Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNaBo_11g0015190 | OGI:11054910 | 13/16 | NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:20143804-20154195 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | atgcctcgccgcaagaagcatCcccggtttcgtggcacccttggaacctacaagtttcgacaggctcttcttggcgaccccgcgaggcacaatcggttcaacgtactcgaagcagaagccaccgacgacgattcgtcgacggagccaagctccaggatgcaagacattgaggacagctgcggcaaccgatcaactcaggacaattcacggagagagctggtgacgatggaggatgtagggaatatgaaccctttgttgaggacattgctcgagatggtcagcgaggaacaaatttctgagattccgcggcatggcctagaaaaccttcttttggtagctatctataccacagtgaaatttaacatattgatgatgcttatgctttctttattaccacatggtattggtgaaggaatgggtcttcatctcgttgaagagaataactttctctatggagctttcacttttgtcgtgacttgtccatggattaaaaaagatacaaaattgctttcacgtatacttctccgtttgtcagaaatctggagccaacctgaatgggagacaaatctattggatttttttaacaatgctcagttcaggacgtctgtgtacaatgttgttgctttttttgagaatgagctcaccatgtgcacagcagaaaattatgatggaatcaatcacgagagAaaattaaactattcaactttgactactcttattccactgttatttcccctactcttggagcttcttcagtatgtgcattcactctggacggatgaagttgcttctaacatatcagaagaacttgaaggagctaaatgtattatatgttctgagaagctatgtggtattgttgaagaaactactgaaattcaggacatgaatgaggaagagtacaatgttataggtatgtgtgcgagtcttgagggagcattttgtaaacttttggatagcttttctgtttgtggcaccttactaaaagatgtagaatcaatggactttcgtcatttgaccatgctgattaaatatacaattgttccattggtaaaaagttgtcctcctgatctttgggtggagtggatagatatgcttctaccaccagtgtttcactactgtgaagagacactatacagttcatggtgcagtcttctgtataaggatatagtgtcggttcctgataaattctgtgaatctttctcaaaagaaatggttgagaaagcgggaaagggacttctttctgagttgactcgtgaagcatcatatttgcttgccgcaatggcactgccagaacaaaatggatctattgtcagcacagcagatttggaatctacttcaagctcgcttgttgggtatcttttatgccatgataacattagatcttcaatactaaggttaatcaattatatctttggctattggaaggatggtgaagcaaggattatagctgcaccattttgtcatagtttgatccaacttgctattgctacgcacaatgatgaactgctatattttgttcaagatgatatacttccaaagattgtacaatgcttaaccctcgagccgaagtcagataacaatgctctttatcttctttgtgaagatgcataccattgtatgcagagccagggatcagcacaggaaggtgaatgcaatggaaacactgcagaaatatttgaagattggctgtcaaagcaaatgatagtggctcgttataaatacacatcttctgatgaacttcaagacatggtgtggatctgggagattgaagaagaatttatagcttatcttcatacctatgttgatatgttgcacaaagtggatgaaattggtgatacaatggaggattgttatcttagttctcctattaaatttgtgtccaagcatgatactgattgttgtgcaatttctcatgcatgggccatgtcaactatgctgtcacgtaaagtaacttcagtgtattgcaagagagagactgaacaaaaatacaagtttttttgtaaacttatcacatttaaaccctatgttaagtgttctggttatgatgagagcgtgcaagaacttgtggaggacgattcagaggtttggtctgcacttcctggattttgtaggcaggagacacttgagctcttctgtagaatattagattcctgggagcctcagttccatcctctgatacgtcaggatgacaaggaaatgctacgtgaaatagcttgcctattaacttctcgggaagatattcatcatgttcagtccttccagcctgtctcaagcgactttttgctgcatctacaaccttatgcacagaattacattgaggtcaagaacgcaagggctgggatagcaatgcacaacataagtttggccaccgttcttgtcctgaaagtgttgtttctccaccagtatgacagagtaaaagaacaaactaggttgcatgaagcatttgatatacatttggcttctggtgcattagatgattttgtccgtcggactagttcttcaaaggatgatttcattaagattattcttgatgatgatattttgcgtagtcagtttacagatctggattacgatctcctgaaattgtcatatgagcgacgagctaaacttctcagtaagcaagatcaattatgcttatattgcaaacacatgaaaagtgctgtcataaatttacagcatagagatagacttgaaagtttgatatgtgagcttgaggcagaaggtttcttcagtgtggatgatgattctattgaatgggaaaacgaacacttttcagaacttgtggacgaattcaatgagcatgtctttgctgggattcaccttccaaaatattatgttattcgtggaattatggattatcgggaaatgttaaatatgaaggatagcacttgggatgatgctttctctgtggttgttgatggagcattctgtaggtggatggaagatcgtgatctgttttggatggagacaagatactatagccattgttactacgacatcattcaagagccagtaaaaatggttagtaaacttactctggtattgatgcatattagctccattctcttccttgctccagagaacctggagacaccattctaa
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| Protein seq | MPRRKKHPRFRGTLGTYKFRQALLGDPARHNRFNVLEAEATDDDSSTEPSSRMQDIEDSCGNRSTQDNSRRELVTMEDVGNMNPLLRTLLEMVSEEQISEIPRHGLENLLLVAIYTTVKFNILMMLMLSLLPHGIGEGMGLHLVEENNFLYGAFTFVVTCPWIKKDTKLLSRILLRLSEIWSQPEWETNLLDFFNNAQFRTSVYNVVAFFENELTMCTAENYDGINHERKLNYSTLTTLIPLLFPLLLELLQYVHSLWTDEVASNISEELEGAKCIICSEKLCGIVEETTEIQDMNEEEYNVIGMCASLEGAFCKLLDSFSVCGTLLKDVESMDFRHLTMLIKYTIVPLVKSCPPDLWVEWIDMLLPPVFHYCEETLYSSWCSLLYKDIVSVPDKFCESFSKEMVEKAGKGLLSELTREASYLLAAMALPEQNGSIVSTADLESTSSSLVGYLLCHDNIRSSILRLINYIFGYWKDGEARIIAAPFCHSLIQLAIATHNDELLYFVQDDILPKIVQCLTLEPKSDNNALYLLCEDAYHCMQSQGSAQEGECNGNTAEIFEDWLSKQMIVARYKYTSSDELQDMVWIWEIEEEFIAYLHTYVDMLHKVDEIGDTMEDCYLSSPIKFVSKHDTDCCAISHAWAMSTMLSRKVTSVYCKRETEQKYKFFCKLITFKPYVKCSGYDESVQELVEDDSEVWSALPGFCRQETLELFCRILDSWEPQFHPLIRQDDKEMLREIACLLTSREDIHHVQSFQPVSSDFLLHLQPYAQNYIEVKNARAGIAMHNISLATVLVLKVLFLHQYDRVKEQTRLHEAFDIHLASGALDDFVRRTSSSKDDFIKIILDDDILRSQFTDLDYDLLKLSYERRAKLLSKQDQLCLYCKHMKSAVINLQHRDRLESLICELEAEGFFSVDDDSIEWENEHFSELVDEFNEHVFAGIHLPKYYVIRGIMDYREMLNMKDSTWDDAFSVVVDGAFCRWMEDRDLFWMETRYYSHCYYDIIQEPVKMVSKLTLVLMHISSILFLAPENLETPF |
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| Function | Protein HASTY 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q0WP44] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_11g0015190 | OsNaBo_11g0015190.01 | Chr11 | 20143804 | 20154195 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgcctcgccgcaagaagcatCcccggtttcgtggcacccttggaacctacaagtttcgacaggctcttcttggcgaccccgcgaggcacaatcggttcaacgtactcgaagcagaagccaccgacgacgattcgtcgacggagccaagctccaggatgcaagacattgaggacagctgcggcaaccgatcaactcaggacaattcacggagagagctggtgacgatggaggatgtagggaatatgaaccctttgttgaggacattgctcgagatggtcagcgaggaacaaatttctgagattccgcggcatggcctagaaaaccttcttttggtagctatctataccacagtgaaatttaacatattgatgatgcttatgctttctttattaccacatggtattggtgaaggaatgggtcttcatctcgttgaagagaataactttctctatggagctttcacttttgtcgtgacttgtccatggattaaaaaagatacaaaattgctttcacgtatacttctccgtttgtcagaaatctggagccaacctgaatgggagacaaatctattggatttttttaacaatgctcagttcaggacgtctgtgtacaatgttgttgctttttttgagaatgagctcaccatgtgcacagcagaaaattatgatggaatcaatcacgagagAaaattaaactattcaactttgactactcttattccactgttatttcccctactcttggagcttcttcagtatgtgcattcactctggacggatgaagttgcttctaacatatcagaagaacttgaaggagctaaatgtattatatgttctgagaagctatgtggtattgttgaagaaactactgaaattcaggacatgaatgaggaagagtacaatgttataggtatgtgtgcgagtcttgagggagcattttgtaaacttttggatagcttttctgtttgtggcaccttactaaaagatgtagaatcaatggactttcgtcatttgaccatgctgattaaatatacaattgttccattggtaaaaagttgtcctcctgatctttgggtggagtggatagatatgcttctaccaccagtgtttcactactgtgaagagacactatacagttcatggtgcagtcttctgtataaggatatagtgtcggttcctgataaattctgtgaatctttctcaaaagaaatggttgagaaagcgggaaagggacttctttctgagttgactcgtgaagcatcatatttgcttgccgcaatggcactgccagaacaaaatggatctattgtcagcacagcagatttggaatctacttcaagctcgcttgttgggtatcttttatgccatgataacattagatcttcaatactaaggttaatcaattatatctttggctattggaaggatggtgaagcaaggattatagctgcaccattttgtcatagtttgatccaacttgctattgctacgcacaatgatgaactgctatattttgttcaagatgatatacttccaaagattgtacaatgcttaaccctcgagccgaagtcagataacaatgctctttatcttctttgtgaagatgcataccattgtatgcagagccagggatcagcacaggaaggtgaatgcaatggaaacactgcagaaatatttgaagattggctgtcaaagcaaatgatagtggctcgttataaatacacatcttctgatgaacttcaagacatggtgtggatctgggagattgaagaagaatttatagcttatcttcatacctatgttgatatgttgcacaaagtggatgaaattggtgatacaatggaggattgttatcttagttctcctattaaatttgtgtccaagcatgatactgattgttgtgcaatttctcatgcatgggccatgtcaactatgctgtcacgtaaagtaacttcagtgtattgcaagagagagactgaacaaaaatacaagtttttttgtaaacttatcacatttaaaccctatgttaagtgttctggttatgatgagagcgtgcaagaacttgtggaggacgattcagaggtttggtctgcacttcctggattttgtaggcaggagacacttgagctcttctgtagaatattagattcctgggagcctcagttccatcctctgatacgtcaggatgacaaggaaatgctacgtgaaatagcttgcctattaacttctcgggaagatattcatcatgttcagtccttccagcctgtctcaagcgactttttgctgcatctacaaccttatgcacagaattacattgaggtcaagaacgcaagggctgggatagcaatgcacaacataagtttggccaccgttcttgtcctgaaagtgttgtttctccaccagtatgacagagtaaaagaacaaactaggttgcatgaagcatttgatatacatttggcttctggtgcattagatgattttgtccgtcggactagttcttcaaaggatgatttcattaagattattcttgatgatgatattttgcgtagtcagtttacagatctggattacgatctcctgaaattgtcatatgagcgacgagctaaacttctcagtaagcaagatcaattatgcttatattgcaaacacatgaaaagtgctgtcataaatttacagcatagagatagacttgaaagtttgatatgtgagcttgaggcagaaggtttcttcagtgtggatgatgattctattgaatgggaaaacgaacacttttcagaacttgtggacgaattcaatgagcatgtctttgctgggattcaccttccaaaatattatgttattcgtggaattatggattatcgggaaatgttaaatatgaaggatagcacttgggatgatgctttctctgtggttgttgatggagcattctgtaggtggatggaagatcgtgatctgttttggatggagacaagatactatagccattgttactacgacatcattcaagagccagtaaaaatggttagtaaacttactctggtattgatgcatattagctccattctcttccttgctccagagaacctggagacaccattctaa
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| OsNaBo_11g0015190 | OsNaBo_11g0015190.02 | Chr11 | 20143804 | 20154195 | + | NAM | ||
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNaBo_11g0015190 | OsNaBo_11g0015190.03 | Chr11 | 20143804 | 20154195 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgcctcgccgcaagaagcatCcccggtttcgtggcacccttggaacctacaagtttcgacaggctcttcttggcgaccccgcgaggcacaatcggttcaacgtactcgaagcagaagccaccgacgacgattcgtcgacggagccaagctccaggatgcaagacattgaggacagctgcggcaaccgatcaactcaggacaattcacggagagagctggtgacgatggaggatgtagggaatatgaaccctttgttgaggacattgctcgagatggtcagcgaggaacaaatttctgagattccgcggcatggcctagaaaaccttcttttgggtattggtgaaggaatgggtcttcatctcgttgaagagaataactttctctatggagctttcacttttgtcgtgacttgtccatggattaaaaaagatacaaaattgctttcacgtatacttctccgtttgtcagaaatctggagccaacctgaatgggagacaaatctattggatttttttaacaatgctcagttcaggacgtctgtgtacaatgttgttgctttttttgagaatgagctcaccatgtgcacagcagaaaattatgatggaatcaatcacgagagAaaattaaactattcaactttgactactcttattccactgttatttcccctactcttggagcttcttcagtatgtgcattcactctggacggatgaagttgcttctaacatatcagaagaacttgaaggagctaaatgtattatatgttctgagaagctatgtggtattgttgaagaaactactgaaattcaggacatgaatgaggaagagtacaatgttataggtatgtgtgcgagtcttgagggagcattttgtaaacttttggatagcttttctgtttgtggcaccttactaaaagatgtagaatcaatggactttcgtcatttgaccatgctgattaaatatacaattgttccattggtaaaaagttgtcctcctgatctttgggtggagtggatagatatgcttctaccaccagtgtttcactactgtgaagagacactatacagttcatggtgcagtcttctgtataaggatatagtgtcggttcctgataaattctgtgaatctttctcaaaagaaatggttgagaaagcgggaaagggacttctttctgagttgactcgtgaagcatcatatttgcttgccgcaatggcactgccagaacaaaatggatctattgtcagcacagcagatttggaatctacttcaagctcgcttgttgggtatcttttatgccatgataacattagatcttcaatactaaggttaatcaattatatctttggctattggaaggatggtgaagcaaggattatagctgcaccattttgtcatagtttgatccaacttgctattgctacgcacaatgatgaactgctatattttgttcaagatgatatacttccaaagattgtacaatgcttaaccctcgagccgaagtcagataacaatgctctttatcttctttgtgaagatgcataccattgtatgcagagccagggatcagcacaggaaggtgaatgcaatggaaacactgcagaaatatttgaagattggctgtcaaagcaaatgatagtggctcgttataaatacacatcttctgatgaacttcaagacatggtgtggatctgggagattgaagaagaatttatagcttatcttcatacctatgttgatatgttgcacaaagtggatgaaattggtgatacaatggaggattgttatcttagttctcctattaaatttgtgtccaagcatgatactgattgttgtgcaatttctcatgcatgggccatgtcaactatgctgtcatgttctggttatgatgagagcgtgcaagaacttgtggaggacgattcagaggtttggtctgcacttcctggattttgtaggcaggagacacttgagctcttctgtagaatattagattcctgggagcctcagttccatcctctgatacgtcaggatgacaaggaaatgctacgtgaaatagcttgcctattaacttctcgggaagatattcatcatgttcagtccttccagcctgtctcaagcgactttttgctgcatctacaaccttatgcacagaattacattgaggtcaagaacgcaagggctgggatagcaatgcacaacataagtttggccaccgttcttgtcctgaaagtgttgtttctccaccagtatgacagagtaaaagaacaaactaggttgcatgaagcatttgatatacatttggcttctggtgcattagatgattttgtccgtcggactagttcttcaaaggatgatttcattaagattattcttgatgatgatattttgcgtagtcagtttacagatctggattacgatctcctgaaattgtcatatgagcgacgagctaaacttctcagtaagcaagatcaattatgcttatattgcaaacacatgaaaagtgctgtcataaatttacagcatagagatagacttgaaagtttgatatgtgagcttgaggcagaaggtttcttcagtgtggatgatgattctattgaatgggaaaacgaacacttttcagaacttgtggacgaattcaatgagcatgtctttgctgggattcaccttccaaaatattatgttattcgtggaattatggattatcgggaaatgttaaatatgaaggatagcacttgggatgatgctttctctgtggttgttgatggagcattctgtaggtggatggaagatcgtgatctgttttggatggagacaagatactatagccattgttactacgacatcattcaagagccagtaaaaatggttagtaaacttactctggtattgatgcatattagctccattctcttccttgctccagagaacctggagacaccattctaa
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| Protein seq | MPRRKKHPRFRGTLGTYKFRQALLGDPARHNRFNVLEAEATDDDSSTEPSSRMQDIEDSCGNRSTQDNSRRELVTMEDVGNMNPLLRTLLEMVSEEQISEIPRHGLENLLLGIGEGMGLHLVEENNFLYGAFTFVVTCPWIKKDTKLLSRILLRLSEIWSQPEWETNLLDFFNNAQFRTSVYNVVAFFENELTMCTAENYDGINHERKLNYSTLTTLIPLLFPLLLELLQYVHSLWTDEVASNISEELEGAKCIICSEKLCGIVEETTEIQDMNEEEYNVIGMCASLEGAFCKLLDSFSVCGTLLKDVESMDFRHLTMLIKYTIVPLVKSCPPDLWVEWIDMLLPPVFHYCEETLYSSWCSLLYKDIVSVPDKFCESFSKEMVEKAGKGLLSELTREASYLLAAMALPEQNGSIVSTADLESTSSSLVGYLLCHDNIRSSILRLINYIFGYWKDGEARIIAAPFCHSLIQLAIATHNDELLYFVQDDILPKIVQCLTLEPKSDNNALYLLCEDAYHCMQSQGSAQEGECNGNTAEIFEDWLSKQMIVARYKYTSSDELQDMVWIWEIEEEFIAYLHTYVDMLHKVDEIGDTMEDCYLSSPIKFVSKHDTDCCAISHAWAMSTMLSCSGYDESVQELVEDDSEVWSALPGFCRQETLELFCRILDSWEPQFHPLIRQDDKEMLREIACLLTSREDIHHVQSFQPVSSDFLLHLQPYAQNYIEVKNARAGIAMHNISLATVLVLKVLFLHQYDRVKEQTRLHEAFDIHLASGALDDFVRRTSSSKDDFIKIILDDDILRSQFTDLDYDLLKLSYERRAKLLSKQDQLCLYCKHMKSAVINLQHRDRLESLICELEAEGFFSVDDDSIEWENEHFSELVDEFNEHVFAGIHLPKYYVIRGIMDYREMLNMKDSTWDDAFSVVVDGAFCRWMEDRDLFWMETRYYSHCYYDIIQEPVKMVSKLTLVLMHISSILFLAPENLETPF
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| SE | Chr11 | 20150902 | 20151178 | + | OsNaBo_11g0015190.01 | OsNaBo_11g0015190.03,OsNaBo_11g0015190.02,OsNaBo_11g0015190.01 | All |
| A5 | Chr11 | 20145351 | 20145573 | + | OsNaBo_11g0015190.01,OsNaBo_11g0015190.02 | OsNaBo_11g0015190.03,OsNaBo_11g0015190.02,OsNaBo_11g0015190.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.0 | 2.862659 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0513500 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 2.868831 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g31430 | RBH | 0.141574 | 0.0 | 0.579489 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0513500 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0015160 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 7.346466 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0015110 | RBH | 0.0 | 0.0 | 1.788549 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0015060 | RBH | 0.0 | 0.0 | 7.889315 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0014900 | SBH | 1.078193 | 0.742818 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0015180 | RBH | 0.0 | 0.0 | 6.621235 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0290300 | RBH | 0.3377645 | 1.0054945 | 4.7291045 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0015380 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.347472 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0301900 | RBH | 0.012436 | 0.73289 | 3.999736 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0015490 | SBH | 0.025784 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0015280 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0015130 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0014750 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.085360 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0015050 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G014880 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0015230 | RBH | 0.0 | 0.0 | 1.129752 |
