Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsZS97_02G0023200 | OGI:02100930 | 7/16 | Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | Chr02:1298408-1308094 | ||||||||
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||||||||||
| Function | ATP-dependent DNA helicase PIF1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7ZV90] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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GCGTGTATGCTATGCAATGACAATCAACAAAAGCCAGGGCCAAACCCTTAAAAGGGTTGGCGTATACCTTAAAAAAGCTGTCTTCACGCATGGACAGTTGTATGTTGCGGTGTTTAGATCGACTTCAAGAGACGGCCTTAGGATTCTTATTGAGGGTGATGATGAGGCATGTAGTTCCAAGACTAGAAATGTGGTGTACCATGAGGTGCTGCAAACAGTGGATCTGATGATGGGACACACCCTGCTCTCTGATCTCTCCCTTGGTGACGACAACGAGCGCATTTGTGTTCGGGTTTCGCGATTTTGGGCTTTCTGTGACCAAAAGGATGATGACAAGATTCTTCACTTTGGCTTGGTCCTGATTGATGAGAAGGGGACTAGCATTGCTGCTCAGATTTATCCCCCAAGTGATGAGATATTCAGGCCAATCATCACTGAAGGCAAGGTGTACTACATTAAGTACTTCCGTGTGAGGAAGTGTAACAGGCAGTACAAACCAGTCGACAACTGCATGTCCATCTATTTCACAAGGTGGACTAAACTAGAGGAGCGTGTCGATCCACCAGCTGAGATTCCTTTGTATACTTACTCACTCTCACCATTTGGCGGTCTTCGCTCACGTGTCGGCAAGAAAGACTCATTCACAGATATCATTGGAATTATTACTCAGCTGTCGCCCGTGACTCCGCTTCAAGGCACCGTAAAGAGGAGTGTCTTCATCCGCAACACTGACAATGCAATCTTGAATGTGGCGCTTTGGGGGGAACGTGCAACAAGCTTTCCTGCCGATGAGGTGTTTGTTGCTGGCGATGTCTCTTTATCAGGTAACTCAGCCTGCAAGTGGTACATTAACGCAGACACACCTGAGGTCATCTCTCTGAGAAACAGCATCCAAGCAACCTATAGTCCTATAGAGTGGACTGATCTACCTCCTGCAGCACCTGCTTATAGCAATGCTGAGCCCAAGACGATTATCCAAATTAAGGATCTGAATCCTTTCGAATTCAAGAAACATGAATTCTTGGTTACTGTTGTCATCAAGAAAATAGACATGGAGTACTCTTGGTGGTACACTGCATGTGATATATGCAGGAGAACAGCAAGGCTATATGGAAACGCATACAAGTGCCAGAATGAGTCATGCCCTCCTCTTGTGGGAGCATCACCTAGGTTCAAGCTTAGCGTTGTGGCAGGTGATGACACAGCTGACGCTAAGTTCGTGCTCTTTGGCCGCCTAGCACAGCGTCTTATTGGTCGATCAGTGGAGATTCTGTTAGAGGGCAATGCTGCCGGCAAGGAGGCCATACCCAAGGAGATCACAAATTTGCTTGAGGAAAATTTCACCTGGAAAGTTGCTATTACCGAGAATACCATGTCTTCAGGCAATGTCTCATTCCAAGTGAATATGATTGTCGGAAACGGCAACAGCCAGAATCCTGCCATCCCACAATCTCCATCTGCATCTCAGGCATCCTCCATGGTACCTTCTCTAGCTCTATCACCAAGTGTAACACATGAACTCTCTGTTGGCCAGTCCACAGCAGCAGTTGCTCCATCCATTGGATTCAGTGATCCGCCTGCCACTCCATCGGCTGGATTAAACAGTCCGTTGGTTGTTGGAGCCAAGGACAAAAATGATGATGTTGAATGCCAGTCCAAGACTCCAGTTCAGGTCCTTGACGAAGAAGATGAGGATGATGACAATTTGCCCCTTTCCCAAATGGGTGGTCATTCTGCTACTAAGAAAACCACATCCAAGTCCCACAACAAAAGGGCAAGGCCATCTCCTGGCACTGGCACAGCTAAGAAGTTGTTCAAAGAAAGTGGTGACGATACCGCTGATGGCAGCGGCGAGAACAAGGCCTGA
More
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|||||||
| Protein seq | MASTRPGRSAEVTLPIGFFASPCLHAFLDPTSVSSFSKMAAVGVSFVSLLNAVAWHCRLPSVSYLWELDGNDILLAGVELALPSDESPSKTVSKFFWIAASDQPIVSHEMVAHQAVRFLQAKYGFAVHDYNLQTLLSYRQIAASAVDAALTASTHLARFRARYGPMDLSSLPSVYSGHGKVERADAPVFSNVSPTAPRLTTVLPGLSGSIPSVPKPALSLPTISDVGVESQTESIGNTSCPVHDSQPASSRKRTLLDVPRHAAAANRERRRLKRAGGDSGHLVQKILDGPVPTLDDVLPLPKDYIASLKALCPERSYYGGPSHECPYCGAAFWYQERVKRDSVVTQRRIVYNLCCRAGKISLPELRFPPAMLANLLRFDGDRRSRRFLRQIQSYNSLFAFTSLGADVDKSINNGTAPCVFKINGIVHHRIGSLLPQQGALPKFAQLYIYDTENEVSNRMRVFDKESSTDEPDPFIVTELGAMLDEHNDLVKSFRFARERLKDHGDEKIALRLLGCNSKDEVQYNLPTSGEIAGIIVGDYSNDKYTYDVVVQSCDSRLRRVSALHPSYMALQYPLLFPYGERGFHLGIKYTDFPSITGTSRRYVTMLEYYQYRLHYRLNKPNPYTCCGRLSDSICVDMYSTVEGSRLKFIAENQPDLRSECVQGIADAIDHGLESGDSVGQKYVLPSSFTGGRRYMVQNYQDAMAVCRVFGSPDLFVTFTCNSKWQEIYDALLFEPGQVPSDRSDMIVRVFNMKVNEFITDIREGKTFGPVLAVLYTVEFQKRGLPHIHCLVWLAASTTDFNAATVDGFSSAEIPDVFTDPLGYALVDEFMIHGPCGEKNKSCVCMKNNQCSKHFPKSFQDETIMDEFGFTVYMRRNNGRYVVKNGIKLDNRWVVPYNMKLLKKYQAHINVEWCNKSNMIKYLFKYVTKGSDRTKVYFETTGNTANKPTDSNAAPRNEIDEYINARFLSTCESIWRTLEFDIHYRVPAVERLAVHLPNMNFVRYQKGTDLKKLLESPAAKKTMLTEWFEANKKHSKARHLTYCDFPKEWTWDNSARCWRPRTPVEKIGRMYYISPVAGELYYLRMLLMIVKGATCFADIRTYEGVVYPTFRQACEARGLLENDNEWHLLFDEAIVSASSYQLRQLFVTVVMFCSIGNVRSLFDKYWTYFTDDIQHRVRKMLSNPSYVIPHDRLLSLLIKELKSVFANSSGNIDDYDLPQSTARTDDDSGNRMVSEELALDSVALAAHADSIIPKLNSDQKRVFDTIMCRVNESKPGFFFVYGHGGTGKTFLWNALISKVRSEKKIVLAVASSGVASLLLPRGRTAHSRFKIPIDINENSLCTIKRGTMLAELIQKTSLIIWDEAPMTHRRCFEALDRTLRDLLSEHAPSNGLVPFGGKVVVLGGDFRQILPVVRKGSRASIIDASITNSPLWSHVVLLKLTVNMRLLQCNLGEQQQQELEKFAQWVLALGDGKLPVSKRNDESEATWIDIPDDLLIKTTGDKIHSIVNEVFPGFASKYTDPSYLASRAIVCPNNSTVDDINDRMVDMVPGEVKEYLSCDTISKSSEHIPDFDLLYPTEFLNSISANNFPAHKLALKKGVTVMLLRNLNQSMGLCNGTRLLALSLGQRLLECQILTGTNIGDGVFIPRIALTTMSPKWPFTLQRRQFPVRVCYAMTINKSQGQTLKRVGVYLKKAVFTHGQLYVAVFRSTSRDGLRILIEGDDEACSSKTRNVVYHEVLQTVDLMMGHTLLSDLSLGDDNERICVRVSRFWAFCDQKDDDKILHFGLVLIDEKGTSIAAQIYPPSDEIFRPIITEGKVYYIKYFRVRKCNRQYKPVDNCMSIYFTRWTKLEERVDPPAEIPLYTYSLSPFGGLRSRVGKKDSFTDIIGIITQLSPVTPLQGTVKRSVFIRNTDNAILNVALWGERATSFPADEVFVAGDVSLSGNSACKWYINADTPEVISLRNSIQATYSPIEWTDLPPAAPAYSNAEPKTIIQIKDLNPFEFKKHEFLVTVVIKKIDMEYSWWYTACDICRRTARLYGNAYKCQNESCPPLVGASPRFKLSVVAGDDTADAKFVLFGRLAQRLIGRSVEILLEGNAAGKEAIPKEITNLLEENFTWKVAITENTMSSGNVSFQVNMIVGNGNSQNPAIPQSPSASQASSMVPSLALSPSVTHELSVGQSTAAVAPSIGFSDPPATPSAGLNSPLVVGAKDKNDDVECQSKTPVQVLDEEDEDDDNLPLSQMGGHSATKKTTSKSHNKRARPSPGTGTAKKLFKESGDDTADGSGENKA
More
|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0017325 | 0.011204 | 0.0017645 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os01g12374 | SBH | 0.609412 | 1.922454 | 0.724029 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0004250 | SBH | 1.150551 | 5.539506 | 4.648852 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_01g0008891 | SBH | 1.944198 | 0.000000 | 9.912401 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0039600 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_02G0056100 | SBH | 0.0021585 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0039300 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_06G0042300 | RBH | 0.004418 | 0.0089245 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_01g0010180 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_09g0008130 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_06g0003320 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_10g0000660 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_01G008510 | SBH | 1.035707 | 0.489945 | 5.344918 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_01g0008371 | SBH | 9.490953 | 35.493488 | 11.785679 |
