Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
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Function | ATP-dependent DNA helicase PIF1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7ZV90] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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Protein seq | MVWGSIDVLVSICWFPFCSSSSLCHRAAPSSAVLRRQRCLPITDMMILVGFPYSLLVGDITRPGRSAEVTLPIGFFASPCLHAFLDPTSVSSFSKMAAVGVSFVSLLNAVAWHCRLPSVSYLWELDGNDILLAGVELALPSDESPSKTVSKFFWIAASDQPIVSHEMVAHQAVRFLQAKYGFAVHDYNLQTLLSYRQIAASAVDAALTASTHLARFRARYGPMDLSSLPSVYSGHGKVERADAPVFSNVSPTAPRLTTVLPGLSGSIPSVLKPALSLPTISDVGVESQTGSIGSTSCPVHDSQPAPSRKRTLLDVPRHAAAANRERRRLKRAGGDSGHLVQKILDGPVPTLDDVLPLPKDYIASLKALCPERSYYGGPSHECPYCGAAFWYQERVKRDSAVTQRRIVYNLCCRAGKISLPELRFPPAMLANLLRFDGDRRSRRFLRQIRSYNSLFAFTSLGADVDKSINNGTAPCVFKINGIVHHGIGSLLPQQGAPPKFAQLYIYDTENEVSNRMREFDKESSTDEPDPFIVTELGAMLDEHNDLVKSFRLARERLKDHGDEKIALRLLGCNSKDEVQYNLPTSGEIAGIIVGDYSNDKYTYDVVVQSCDSRLRRVSALHPSYMALQYPLLFPYGERGFHLGIKYTDFPSITGTSRRYVTMLEYYRYRLHYRLNKPNPYTCCGRLSDSICVDMYSTVEGSRLKFIADNQPDLRSECVQGIADAIDHGLESGDSVGQKYVLPSSFTGGRRYMVQNYQDAMAVCRVFGSPDLFVTFTCNSKWQEIYDALLFEPGQVPSDRSDMIVRVFNMKVNEFITDIREGKTFGPVLAVLYTVEFQKRGLPHIHCLVWLAASTTDFNAATVDGFSSAEIPDVFTDPLGYALVDEFMIHGPCGEKNKSCVCMKNNQCSKHFPKSFQDETIMDEFGFTVYMRRNNGRYVVKNGIKLDNRWVVPYNMKLLKKYQAHINVEWCNKSNMIKYLFKYVTKGSDRTKVYFETTGNTENKPTDSNAAPRNEIDEYINARFLSTCESIWRTLEFDIHYRVPAVERLAVHLPNMNFVRYQKGTDLKKLLESPAAKKTMLTEWFEANKKHSKARHLTYCDFPKEWTWDNSARCWRPRTPVEKIGRMYYISPVAGELYYLRMLLMIVKGATCFADIRTYEGVVYPTFRQACEARGLLENDNKWHLLFDEAIVSASSYQLRQLFVTVVMFCSIGNVRSLFDKYWTYFTDDIQHRVRKMLSNPSYVIPHDRLLSLLIKELKSVFANSGGNIDDYDLPQSTARTDDDSRNRMVSEELALDSVALAAHADSIIPKLNSDQKRVFDTIMCRVNESKPGFFFVYGHGGTGKTFLWNALISKVRSEKKIVLAVASSGVASLLLPRGRTAHSRFKIPIDINENSLCTIKRGTMLAELIQKTSLIIWDEAPMTHRRCFEALDRTLRDLLSEHAPSNGLVPFGGKVVVLGGDFRQILPVVRKGSRASIIDASITNSPLWSHAVLLKLTVNMRLLQCNLGEQQQQELEKFAQWVLALGDGKLPVSKRNDESEATWIDIPNDLLIKTTGDKIHSIVNEVFPGFASKYTDPSYLASRAIVCPNNSTVDDINDRMVDMVPGEVKEYLSCDTISKSSEHIPDFDLLYPTEFLNSISANNFPAHKLALKKGVTVMLLRNLNQSMGLCNGTRLLALSLGQRLLECQILTGTNIGDRVFIPRIALTTTSPKWPFTLQRRQFPVRVCYAMTINKSQGQTLKRVGVYLKKAVFTHGQLYVAVSRSTSRDGLRILIEGDDEACSSKTRNVVYHEVLQTVDLMMGHTLLSDLSLGDDNERICVRVSRFWAFCDQKDDDKILHFGLVLIDEKGTSIAAQIYPPCDEIFRPIITEGKVYYIKYFRVRKCNRQYKPVDNCMSIYFTRWTKLEERVDPPAEIPLYTYSLSPFGGLRSRVGKKDSFTDIIGIITQLSPVTPLQGTVKRSVFIRNTDNAILNVALWGERATSFPADEVFVAGQKEPQIVIFVGTLVKGYGDVSLSGNSACKWYINADTPEVISLRNSIQATYSPIEWTDLPPAAPAYSNAEPKTIIQIKDLNPFEFKKHEFLVTVVIKKIDMEYSWWYTACDICRRTARPYGNAYKCQNESCPPLVGASPRFKLSVVAGDDTADAKFVLFGRLAQRLIGRSVEILLEGNAAGKEAIPKEITNLLEENFTWKVAITENTMSSGNVSFQVNMIVGNGNSQNPAIPQSPSASQASSMVPSLALSPSVTHELSVGQSTAAVAPSIGFSDPPATPSAGLNSPLVVGAKDKNDDVECQSKTLVQVLDEEDEDDDNLPLSQMGGHSATKKTTSKSHNKRARPSPGTGTAKKLFKESGDDTADGSGENKA
More
|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.004418 | 0.0089245 | 0 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os06g09490 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_06g0014480 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_01g0008510 | SBH | 1.676330 | 6.431366 | 11.350247 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_06g0014450 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_06g0013770 | RBH | 0.0 | 0.569322 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_06g0013870 | RBH | 2.323026 | 0.000000 | 0.000000 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0039300 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0023200 | RBH | 0.0017325 | 0.011204 | 0.0017645 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_01g0010180 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_06g0013820 | RBH | 0.591503 | 0.000000 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_06g0003320 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0039300 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_06G013531 | SBH | 0.217666 | 4.395549 | 2.139903 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_01g0008371 | SBH | 9.490953 | 35.493488 | 11.785679 |