Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsCMeo_11g0018900 | OGI:11035040 | 5/16 | CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:22261621-22276800 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MLQQRYMEKRVWELSANRSMKSSIDPERQTVGVNYATFCWKQRCVDSSRQRRRSCDYRFLVIHLQATITASLGAMRSLPSKLDRLLSERKLVLHNGEKSSLCILKGDLEVFIEKYLMEPSSEVGDPAFTTNYWLKEVRELSYDIDDFVDKLLHGAATAAAHAKNPKVRLKASKFLAQKRPKIWNPLVPLVVPPVIAVASAAVDAKMASRLQDRKKRRWIASEVSRFMARIKEVIQLHKSYIKSEVRQPGWCSDETLSVLPLAEESSLEKKLAEETGRDLVGIDKNMDKLSCWLVDDGQLECKVIAIVGPGGVGKTTLAKELFQKFGWQFECQAFIRASRKLNMKMVLFNILTQVGHHKPPINLEVDNLVDEIKSYLEDKRYFIIIDDVWTLSTWDTINRALPKSNCSRIVITTEVYHVAQISCADNSKYIFKKEPLDEDESNKLFLHRAFSHKPKRVEHIKEISSELSTHLCGGLPLAIIATASILARLPDSMEQWNDLENSLGSNLGTEQVLNIVYNTLPNPLKACMLYFSIYEEDYIILKDDLVKQWVDEGFIGAMDENDKEEIAIGYFYEFVNMGIIQPVQISSNDEVLSCTTHYMVLDFIRNKSIEENFCIAIDHTQIAIRLSNKVRRLSLHFDNGEDATMPTYLRLSQVRTLAFFGLFNYPLPIVEFRLLQVLILQLSVGHDDISYDLTEISELFRLRYLYISACHLNIKLPIEMQGLKDLVTLKIEAKLSTVPSDIVDLPRILHLYLPSEANLPHDIDHMTSLRTLGYFDLSSNSRKIIMNLGKLTNLQDLYLTCSMSQLDTLKDNMKCLCSFLEKLNKLRSLTLVCTGSPYGITTDKIDASSMGISCDDFSVISPLPFLRRFELSRRSCILARLPKWIKVLAYLKILKIAVSKLSRHDIHILSELPTLATISLYIQAALEEMIVFGNAGFSNLRCFKFRCSVPWLKFEANAMPSLQKLKLKFNASFNLYRSDTDGTKSISIEHLSGLKEIFAKVGNADASVESDLMATISNDPSNPTITFQMVDNIFYGDTSNGMRTKHDKGSTLGQQDTIVEEGLCSNPSPPLPQRRSGQNIPWLLPVCGGVRPTSKAPIVGHDHVNCHTGDLSIAVVQANKSLNYQSCVESLQALGTMIGIFDGYGGFEAAKFTCDHLLPHLQDIIMSSSQGATIDAISKAFKATEEGFIELVSQKWKTNPQMAATGSCCLVGIMQQKTLFIANLGNSQAVLGKVSCTGEIFAEQLSSEHIASDAGIRHELMIMLDYGKADEDSLFPSDTLRKLIHMLPVLLEYFCRPANLPTVYEGRSSS |
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| Function | Disease resistance protein RGA5 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q2R8L1] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_11g0018900 | OsCMeo_11g0018900.01 | Chr11 | 22261690 | 22276470 | + | NAM | ||
| CDS seq | ATGCTCCAGCAGCGATACATGGAGAAGAGAGTTTGGGAACTTAGTGCAAACCGCTCCATGAAAAGTTCTATCGACCCAGAGCGCCAGACTGTAGGGGTCAACTACGCGACTTTCTGCTGGAAGCAGCGCTGCGTCGACTCGTCACGCCAGCGTCGGCGAAGCTGCGACTACCGCTTCCTCGTGATCCATCTCCAGGCTACCATCACTGCCTCGCTGGGAGCCATGCGCTCTCTTCCTAGCAAACTCGATCGGTTATTATCCGAACGGAAGTTGGTATTGCACAACGGAGAGAAGAGTAGTCTCTGCATCCTCAAAGGCGACCTGGAAGTATTCATTGAGAAGTACCTTATGGAGCCATCGTCAGAGGTGGGGGATCCTGCCTTCACGACCAACTACTGGTTGAAGGAGGTGCGAGAGTTGTCTTACGACATCGATGACTTCGTTGATAAGCTCTTACACGGCGCTGCCACTGCAGCAGCTCATGCCAAGAATCCTAAAGTTCGCTTAAAGGCTTCTAAATTTTTAGCTCAAAAGAGGCCGAAAATATGGAACCCATTGGTACCATTGGTTGTACCGCCGGTGATTGCTGTTGCCTCTGCTGCGGTCGATGCCAAGATGGCCTCTCGTCTGCAGGATCGAAAGAAGCGGCGGTGGATTGCCAGCGAGGTATCAAGGTTCATGGCTCGCATAAAGGAAGTGATTCAACTGCATAAATCTTATATTAAGAGTGAAGTGAGGCAGCCTGGTTGGTGTTCTGATGAAACCCTGTCAGTTCTACCATTAGCCGAAGAGAGTTCCCTCGAAAAAAAATTAGCCGAAGAGACAGGCCGTGACCTTGTCGGTATAGACAAGAACATGGATAAGCTTTCTTGCTGGCTAGTTGATGATGGCCAACTAGAGTGTAAGGTTATTGCCATTGTTGGACCTGGCGGAGTAGGCAAGACCACCCTTGCCAAAGAACTGTTTCAGAAGTTTGGATGGCAATTCGAGTGTCAAGCCTTTATAAGGGCATCTCGAAAACTTAACATGAAAATGGTCCTCTTTAACATACTCACACAAGTAGGGCATCACAAGCCTCCCATTAATTTGGAAGTGGATAATCTGGTTGATGAGATCAAATCATATCTAGAAGATAAGAGGTACTTTATTATAATTGATGACGTATGGACTCTATCAACATGGGATACTATTAATCGTGCTTTACCAAAAAGTAATTGCAGTAGAATAGTGATAACTACAGAAGTTTATCATGTAGCTCAAATAAGTTGTGCTGATAACTCCAAATATATCTTTAAGAAGGAACCGTTGGACGAAGATGAATCTAATAAATTGTTCCTTCATAGAGCTTTCAGTCACAAACCAAAACGTGTTGAACACATCAAGGAAATTTCATCTGAATTAAGTACACATCTATGTGGTGGTTTACCTCTAGCAATTATTGCTACAGCTAGTATTTTAGCACGCTTGCCAGATAGCATGGAGCAGTGGAATGACTTAGAAAATTCATTGGGTTCTAATTTGGGGACAGAGCAAGTTTTGAACATTGTTTACAATACTCTTCCTAATCCTTTGAAAGCATGCATGCTATATTTTAGCATATATGAAGAGGACTACATAATTTTGAAGGATGATTTAGTGAAGCAGTGGGTAGATGAAGGTTTTATTGGTGCAATGGATGAGAATGACAAGGAAGAAATTGCTATTGGCTATTTTTATGAGTTCGTTAACATGGGAATTATCCAACCTGTACAAATTAGTTCCAATGATGAAGTGTTGTCATGTACAACGCACTACATGGTGCTTGATTTTATTAGAAACAAGTCAATAGAGGAAAATTTCTGCATTGCAATAGATCATACACAGATTGCAATACGACTGAGTAATAAGGTTCGTCGACTATCTCTTCACTTTGACAATGGAGAAGATGCAACAATGCCAACATATTTGAGATTATCACAAGTTCGAACTCTTGCTTTTTTTGGACTATTTAACTATCCACTTCCCATTGTCGAGTTCAGGCTTCTTCAGGTTTTAATTCTCCAGTTATCAGTTGGTCATGATGACATCAGTTACGATCTGACGGAGATCTCAGAATTATTTCGACTAAGATATTTGTATATCAGTGCATGCCATTTGAATATAAAGTTACCGATAGAGATGCAAGGGCTGAAAGATTTGGTAACGCTAAAAATAGAAGCAAAATTAAGTACTGTTCCATCGGACATTGTTGATTTGCCACGTATTTTGCACCTCTACCTTCCAAGTGAAGCTAATCTGCCCCATGATATTGACCACATGACATCCCTTCGCACATTAGGGTATTTTGATCTCAGCAGTAACTCAAGAAAAATTATTATGAATCTTGGCAAGTTGACCAATCTCCAGGATCTTTATCTAACCTGTTCTATGTCACAGCTTGATACTCTCAAGGACAACATGAAATGCTTATGTTCATTTCTTGAGAAACTGAATAAACTCAGGTCTCTAACTTTGGTATGTACAGGCTCCCCTTATGGAATTACTACGGATAAGATTGATGCTTCAAGCATGGGGATTAGTTGTGATGACTTCAGTGTCATTTCTCCTCTACCCTTTCTAAGAAGATTTGAGTTGTCACGACGCTCTTGCATCCTTGCTCGCCTACCTAAGTGGATAAAAGTACTTGCCTATCTCAAAATTTTAAAAATTGCAGTTAGTAAGCTGTCAAGACATGATATTCACATTCTTAGTGAATTGCCTACACTCGCTACTATCTCGTTGTATATCCAAGCAGCACTTGAAGAAATGATTGTTTTTGGCAACGCGGGATTCTCAAATTTGAGGTGCTTCAAGTTCAGGTGCAGTGTACCTTGGCTAAAATTTGAGGCGAATGCAATGCCTAGTCTTCAGAAGCTCAAGCTAAAGTTCAATGCTAGCTTTAATCTTTACAGATCAGATACAGATGGTACTAAATCCATCAGCATCGAGCACTTGTCAGGTCTTAAAGAGATATTTGCAAAAGTGGGAAATGCAGATGCTAGTGTAGAGTCTGATTTGATGGCTACCATTAGCAATGATCCGAGCAATCCTACAATAACATTTCAAATGGTAGATAATATTTTTTATGGAGATACAAGCAATGGTATGAGGACAAAACATGACAAAGGCTCGACTCTAGGGCAGCAAGACACTATAGTGGAGGAAGGGCTGTGTTCGAACCCTTCTCCCCCGCTTCCTCAGAGGCGCTCCGGTCAAAACATTCCCTGGCTTCTTCCTGTGTGTGGTGGGGTCCGGCCTACTTCAAAAGCTCCCATTGTAGGCCACGACCATGTGAACTGTCACACTGGCGACCTCTCCATTGCTGTCGTACAAGCCAACAAATCTCTCAACTATCAGAGCTGTGTTGAGTCTTTGCAGGCATTGGGCACTATGATTGGCATCTTCGATGGCTATGGTGGCTTCGAGGCCGCCAAATTTACATGTGACCACCTCTTGCCGCACCTCCAAGATATTATTATGTCCAGCTCACAGGGTGCGACAATTGATGCTATCAGCAAGGCATTCAAGGCCACTGAAGAAGGGTTCATCGAGCTTGTGTCGCAGAAATGGAAAACCAATCCGCAAATGGCCGCTACCGGGTCTTGTTGTCTCGTTGGCATCATGCAACAAAAAACACTCTTCATAGCTAACCTTGGAAACTCCCAAGCTGTTCTTGGAAAGGTCAGTTGCACTGGAGAGATTTTCGCTGAGCAGCTATCTAGTGAGCACATAGCTAGTGATGCGGGCATCAGGCATGAGCTCATGATCATGCTCGATTACGGAAAGGCGGACGAGGACAGCCTCTTTCCATCCGATACCCTTAGAAAATTAATCCACATGCTACCCGTGTTGCTAGAATATTTTTGCAGACCTGCAAATCTTCCTACAGTTTATGAGGGAAGATCATCATCATGA
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| Protein seq | MLQQRYMEKRVWELSANRSMKSSIDPERQTVGVNYATFCWKQRCVDSSRQRRRSCDYRFLVIHLQATITASLGAMRSLPSKLDRLLSERKLVLHNGEKSSLCILKGDLEVFIEKYLMEPSSEVGDPAFTTNYWLKEVRELSYDIDDFVDKLLHGAATAAAHAKNPKVRLKASKFLAQKRPKIWNPLVPLVVPPVIAVASAAVDAKMASRLQDRKKRRWIASEVSRFMARIKEVIQLHKSYIKSEVRQPGWCSDETLSVLPLAEESSLEKKLAEETGRDLVGIDKNMDKLSCWLVDDGQLECKVIAIVGPGGVGKTTLAKELFQKFGWQFECQAFIRASRKLNMKMVLFNILTQVGHHKPPINLEVDNLVDEIKSYLEDKRYFIIIDDVWTLSTWDTINRALPKSNCSRIVITTEVYHVAQISCADNSKYIFKKEPLDEDESNKLFLHRAFSHKPKRVEHIKEISSELSTHLCGGLPLAIIATASILARLPDSMEQWNDLENSLGSNLGTEQVLNIVYNTLPNPLKACMLYFSIYEEDYIILKDDLVKQWVDEGFIGAMDENDKEEIAIGYFYEFVNMGIIQPVQISSNDEVLSCTTHYMVLDFIRNKSIEENFCIAIDHTQIAIRLSNKVRRLSLHFDNGEDATMPTYLRLSQVRTLAFFGLFNYPLPIVEFRLLQVLILQLSVGHDDISYDLTEISELFRLRYLYISACHLNIKLPIEMQGLKDLVTLKIEAKLSTVPSDIVDLPRILHLYLPSEANLPHDIDHMTSLRTLGYFDLSSNSRKIIMNLGKLTNLQDLYLTCSMSQLDTLKDNMKCLCSFLEKLNKLRSLTLVCTGSPYGITTDKIDASSMGISCDDFSVISPLPFLRRFELSRRSCILARLPKWIKVLAYLKILKIAVSKLSRHDIHILSELPTLATISLYIQAALEEMIVFGNAGFSNLRCFKFRCSVPWLKFEANAMPSLQKLKLKFNASFNLYRSDTDGTKSISIEHLSGLKEIFAKVGNADASVESDLMATISNDPSNPTITFQMVDNIFYGDTSNGMRTKHDKGSTLGQQDTIVEEGLCSNPSPPLPQRRSGQNIPWLLPVCGGVRPTSKAPIVGHDHVNCHTGDLSIAVVQANKSLNYQSCVESLQALGTMIGIFDGYGGFEAAKFTCDHLLPHLQDIIMSSSQGATIDAISKAFKATEEGFIELVSQKWKTNPQMAATGSCCLVGIMQQKTLFIANLGNSQAVLGKVSCTGEIFAEQLSSEHIASDAGIRHELMIMLDYGKADEDSLFPSDTLRKLIHMLPVLLEYFCRPANLPTVYEGRSSS
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|
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_11g0018900 | OsCMeo_11g0018900.02 | Chr11 | 22261621 | 22276800 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | ATGCTCCAGCAGCGATACATGGAGAAGAGAGTTTGGGAACTTAGTGCAAACCGCTCCATGAAAAGTTCTATCGACCCAGAGCGCCAGACTGTAGGGGTCAACTACGCGACTTTCTGCTGGAAGCAGCGCTGCGTCGACTCGTCACGCCAGCGTCGGCGAAGCTGCGACTACCGCTTCCTCGTGATCCATCTCCAGGGTTGGGGAGATGGAGGCTACCATCACTGCCTCGCTGGGAGCCATGCGCTCTCT
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|
|||||||
| Protein seq | MLQQRYMEKRVWELSANRSMKSSIDPERQTVGVNYATFCWKQRCVDSSRQRRRSCDYRFLVIHLQGWGDGGYHHCLAGSHALS |
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr11 | 22261902 | 22262218 | + | OsCMeo_11g0018900.02 | OsCMeo_11g0018900.01,OsCMeo_11g0018900.02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.086071 | 21.888433 | 9.582742 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0592500 | SBH | 1.378646 | 2.054198 | 3.572486 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g38000 | SBH | 0.951243 | 1.040434 | 0.710578 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0592500 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0018950 | SBH | 0.610885 | 8.822546 | 1.994030 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0019080 | RBH | 0.0 | 18.882494 | 0.502767 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0018940 | RBH | 0.859740 | 5.067581 | 4.423701 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0018610 | RBH | 0.073067 | 0.435249 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0007770 | SBH | 22.293795 | 17.082457 | 21.002594 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0346800 | SBH | 4.574145 | 13.658653 | 16.609958 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0019280 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0359600 | SBH | 4.8730905 | 13.5585835 | 18.8810665 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0019270 | SBH | 0.372636 | 0.082250 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0024000 | SBH | 1.287633 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0018880 | RBH | 1.225869 | 57.791882 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0023730 | SBH | 0.332499 | 0.0 | 1.178051 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0024090 | SBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G022860 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0019150 | RBH | 0.132751 | 51.050747 | 6.277781 |
