Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsLima_08g0005950 | OGI:08014880 | 15/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:5246754-5266114 | ||||||||
Gene Symbol | OsFbox425, Os_F0168, OsFbox426, Os_F0184, OsFbox427, Os_F0221 | ||||||||||
DNA seq | 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Function | Putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LV26] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsLima_08g0005950 | OsLima_08g0005950.01 | Chr08 | 5246754 | 5266114 | + | NAM | ||
CDS seq | atgcgccgggggaaagccgctctctggcggccgcgccatggcgagggcgagacgtcccggcgtggaggcgacggtgatggagaagcggccgaccgcctcagcgccctcccggacggggtgctgcaccacgtgatgtcgttcctcaaggcgtgggaggtggtgcgcacctgcgtgctctcccggcggtggcgcaacctctgggcgtccgcgccctgcgtcgacctccgcatccggtacttccgcctcgacagcgagccgccggaggagccgcgcgatttcgtgaaccgcctcttccgccgccgggaggcgtcggcgccggtggacacgctccgcctgcagttgagcgacccggacaatttgtttgacaacgacgatgccaatgcgtggatccggactgccatcaagcgcaatgctcgattcattcatctcactgggcaccgcaaagagatcggggtgttaaagcacagggccttggtctctacccacctcaagatcttgaagctgtcctatgtcctgatcgatgacaagatcctcaagcagctttcttcagggtgcaaatctttggaagaactggatcttaaggactgcgtgatgaccggccatcagatctcctctgcttctttgaagactttgaagatggataggtgcaagatcaatgtggacctctctatcactgctccaaaccttgtttttctgaacatagtcacaccttacatccgagttccatcgttcaagaacttggagtcgctggtgacatgctctatcatacttgatgaccttttcttgggtgatgattatcagcacattagtgatgaagatgacattgatgaaaccactgatgatgatgattttggttatcagaagaatgataaggcagggtataggattaattacgctaaaaaaggatttgtgtttggtggaaacgaggatggttatggctatggtagtgatattgagagtgatgacaacacctatgaatatagtgagattgcaaatgagtgtggtgagcttcagtatggtaacaatggtgatggtcataattccagtaaagatggcgaatatgacaatgctgaaacatttggtggccaaaatgtgattcacagcctttcaaatgttagaagtttggaactcttagctggtgctggagaggtggttctttctagggaattgaaaagctgcccaatttttatcaacctgaagaccctgtcccttggtgaatggtgtatggatgctgaattcgatgcattagttttcttgctacagcgttcacctaatttggagaggctttttctggaacctcagttgaacttcaatactaggaaggcattggaaagtggtgttaaacctacgggaagatcatttacttgtaaagacctgcaaatggtgaagatcagatgctcgaaggacgatgcgagagtccatatgctggcacatttgttcagggctaatggcataccctttgataagatttatgtccatcggtctgggagctctcgtctccgcagcgagaaggtgatgagagatctagccaagcaagaactggagttctgggggtcagatgagttctggggttcagattatgagtactgtggtccagatccggacgggaggtggagcgcaggccgcctgttcgacggaatgcatagccctggagaggcggcgcgcggcggcggcggaggcgaggatgacctcctcagcgccctcccggacgcgctgctgcaccacgtcatgtcgttcctgcgggcgtgggaggtggcgcgcacctgcgtgctcgcccgccgctggcgccacctctgggcctccgcgccctgtgtcgacctccgcgtctcgcgcggcggagtccaccgtcctccacccagggagttcgccaagttcgcctaccgcttcttgctcgagcgggaggtgtccgcgccggtggacactctccgagtgctgtccagccccgtgtgctacgacaatggggaacgagaggattactccactcgggatgtcgaggcgtggatccgtgccgccatcaagcggagagcccGggtgatccagcttaccgaccatcaagacgacgaggtcttctctgacttcgaccatgtccccatcgtcacccgccacctcaaacacctgaagctgtctggaaggacactaaggcagctctctttccagtgcccttctttagaaattttagagctcaagggctgccttctagaaggcggtgagatttcatctaccactctgaagagcttgagcatggtcgagtgcaagatcgaggaggagctcaccgttgctgctcctaacctccggctcatagtcatcttctccaaccgccgtcggccgccttcccccatgagcgggaggcgccgcgcaggacatgtgttcgacgaaatgcctccgaagaaagccaagctgtccgccggcgaccgcctcagcgccctcccggacgcgctgctgcaccacgtcatgtcgttcctgcgggcgtgggaggtggcgcgcacctgcgtgctcgcccgccgctggcgccacctctgggcctccgcgccctgcgtcgacctccgcgtctggcgcggcggaggccacctcccgcacccggaggagttcgccaagttcgcctaccgcttcttgctcgagcgcgacgtgtccgcgccggtggacactctccgggtgctgtccagccccgtgtgcgacctcgaggtggaggattactccacttgcgatgtcgatgcgtggatccgtgccgccatcgagcggagagctcgggtgatccatatttctcaccatccgaaggacgaggcattttgtaacttcgaccatgtccccatcatctcctgccacctcaaacacctgaagctgtctggctacttgtttcgacaaagggcactaatgcagctctcttctcagtgcccttcattggaagttctagagctcaaaggctgctatctggatggccatcagatatcatctgcctctctcaagatcttgaccattgtcgagtgcaggatcatggagggcttcaccatcgctgctctgaacctcgtatcgctgcactgcgtcacgccataccaccgtgctcccttgtttgagaatgtggggtcactcacactggatgcagccactatcgtgcttgatgattcgtttctatatgctggttatgaatacgagtacgaagacatcgatgaggatgtgattgaaggaagcggtagcgaagacggtgaaggttccttgaatgattctgactatgacagtgatgctgtcagcgatgcaagtacctgtgaatacagtaagattgcaaacaactatgatgatgaaaaacagctagtagagcatgatgaggtacataatcgaagcaaaggcaactatcatggctatgatcacaggtataaagccagaccatataggggctatcgcaagaagaaattcaatggtggcaaagttctaggtggtgataatgttcttcacagcctattgaatgctagaagtttggagctattagctgatgctggagaggtaattctgaatagggagctgagaacatgcccaacttttagtaacctgaagacattgtcccttggtgaatggtgtataggtgctgacttcggtccattaatttccttcctgcagcattcacctaatctggagaagcttttccttgaacttaaattggattatgacaacacacaggcaatgaaagaaggtaccaaatcagagggaggctcatttgcttgcacacaccttaaaatggtaaagatcaactgctctattgatgatgtgagagtccattggttggcacagttgttcaggactaacggcttacccattgagaatatctttgtgcgtcagactcgcagcacatgtgaggcttcctgccagaccatgagttctgaagtgcaagcatctgcactgatcatgctcgaagtgcagcatatgtcatgcttcttccgagtacattggaattatgaatatggttacctgaacatgagaatgacctga
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
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CDS seq | atgaccttttcttgggtgatgattatcagcacattagtgatgaagatgacattgatgaaaccactgatgatgatgattttggttatcagaagaatgataaggcagggtataggattaattacgctaaaaaaggatttgtgtttggtggaaacgaggatggttatggctatggtagtgatattgagagtgatgacaacacctatgaatatagtgagattgcaaatgagtgtggtgagcttcagtatggtaacaatggtgatggtcataattccagtaaagatggcgaatatgacaatgctgaaacatttggtggccaaa
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Protein seq | MTFSWVMIISTLVMKMTLMKPLMMMILVIRRMIRQGIGLITLKKDLCLVETRMVMAMVVILRVMTTPMNIVRLQMSVVSFSMVTMVMVIIPVKMANMTMLKHLVAK |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
AF | Chr08 | 5246754 | 5248237 | + | OsLima_08g0005950.01 | OsLima_08g0005950.03,OsLima_08g0005950.01 | All |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.210847 | 0.0 | None |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0197500 | RBH | 0.762720 | 0.197137 | 1.347716 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g09760 | RBH | 0.491229 | 0.272480 | 0.403593 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0197500 | RBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0006270 | RBH | 0.512044 | 2.466295 | 1.036616 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0006300 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0006350 | RBH | 0.204676 | 0.0 | 0.646773 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0006300 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0006120 | SBH | 7.088274 | 0.0 | 6.256783 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0086100 | SBH | 0.2318045 | 0.4451535 | 0.2860115 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0005970 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0089300 | RBH | 0.0293785 | 0.304893 | 2.395792 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0005980 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0006030 | SBH | 0.0 | 0.000000 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0005910 | SBH | 0.0 | 0.000000 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0006170 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.290822 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0006030 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G006000 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0005880 | SBH | 0.226259 | 0.0 | 0.000000 |