTCAATCGAAGGTAGTTTGTTTTCTGATATTTTCAATTAGCTGTTTCTTATTTACGTTTGAGCTTGTAGATTGCTTATTGCTGCAAATCTCTTTTTGCCACATGGGTGGGTATCTGCTTGTTGCGATGCAATATCCAAATGTCCCTATTTATTGGTTAAAAAAATCATTTTCTTGTGAAGTATTATAGAGATTAGTTTCCATAAAACAATTACTACTAAACTGCATGTGTTTAACTTGTTTTGAATGGCATAGTGTGGTTCTATTGATGGAAATTTATATAATTATATGCTTTTAATGTCTGCAATCACTGTCCATTTTTCCACATGCTGATTACTAATTTACATTTTTTTGGCAGTTTTACTAAGCTTTTTTCTCCCCCAAAATACAATTCCTACTCTGCTATTACTTCGGAATCTTATTTCTAATTTCAGATTTGCAATTTTCACACTCTTTCATTGCTAGGGTATTTCATATATAATGTATTGGAGATATTCATTATCATCGTATGCAGCATCTCATTTTCGCCATTCCTTGATGTCAGTTGTTCAGAGCTATCATATCCGTCTTGCATTTGTTTAATATATTGTAAGCCTTTAAGTTTTGTTTCTTTATCCAGTATTGTGTATTCCTGTTTGTAGCTCCTGTAGCCATGCATGGGATGCATTTCAGGTTGCATATGCTACTTTTGAACTGTATTGTGTAAGAAATAATGAGGTGCAACGTCTTATGCTTGGGCCTCATCTACTTGGGGATGCTCCAAGGATATATATCACCCCTCCTGGAAACGAAATGGCCGAGGAAGAAGATACCTCTGAATATTTTCCAGACATAAAGATATATGATGAAAATGTGAATTTGAAGCTTCTTATTTGTGGAGCACATTGCACCCTTGTAAGTTTAAGCGATCATGCCTATATTTTTCTTCTAAAATATGGCATTTTTCTTATTCCAAATCAATGATTGTACTTCCATCTCTTTTACAGGATTCATCTCTATTGAACTCACTAGAGGATGGTTTGAATGCTCTTCTCAATATTGAAGTATGTGTCAAATCCTCTTCTAGTTACCATGTGTTGCTGCCTTTTATTTTCTATGTCTAATTAATTAGTGCTGAGTTCTAAATAGAGTATTACCCCAAAGACCTATTTTGTAGAAGTGCTAGGTTATTGGAGTAATGAAGTACATGATGCTAACTTACAAATCAGAAATACTGCTGCATCATAAGTAACATGCTAGTGGCCACCGGCCAGTATTGCTAAGCACCTTATACAAGCTGGTGGGCCGGGGCTAGGTTCCAAAGTCCATACTTTTATGGTTATGGAGTGAAGCTCGATGTAGTTTAGTTGGAGTCTCACTTTCTGAGTTGTAAATTTTCATTTTAGACTATGCAGCATACCCACATCGAAAAACTTAGTAGTGGTGGTGGTGACTGGTGGGTGTGCCATCCCACCACCACCTATTTTGTTTGGTAGGATCTTCTGATTTGTGGATTTATTTTTTGATTGATGTGGGATTGCAAATGTACTTGTTTTTTCATGAAATATATACAAATTTTAAAATTGGAACTTGTATATTTGTTGATTTTTGCAATACAATGGTATTTTGCTAGTACCATTGTATGTAAATTTTATGTACCATGAATTTAGGAACAAGATAATATTGCACATACTTTTCATATTCTCTGTCCATTTTTGTCTATTAAACTGGACAAGAAAAATTATGCAAGTAGTAAAATTGTTGGTAGGGCCTTGTTAATGTTTGATTTTCTTCTCTCTTTTTTTTCAGTTTCGATGGTGCAAACTCCAGGATAGAGTCAGGTATCTTCCGCTGCTATATAATACATATTCAATATCTCACAACCTGTTGTATCTTAAATACTATTGCTCATGTGTGAGTTATGTTTGTGCCTGTGTCCTTGCTTCAGTAATCATATCATAATTTTCTGTGCCACAGAAATATTTAAAGCTCAAACTGATGTTGTCTCAGTGAGCTAACTTGTATTTTGCTGCTACTATAATTTAAAGGTTAACTGAGGTAACATTCCCTATAGACTAAAGACAAAACTTAATGGTAACATAAATTAAATACTTTTATTGGTGTGTCTTGTAAAATGTAAACTAAAGTGCGGTAGAGTATTTAACCTGTATCCTTTTGTAATCATATTTAAACTTTTAAAGTTATGCTTCTTATTCTTATTTGCAGTTATGCATGGTTGCTTGCACGATTACTATAAAATTTTTAGCTTGTTTCTGCTCACAACATTTCTCTTTGCAGCGCTGCTCCTCCTCTTCATGTTGATTCAACTCTGTTGGACGGGATGGTTACAATTTGTTGTGATATCACAACATCTAGTTCTTCCCACGTGTCACTGCTTTCTGGCAGTCCACAGATCTGTTTTGATGATAAGGTATGGTTTTTGTAATTATGGAGCATTTTTTAGTCTTCAGTTTGATATTTGCAGTGTCATATGTTGTTTTATGGCATTATGTAGCTTTTGGAGAAGCATATTAAAAAAGAACTTATTGACAGCCGCCGGTTAGTTCGTGTTGTCTCGGTTAGCAAGGATGGACCATCTTCAGCTGAGCCGTTGACTTCAATGTCCGTGGCTTCTGGAGCTTCCACTTTTGAAGTCTTGATGACCTTACCTAGGTGGGTAGCACAGGTTAATTTTCTTCTGAAAAGTTTAAATGTTACTGACTAGACAGCTTGGTAATATGTGTGATATACTGACAGTTTATCCACTACTAAACTAAAACATAAGGTGTTATATACCCTTCTTCATCACTGACTGAAAAATCGTTTGAACTGTGTAGGTTTTGAAATATCTTGCTCAAGAAACATCTTACAAAAGCCTGGTTCCACTTGGAATTGCTTCTGTAAATGGTACTCCAGTTTGTTTGTTCGATAGTCAAGATGTGGATTGGCTTCTTTTCTTTCGCACAATCCAAGATGAAGCTATTGGAACTAGTCTATATCCCCATCCGCCAAGATGGTCTGCATCCCTTGCGAAGGACAGAGTTAAGGGAAGTATGGTGTCAAAACCAGGTAATTCTTAGTGCAAACCGAGTTGGAGTG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Function		AT-rich interactive domain-containing protein 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6NQ79]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsN22_08G013040	OsN22_08G013040_02	Chr08	17333531	17338750	+	NAM
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Protein seq	MGANPCRFSTMSHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVYLEVPSGEKIAQSLQSKVAYATFELYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNEMAEEEDTSEYFPDIKIYDENVNLKLLICGAHCTLDSSLLNSLEDGLNALLNIEFRWCKLQDRVSAAPPLHVDSTLLDGMVTICCDITTSSSSHVSLLSGSPQICFDDKLLEKHIKKELIDSRRLVRVVSVSKDGPSSAEPLTSMSVASGASTFEVLMTLPRWVAQVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVCLFDSQDVDWLLFFRTIQDEAIGTSLYPHPPRWSASLAKDRVKGSMVSKPAR More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsN22_08G013040	OsN22_08G013040_03	Chr08	17338684	17338893	+	IsoSeq
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Protein seq	MNLSCFCCGSHYLVVGLLSATKFE

Event Type	Chromosome	Start	End	Strand	Alternative mRNAs	Total mRNAs	Source
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Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.000000	1.226739	2.515425

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_08g0451700	SBH	1.499492	1.491491	3.488993
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os08g27240	RBH	0.000000	0.115248	0.453384
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os08g0451700	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_08g0013340	RBH	0.123098	0.0	3.597636
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_08g0013370	RBH	0.235518	0.000000	1.432753
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_08g0013220	RBH	0.558408	0.000000	6.952973
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_08g0013550	RBH	0.061168	0.049923	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_08g0013190	RBH	0.861178	6.989181	2.950771
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_08G0254500	RBH	2.2502135	3.921672	4.3558255
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_08g0017980	SBH	0.0	0.0	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_08G0279700	RBH	3.5743385	5.4047015	16.89886
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_08g0017310	SBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_08g0017580	SBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_08g0017410	SBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_08g0018240	SBH	0.355332	0.463865	0.440228
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_08g0012950	RBH	0.000000	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	NA	NA	NA	NA	NA
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_08g0017910	SBH	0.303867	7.227434	4.871121

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