Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
LOC_Os02g04450		OGI:02006740 \| 15/16			Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU			Chr02:1967698-1972819		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse RGAP Ricevarmap2
Gene Symbol		-
DNA 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Function		-

Transcripts

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Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	1.127206	1.589719	1.467687

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_02g0137100	RBH	1.742719	2.223786	4.765030
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os06g49180	RBH	1.335634	1.132619	1.080208
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os02g0137100	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_02g0002890	RBH	1.040461	27.564034	8.607719
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_02g0002970	RBH	0.135236	8.972445	3.443527
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_02g0002910	RBH	4.146942	24.454168	10.384855
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_02g0002880	RBH	0.245900	0.618790	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_02g0002910	RBH	6.941238	16.239717	18.152382
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	NA	NA	NA	NA	NA
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_02g0002820	RBH	0.717730	1.629428	1.610757
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_02G0034400	RBH	8.9232475	59.2251645	21.780398
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_02g0002890	RBH	0.210006	0.686634	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_02g0002820	RBH	0.428285	14.381923	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_02g0002890	RBH	8.050609	41.849411	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_02g0002980	RBH	1.023833	3.276208	2.312601
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_02g0002940	RBH	0.990987	20.193205	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_02G002920	RBH	0.907162	4.360154	1.592274
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_02g0002870	RBH	2.039359	66.375038	8.682402

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