Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsCMeo_06g0019690 OGI:06007290 | 16/16 CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr06:21512919-21548845
Gene Symbol -
DNA seq

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Protein seq

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Function Cysteine synthase, chloroplastic/chromoplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:P32260]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsCMeo_06g0019690 OsCMeo_06g0019690.01 Chr06 21512919 21548845 - NAM
CDS seq

atggcggctgaggtggaggaggggaggacgggctggacgccactgattgagatgaagaacatccccaagaaagaaggcatccaaactcgtttgatcgggaagatggaaacataccaacccctgttctcggtcaaggacagaactgctctcagtatgattgaagatgcagaggagaaaggcctcattactcccggtgttacgacactgattgaaccaaccagtggcaatcttggtatcggtttggtattggttgctattcagaaaggctacaggtttattgctgttatgcccgctagatattcacctgacaagcagatgctattgaggtttttgggtgctgaactgatattaacagatcctgcaggtgggtacaagggtgcgatggacaaagtggaagatctcatgaagatcatgcctaattatcattgttttaatcaagcaaccaacccagcaaatccagaggcacatttcaaatggactggacctgaaatttggaaggacacagccggcaaagttgatttctttgtaaccgcagctggaacaggaggcacattgtcaggtgtaggaaggtacctgaagatcaaaaatccatctataaatatagtgtgcgtggaaccttcagaaagtgctgtaatttcaggtggttcaccaggatcacacaagattcaaggcactgggccaggtttcataccgaaaactttggacaggtccatcatcgatgaagttgtgaccgtaagctcagaggaatccatggcaatggcaagaaggcttgcaaaggaagaggggcttcttgttggcatatcttctggtgcaaatgtagctgcttgcatcaagattgcagctagagaggagaacaagggtaagatgattgttacgatgttcccgagtggtggtgaaagatacatgagctctgatctctttgcagatgggagccgcccatggcggcggcggcccgcgctgcttcggccggatctggcggggtggcggctggcggctggcggcggggacggcaatggcaatggccacggggatggtgacaacgaaggcaggggtgagctacgccaggcggtggtggctgaaggtgacggggatggcaacgacgacagggtgtggtcctctggtgcgaaggcggcggcggtggagtctgcgacctcgggcatcactggattcgcgtcggccgccgccagatctgaagctagacgtgggggaggaggcagtaggcggcggggatgccgtggtagcgtgcggatggcggcgggaatgcatccatgcaggcgtcagcgagagcagagaaggcagttccaaccaaatgatcaaagtccgggtcgatttgcactgcagtgctatgctacgacgacgcccacgatacgatcatgtactaacatgccctacgctattatggggagatctcaagcattcccgttttcgtcattcacattaggtagagctcctgcccttgttttgagcaagcgatcaaaaggtaaagatgggcgagttatggcaacagatcaggaagaagatggggcaacagaggaagaagatgcaaggaaaggcatcccgtttctgctttcgtcccaagaagagaacatcgcctcagacatcctgcagctgataggatggacaccactgatagaaatgaagaagattaatgctagcagaagggctgcgggagttcgtttggtcgggaagatggaaacataccaacctctttgttcagtcaaagacaggactgcccttggtatgatagaagatgctgaaaagaggggctcgatttcacccggagatacactaatcgaggcaacaagtggtaaccttgggattggtttggccgctgttgctattcagaaaggttacaaatttattgctgtaatccctaatagctatccacctgataagcagaagttaataaagtatttgggcgccgaagtaagaataactgaaggtccatataggaatatggagaaaaaggtggaggaacttaaaaaaagtataaaaaattcttataatcttgatcagatggtcaatgaagcaaacgtagaggcacattataagtggacaggacctgaaatttggaaagatacagcaggcaaagtggatatttttgtgacgtctgtcggttcagggggcacattagcaggagtaggaaagtacctaaaggagaaaaaccaatctataaggatagtcgccgtggaacctgcggaaagccccgtactgtcaggtggcaaagccagcaagcacaggatccagggcataggggtgggttttgaaacagaaattttgaaggcacataaacctattattacctatgaagtgaagacaatatatagtgaggatgccataacaaaagcgaggatgctggccagggaggaggggttgcttgttggtatttctgctggcgcaaatatagctgtttgcttggaggcgttaactgagctcgtacggccggcgctggcgaagaaggcgacggaagaagatatcaccgaattccacaggataaatgccgctttctgcagcagctgggttgagatgggggaagaaatcaagaacggagaggagggaccagacatggctgcaccgggcgaggaggagcaggagcaggggaggaaaggcatcccgtctctgctctcctccagggaggagaacatcgcctctaacatcactcagctgattggatggacaccgcttgttgagatgaagaacatcgcgaagaacgaaggcgtacaggctcgattggttgggaagatggaagcataccagccactctgctctgtcaaggacaggagtgccctcagaatgattgaagatgcagaggagaaagggttgatcacacctggtgttaccacgctgattgagccaacgagtggtaatctcggtatcggtttggtgctggttgctgttcagaaaggctacaggtttattgctgtcatgcctgctaaatattcgcttgacaagcagatgctactgaggtttttgggtgctgaattgatattgacagatcctgcaattgggtttaatggtatgatggacaaggtggaagagctcatgaagagcataccaaattctcattgtctcaatcaagtaacaaacccagcaaatccagaggcacactttatgtggactggacctgaaatatggaaagacacagccggcaaagtggatgtgtttgtggcctctgttggttcaggtggcacattgacaggtgtagggaggtatctgaagatgaaaaatccatctataaatattgtgtgcgtggaaccttcagaaagccctgtaatttcaggtggttcaccagggccacacaagattcaaggcactggggcaggtttcatacctgaaattttggacaaatctgtcatcgatgaagtagtgacagtaaacacagaggaatccatggcaatggcgaggaggctggcgaaggaggaaggattgcttgttggcatatcttctggtgcaaatgtagctgcttgcatcaagctgataggctggacgccactgattgagatgaagaacatcgccaagaaagaaggcatccaagctcgtttggttggaaagatggaagcataccaaccccttttctcggtcaaggacagaactgctctcggtatggttgaagatgcagaggagaaaggcttgattacacctggtgttacgacgctgattgaaccaactggtggtaatcttggtaccggtttggtattggttgctattcagagaggctacaggttcattgctgttatgcctgctggatattcacttgacaagcagatgctactgaggtttttgggtgctgaagtgatattaacagatcctgcaggtggattcaagggtatgatggacaaagtggaagagctcaccaagcaaactgaaatagcatcggagggaagaggtccaaacctgcaagcctgcatactgcctcatctcaagtcctcatcaccttcatcggtgcctcctactgcttgggctctgccagtccggaagagcagtggcagtcggcgtgaaagcaggaggtgggagcacgggggcagcgacggacgggccgaccggcggctggctcctcttctccccacctcagccccagctctgtcctctctggcggtgcttggttggagtggaggttgtccgaatagcttctcgatcccaacggaggagccgagaaaggagagcagctcttcgttctggaggaatcgtcgtggtggttcaccaggttttcacaagattcaaggcactgggccaggtttcataccggaaaatttggatagatctatcatcgatgaagttgtgaccgtaagctcggaggaatccataacaatggccagaaggcttgcaaaggaggaggggctgcttgttggcatatcttctggtgcaaatgtgtctgcttgcatcaagattgcagctagagaggagaacaagggtaagatgattgttacaatgctgccgagtgggggtgaaagatacatgaactctgatctctttgcagatgtaagggaggaatgtgctaatatgaccttctaa

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Protein seq

MAAEVEEGRTGWTPLIEMKNIPKKEGIQTRLIGKMETYQPLFSVKDRTALSMIEDAEEKGLITPGVTTLIEPTSGNLGIGLVLVAIQKGYRFIAVMPARYSPDKQMLLRFLGAELILTDPAGGYKGAMDKVEDLMKIMPNYHCFNQATNPANPEAHFKWTGPEIWKDTAGKVDFFVTAAGTGGTLSGVGRYLKIKNPSINIVCVEPSESAVISGGSPGSHKIQGTGPGFIPKTLDRSIIDEVVTVSSEESMAMARRLAKEEGLLVGISSGANVAACIKIAAREENKGKMIVTMFPSGGERYMSSDLFADGSRPWRRRPALLRPDLAGWRLAAGGGDGNGNGHGDGDNEGRGELRQAVVAEGDGDGNDDRVWSSGAKAAAVESATSGITGFASAAARSEARRGGGGSRRRGCRGSVRMAAGMHPCRRQREQRRQFQPNDQSPGRFALQCYATTTPTIRSCTNMPYAIMGRSQAFPFSSFTLGRAPALVLSKRSKGKDGRVMATDQEEDGATEEEDARKGIPFLLSSQEENIASDILQLIGWTPLIEMKKINASRRAAGVRLVGKMETYQPLCSVKDRTALGMIEDAEKRGSISPGDTLIEATSGNLGIGLAAVAIQKGYKFIAVIPNSYPPDKQKLIKYLGAEVRITEGPYRNMEKKVEELKKSIKNSYNLDQMVNEANVEAHYKWTGPEIWKDTAGKVDIFVTSVGSGGTLAGVGKYLKEKNQSIRIVAVEPAESPVLSGGKASKHRIQGIGVGFETEILKAHKPIITYEVKTIYSEDAITKARMLAREEGLLVGISAGANIAVCLEALTELVRPALAKKATEEDITEFHRINAAFCSSWVEMGEEIKNGEEGPDMAAPGEEEQEQGRKGIPSLLSSREENIASNITQLIGWTPLVEMKNIAKNEGVQARLVGKMEAYQPLCSVKDRSALRMIEDAEEKGLITPGVTTLIEPTSGNLGIGLVLVAVQKGYRFIAVMPAKYSLDKQMLLRFLGAELILTDPAIGFNGMMDKVEELMKSIPNSHCLNQVTNPANPEAHFMWTGPEIWKDTAGKVDVFVASVGSGGTLTGVGRYLKMKNPSINIVCVEPSESPVISGGSPGPHKIQGTGAGFIPEILDKSVIDEVVTVNTEESMAMARRLAKEEGLLVGISSGANVAACIKLIGWTPLIEMKNIAKKEGIQARLVGKMEAYQPLFSVKDRTALGMVEDAEEKGLITPGVTTLIEPTGGNLGTGLVLVAIQRGYRFIAVMPAGYSLDKQMLLRFLGAEVILTDPAGGFKGMMDKVEELTKQTEIASEGRGPNLQACILPHLKSSSPSSVPPTAWALPVRKSSGSRRESRRWEHGGSDGRADRRLAPLLPTSAPALSSLAVLGWSGGCPNSFSIPTEEPRKESSSSFWRNRRGGSPGFHKIQGTGPGFIPENLDRSIIDEVVTVSSEESITMARRLAKEEGLLVGISSGANVSACIKIAAREENKGKMIVTMLPSGGERYMNSDLFADVREECANMTF

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsCMeo_06g0019690 OsCMeo_06g0019690.02 Chr06 21520947 21523682 - IsoSeq
CDS seq

atggaaagacacagccggcaaagtggatgtgtttgtggcctctgttggttcaggtggcacattgacaggtgtagggaggtatctgaagatgaaaaatccatctataaatattgtgtgcgtggaaccttcagaaagccctgtaatttcaggtggttcaccagggccacacaagattcaaggcactggggcaggtttcat

Protein seq

MERHSRQSGCVCGLCWFRWHIDRCREVSEDEKSIYKYCVRGTFRKPCNFRWFTRATQDSRHWGRFH

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 5.986929 6.079491 15.584403

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_06g0564500 RBH 5.413593 5.811351 7.103864
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os06g36820 RBH 0.0 0.0 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os06g0564700 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_06g0003730 SBH 0.0 45.672901 0.0
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_06g0003620 RBH 0.747222 0.838849 5.048935
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_02g0009190 RBH 0.0 0.0 7.179621
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_06g0019460 RBH 0.845020 0.063212 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_06g0019890 RBH 23.270489 0.500802 29.218830
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_06G0342400 RBH 2.2052845 6.3455015 10.4178565
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_06g0019360 RBH 1.876882 0.087896 2.189108
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_06G0317000 RBH 4.2233925 2.004298 3.8527105
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_06g0019820 RBH 0.0 0.000000 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_06g0019830 RBH 0.252145 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_06g0019430 RBH 23.203489 0.756957 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_06g0020140 RBH 0.000000 0.0 0.0
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_06g0019610 RBH 0.000000 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_06G019510 RBH 0.0 0.0 0.0
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_06g0003620 RBH 0.000000 29.301888 0.000000
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