Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsNaBo_04g0009380		OGI:04046380 \| 16/16			NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr04:17239783-17244664		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		WAK41, OsWAK41
DNA seq		cagcatgacactataaaaaagctacacttttgtagttttttgaaatctttgaaaatgcctttaaacaacatccatgcagttttacgatatttcgatgatttatttgagagagaactgcaacctcgttaataaattgattaatttctccctccttaataacttttggctttttgatagcaacaactcgttgatccggtaggatgcctctgtagacaataccatgtcctccacttcctagaatacgtgcaggatcaaagttgtttgttgccttctgaacctcttccaaagagaaaattttattctcacttggtttctcatttgaacatattaggtgttctagaagaagccctttgtttttctgaaagtttttctttcttagttgtttttggatgccatttctccatcgacgaataaggaaaaccccactatagcagacaaagtaggattccgaagccaacgctcaaaccaattacaatacctgtagacattataacaatggacatgaagctaatgttctttgtttctgtaaatgattcacggtacaatatagtgtagctagctactattacctaggagaagattatggcgttttggtaagcatcgtcttcctactggatcatactctgtcttacaagggcatgaaagacatgtgtactttccaacagtattattgcacatctcggagcagatatttggttgaaggcactcattaatatctgtaaaattagtttaaaaaaaaattaatatctgtaaaagaaccatatatatggatgttgcaattagttaattaataagggAaaaatggaaagtaatattaaattaaatatatatggcagttctgatctacagccccatagaataactaaggacatgactacagaacgttcggtcgctggtttgcttaaagcaatgcccactccatcccaggtataaatccccctttagctaaaaaaaatataatggtgcatgtcttttttaacctctttaatgatttctatatttttaaatcacattttatttttaagatctatttacatcattgtactctactcaaaatatgtgacaaaacgagatctgtgttaaatatattcaaacattttattaatttaaaagtaatttatttagattgtagaagtaacttagttatgcaatagaagttactttctgtagcgttagaagtacttacattatgattgagttgacataagaaactatgtggactaaattcacaagtaaagtgtaGggaagataaatatatttatgaaagtaaattcaataaagcccaaacgtaatttacataaatcataaatgtaacttagcatgaaataaagtaaattgttacgacattagaagtaaatccgtcatagagataaaaaaaatgcgtctatctaaaacttaatttaatcagcacaaaatctggaattcactaaaaacaataataaaagtaatcaactcagagcattataaatgtataagaagtaatttaatcaaatctaaatgtaattTAtatatatgataaaggtaacttacatatataataataaaagtaatttacaaacataaatatttttttcgtcataatataatcatgtaagatcttgttataaagatttaattgtaacgaacacaatggtgtaattagattatagatcgaataagtaattaaatagaaaattttataagaagaaacaatgatatgcaggacctaatagcgaaaaagacatgcatgtttgtagaagtgtagtagtactactctcacgtatggttgctgtcgttcgttgagcctaaatcgagagggctctcgaagttgatttcgtgattaactaatctacaacctcaccccacccccaccctactgcccactgagtctgcaccctacccccccttccatgcagcatgtccctgccacctctcgcacaccctcccttctcctcaattccctcctcccggcgctccctctctgcctcccgatctctttctctccggatttttcctcctctcagcaccccttcctgatctctctctcccttaccccctcccaatctatctccctttggtttttctctccttaacctcggtgctccctgtcgatctctccccctccagtcctcctcccgggccccccctcaaatctctctccctttggtttttctctcctttccccctttttttcatctcaaatcctacctttgcaaaaatgaaaataacatatttgaactcatgacctcatagttactagattgatagtctagccaatggaactaatgatactttgtgattgggtaatgtcttttatttattttataatttcttttaaataaagcattaggaatccaacccaaatcattttcattaccacaataagggttatatataggaagaaatcaactacgtcaccgcacatgacggggtccttgcctgctagtctagaccaccaccacccttgcccaatgcgccactctccagccttgtcagtgccggcgagctcccaacaacaattctaGgggtgcactcacccctccgtcttacacacctctggcagccatccagccacctagtcactctagacccaatgcccctatcgttgatcctacccaccactcttctccttccctgcaactcctacgtcatcgctattgtcttgtcacccacctatatccgctggtcaccggtggtttgaccaccacccatgaccatccctttaaaatataattaaaatttcacattaaccctgctaggaccgtcaattagcatggcgagttgatcaaccgcataggggcctataaaattggccccaaatcctaatccacttacttaagtaatcttaatcaaagaaataacatgaggttggattactgcttgagtactaccttttaattttttttaaccctaatattgcattcattcctagtatagtaggaaatgaagttgtgtgattaaatgaaggtattacagttcttgtaattttaggacctatctgtatttcatgccaaattaagccttaacttccttgagatggtcctgcccaatcctacttctcttaaccttaaatcagaacgggaacattttaatggtgtcgatcttaactttttcccggtagaagttcatggataaaatgacaatgtcctatgaagtgcatttacaattaatgtttacttgagacagggagtacgtaccgacacaaccatttgttatgtatggatttccttggtatccctgtgcacatttgcatcggtaaccaacaaacgtatcagtaggcttgcttgttatacactcactgttggtgcttatgcaggcatatccagagctgtttcgttttgcatcttgacatgttagatgagcagcaacccattggacagaaacaattggtgtcccaacctgaacataaagactttgtttccccggttcataataagtaccgatactggtttcaggatatttttcccggtcaacgtagtattcaagagtcccgttgtccacatatatgtttgtcacatgatactggtcttccaatagaagggttgatgatgccgcatttttgtagttgaggtaaaattattttcctgcaaaacgaccttcttccatgccaaacgggaatggaacgctgatattcccacactggcggatacaattcattttccgttgtaatgggttataccctgattgcaaagaaaggaaaaaataattaattcatgactgttagcatataaatttgaatctacagaactattctctccgtctctaaatatttgacgccgttgacttttttaaatatgtttgacctttcattttattcaaaaaattaagtaattattaattccttttctatcatttgattcattgttaaaaatatttttatgtatacatatagttttacatatttcacgaaagtttttgaataagacgaacggttaaacatgttttaaaaagtcaatgacgtcaaatatttagggacggagggagtatttatctaaatgcctgaaattgtctatgtatcatttttttttctgccactagatcattattcgatacactcatatattcagttattgagaaggtaacacagagtataatctaactttaaatgaatgctatcacttttatgatccctaattaatatatgacaatgcatcttcgtcaacagataaaatagaaacaatcaatgaaaattaaaataaagttatactagagttgtatatatattaagcttacctacagtgtgttgtgtaaacttatatgactggtaagtaagaaaattttaactgaatgatagtttattgtgtagttctccatattttgtttgctgcagattggcttAaaaaaaagatgtgcaggctataggactacagcttctgtttctataagagatatatgtgcatatttgattttaatcccttcaaattggatcaagattgacgaggtacttcatttctaataaagggatttagtctatcgctgtcttttcaaacaaatgctagtacgcattaaaaaaacattgggtttggagattaccactatccagtgaacagccatccagaatataaggatttcctatgtagccattacgacagatgcagttatagccatcgactgatgagttcctgcaaatgctcttgttgctaacacaagcatagctcgtctggtttttacgggcacttgcgcagtctggttgatcagcgatcttccaactgagaccacgcgcagcagtatcagtgatatagatcgtatcccatgacaagcttcggttatggtgcgattctagattggtttctgctcggcggacgaatttaaattcgatagtagatgaataagcattgatctcggcaccaaagtcgatagtgcaacatcctgtgccgttgcaatcctgtataggagacaccat More
CDS seq		atggtgtctcctatacaggattgcaacggcacaggatgttgcactatcgactttggtgccgagatcaatgcttattcatctactatcgaatttaaattcgtccgccgagcagaaaccaatctagaatcgcaccataaccgaagcttgtcatgggatacgatctatatcactgatactgctgcgcgtggtctcagttggaagatcgctgatcaaccagactgcgcaagtgcccgtaaaaaccagacgagctatgcttgtgttagcaacaagagcatttgcaggaactcatcagtcgatggctataactgcatctgtcgtaatggctacataggaaatccttatattctggatggctgttcactggatagtgaccagtatcatgtgacaaacatatatgtggacaacgggactcttgaatactacgttgaccgggaaaaatatcctgaaaccagtatcggtacttattatgaaccggggaaacaaagtctttatgttcaggttgggacaccaattgtttctgtccaatgggttgctgctcatctaacatgtcaagatgcaaaacgaaacagctctggatatgcctgcataagcaccaacagtgagtgtataacaagcaagcctactgatacgtttgttggttaccgatgcaaatgtgcacagggataccaaggaaatccatacataacaaatggttgtgtcgatattaatgagtgccttcaaccaaatatctgctccgagatgtgcaataatactgttggaaagtacacatgtctttcatgcccttgtaagacagagtatgatccagtaggaagacgatgcttaccaaaacgccataatcttctcctagcgttggcttcggaatcctactttgtctgctatagtggggttttccttattcgtcgatggagaaatggcatccaaaaacaactaagaaagaaaaactttcagaaaaacaaagggcttcttctagaacacctaatatgttcaaatgagaaaccaagtgagaataaaattttctctttggaagaggttcagaaggcaacaaacaactttgatcctgcacgtattctaggaagtggaggacatggtattgtctacagaggcatcctaccggatcaacgagttgttgctatcaaaaagccaaaagttattaaggagggagaaattaatcaatttattaacgaggttgcagttctctctcaaataaatcatcgaaatatcgtaaaactgcatggatgttgtttaaaggcattttcaaagatttcaaaaaactacaaaagtgtagcttttttatag More
Protein seq		MVSPIQDCNGTGCCTIDFGAEINAYSSTIEFKFVRRAETNLESHHNRSLSWDTIYITDTAARGLSWKIADQPDCASARKNQTSYACVSNKSICRNSSVDGYNCICRNGYIGNPYILDGCSLDSDQYHVTNIYVDNGTLEYYVDREKYPETSIGTYYEPGKQSLYVQVGTPIVSVQWVAAHLTCQDAKRNSSGYACISTNSECITSKPTDTFVGYRCKCAQGYQGNPYITNGCVDINECLQPNICSEMCNNTVGKYTCLSCPCKTEYDPVGRRCLPKRHNLLLALASESYFVCYSGVFLIRRWRNGIQKQLRKKNFQKNKGLLLEHLICSNEKPSENKIFSLEEVQKATNNFDPARILGSGGHGIVYRGILPDQRVVAIKKPKVIKEGEINQFINEVAVLSQINHRNIVKLHGCCLKAFSKISKNYKSVAFL
Function		Wall-associated receptor kinase 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LMN6]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsNaBo_04g0009380	OsNaBo_04g0009380.01	Chr04	17239783	17244664	-	NAM
CDS seq	atggtgtctcctatacaggattgcaacggcacaggatgttgcactatcgactttggtgccgagatcaatgcttattcatctactatcgaatttaaattcgtccgccgagcagaaaccaatctagaatcgcaccataaccgaagcttgtcatgggatacgatctatatcactgatactgctgcgcgtggtctcagttggaagatcgctgatcaaccagactgcgcaagtgcccgtaaaaaccagacgagctatgcttgtgttagcaacaagagcatttgcaggaactcatcagtcgatggctataactgcatctgtcgtaatggctacataggaaatccttatattctggatggctgttcactggatagtgaccagtatcatgtgacaaacatatatgtggacaacgggactcttgaatactacgttgaccgggaaaaatatcctgaaaccagtatcggtacttattatgaaccggggaaacaaagtctttatgttcaggttgggacaccaattgtttctgtccaatgggttgctgctcatctaacatgtcaagatgcaaaacgaaacagctctggatatgcctgcataagcaccaacagtgagtgtataacaagcaagcctactgatacgtttgttggttaccgatgcaaatgtgcacagggataccaaggaaatccatacataacaaatggttgtgtcgatattaatgagtgccttcaaccaaatatctgctccgagatgtgcaataatactgttggaaagtacacatgtctttcatgcccttgtaagacagagtatgatccagtaggaagacgatgcttaccaaaacgccataatcttctcctagcgttggcttcggaatcctactttgtctgctatagtggggttttccttattcgtcgatggagaaatggcatccaaaaacaactaagaaagaaaaactttcagaaaaacaaagggcttcttctagaacacctaatatgttcaaatgagaaaccaagtgagaataaaattttctctttggaagaggttcagaaggcaacaaacaactttgatcctgcacgtattctaggaagtggaggacatggtattgtctacagaggcatcctaccggatcaacgagttgttgctatcaaaaagccaaaagttattaaggagggagaaattaatcaatttattaacgaggttgcagttctctctcaaataaatcatcgaaatatcgtaaaactgcatggatgttgtttaaaggcattttcaaagatttcaaaaaactacaaaagtgtagcttttttatag More
Protein seq	MVSPIQDCNGTGCCTIDFGAEINAYSSTIEFKFVRRAETNLESHHNRSLSWDTIYITDTAARGLSWKIADQPDCASARKNQTSYACVSNKSICRNSSVDGYNCICRNGYIGNPYILDGCSLDSDQYHVTNIYVDNGTLEYYVDREKYPETSIGTYYEPGKQSLYVQVGTPIVSVQWVAAHLTCQDAKRNSSGYACISTNSECITSKPTDTFVGYRCKCAQGYQGNPYITNGCVDINECLQPNICSEMCNNTVGKYTCLSCPCKTEYDPVGRRCLPKRHNLLLALASESYFVCYSGVFLIRRWRNGIQKQLRKKNFQKNKGLLLEHLICSNEKPSENKIFSLEEVQKATNNFDPARILGSGGHGIVYRGILPDQRVVAIKKPKVIKEGEINQFINEVAVLSQINHRNIVKLHGCCLKAFSKISKNYKSVAFL More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.0	0.0	0.0

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_04g0367201	SBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os04g29880	SBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os04g0367201	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_04g0009870	SBH	0.0	0.0	0.0
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_04g0010640	SBH	0.0	0.0	0.0
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_04g0010450	SBH	0.0	0.000000	0.000000
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_04g0010050	SBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_04g0010270	SBH	0.0	0.0	0.0
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_04G0295300	RBH	0.0188215	0.172501	0.0460255
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_04g0010070	RBH	0.0	0.0	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_04G0279400	SBH	0.1624525	1.2799765	0.0684115
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_04g0010080	RBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_04g0010260	RBH	0.0	0.000000	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_04g0010310	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_04g0010800	RBH	0.0	0.0	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_04g0010190	SBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_04G007420	SBH	0.049118	0.278644	0.566179
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	NA	NA	NA	NA	NA

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