Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_06g0019810 | OGI:06007290 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr06:22921811-22942134 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MGTAAATATAAGEDNNEAKETYCRRGGGCGGWEWGGREQLKKIHRPPTSTSARSSGPHLHTGGHRGEVEGMIEDAEKRGSISPGDTLIEATSGNLGIGLAAVAIQKGYKFIAVIPNSYPPDKQKLIKYLGAEVRITEGPYRNMEKKVEELKKSIKNSYNLDQMVNEANVEAHYKWTGPEIWKDTAGKVDIFVTSVGSGGTLAGVGKYLKEKNQSIRIVAVEPAESPVLSGGKASKHRIQGIGVGFETEILKAHKPIITYEVKTIYSEDAITKARMLAREEGLLVGISAGANIAVCLELAAKEENKGKMIVTMLPSGADRYLSSDLFKPAERDSLSLHQALTELVRPALAKKATEEDITEFHRINAAFCSSWVEMGEEIKNGEEGPDMAAPGEEEQEQGRKGIPSLLSSREENIASNITQLIGWTPLVEMKNIAKNEGVQARLVGKMEAYQPLCSVKDRSALRMIEDAEEKGLITPGVTTLIEPTSGNLGIGLVLVAVQKGYRFIAVMPAKYSLDKQMLLRFLGAELILTDPAIGFNGMMDKVEELMKSIPNSHCLNQVTNPANPEAHFMWTGPEIWKDTAGKVDVFVASVGSGGTLTGVGRYLKMKNPSINIVCVEPSESPVISGGSPGPHKIQGTGAGFIPEILDKSVIDEVVTVNTEESMAMARRLAKEEGLLVGISSGANVAACIKIADREENKGKMIVTMFPSGGERYMNSDLFAPLIGWTPLIEMKNIAKKEGIQARLVGKMEAYQPLFSVKDRTALGMVEDAEEKGLITPGVTTLIEPTGGNLGTGLRGYRFIAVMPAGYSLDKQMLLRFLGAEVILTDPAGGFKGMMDKVEELTKDTAGKVDIFVTAAGTGGTLSGVGRYLKMKNPSINIVCVEPSESAQTEIASEGRGPNLQACILPHLKSSSPSSVPPTAWALPVRKSSGSRRESRRWEHGGSDGRADRRLAPLLPTSAPALSSLAVLGWSGGCPNSFSIPTEEPRKESSSSFWRNRRGDLDMARRRDGDIGMGDHTAMWPRTTGDSDEPWTAEWFTRFSQDSRHWARSIIDEVVTVSSEESITMARRLAKEEGLLVGISSGANVSACIKIAAREENKGKMIVTMLPSGGERYMNSDLFADVREECANMTF |
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| Function | Cysteine synthase, chloroplastic/chromoplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:P32260] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_06g0019810 | OsLima_06g0019810.01 | Chr06 | 22921811 | 22942134 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgggcacggcggcggcaacagcaacagcagcaggtgaagacaataacgaggccaaggagacgtactgcagaagaggaggcggatgcggtgggtgggagtggggcggcagggagcagttgaagaagatccatcggcccccaacctccacgtcggctagatccagtggcccacacctccacaccggcggccatagaggagaagtggagggtatgatagaagatgctgaaaagaggggctcgatttcacccggagatacactaatcgaggcaacaagtggtaaccttgggattggtttggccgctgttgctattcagaaaggttacaaatttattgctgtaatccctaatagctatccacctgataagcagaagttaataaagtatttgggcgccgaagtaagaataactgaaggtccatataggaatatggagaaaaaggtagaggaacttaaaaaaagtataaaaaattcttataatcttgatcagatggtcaatgaagcaaacgtagaggcacattataagtggacaggacctgaaatttggaaagatacagcaggcaaagtggatatttttgtgacgtctgtcggttcagggggcacattagcaggagtaggaaagtacctaaaggagaaaaaccaatctataaggatagtcgccgtggaacctgcggaaagccccgtactgtcaggtggcaaagccagcaagcacaggatccagggcataggggtgggttttgaaacagaaattttgaaggcacataaacctattattacctatgaagtgaagacaatatatagtgaggatgccataacaaaagcgaggatgctggccagggaggaggggttgcttgttggtatttctgctggcgcaaatatagctgtttgcttggagcttgcggcgaaagaggagaacaaggggaagatgatcgtcaccatgctcccaagcggcgccgacagatacctaagctccgatctcttcaaaccagcggagagagactctctctctctccatcaggcgttaactgagctcgtacggccggcgctggcgaagaaggcgacggaagaagatatcaccgaattccacaggataaatgccgctttctgcagcagctgggttgagatgggggaagaaatcaagaacggagaggagggaccagacatggctgcaccgggcgaggaggagcaggagcaggggaggaaaggcatcccgtctctgctctcctccagggaggagaacatcgcctctaacatcactcagctgattggatggacaccgcttgttgagatgaagaacatcgcgaagaacgaaggcgtacaggctcgattggttgggaagatggaagcataccagccactctgctctgtcaaggacaggagtgccctcagaatgattgaagatgcagaggagaaagggttgatcacacctggtgttaccacgctgattgagccaacgagtggtaatctcggtatcggtttggtgctggttgctgttcagaaaggctacaggtttattgctgtcatgcctgctaaatattcgcttgacaagcagatgctactgaggtttttgggtgctgaattgatattgacagatcctgcaattgggtttaatggtatgatggacaaggtggaagagctcatgaagagcataccaaattctcattgtctcaatcaagtaacaaacccagcaaatccagaggcacactttatgtggactggacctgaaatatggaaagacacagccggcaaagtggatgtgtttgtggcctctgttggttcaggtggcacattgacaggtgtagggaggtatctgaagatgaaaaatccatctataaatattgtgtgcgtggaaccttcagaaagccctgtaatttcaggtggttcaccagggccacacaagattcaaggcactggggcaggtttcatacctgaaattttggacaaatctgtcatcgatgaagtagtgacagtaaacacagaggaatccatggcaatggcgaggaggctggcgaaggaggaaggattgcttgttggcatatcttctggtgcaaatgtagctgcttgcatcaagattgcagacagagaggagaacaaggggaaaatgattgtgacaatgttcccgagcggcggtgaaagatacatgaactctgatctctttgcacctctgataggctggacgccactgattgagatgaagaacatcgccaagaaagaaggcatccaagctcgtttggttggaaagatggaagcataccaaccccttttctcggtcaaggacagaactgctctcggtatggttgaagatgcagaggagaaaggcttgattacacctggtgttacgacgctgattgaaccaactggtggtaatcttggtaccggtttgagaggctacaggttcattgctgttatgcctgctggatattcacttgacaagcagatgctactgaggtttttgggtgctgaagtgatattaacagatcctgcaggtggattcaagggtatgatggacaaagtggaagagctcaccaaggatacagccggcaaagttgatatctttgtaaccgccgctggaacagggggcacactgtcaggtgtaggaaggtacctgaagatgaaaaatccatctataaatatagtgtgcgtggaaccttcagaaagcgctcaaactgaaatagcatcggagggaagaggtccaaacctgcaagcctgcatactgcctcatctcaagtcctcatcaccttcatcggtgcctcctactgcttgggctctgccagtccggaagagcagtggcagtcggcgtgaaagcaggaggtgggagcacgggggcagcgacggacgggccgaccggcggctggctcctcttctccccacctcagccccagctctgtcctctctggcggtgcttggttggagtggaggttgtccgaatagcttctcgatcccaacggaggagccgagaaaggagagcagctcttcgttctggaggaatcgtcgtggtgatctggatatggcgaggcggcgcgacggggatatagggatgggggatcacacggctatgtggccacggacgacgggcgacagcgacgaaccgtggacggcggagtggttcaccaggttttcacaagattcaaggcactgggccagatctatcatcgatgaagttgtgaccgtaagctcggaggaatccataacaatggccagaaggcttgcaaaggaggaggggctgcttgttggcatatcttctggtgcaaatgtgtctgcttgcatcaagattgcagctagagaggagaacaagggtaagatgattgttacaatgctgccgagtgggggtgaaagatacatgaactctgatctctttgcagatgtaagggaggaatgtgctaatatgaccttctaa
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| Protein seq | MGTAAATATAAGEDNNEAKETYCRRGGGCGGWEWGGREQLKKIHRPPTSTSARSSGPHLHTGGHRGEVEGMIEDAEKRGSISPGDTLIEATSGNLGIGLAAVAIQKGYKFIAVIPNSYPPDKQKLIKYLGAEVRITEGPYRNMEKKVEELKKSIKNSYNLDQMVNEANVEAHYKWTGPEIWKDTAGKVDIFVTSVGSGGTLAGVGKYLKEKNQSIRIVAVEPAESPVLSGGKASKHRIQGIGVGFETEILKAHKPIITYEVKTIYSEDAITKARMLAREEGLLVGISAGANIAVCLELAAKEENKGKMIVTMLPSGADRYLSSDLFKPAERDSLSLHQALTELVRPALAKKATEEDITEFHRINAAFCSSWVEMGEEIKNGEEGPDMAAPGEEEQEQGRKGIPSLLSSREENIASNITQLIGWTPLVEMKNIAKNEGVQARLVGKMEAYQPLCSVKDRSALRMIEDAEEKGLITPGVTTLIEPTSGNLGIGLVLVAVQKGYRFIAVMPAKYSLDKQMLLRFLGAELILTDPAIGFNGMMDKVEELMKSIPNSHCLNQVTNPANPEAHFMWTGPEIWKDTAGKVDVFVASVGSGGTLTGVGRYLKMKNPSINIVCVEPSESPVISGGSPGPHKIQGTGAGFIPEILDKSVIDEVVTVNTEESMAMARRLAKEEGLLVGISSGANVAACIKIADREENKGKMIVTMFPSGGERYMNSDLFAPLIGWTPLIEMKNIAKKEGIQARLVGKMEAYQPLFSVKDRTALGMVEDAEEKGLITPGVTTLIEPTGGNLGTGLRGYRFIAVMPAGYSLDKQMLLRFLGAEVILTDPAGGFKGMMDKVEELTKDTAGKVDIFVTAAGTGGTLSGVGRYLKMKNPSINIVCVEPSESAQTEIASEGRGPNLQACILPHLKSSSPSSVPPTAWALPVRKSSGSRRESRRWEHGGSDGRADRRLAPLLPTSAPALSSLAVLGWSGGCPNSFSIPTEEPRKESSSSFWRNRRGDLDMARRRDGDIGMGDHTAMWPRTTGDSDEPWTAEWFTRFSQDSRHWARSIIDEVVTVSSEESITMARRLAKEEGLLVGISSGANVSACIKIAAREENKGKMIVTMLPSGGERYMNSDLFADVREECANMTF
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.301598 | 0.000000 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_06g0564500 | RBH | 5.413593 | 5.811351 | 7.103864 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os06g36880 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.202513 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os06g0564400 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_06g0019750 | RBH | 3.204084 | 6.071916 | 6.053240 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_06g0003620 | RBH | 0.747222 | 0.838849 | 5.048935 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_06g0019690 | SBH | 5.986929 | 6.079491 | 15.584403 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_06g0003660 | RBH | 0.000000 | 1.637495 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_06g0019890 | SBH | 23.270489 | 0.500802 | 29.218830 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_06G0342400 | RBH | 2.2052845 | 6.3455015 | 10.4178565 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_06g0003510 | SBH | 0.0 | 2.754271 | 1.886929 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_06G0317000 | RBH | 4.2233925 | 2.004298 | 3.8527105 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_Ung0001330 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_06g0003550 | RBH | 2.059073 | 19.367935 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_06g0003620 | RBH | 0.000000 | 37.794659 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_06g0003590 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_06g0019590 | RBH | 1.207079 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_06G003430 | RBH | 0.0 | 14.064995 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_06g0003620 | SBH | 0.000000 | 29.301888 | 0.000000 |
