Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLima_08g0005950 OGI:08014880 | 15/16 LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr08:5246754-5266114
Gene Symbol OsFbox425, Os_F0168, OsFbox426, Os_F0184, OsFbox427, Os_F0221
DNA seq

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Function Putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9LV26]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_08g0005950 OsLima_08g0005950.01 Chr08 5246754 5266114 + NAM
CDS seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLima_08g0005950 OsLima_08g0005950.03 Chr08 5247948 5251787 + IsoSeq
CDS seq

atgaccttttcttgggtgatgattatcagcacattagtgatgaagatgacattgatgaaaccactgatgatgatgattttggttatcagaagaatgataaggcagggtataggattaattacgctaaaaaaggatttgtgtttggtggaaacgaggatggttatggctatggtagtgatattgagagtgatgacaacacctatgaatatagtgagattgcaaatgagtgtggtgagcttcagtatggtaacaatggtgatggtcataattccagtaaagatggcgaatatgacaatgctgaaacatttggtggccaaa

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Protein seq

MTFSWVMIISTLVMKMTLMKPLMMMILVIRRMIRQGIGLITLKKDLCLVETRMVMAMVVILRVMTTPMNIVRLQMSVVSFSMVTMVMVIIPVKMANMTMLKHLVAK

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
AF Chr08 5246754 5248237 + OsLima_08g0005950.01 OsLima_08g0005950.03,OsLima_08g0005950.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.210847 0.0 None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_08g0197500 RBH 0.762720 0.197137 1.347716
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os08g09760 RBH 0.491229 0.272480 0.403593
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os08g0197500 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_08g0006270 RBH 0.512044 2.466295 1.036616
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_08g0006300 RBH 0.0 0.0 0.0
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_08g0006350 RBH 0.204676 0.0 0.646773
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_08g0006300 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_08g0006120 SBH 7.088274 0.0 6.256783
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_08G0086100 SBH 0.2318045 0.4451535 0.2860115
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_08g0005970 RBH 0.0 0.0 0.0
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0089300 RBH 0.0293785 0.304893 2.395792
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_08g0005980 RBH 0.0 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_08g0006030 SBH 0.0 0.000000 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_08g0005910 SBH 0.0 0.000000 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_08g0006170 SBH 0.000000 0.000000 0.290822
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_08g0006030 RBH 0.0 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_08G006000 RBH 0.0 0.0 0.0
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_08g0005880 SBH 0.226259 0.0 0.000000
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