Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_11g0018140 | OGI:11010520 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:23519944-23534224 | ||||||||
| Gene Symbol | XA21, Xa21*, Xa21, OsXA21, - | ||||||||||
| DNA seq | 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||||||||||
| Function | Receptor kinase-like protein Xa21 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q2R2D5] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_11g0018140 | OsLima_11g0018140.01 | Chr11 | 23519944 | 23534224 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgtctggtttatctaggctcacattaagctctaacaatttaactggGctgatacccagttctatttggaacaacatgtcagcactaatggcgttcactgtccagcaaaAttcgttaagtggaaccattcctccaaatgcattcagtaattttcccagtctccagcttataggaatggaccacaacaagtttcatggtagtatccctacgtcgattgccaatgcttcccatctgtggttggttcagcttggtgctaacttcttaagcggtatcgttcctccagagattggAggcttaagaaatctcaaaattctacagctttcagaaacatttcttgaagctagaagccccaacgattggaaattcataaccgcattaacaaattgttcccagtttagcgtgttgtacttggctagttgcagctttggaggagttcttcctgattcactttccaatttgtcctctctgacaaatcttttccttgacacaaacaaaatttcgggaagcatacctgaagatattgataacctcatcaatctgcaagcatttaatctcgataacaacaatttcacagggcatcttccctcctccattggtaggcttcaaaatctgcatcttctctccatagggaacaacaaaattggtgggccaattccattgacattaggaaacctaacagaactatatattttacaactcagatcaaAtgcttttagcggtagcataccaagcattttTagaaaccttacaaacttattaggactaagcctagacagcaataactttactggtcaaatcccaacagaggtagtcagcattgtcagtctctctgaaggtttgaacctgtcgaataacaacttggagggatcaataccacaacaaatcgggaatctgaaaaatcttgtaaacttagatgccagatcaaataaattatcaggtgaaatccctactacccttggtgaatgccaacttctccagaatatctatctccaaaataacatgttaactggtagtcttccatcactcctgagtcaattgaaAggcctacaaactcttgatctttcgagtaacaatttgtctggtcaaatacccacattcctatcaaaccttaccatgctcggttatctcaacctttcattcaatgattttgttggagaagtacctacacttggtgtctttttgaatgcttctgcaatttcaattcaagggaatggcaaactttgtggtggcgtgcctgatctacatttgcctagatgtacatcacaagcaccgcacagaaggcagaaatttctggtaattcctattgttgtgtctcttgtggcaacattactcctgcttttattattctacaagcttctggctcggtacaagaaaataaaatcaaagataccatcaaccacatgcatggaaggccatcctttgatctcttactctcagctggcaagggcaacagacagtttctcagcgaccaatttgttgggatcaggatcatttggttctgtgtataaaggagaattagataaacaatctggtcaaagtaaagatattattgctgtcaaagtgctaaaactccaaactcctggagcgctcaagagtttcacagctgaatgtgaagcactgcgaaatctacgacaccggaatcttgtcaagataattacagcttgctcaagcattgataacagcggcaatgacttcaaagcaattgtgtttgacttcatgcctagtggtaatttagaaggctggttgcatcctgccacaaacaacccaaagtacttaaatcttcttcagagagttggcatactacttgatgtggctaatgcgctggattatctacattgccatggaccaacacctgttgtacattgtgatctcaaaccgagcaatgtgcttttagatgctgagatggtagcacatgttggagactttggacttgctaagattctttttgaaggcaactcattgctccaacagtctacaagctcgatgggacttagagggacaatcggttatgctcccccagagtatggtgctggaaatacggtatcgactcaaggagatatttacagctatggtattcttgtgctagaaacggtaactggGaAGAggcccacagataagaaattcatacaaggattgagcctccgtgagtatgttgagctgggtctacatggtaaaatgatggatgttgtcgacactcagctatctttgcaccttgagaatgaacttcgtaccacggatgaatacaaagtcatgattgattgcctgcactgcacatgggtgggtgttgtgTGcggccgccgccgccgccggcacccacacagggtggtgaagctgctgctgcgctcgtccaacctgtccgggatcatctcgccgtcgctgggcaacctgtccttcctcagggagctggacctcagcgacaactacctctccggcgagataccaccggagctcagccgtctcagcaggcttcagctgctggagctgagcggtaactccatccaagggagcatccccgcggccattggagcatgcaccaagttgacatcgctagacctcagccacaaccaactgcgaggtatgatcccacgtgagattggtgccagcttgaaacatctctcgaatttgtaccttcacaccaatggtttgtcaggagagattccatctgctttgggcaatctcactagccttcagtattttgatttgagctgcaacagattatcaggagctataccttcatcgctagggcagctcagcagcagtctattgactatgaatttgcgacagaacaatctaagtgggatgatccccaattctatctggaacctttcgtctctaagagcgtttagtgtcagcgaaaacaagctaggtggtatgatccctacaaatgcattcaaaacccttcacctcctcgaggtgatagatatgggcactaaccgtttccatggcaaaAtccctgcctcagttgctaatgcttctcatctgacacagcttcagattgatggcaacttgttcagtggaattatcacctcggggtttggaaggttaagaaatctcacaacactgtatctctggagaaatttgtttcaaactagagaacaagaagattgggggttcatttctgacctaacaaattgctccaaattacaaacattggacttgggagaaaataacctggggggagttcttcctaattcgttttccaatctttccacttcgcttagttttcttgcacttgatttgaataagatcacaggaagcattccaaaggatattggcaatcttattggcttacaacatctctatctctgcaacaacaatttcagagggtcacttccatcatcgttgggcaggcttagaaacttaggcattctagtcgcctacgaaaacaacttgagcggttcgatcccattggccataggaaatcttactgaacttaatatcttactgctcggcaccaacaaattcagtggttggataccatacacactctcaaacctcacaaacttgttgtcattaggccttcaactaataaccttagtgggatcaataccacaagaaatagggcatctcaaaaatctagtagaatttcatgcagaatcgaatagattatcaggtaaaatccctaacacgcttggtgattgccagctcttacggtatctttatctgcaaaataatttgttatctggtagcatcccatcagccttgggtcagctgaaaggtctcgaaactcttgatctctcaagcaacaatttgtcaggccagatacccacatccttagcagatattactatgcttcattccttgaacctttctttcaacagctttatgggggaagtgccaaccattggtgctttcgcagatgcatccgggatctcaatccaaggcaatgccaaactctgtggtggaatacctgatctacatctgcctcgatgttgtccattactagagaatagaaaacatttcccagttctacctatttctgtttctctggtcgcagcactggccatcctctcatcactctacttgcttataacctggcacaagagaactaaaaagggagcccCttcaagaacttccatgaaaggccacccattggtctcttattcgcagttggtaaaagcaacagatggtttcgcgccgactaatttgttgggttctggatcatttggctcagtatacaaaggaaagcttaatatccaagatcatgttgcagtgaaggtactaaagcttgaaaatcctaaggcactcaagagtttcactgccgaatgtgaagcactacgaaatatgcgacatcgaaatcttgtcaagatagttacaatttgctcgagcattgataacagagggaacgatttcaaagcaattgtgtatgacttcatgcccagcggcagtctggaagattggatacaccctgaaacaaatgatccagcagaccagaggcacttgaatctgcatcgaagagtgaccatactacttgatgttgcctgtgcattggactatcttcaccgccatggccctgaacctgttgtacactgtgatgttaaatcaagcaatgtgctgttagattctgatatggtagcgcatgttggagattttgggcttgcaagaatacttgttgatgggacctcattgatacaacagtcaacaagctcgatgggatttagagggacaattggctatgcagcaccagagtatggcgtcgggcacattgcatcaacacatggagatatttacagctatggaattctagtgctggaaatagtaaccgggaagcggccaactgacagtacattcagacccgatttgggcctccgtcagtacgttgaactgggcctacatggcagagtgacggatgttgttgacacgaagctcattttggattctgagaactggctgaacagtacaaataattctccatgtagaagaatcactgaatgcattgtttcgctgcttagacttgggttgtcttgctctcaggatttgccattgagtagaacgccaac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| Protein seq | MSGLSRLTLSSNNLTGLIPSSIWNNMSALMAFTVQQNSLSGTIPPNAFSNFPSLQLIGMDHNKFHGSIPTSIANASHLWLVQLGANFLSGIVPPEIGGLRNLKILQLSETFLEARSPNDWKFITALTNCSQFSVLYLASCSFGGVLPDSLSNLSSLTNLFLDTNKISGSIPEDIDNLINLQAFNLDNNNFTGHLPSSIGRLQNLHLLSIGNNKIGGPIPLTLGNLTELYILQLRSNAFSGSIPSIFRNLTNLLGLSLDSNNFTGQIPTEVVSIVSLSEGLNLSNNNLEGSIPQQIGNLKNLVNLDARSNKLSGEIPTTLGECQLLQNIYLQNNMLTGSLPSLLSQLKGLQTLDLSSNNLSGQIPTFLSNLTMLGYLNLSFNDFVGEVPTLGVFLNASAISIQGNGKLCGGVPDLHLPRCTSQAPHRRQKFLVIPIVVSLVATLLLLLLFYKLLARYKKIKSKIPSTTCMEGHPLISYSQLARATDSFSATNLLGSGSFGSVYKGELDKQSGQSKDIIAVKVLKLQTPGALKSFTAECEALRNLRHRNLVKIITACSSIDNSGNDFKAIVFDFMPSGNLEGWLHPATNNPKYLNLLQRVGILLDVANALDYLHCHGPTPVVHCDLKPSNVLLDAEMVAHVGDFGLAKILFEGNSLLQQSTSSMGLRGTIGYAPPEYGAGNTVSTQGDIYSYGILVLETVTGKRPTDKKFIQGLSLREYVELGLHGKMMDVVDTQLSLHLENELRTTDEYKVMIDCLHCTWVGVVCGRRRRRHPHRVVKLLLRSSNLSGIISPSLGNLSFLRELDLSDNYLSGEIPPELSRLSRLQLLELSGNSIQGSIPAAIGACTKLTSLDLSHNQLRGMIPREIGASLKHLSNLYLHTNGLSGEIPSALGNLTSLQYFDLSCNRLSGAIPSSLGQLSSSLLTMNLRQNNLSGMIPNSIWNLSSLRAFSVSENKLGGMIPTNAFKTLHLLEVIDMGTNRFHGKIPASVANASHLTQLQIDGNLFSGIITSGFGRLRNLTTLYLWRNLFQTREQEDWGFISDLTNCSKLQTLDLGENNLGGVLPNSFSNLSTSLSFLALDLNKITGSIPKDIGNLIGLQHLYLCNNNFRGSLPSSLGRLRNLGILVAYENNLSGSIPLAIGNLTELNILLLGTNKFSGWIPYTLSNLTNLLSLGLQLITLVGSIPQEIGHLKNLVEFHAESNRLSGKIPNTLGDCQLLRYLYLQNNLLSGSIPSALGQLKGLETLDLSSNNLSGQIPTSLADITMLHSLNLSFNSFMGEVPTIGAFADASGISIQGNAKLCGGIPDLHLPRCCPLLENRKHFPVLPISVSLVAALAILSSLYLLITWHKRTKKGAPSRTSMKGHPLVSYSQLVKATDGFAPTNLLGSGSFGSVYKGKLNIQDHVAVKVLKLENPKALKSFTAECEALRNMRHRNLVKIVTICSSIDNRGNDFKAIVYDFMPSGSLEDWIHPETNDPADQRHLNLHRRVTILLDVACALDYLHRHGPEPVVHCDVKSSNVLLDSDMVAHVGDFGLARILVDGTSLIQQSTSSMGFRGTIGYAAPEYGVGHIASTHGDIYSYGILVLEIVTGKRPTDSTFRPDLGLRQYVELGLHGRVTDVVDTKLILDSENWLNSTNNSPCRRITECIVSLLRLGLSCSQDLPLSRTPTGDIIDELNAIKQNLSGLFPVCEGASLEF
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.143210 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0569800 | RBH | 0.063795 | 0.587945 | 1.832365 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g36190 | RBH | 0.042150 | 0.386356 | 0.460849 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0569800 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0017830 | SBH | 0.128877 | 6.788608 | 1.696541 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0017950 | SBH | 0.037384 | 0.707040 | 1.005031 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0017770 | SBH | 0.164332 | 9.540369 | 4.595458 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0017440 | RBH | 0.021506 | 0.098889 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0017820 | SBH | 0.333920 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0332200 | SBH | 0.009196 | 0.9433155 | 3.2579865 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0018330 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0336200 | RBH | 0.3060335 | 0.03045 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0018090 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0018160 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0017770 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0017590 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0017670 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G017720 | RBH | 0.042523 | 0.0 | 0.112282 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0017600 | SBH | 0.586104 | 8.228262 | 0.891242 |
