Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsMH63_05G0067600		OGI:05012640 \| 9/16			Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU			Chr05:4660719-4664207		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		OsWD40-115, -
DNA seq		ATGGAGTTCTCCACAAGGGCAATGGCCGCAGTCATCCCTAAGCTGAGCAAGCTGCTCATGGAAGAGTATGGACTAGAAAATAGTGTGAAGGAGGGGATCACATTTCTCAATTCTGAGCTTGAGAGCATGCAAGCTGAGGTTGACAAGATCTCAAAGGTGCCACTAGATCAACTTGACAGTCAAATCAAGATTTGGGCTAGAGATGTTCGGGAGCTATCTTATGACATCGAGGACAATGTTGATACATTCATGCTATGTGTCGATGATCTTGAGGCACGCAAGAAGCATGACTTCACATGGTTAATTGACAAGTATTGTAAGTCATTGTCTGAGCTAAAGATCCGCCACAAAATAGCAAATGATATCAAACATGACATTATCCCAGTAAAGGAAGTTGTGGAACGACATGATAGGTATAATGCTGATGATGTTGATTCTAAGCTTCCAACAATTATAGACCCTCGCATCTTGAAACTTTATGACAATGTCACCAAGCCTGTTGGTGTTGACAAGGCAAGTGGTGATCTAATTAAGAAGTTGTCCATGGAGACCGATGAGTCATCCCAGAAGCTCAAGATGATATCGGTTGTTGGGTTTGGAGGATTGGGCAAGACAACTCTTGCCAAAGAAGTTTTTGGCATGCTTAGAGTGCAATTTAGCTATGTTTGTTTTGTTTCAGTGGGTCGGAAACCTGATATAAAGAAAGTTTTGAAGAGCATCCTGATTGAAGTTAATAAGCAGAAGCACATGTCCAATCTAGCAAAACTAAGCGAAAGACATCTGATTGATGAGATCCGAGAATATCTCGAAAACAGGAGGTATGTATGTCAATGCATGTTTTTAATTATTTGCATATGCTGACGAGTGTTCTGTTTGCTACTAAAAAATGTTTCATTAATTGGCTGCTGGTTGCTAATGTTGTATATATTTTAAGTAATATATATTGGTGAGGATCTTTATCTATATTGGTCTACATTTAGTAATTGGAAGCTTTCCCATTTTGGAAACCCTCAGGTCAATTAAAAAAGGGTGAAAAATGCAAAAGATCTATTTGGGCAGATCAGTAGATGTATTGTACAGCTCTAATTTATCCTCTCGCCAAGTACTAAGTAGATTATAGAACTGGCCAGGGGCAGGTAGGATTTTGAACTTGCATATATATTTGAAGTAGGAAGGGTATTTTTTTTTCCTATAGCTAAAAACCTAATAGTTGGCTTGTACAATATCACACACTAATAATTGTATAATATATAGCATATATAACACAAAATTGAGCATAAGTTCATATATTTTTAGGGGGGATACTACCAGGCATTTGCCTAGTAGAGTAATTTGTAGATAAAAAATATGATTTGGACAAAACAACAACAAACTAGGGAACCAAAAAAACAAGAATTACAAGAGTTGTAACCAATCAACAACTTATTGGTCATATACTGATAAACTTAATCATCAATTGAAATTGTTTGCTATATATTCTTGCATTTACAAATATACTATAGACAATTTTACTAATTCATGCCTCGTCTATTCCCTCCTGATAGGTATTTGGTTGTTCTGGATGACATATGGGAAATATCCACATGGGATATTATTAAATGTGCTATCGTAGAAAGTAATTGCGGAAGTAGAGTAATTGCAACTACTCGTATTTCCCAAGTTGCTGAAGAAGTTGGTGATATTTATAACATGGAGCCACTTTCTAATGATAATTCCAAAAGATTATTCAATAGAAGAATATTTGGTGCTGACTGCATAGGTACAACTAATAATCAATCAATTGAGGCAATGGAAAAGGTATTAAAGAAATGTGGTGGTGTTCCATTGTCTATTATTACAATAGCTAGTTTGTTGGTTGATAAACCTCTAGAGGATTGGTCTAACGTGTATGACTCAATTGGTTTTCGGCTAGAAGATAATGAAGCAGTTCAGAACACGAGGAAGATACTATCTTTTAGCTACTATGATATGCCTTCTTACCTAAAGAATTGTTTGTTGCACCTAAGAATTTTCCCAGAAAATTGTTGGATTGAGAAAGAGTCTTTGATATGGAAATGGATAGCCGAAGGCTTCGTACATATGGAACCAGGAAAAGGGTTATTTGAGGTTGGTGAAAGATACTTTAATGAGCTTATTAACAAAAGCATGATCCAACCAATGGATTTGATCAATTATGAGGGCACCTTGGATGGTTGCCGTATCCACGATATGGTTTTGGACCTCATCCGCATTATTTCAACTGAGGAAAGCTCTACAACAGTTTTGGATAGAATGCATGAAGAGCACAGCACATCTCTGTTGAGCAGAAATGTCCGTAGGTTAGCACTGCATATTAGTTGGAATCAAGATATAGACAATAACCTTCATGTGGACATGGCACGTCTCAGGTCATTCAATGCCTTTGAGTGTCCTACAAGCATGATGCCTCCACTTCTGGAGTTCCATGCTCTACGTGTGCTAGCACTGGAAGATTGTGATATCACCGGAGGTTTCTTTCTCAAGCATCTTGGGAACCTACAACAGTTGAGGTATCTAGGAATGAGAAACACTGGTAAAGTTGAGCTCCCACAGGAAATAGGGAATCTTAAGCACTTGCAAACATTGGATGTCAGGGACAGTTTCCTTGATGCACTTCCAGTAATTGTGTATGAACTAAGCAAGTTGTTACGCTTATGCATGGACTCATTCACTGAAGTTCCTGCTGGGCTCGGCAATCTGAAGTCCCTACAAGAGCTTTGGGTCTATGTATCGGATGACAGCTGCCCAAACTTCGCTGCGGAGCTGAGCAACCTAACTGACCTAAAAGTTCTCCACATTAATTGGTATTGGGAGGTAGACGAGGTATCGCTGAAGGATTTGGTGGAGTCTCTACGCAATCTACATAGATTAGAGGACCTAAGCTTCTCTTCCCGTTCCTTTGGTGAGATGAGTGGCTGGGAAGGTTGGGAACCCCCACGGCAACTCCGCAAGTTCTCTATAGATGATGTTAGTATCTTCCTGCCACGGTTGCCATCATGGGTGAACTCTACTTTTGTTCCACACCTCTCCGACTTGAGCTTACAAGTGCAGGCCATGAAGGCACATGACTTCGAAGTCCTTGCAAGAATTCCAGAGCTACGCTTCCTCTCTGTGGATGTCATGGACGGATTTTCATGGACTGTCCCTGGTGGAGACGGATTGTTCCAGAACCTTAGACGCTGCCGCACGAACATAAAACTCACATTTCTGCAGGGGGCAATGCCGATACTCATGGAGGTTGAATTGTGTGTGGCAGCGTCCAAGGGTTGTGCCACCTCCTACGACATTGGCTTAGGGAACCTCTTGCTCCTGATGACAGTAGATGTTTGGATAGCGTGTGAGGGTGCGACGGCCGGTCAAGTGGAGGAAGCAGAGATGGTGTTGAGGCATTCAGTTGATGTCCACCCCAACCATCCCACCATTAACGTGAACAAATTTCATCCACATGTACGATTGGATTTCTTTTCCTAA More
CDS seq		ATGGAGTTCTCCACAAGGGCAATGGCCGCAGTCATCCCTAAGCTGAGCAAGCTGCTCATGGAAGAGTATGGACTAGAAAATAGTGTGAAGGAGGGGATCACATTTCTCAATTCTGAGCTTGAGAGCATGCAAGCTGAGGTTGACAAGATCTCAAAGGTGCCACTAGATCAACTTGACAGTCAAATCAAGATTTGGGCTAGAGATGTTCGGGAGCTATCTTATGACATCGAGGACAATGTTGATACATTCATGCTATGTGTCGATGATCTTGAGGCACGCAAGAAGCATGACTTCACATGGTTAATTGACAAGTATTGTAAGTCATTGTCTGAGCTAAAGATCCGCCACAAAATAGCAAATGATATCAAACATGACATTATCCCAGTAAAGGAAGTTGTGGAACGACATGATAGGTATAATGCTGATGATGTTGATTCTAAGCTTCCAACAATTATAGACCCTCGCATCTTGAAACTTTATGACAATGTCACCAAGCCTGTTGGTGTTGACAAGGCAAGTGGTGATCTAATTAAGAAGTTGTCCATGGAGACCGATGAGTCATCCCAGAAGCTCAAGATGATATCGGTTGTTGGGTTTGGAGGATTGGGCAAGACAACTCTTGCCAAAGAAGTTTTTGGCATGCTTAGAGTGCAATTTAGCTATGTTTGTTTTGTTTCAGTGGGTCGGAAACCTGATATAAAGAAAGTTTTGAAGAGCATCCTGATTGAAGTTAATAAGCAGAAGCACATGTCCAATCTAGCAAAACTAAGCGAAAGACATCTGATTGATGAGATCCGAGAATATCTCGAAAACAGGAGGTATTTGGTTGTTCTGGATGACATATGGGAAATATCCACATGGGATATTATTAAATGTGCTATCGTAGAAAGTAATTGCGGAAGTAGAGTAATTGCAACTACTCGTATTTCCCAAGTTGCTGAAGAAGTTGGTGATATTTATAACATGGAGCCACTTTCTAATGATAATTCCAAAAGATTATTCAATAGAAGAATATTTGGTGCTGACTGCATAGGTACAACTAATAATCAATCAATTGAGGCAATGGAAAAGGTATTAAAGAAATGTGGTGGTGTTCCATTGTCTATTATTACAATAGCTAGTTTGTTGGTTGATAAACCTCTAGAGGATTGGTCTAACGTGTATGACTCAATTGGTTTTCGGCTAGAAGATAATGAAGCAGTTCAGAACACGAGGAAGATACTATCTTTTAGCTACTATGATATGCCTTCTTACCTAAAGAATTGTTTGTTGCACCTAAGAATTTTCCCAGAAAATTGTTGGATTGAGAAAGAGTCTTTGATATGGAAATGGATAGCCGAAGGCTTCGTACATATGGAACCAGGAAAAGGGTTATTTGAGGTTGGTGAAAGATACTTTAATGAGCTTATTAACAAAAGCATGATCCAACCAATGGATTTGATCAATTATGAGGGCACCTTGGATGGTTGCCGTATCCACGATATGGTTTTGGACCTCATCCGCATTATTTCAACTGAGGAAAGCTCTACAACAGTTTTGGATAGAATGCATGAAGAGCACAGCACATCTCTGTTGAGCAGAAATGTCCGTAGGTTAGCACTGCATATTAGTTGGAATCAAGATATAGACAATAACCTTCATGTGGACATGGCACGTCTCAGGTCATTCAATGCCTTTGAGTGTCCTACAAGCATGATGCCTCCACTTCTGGAGTTCCATGCTCTACGTGTGCTAGCACTGGAAGATTGTGATATCACCGGAGGTTTCTTTCTCAAGCATCTTGGGAACCTACAACAGTTGAGGTATCTAGGAATGAGAAACACTGGTAAAGTTGAGCTCCCACAGGAAATAGGGAATCTTAAGCACTTGCAAACATTGGATGTCAGGGACAGTTTCCTTGATGCACTTCCAGTAATTGTGTATGAACTAAGCAAGTTGTTACGCTTATGCATGGACTCATTCACTGAAGTTCCTGCTGGGCTCGGCAATCTGAAGTCCCTACAAGAGCTTTGGGTCTATGTATCGGATGACAGCTGCCCAAACTTCGCTGCGGAGCTGAGCAACCTAACTGACCTAAAAGTTCTCCACATTAATTGGTATTGGGAGGTAGACGAGGTATCGCTGAAGGATTTGGTGGAGTCTCTACGCAATCTACATAGATTAGAGGACCTAAGCTTCTCTTCCCGTTCCTTTGGTGAGATGAGTGGCTGGGAAGGTTGGGAACCCCCACGGCAACTCCGCAAGTTCTCTATAGATGATGTTAGTATCTTCCTGCCACGGTTGCCATCATGGGTGAACTCTACTTTTGTTCCACACCTCTCCGACTTGAGCTTACAAGTGCAGGCCATGAAGGCACATGACTTCGAAGTCCTTGCAAGAATTCCAGAGCTACGCTTCCTCTCTGTGGATGTCATGGACGGATTTTCATGGACTGTCCCTGGTGGAGACGGATTGTTCCAGAACCTTAGACGCTGCCGCACGAACATAAAACTCACATTTCTGCAGGGGGCAATGCCGATACTCATGGAGGTTGAATTGTGTGTGGCAGCGTCCAAGGGTTGTGCCACCTCCTACGACATTGGCTTAGGGAACCTCTTGCTCCTGATGACAGTAGATGTTTGGATAGCGTGTGAGGGTGCGACGGCCGGTCAAGTGGAGGAAGCAGAGATGGTGTTGAGGCATTCAGTTGATGTCCACCCCAACCATCCCACCATTAACGTGAACAAATTTCATCCACATGTACGATTGGATTTCTTTTCCTAA More
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Function		Disease resistance protein RGA5 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q2R8L1]

Transcripts

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OsMH63_05G0067600	OsMH63_05T0067600.1	Chr05	4660719	4664207	+	maker
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Protein seq	MEFSTRAMAAVIPKLSKLLMEEYGLENSVKEGITFLNSELESMQAEVDKISKVPLDQLDSQIKIWARDVRELSYDIEDNVDTFMLCVDDLEARKKHDFTWLIDKYCKSLSELKIRHKIANDIKHDIIPVKEVVERHDRYNADDVDSKLPTIIDPRILKLYDNVTKPVGVDKASGDLIKKLSMETDESSQKLKMISVVGFGGLGKTTLAKEVFGMLRVQFSYVCFVSVGRKPDIKKVLKSILIEVNKQKHMSNLAKLSERHLIDEIREYLENRRYLVVLDDIWEISTWDIIKCAIVESNCGSRVIATTRISQVAEEVGDIYNMEPLSNDNSKRLFNRRIFGADCIGTTNNQSIEAMEKVLKKCGGVPLSIITIASLLVDKPLEDWSNVYDSIGFRLEDNEAVQNTRKILSFSYYDMPSYLKNCLLHLRIFPENCWIEKESLIWKWIAEGFVHMEPGKGLFEVGERYFNELINKSMIQPMDLINYEGTLDGCRIHDMVLDLIRIISTEESSTTVLDRMHEEHSTSLLSRNVRRLALHISWNQDIDNNLHVDMARLRSFNAFECPTSMMPPLLEFHALRVLALEDCDITGGFFLKHLGNLQQLRYLGMRNTGKVELPQEIGNLKHLQTLDVRDSFLDALPVIVYELSKLLRLCMDSFTEVPAGLGNLKSLQELWVYVSDDSCPNFAAELSNLTDLKVLHINWYWEVDEVSLKDLVESLRNLHRLEDLSFSSRSFGEMSGWEGWEPPRQLRKFSIDDVSIFLPRLPSWVNSTFVPHLSDLSLQVQAMKAHDFEVLARIPELRFLSVDVMDGFSWTVPGGDGLFQNLRRCRTNIKLTFLQGAMPILMEVELCVAASKGCATSYDIGLGNLLLLMTVDVWIACEGATAGQVEEAEMVLRHSVDVHPNHPTINVNKFHPHVRLDFFS More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.020226	0.0883635	0

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_05g0240200	SBH	2.018401	1.757905	2.617826
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os05g15040	SBH	1.361988	1.224824	0.702333
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os05g0240200	SBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_07g0010910	SBH	0.0	4.334478	0.0
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_05g0008600	SBH	0.499072	6.762794	4.518642
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_05g0008480	SBH	0.964868	7.102261	9.432404
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_05g0008560	SBH	0.206039	0.410442	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_05g0005240	RBH	0.0	0.000000	0.0
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_07G0202000	RBH	0.034513	0.034332	0
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_05g0005000	RBH	0.0	0.000000	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_05G0068900	RBH	0.0186025	0.0437995	0
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_05g0005130	RBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_05g0005070	RBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_05g0005160	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_05g0005180	RBH	0.0	0.170764	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_05g0005190	RBH	0.0	6.077753	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_07G010830	SBH	0.0	0.0	0.0
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_07g0010590	SBH	0.0	0.0	0.0

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