Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLima_02g0004350 | OGI:02001240 | 16/16 | LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:3074590-3086787 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9C7S5] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLima_02g0004350 | OsLima_02g0004350.01 | Chr02 | 3074590 | 3086787 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgaatactacatgtgtattggtcagcaatctcaagaatctaatggtgttagacctgtcttacaaccatctgacaggagcaatcccttcatcactggcaaaccttcacttcctttctgaattcaacatttcttacaatgaccttgaagggcctgtgccagttataggacaaaacaaaaccagcaggtttcgcataaatttctttgatcctgcttttgtgttgctgctgaccttcatctctcctgtcaattcatgcaccgggcaggagaggcactccctcctccggttccttgctgggctatcacaggacagtggtctcgccgggtcatggcagaatagtacagattgttgcacctgggaagggatcatctgtggagaagacggtgcagtaactgagatatcactggtctcaagaggcctacaagggtgcatctcatcgtccctgagcgagctcaccagcttgtcacgactcaacctgtcgtacaacttgctctccggtgggcttccatcagagctgatatctactagcagcatcgtcgtccttgatgtcagcttcaaccgcctagatggagaattacaggagctgaattcctcatcacctgaaaggccactccaggtactaaatatctcaagcaacctgtttacgggtgcatttccctccaccacatgggagaaaatgagcagcctgtttgcaatcaatgcaagcaacaacagttttactggctacataccttccaccttttgtatcagctcatcatcctttgctgtgcttgatctttcttacaaccaattcagtggcaacatcccccatgggataggtaaatgctgttcccttagaatgctaaaggctggtcacaacaacatcattgggaccctgccatatgatctcttcagtgccatctcattggagcacctctcttttgctaacaatggtttgcaaggaacaattaatggcgcgctcatcataaagctacgtaatcttgtttttgttgatcttggatggaatagattcagtggcaagatcccagatagtataggccagctaaagaaactagaggagcttcacatgtgcagcaacaacttatctggagagctgccatcatccttgggtgagtgcacaaatctagtaaccatcaacctcaggagaaacaagttagaaggagagcttgccaaggttaacttctcgaacctgcccaatctgaagaaaatagattttggctcgaataacttcaccggcacaattccagaaagcatatactcatgcagtaatttgacttggttgcgactatcttccaataggcttcacggccagctgacaaagaaaataggaaatctgaagtctatcaccttcttatctctttcctacaataattttacaaatatcacaaatactcttcacatactcaagagcttaaggaatctcactatcttgttaatcgggggcaacttcaaaaatgaagctatgccacaggatgaagcaattgatggttttgagaatattctttgtcttgccatagaggattgtgcactgtctggaaagataccaaattggttctccaagctccgcaatttgcagattttagttttacacaacaatcaactcaatgggcctataccaacctggaccagtagcctaaaattccttaagtatgtggacatatccaataatagccttacaggagaaataccagcagcattaatggagatgacaatgctaaagtcagacaaggttgcagataactcagacccaagagcctttccacttccgtaccatacagctactgctctccctaaaatgttgaatctaggtaacaacaaattcactggtgcaattcccatggagattggtgagttaaaagcacttgtttcactcaacttgagcttcaacaacttaaacagcgagatcccacaatcaatgaacaacctcaagaatttgatggttctcgacctgtcatacaaccatctgacaggtgcgatccctccggcactaatgaatcttcacttcctttctaaattcaacgtttcctacaatgaccttgaagggcccgtaccaattggaggccagttcagcacatttccaagtgctagttttgctggaaacccaaagctatgcagcccaatgcttttgcaccattgcaattcagcagaagaagacatgtctttcccgaactcaacaaaagagtacgttaacaaggttgtctttgtgattgctttctctttcgcttgtcccacccatgcgtcgatggcggcggcggcggctccgcggggagaagccatggcgaggcttgtcttcaacgtcggcgaggcgcccatcggcgtcggcgtcggcggctggatgaccggagagcccatgagcccaaccaacatgagacgcaccaacaaaagcagaagtttttgcatgcatttatttggccttcctattgttttgttattgctaaccctcgtcactcccgtcagttcatgcaccgagcatgaacagagttatctcctccatttcctcgctgggctttcacaggacagcagcctcaccatgtcatggaggaacaacaccgactgttgcacctgggatgggatcatctgcagcatggacggcgcagtaactgagctactgctgtcctcaagaggtcttgaagggcagatctcaccatccctaggagagctcaccagcttgtcgcgcctcgacctgtcgtacaactcactctccggtggtattccactggagctgatgtcctctagcagcatcattgtccttgatgtttgcttcaaccgccttggcggagaagtacaagagttgaattcatcagtactgaacatctcaagcaaccggtttacaggagactttccatccaccacatgggagaaaatgaggaacctggtcgtcatcaatgccagcaacaatagttttactgggtacataccttcctctttctgcatcagctcgccgtccttcactgtgcttgacctttcctacaatcggttcagtggcaacgtcccccctgggataggtaattgctctgcccttaaaatgttcaaggctgggtacaacaacatcagcgggaccctgccagatgaactcttcaatgctatctcattggagtacctctcctttcctaacaatggattgcagggaagaattgatggtacacacctaatcaaactgaaaaatctggctattgttgatcttcgatggaaccagctcactggaaagattccagattctatcggccagctcaagagactggaggagttgcatctaggtagcaacatgatgtctggagagttgccagggaagctgggcagctgcacaaatctaacggtcatagacctaaagcacaataacttctatggagatcttggcaaggttgatttttccaccctacataatctaagaactttagatctttacttgaacaacttcaccggcacaattccagtaagcatttactcatgcagaaatttgaaagcactacggttatccgctaaccatctccatggtgagttatcatcaggaataatcaatctgaagtatctttccttcttgtcacttgctcacaataattttacaaacatcacaaatgcacttcaggtccttaaaagttgcaggaccatgaccacccttcttattgggcgcaactttagaggagagatcatgccacaggatgaaaacatagatggttttgggaatcttcaagttcttgacataggtggctgcttattgtctgggaatatgcctcaatggatatccaggctcaagaatctggagatgttaatattaagtgtcaatagactaactggaccaataccaggttggatcaactccctaaaccacctcttctttatagatatgtccgacaacagacttacggaagaaattccaatcaatctgatgaatatgccaatgctcagatcagaaaaatatgtaacccatgtggacccaagggtttttgagattcctgtctataatggtccatcacttcaataccgtgctcttactgctttccctacattgttgaatctgagctacaacagcttcacaggtgaaatttccccgataattggtcagttggaagtgcttgtgcttgatttcagcttcaacaacttatccgggaagatcccacaatcgatctgcaacctcacaaacctgcaggttctacacttgtccaataaccgtctcacagatgcaatccctcctggactaagcaatctgcacttcctctcagcattcaatgtttctaacaatgacctagaagggcctatcccaactggaggccagtttgatacatttccagactctagcttcagagggaacccaaagatatgtagccctattgttgcgcgccgttgcaattccacagaagaagctctgacctcccctatctccacaaagcagtacatcgacaagactgtctttgcgattgcatttggtgtgtcctttggagtaggtgtgcaaggcctactcagtggctccacagtctccaaccccagcaagatgaacacccccagggaaaacctgactggccagctcatgatctgtcaacgagattcagttaatgcagtatatgctccaaaaagtagaaaattggaaggaaccgaagtggattggaaccgcgggggctcagatcaagggctaacctcgtggggctttcgctgctcgtggggaacatcgctgcggtcgcctgcccgcggggacggcggcgacgatggcggacggcgcggcggcggcgagcgggtcgccggggaggagggctag
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| Protein seq | MNTTCVLVSNLKNLMVLDLSYNHLTGAIPSSLANLHFLSEFNISYNDLEGPVPVIGQNKTSRFRINFFDPAFVLLLTFISPVNSCTGQERHSLLRFLAGLSQDSGLAGSWQNSTDCCTWEGIICGEDGAVTEISLVSRGLQGCISSSLSELTSLSRLNLSYNLLSGGLPSELISTSSIVVLDVSFNRLDGELQELNSSSPERPLQVLNISSNLFTGAFPSTTWEKMSSLFAINASNNSFTGYIPSTFCISSSSFAVLDLSYNQFSGNIPHGIGKCCSLRMLKAGHNNIIGTLPYDLFSAISLEHLSFANNGLQGTINGALIIKLRNLVFVDLGWNRFSGKIPDSIGQLKKLEELHMCSNNLSGELPSSLGECTNLVTINLRRNKLEGELAKVNFSNLPNLKKIDFGSNNFTGTIPESIYSCSNLTWLRLSSNRLHGQLTKKIGNLKSITFLSLSYNNFTNITNTLHILKSLRNLTILLIGGNFKNEAMPQDEAIDGFENILCLAIEDCALSGKIPNWFSKLRNLQILVLHNNQLNGPIPTWTSSLKFLKYVDISNNSLTGEIPAALMEMTMLKSDKVADNSDPRAFPLPYHTATALPKMLNLGNNKFTGAIPMEIGELKALVSLNLSFNNLNSEIPQSMNNLKNLMVLDLSYNHLTGAIPPALMNLHFLSKFNVSYNDLEGPVPIGGQFSTFPSASFAGNPKLCSPMLLHHCNSAEEDMSFPNSTKEYVNKVVFVIAFSFACPTHASMAAAAAPRGEAMARLVFNVGEAPIGVGVGGWMTGEPMSPTNMRRTNKSRSFCMHLFGLPIVLLLLTLVTPVSSCTEHEQSYLLHFLAGLSQDSSLTMSWRNNTDCCTWDGIICSMDGAVTELLLSSRGLEGQISPSLGELTSLSRLDLSYNSLSGGIPLELMSSSSIIVLDVCFNRLGGEVQELNSSVLNISSNRFTGDFPSTTWEKMRNLVVINASNNSFTGYIPSSFCISSPSFTVLDLSYNRFSGNVPPGIGNCSALKMFKAGYNNISGTLPDELFNAISLEYLSFPNNGLQGRIDGTHLIKLKNLAIVDLRWNQLTGKIPDSIGQLKRLEELHLGSNMMSGELPGKLGSCTNLTVIDLKHNNFYGDLGKVDFSTLHNLRTLDLYLNNFTGTIPVSIYSCRNLKALRLSANHLHGELSSGIINLKYLSFLSLAHNNFTNITNALQVLKSCRTMTTLLIGRNFRGEIMPQDENIDGFGNLQVLDIGGCLLSGNMPQWISRLKNLEMLILSVNRLTGPIPGWINSLNHLFFIDMSDNRLTEEIPINLMNMPMLRSEKYVTHVDPRVFEIPVYNGPSLQYRALTAFPTLLNLSYNSFTGEISPIIGQLEVLVLDFSFNNLSGKIPQSICNLTNLQVLHLSNNRLTDAIPPGLSNLHFLSAFNVSNNDLEGPIPTGGQFDTFPDSSFRGNPKICSPIVARRCNSTEEALTSPISTKQYIDKTVFAIAFGVSFGVGVQGLLSGSTVSNPSKMNTPRENLTGQLMICQRDSVNAVYAPKSRKLEGTEVDWNRGGSDQGLTSWGFRCSWGTSLRSPARGDGGDDGGRRGGGERVAGEEG
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.0 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0155600 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g06030 | RBH | 0.069458 | 0.070845 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0155600 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0004120 | SBH | 0.124114 | 14.442955 | 1.259517 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0004470 | RBH | 0.0 | 1.147084 | 0.356581 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0004230 | SBH | 0.0 | 0.0 | 1.090098 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0004250 | SBH | 0.061636 | 0.022630 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0004170 | RBH | 0.0 | 0.000000 | 1.741920 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_02G0051600 | RBH | 0.613752 | 0.7688675 | 1.011299 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0004160 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.204379 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0053400 | SBH | 0.2554285 | 0.2032505 | 4.3032425 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_02g0004290 | SBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0004040 | RBH | 0.085514 | 0.000000 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_02g0004440 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0004350 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0004210 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G004170 | SBH | 0.077743 | 0.0 | 0.290530 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0004130 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.536541 |
