Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsLima_08g0012840		OGI:08048010 \| 16/16			LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr08:16654144-16659326		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		atgcctcatttccctagcggctcaagggtgaagtgcacggtgcttgcagtgctgtgtgggaaggtaggcaagcagcgggcgccaccttgtccggtgcctgggtcccagcagcagcggccatcgtacccattcccggagttgatctcgtccgggaggttggaggtaagtatccttttgctgtttatttttgttaaggagcaagtttaattgtaggctataatccatctagtataaacctatgtggaggagagataacctggagaataaaaagtgttaagctcttgtgtataaaaagttagctatacacatgctctaagatcaggggcggatccagtgtatggttactgatgacaccaattatttttgctaattatattattaaatatgcttggaactaataaattactcttagaattggcatttgcaccatggtatgtgaagagtgacctcaatgatatttttgatagctccacccctgtctacgataaatgcattaattatataaatgagaaaaagagagagaagaaaattagagacaaccttataactaatctgttacacatgtgagccctaatgctactttttgattagcttatatctagtagttagatctactattaaacttgctcttaagtacatatattttgtttgtcagttctgaacttggaaagctgggcatgcaggtgcacacgctgattaaccctacagttgatgaatttctggaggcacaacgtgctttgcaaccccgcttcatgtacctccggggtcagcagcttgacaacgaagaagaaattggtacacttgtctggcgcgatgctgatgtatctgatccacagatacttagttcactcattcgtccgccttttcctaccattgtatgcactaaactctgctgattttctatgtactatacattttatcatgtctaacttaaactagcaaatgttagacaatacaatagccctagagtgtctgcagggctggcgcctaggaaattagcaagcatattacataaaaattagacagtacaacactaaattagatcgcacaagagcacctaaggatggctagccgtctagtacacaatgtaatgcctaatcccaggcggctaataggcgcctagcaccgatttttagagcactgatgtttggctgcttggtgcttcagctcccaatagcacctggactatgcttcttttagcgctgcagtctatatagccaatatgcttctttacatgtttggtttactgatccattttagttattagtgtttgctgatgaagtttgccaatttgtataatttgggtgctagagtgcttgctaatgtagttatcactgctcttagcatacggtattgatcttttaattgagtgatcgataatacgattaattcatgcatgcatgcagctgggattagagccaggcaacaattgcatcaatactcttatggagccataaatatgggcatttaggctatctcattgggtttcttggtttaatgcgagaaaaatacacggccgatatagttatgcagagggaatagttcataaatgcatgcatccaggctccctttgttattgaggttgattgtgatttaagggccaatttagagattaactaattggccctttaaaattacatattttggtttttgttttttttaactcttgtaaccttgtttatatattccagatatatttgtctgacttgtagctactaacaattaaatttctttttaaccttcctctctgcctattttcctgtttagtttagtgaaagttttttttttccaatttttccttagtcttcttccttgtagctactcatattaccttttaagctataatacaggtttatttggaagttccaagtggagaaaagattgctcaatctcttcaatcgaaggtagtctgttttatgatattttcaattagctgtttcttatttacgtttgagcttgtagattgcttattgctgcaaatctccttttgccacaggtgggtatctgcttgttgcgatgcgatatccaaatgtccctatttattggttaaaaaatcattttcttgtggagtattatagagattagtttccataaaacaattactactaaactgcatgtgttataacttgttttgattggcatagtgtggttctattgatggaaattttatataattacatgcttttaatgtctgcaatcactgtccatttttccacattctgattactaatttacattttttttgggtagttttactaagctttcccccccccccccccaaaatacaattcctaatgtgctattatacttcggaatcttatttctaatttcagatttgcaattttcacactctttcattgctagggtatttcatatataatgtattggagatattcattatcatcgtatgcagcatctcattttcgccattccttgatgtcagttgttcagaggtatcatatccgtcttgcatttgttgaatatattgtaagccattaagttttgtttctttatccaataattgtgtattcctgtttgtagctcctgtagccatgcatgggatgcatttcaggttgcatatgctacttttcaactgtattgtgtaagaaataatgaggtgcaacgtcttatgcttgggcctcatctacttggggatgctccaaggatatatatcacccctcctggaaacgaaatagccgaggaagaagatacctcggaatattttccagacataaagatatatgatgaagatgtgaacttgaagcttcttatttgtggagcacattgcacccttgtaagtttaagcgatcatgcctatatttttcttctaaaatatggcatttttcttattccaaatcaatgattgtacttccatctcttttacaggattcatctctattgaactcactagaggatggtttgaatgctcttctcaatattgaagtatgtgtcaaatcctcttctagttaccatgtgttgctgccttttattttctatgtctaattaattagtgctgagttctaaatagagtattaccccaaagacctattttgtagaagtgctaggttattggagtaatgaagtacatgatgctaacttacaaatcagaaatactgctgcatcataagtaacatgctagtggccaccggccagtattgctaagcaccttatacaagctggtgggccggggctaggttctaaagtccatacttgtatggtgatggaatgaagctcgatgtagtttagttggagtctcactttctgagttgtaaatattcattttagactatgcagcatacccacatcgaaaaacttagtagtggtggtggtgactggtgggtgtgccttcccaccacctcctattttgtttggtaggatcttctgatttgtggatttattttttgattgatgtaggattgcaaatgtatttgttttttcatgaaatatatacaaattttaaaattggaacttgtatatttgttgatttttgcaatacaatggtattttgctagtaccattgtatgtaaattttatgtaccatgaatttaggaacaagataatatggcacatacttttcatattctctgtccatttttttctattaaattggacaagaaaaattatgcaagtagtaaaattgttggtagggccttgttaatgtttgattttcttctctccttttttcagtttcgatggtgcaaactccaggatagagtcaggtatcttccgctgctatataatacatattcaatatctcacaacctgttgtatcttaaatactattgctcatgtgtgtgttatgtttgtgcctgtgtccttgcttcagtaatcatatcataattttctatgccacagaaatatttaaagctcaaactgatgttgtctcagtgagctaacttgtattttgctgctactataatttaaaggttaactgaggtaacatttcctatagactaaagacaaaacttaatggtaacataaattataaatgcttttattggtgtgtcttgtaaaatgtaaactaaagtgccgtagagtatttaacctgtatccttttgtaatcatattttaacttttaaagttatgcttcttattcttatttgcagttatgcatggttgcttgcacgattactataaaatttttagcttgtttctgctcacaacatttctctttgcagcgctgctcctcctcttcatgttgattcaactctgttggacgggatggttacaatatgttgtgatatcacaacatctagttcttcccatgtgtcactgcttctttctggcagtccacagacctgttttgatgataaggtattgtttttgtaattatggagcattttttagtcttcagtttgatatttgcaatgtcatatgttgtttcatggcattatgtagcttttggagaagcatattaaaaaagaacttattgagagccgccagttagttcgtgttgtctcggttagcgaggatgggtcatcttcagctgagccgttgacttcaatgtccgtggcttctggagcttccacttttgaagtcttgatgaccttacctaagtgggcagcacaggttaatttttttctgaaaagtttgaatgatattgactagacagcttggtaatatgtgtgatatactgacagtttatccactactaaactaaaacataaggtgttttatacccttcttcatcactgactgaaaaatcgtttgaactgtgtaggttttgaaatatcttgctcaagaaacatcttacaaaagcctggttccacttggaattgcttctgtaaatggtactccagtttgttcgttcgatagtcaagatgtggattggcttcttttctttcgcacaatccaagatgaagctattggaactagtctatatccccatccgccaagatggtctgcatcccttgcgaagaacagagttaagggaagtatggtgtcaaaaccaggtaattcttagtgcaaaccgagttggagtggactagaaacatc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More
CDS seq		atgcctcatttccctagcggctcaagggtgaagtgcacggtgcttgcagtgctgtgtgggaaggtaggcaagcagcgggcgccaccttgtccggcacaacgtgctttgcaaccccgcttcatgtacctccggggtcagcagcttgacaacgaagaagaaattggtacacttgtctggcgcgatgctgatgtatctgatccacagatacttagttcactcattcgtccgccttttcctaccattgtttatttggaagttccaagtggagaaaagattgctcaatctcttcaatcgaagatttgcaattttcacactctttcattgctaggctcctgtagccatgcatgggatgcatttcaggttgcatatgctacttttcaactgtattgtgtaagaaataatgaggtgcaacgtcttatgcttgggcctcatctacttggggatgctccaaggatatatatcacccctcctggaaacgaaatagccgaggaagaagatacctcggaatattttccagacataaagatatatgatgaagatgtgaacttgaagcttcttatttgtggagcacattgcacccttgattcatctctattgaactcactagaggatggtttgaatgctcttctcaatattgaacatacccacatcgaaaaacttagtagtggtggtggtgactggtggtttcgatggtgcaaactccaggatagagtcagcgctgctcctcctcttcatgttgattcaactctgttggacgggatggttacaatatgttgtgatatcacaacatctagttcttcccatgtgtcactgcttctttctggcagtccacagacctgttttgatgataagcttttggagaagcatattaaaaaagaacttattgagagccgccagttagttcgtgttgtctcggttagcgaggatgggtcatcttcagctgagccgttgacttcaatgtccgtggcttctggagcttccacttttgaagtcttgatgaccttacctaagtgggcagcacaggttttgaaatatcttgctcaagaaacatcttacaaaagcctggttccacttggaattgcttctgtaaatggtactccagtttgttcgttcgatagtcaagatgtggattggcttcttttctttcgcacaatccaagatgaagctattggaactagtctatatccccatccgccaagatggtctgcatcccttgcgaagaacagagttaagggaagtatggtgtcaaaaccagctaggtga More
Protein seq		MPHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVGKQRAPPCPAQRALQPRFMYLRGQQLDNEEEIGTLVWRDADVSDPQILSSLIRPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKICNFHTLSLLGSCSHAWDAFQVAYATFQLYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNEIAEEEDTSEYFPDIKIYDEDVNLKLLICGAHCTLDSSLLNSLEDGLNALLNIEHTHIEKLSSGGGDWWFRWCKLQDRVSAAPPLHVDSTLLDGMVTICCDITTSSSSHVSLLLSGSPQTCFDDKLLEKHIKKELIESRQLVRVVSVSEDGSSSAEPLTSMSVASGASTFEVLMTLPKWAAQVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVCSFDSQDVDWLLFFRTIQDEAIGTSLYPHPPRWSASLAKNRVKGSMVSKPAR
Function		AT-rich interactive domain-containing protein 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6NQ79]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLima_08g0012840	OsLima_08g0012840.01	Chr08	16654144	16659326	+	NAM
CDS seq	atgcctcatttccctagcggctcaagggtgaagtgcacggtgcttgcagtgctgtgtgggaaggtaggcaagcagcgggcgccaccttgtccggcacaacgtgctttgcaaccccgcttcatgtacctccggggtcagcagcttgacaacgaagaagaaattggtacacttgtctggcgcgatgctgatgtatctgatccacagatacttagttcactcattcgtccgccttttcctaccattgtttatttggaagttccaagtggagaaaagattgctcaatctcttcaatcgaagatttgcaattttcacactctttcattgctaggctcctgtagccatgcatgggatgcatttcaggttgcatatgctacttttcaactgtattgtgtaagaaataatgaggtgcaacgtcttatgcttgggcctcatctacttggggatgctccaaggatatatatcacccctcctggaaacgaaatagccgaggaagaagatacctcggaatattttccagacataaagatatatgatgaagatgtgaacttgaagcttcttatttgtggagcacattgcacccttgattcatctctattgaactcactagaggatggtttgaatgctcttctcaatattgaacatacccacatcgaaaaacttagtagtggtggtggtgactggtggtttcgatggtgcaaactccaggatagagtcagcgctgctcctcctcttcatgttgattcaactctgttggacgggatggttacaatatgttgtgatatcacaacatctagttcttcccatgtgtcactgcttctttctggcagtccacagacctgttttgatgataagcttttggagaagcatattaaaaaagaacttattgagagccgccagttagttcgtgttgtctcggttagcgaggatgggtcatcttcagctgagccgttgacttcaatgtccgtggcttctggagcttccacttttgaagtcttgatgaccttacctaagtgggcagcacaggttttgaaatatcttgctcaagaaacatcttacaaaagcctggttccacttggaattgcttctgtaaatggtactccagtttgttcgttcgatagtcaagatgtggattggcttcttttctttcgcacaatccaagatgaagctattggaactagtctatatccccatccgccaagatggtctgcatcccttgcgaagaacagagttaagggaagtatggtgtcaaaaccagctaggtga More
Protein seq	MPHFPSGSRVKCTVLAVLCGKVGKQRAPPCPAQRALQPRFMYLRGQQLDNEEEIGTLVWRDADVSDPQILSSLIRPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKICNFHTLSLLGSCSHAWDAFQVAYATFQLYCVRNNEVQRLMLGPHLLGDAPRIYITPPGNEIAEEEDTSEYFPDIKIYDEDVNLKLLICGAHCTLDSSLLNSLEDGLNALLNIEHTHIEKLSSGGGDWWFRWCKLQDRVSAAPPLHVDSTLLDGMVTICCDITTSSSSHVSLLLSGSPQTCFDDKLLEKHIKKELIESRQLVRVVSVSEDGSSSAEPLTSMSVASGASTFEVLMTLPKWAAQVLKYLAQETSYKSLVPLGIASVNGTPVCSFDSQDVDWLLFFRTIQDEAIGTSLYPHPPRWSASLAKNRVKGSMVSKPAR More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.000000	0.086443	None

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_08g0451700	SBH	1.499492	1.491491	3.488993
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os08g27240	RBH	0.000000	0.115248	0.453384
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os08g0451700	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_08g0013340	RBH	0.123098	0.0	3.597636
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_08g0013370	SBH	0.235518	0.000000	1.432753
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_08g0013220	RBH	0.558408	0.000000	6.952973
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_08g0013550	RBH	0.061168	0.049923	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_08g0013190	RBH	0.861178	6.989181	2.950771
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_08G0254500	RBH	2.2502135	3.921672	4.3558255
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_08g0017980	SBH	0.0	0.0	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_08G0279700	RBH	3.5743385	5.4047015	16.89886
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_08g0017310	SBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_08g0017580	SBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_08g0012860	RBH	0.000000	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_08g0013650	RBH	0.0	0.000000	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_08g0012950	RBH	0.000000	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_08G013040	SBH	0.000000	1.226739	2.515425
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_08g0013130	RBH	0.000000	0.0	2.921517

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