Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsCMeo_08g0013220 | OGI:08048010 | 16/16 | CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:16120004-16126143 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | agccaaacacaacaacacccgggcctgcgacgcatccgatccgatcgaaatggatgcggccgaaaaaacccaaaagcagtagcagccgcagcagcagataatcaaagctgatcgaggtatgcgcccagaaaagcacagaacaaattcggttttaaTttttctctccaattctccttccaaatcctgctgcgagaaagctaatttaatccgacatgttttttgtttttctctccgcaagctatgaatcatcgtcgtcgtcatcagcatcagcatcagcaggccagcagcagccgtagcaaatgtgaggaattggggaaaatcacgtttccgtgcatcgttcgatctccagtgcctcgagcggttcgtccctcccggccaatcgatttttttttttttgccgttacgattttgccttttttgcttcgcttctggggattaatcggcgttttccccttcatttttggctctattaaatgatccgagaccgagaggaaacctagggttccgttgcattctcgcccccatatcccagctccaccctttcctcctcctccgccgccgccaccaccaaatcgatcgagcgcttccaccggcgtcctagcggctcaggagtcccgattccgagttgtggcagtcggttttggtctcctgttagcttagatctgctcgatccgattttctctgctcgatcccattttcgctgctcgatccgatctggggtattcgtttgatttgctcggttccttttgtgttccttgttggtttcgggtggagaactattgtggaggtctgatcgatctgctgttgctatgggtgcaaacccttgcaggttttcaaccatgcctcatttccctagcggctcaagggtgaagtgcacggtgcttgcagtgctgtgtgggaaggtaggcaagcagcgggcgccaccttgtccggtgcctgggtcccagcagcagcggccatcgtacccattcccggagttgatctcgtccgggaggttggaggtaagtatccttttgctgtttatttttgttaaggagcaagtttaattgtaggctataatccatctagtataaacctatgtggaggagagataacctggagaataaaaagtgttaagctcttatgtataaaaagttagctatacacatgctctaagatcaggggcggatccagtgtatggttactgatgacaccaattatttttgctaattatattattaaatatgcttggaactaataaattactcttagaattggcatttgcaccatggtatgtgaagagtgacctcaatgatatttttgatagctccacccctgtctacgataaatgcattaattatataaatgagaaaaagagagagaagaaaattagagacaaccttataactattctgttacacatgtgagccctaatgctactttttgattagcttatatctagtagttagatctactattaaacttgctcttaagtacatatattttgtttgtcagttctgaacttggaaagctgggcatgcaggtgcacacgctgattaaccctacagttgatgaatttctggaggcacaacgtgctttgcaaccccgcttcatgtacctccggggtcagcagcttgacaacgaagaagaaattggtacacttgtctggcgcgatgctgatgtatctgatccacagatacttagttcactcattcgtccgccttttcctaccattgtatgcactaaactctgctgattttctatgtactatacattttatcatgtctaacttaaactagcaaatgttagacaatacaatagccctagagtgtctgcagggctggcgcctaggaaattagcaagcatattacataaaaattagacagtacaacactaaattagatcgcacaagagcacctaaggatggctagccgtctagtacacaatgtaatgcctaatcccaggcggctaataggcgcctagcaccgatttttagagcactgatgtttggctgctttgtgcttcagctcccaatagcacctggactatgcttcttttagcgctgcagtctatatagccaatatgcttctttacatgtttggtttactgatccattttagttattagtgtttgctgatgaagtttgccaatttgtataatttgggtgctagagtgcttgctaatgtagttatcactgctcttagcatacggtattgatcttttaattgagtgatcgataatacgattaattcatgcatgcatgcagctgggattagagccaggcaacaattgcatcaatactcttatggagccataaatatgggcatttaggctatctcattgggtttcttggtttaatgcgagaaaaatacacggccgatatagttatgcagagggaatagttcataaatgcatgcatccaggctccctttgttattgaggttgattgtgatttaagggccaatttagagattaactaattggccctttaaaattacatattttggtttttgttttttttaactcttgtaaccttgtttatatattccagatatatttgtctgacttgtagctactaacaattaaatttctttttaaccttcctctctgcctattttcctgtttagtttagtgaaagttttttttttccaatttttccttagtcttcttccttgtagctactcatattaccttttaagctataatacaggtttatttggaagttccaagtggagaaaagattgctcaatctcttcaatcgaaggtagtctgttttatgatattttcaattagctgtttcttatttacgtttgagcttgtagattgcttattgctgcaaatctccttttgccacaggtgggtatctgcttgttgcgatgcgatatccaaatgtccctatttattggttaaaaaatcattttcttgtggagtattatagagattagtttccataaaacaattactactaaactgcatgtgttataacttgttttgattggcatagtgtggttctattgatggaaattttatataattacatgcttttaatgtctgcaatcactgtccatttttccacattctgattactaatttacattttttttgggtagttttactaagcttccccccccccccccccaaaatacaattcctaatgtgctattatacttcggaatcttatttctaatttcagatttgcaattttcacactctttcattgctagggtatttcatatataatgtattggagatattcattatcatcgtatgcagcatctcattttcgccattccttgatgtcagttgttcagaggtatcatatccgtcttgcatttgttgagtatattgtaagccattaagttttgtttctttatccaataattgtgtattcctgtttgtagctcctgtagccatgcatgggatgcatttcaggttgcatatgctacttttcaactgtattgtgtaagaaataatgaggtgcaacgtcttatgcttgggcctcatctacttggggatgctccaaggatatatatcacccctcctggaaacgaaatagccgaggaagaagatacctcggaatattttccagacataaagatatatgatgaagatgtgaacttgaagcttcttatttgtggagcacattgcacccttgtaagtttaagcgatcatgcctatatttttcttctaaaatatggcatttttcttattccaaatcaatgattgtacttccatctcttttacaggattcatctctattgaacttactagaggatggtttgaatgctcttctcaatattgaagtatgtgtcaaatcctcttctagttaccatgtgttgctgccttttattttctatgtctaattaattagtgctgagttctaaatagagtattaccccaaagacctattttgtagaagtgctaggttattggagtaatgaagtacatgatgctaacttacaaatcagaaatactgctgcatcataagtaacatgctagtggccaccggccagtattgctaagcaccttatacaagctggtgggccggggctaggttctaaagtccatacttgtatggtgatggaatgaagctcgatgtagtttagttggagtctcactttctgagttgtaaatattcattttagactatgcagcatacccacatcgaaaaacttagtagtggtggtggtgactggtgggtgtgccttcccaccacctcctattttgtttggtaggatcttctgatttgtggatttaTtttttgattgatgtaggattgcaaatgtatttgttttttcatgaaatatatacaaattttaaaattggaacttgtatatttgttgatttttgcaatacaatggtattttgctagtaccattgtatgtaaattttatgtaccatgaatttaggaacaagataatatggcacatacttttcatattctctgtccatttttttctattaaattggacaagaaaaattatgcaagtagtaaaattgttggtagggccttgttaatgtttgattttcttctctccttttttcagtttcgatggtgcaaactccaggatagagtcaggtatgttccgctgctatataatacatattcaatatctcacaacctgttgtatcttaaatactattgctcatgtgtgtgttatgtttgtgcctgtgtccttgcttcagtaatcatatcataattttctatgccacagaaatatttaaagctcaaactgatgttgtctcagtgagctaacttgtattttgctgctactataatttaaaggttaactgaggtaacatttcctatagactaaagacaaaacttaatggtaacataaattataaatgcttttattggtgtgtcttgtaaaatgtaaactaaagtgccgtagagtatttaacctgtatccttttgtaatcatattttaacttttaaagttatgcttcttattcttatttgcagttatgcatggttgcttgcacgattactataaaatttttagcttgtttctgctcac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| Protein seq | MGANPCRFSTMPHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVYLEVPSGEKIAQSLQSKICNFHTLSLLGYFIYNVLEIFIIIVCSISFSPFLDVSCSEVSYPSCSHAWDAFQVAYATFQLYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNEIAEEEDTSEYFPDIKIYDEDVNLKLLICGAHCTLDSSLLNLLEDGLNALLNIETMQHTHIEKLSSGGGDWWFRWCKLQDRVSAAPPLHVDSTLLDGMVTICCDITTSSSSHVSLLLSGSPQTCFDDKLLEKHIKKELIESRQLVRVVSVSEDGPSSAEPLTSMSVASGASTFEVLMTLPKWAAQVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVCSFDSQDVDWLLFFRTIQDEAIGTSLYPHPPRWSASLAKNRVKGSMVSKPAR |
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| Function | AT-rich interactive domain-containing protein 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6NQ79] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_08g0013220 | OsCMeo_08g0013220.02 | Chr08 | 16120813 | 16125993 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgggtgcaaacccttgcaggttttcaaccatgcctcatttccctagcggctcaagggtgaagtgcacggtgcttgcagtgctgtgtgggaaggtttatttggaagttccaagtggagaaaagattgctcaatctcttcaatcgaagatttgcaattttcacactctttcattgctagggtatttcatatataatgtattggagatattcattatcatcgtatgcagcatctcattttcgccattccttgatgtcagttgttcagaggtatcatatccctcctgtagccatgcatgggatgcatttcaggttgcatatgctacttttcaactgtattgtgtaagaaataatgaggtgcaacgtcttatgcttgggcctcatctacttggggatgctccaaggatatatatcacccctcctggaaacgaaatagccgaggaagaagatacctcggaatattttccagacataaagatatatgatgaagatgtgaacttgaagcttcttatttgtggagcacattgcacccttgattcatctctattgaacttactagaggatggtttgaatgctcttctcaatattgaaactatgcagcatacccacatcgaaaaacttagtagtggtggtggtgactggtggtttcgatggtgcaaactccaggatagagtcagcgctgctcctcctcttcatgttgattcaactctgttggacgggatggttacaatatgttgtgatatcacaacatctagttcttcccatgtgtcactgcttctttctggcagtccacagacctgttttgatgataagcttttggagaagcatattaaaaaagaacttattgagagccgccagttagttcgtgttgtctcggttagcgaggatgggccatcttcagctgagccgttgacttcaatgtccgtggcttctggagcttccacttttgaagtcttgatgaccttacctaagtgggcagcacaggttttgaaatatcttgctcaagaaacatcttacaaaagcctggttccacttggaattgcttctgtaaatggtactccagtttgttcattcgatagtcaagatgtggattggcttcttttctttcgcacaatccaagatgaagctattggaactagtctatatccccatccgccaagatggtctgcatcccttgcgaagaacagagttaagggaagtatggtgtcaaaaccagctaggtga
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| Protein seq | MGANPCRFSTMPHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVYLEVPSGEKIAQSLQSKICNFHTLSLLGYFIYNVLEIFIIIVCSISFSPFLDVSCSEVSYPSCSHAWDAFQVAYATFQLYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNEIAEEEDTSEYFPDIKIYDEDVNLKLLICGAHCTLDSSLLNLLEDGLNALLNIEFRWCKLQDRVSAAPPLHVDSTLLDGMVTICCDITTSSSSHVSLLLSGSPQTCFDDKLLEKHIKKELIESRQLVRVVSVSEDGPSSAEPLTSMSVASGASTFEVLMTLPKWAAQVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVCSFDSQDVDWLLFFRTIQDEAIGTSLYPHPPRWSASLAKNRVKGSMVSKPAR
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_08g0013220 | OsCMeo_08g0013220.03 | Chr08 | 16120004 | 16126143 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | atgctcttctcaatattgaatttcgatggtgcaaactccaggatagagtcagcgctgctcctcctcttcatgttgattcaactctgttggacgggatggttacaatatgttgtgatatcacaacatctagttcttcccatgtgtcactgcttctttctggcagtccacagacctgttttgatgataagcttttggagaagcatattaaaaaagaacttattgagagccgcc
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| Protein seq | MLFSILNFDGANSRIESALLLLFMLIQLCWTGWLQYVVISQHLVLPMCHCFFLAVHRPVLMISFWRSILKKNLLRAA |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr08 | 16122746 | 16123207 | + | OsCMeo_08g0013220.01,OsCMeo_08g0013220.02 | OsCMeo_08g0013220.01,OsCMeo_08g0013220.02,OsCMeo_08g0013220.03 | All |
| SE | Chr08 | 16123785 | 16124530 | + | OsCMeo_08g0013220.02 | OsCMeo_08g0013220.01,OsCMeo_08g0013220.02,OsCMeo_08g0013220.03 | All |
| A5 | Chr08 | 16123295 | 16123384 | + | OsCMeo_08g0013220.01,OsCMeo_08g0013220.02 | OsCMeo_08g0013220.01,OsCMeo_08g0013220.02,OsCMeo_08g0013220.03 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.558408 | 0.000000 | 6.952973 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0451700 | SBH | 1.499492 | 1.491491 | 3.488993 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g27240 | RBH | 0.000000 | 0.115248 | 0.453384 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0451700 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0013340 | RBH | 0.123098 | 0.0 | 3.597636 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0013370 | RBH | 0.235518 | 0.000000 | 1.432753 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0013550 | RBH | 0.061168 | 0.049923 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0013190 | RBH | 0.861178 | 6.989181 | 2.950771 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0254500 | RBH | 2.2502135 | 3.921672 | 4.3558255 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0017980 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0279700 | RBH | 3.5743385 | 5.4047015 | 16.89886 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0012840 | RBH | 0.000000 | 0.086443 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0017580 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0017410 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0018240 | SBH | 0.355332 | 0.463865 | 0.440228 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0017620 | SBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G013040 | RBH | 0.000000 | 1.226739 | 2.515425 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0017910 | RBH | 0.303867 | 7.227434 | 4.871121 |
