Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLiXu_11g0001130 OGI:11002760 | 14/16 LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr11:845864-856608
Gene Symbol OsLTP1.12, OsLtpI.12, OsLTP1.13, OsLtpI.13, OsLTP1.19, OsLtpI.19, OsLTP1.20, OsLtpI.20, LTP1.20, OsLTPL14, LTPL14
DNA seq

atcgatcaccggcgacgagagacactctcactgaacgaagctacctagcttaattacctagctactcgatcgatcatcagtctagatatggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaagtaaattaatcatccatgcatatgcatgctactttttttcaagttaattcaacttaatttactgactaatccactgtatatatgcatgattatttcattggtgcagggtcagctagatcgattaatcctgcttggaccgaccgatcgatatatcgatcgatgctggctcgcagttgatcaactagccaaaataatagctacagtaaaaataacagctggggcatatcaatgcagcgctggtcatctctctctctatctctgtatactttatgttgcacgctccgtgcgtgcatgctatcttaattttcttgactctgtacaccgctctgtgtacgtgtaatcctacgttgatgaattgcatcttgtccagacttggacctagctaactacgtactccagcttggcagcttcttgctgaggcaatctgtagtaatttccttgttacattcccctgtcccctctactccctctgtcccataaaaacaaacctaatatactaaatatgacacatatattctagtactataaatctggacagatatatatttagatttgttatactagaatatgtcacatccagtcttatgttcgtttttttggacggagagtatgtcatatgcaaaaattgataaatgcacattatgctccctagctctgcactttattattatttttaatttacatgacagctgtacacacatacacaccactatacacacaacattacactcgtacctccgtgaatgcgttctctaacacatgtttcaagagacaaaaacaacagcacatccctaatgtcactaaagtcatgttgaaatcctatccgcatctgtgtaatactcgtggccactctattacttgattgttcacaaggaagaatgatactctgaaattgattctaccgaaatatgaaaaatattatatattagaattgataaagagagaagaatgaacataaaaacagataataaatcattttctatcgtcggaatcacacatctccaacggatggtgtgtgatgttatagcctgatccaacggtttaaaatggtgataataagatctatgtctactagctagtagcactttcataagaaaacagctgggttatgactggatggatagacggttcggtcgttgtacacccaaactcaccagggataaagtactactatatatatgtttgaaactagtgttcactaattctaagagtacatagtggagtatatgtgcttattcagtggttatatatactcctccgtctagatattagcggtgaaaacggatgtgatagtttctgatccgatactctccgaatttgattggagcaagatatggtatatgtttctttaaatccctcggatgcgaattgtatggtgcaggtgtggatcggatgtggtattgcaaaaaatcagtggatataagttattcggtatttcgaacatattatccgatgaaccgtttagcaaattaaataatccgaatttttcagcccaccagctcactagccgactatctgcccatgaaaacggtaaattagctcaacccacaaattcaggacatcaattaacccttgaccttaactcaccatcttaacttctgtctatttcgcttgtgcatctcacggatgctgctgccatgcacaccaaaataatggagatcatgcatgtatatatgttatattgttactgtgttgatgtatgtacattatactgagtccgcaccatgtgaaaatgtagtgaggttgacacgtaggttgtagtattttatttctttattttgctactatctatttatattgattgttatcttgatgtcatcactactctggactctgtatatgttgacaccacgtcatcgataacgatcccagttcaggtacagagataaaacggaattaattggttatggatgggactaaaaatttttaggcgtcatgtcagatatttagacactaattataagtattacaagtagactattgacaaaatccattccataaccctgaactaattcgcgagacgaatctattgagcctaattaatccatgattagcctatgtgatgctacagtaaatatgtactaattatagattaattaggcttaaattttttttacacgaattagctatcaattatgtaattagtttcgtaagtagtctatgtttaatactccaaattagtgtccaaatatccgatatgacatggactaaaatttagtcccggatccaaacaccccccaacatcagaaagctaacaaagtactctcgtttctaaaatactaggtgatcctcgcactttgctgcgggaattactaagtaatttttaatattttttttcgattatcgagctaggattaaaaagaaaaaaaaatgaaacgtgagggttcatgaggacttatcataaaacaaacagatgatacccacgatttaacgtggaacatgtatatgttaaatattataaatgatagatatatttgttaaaatattgtggaaatgatgtgaagaataatgattagagatatacttgcatgctggtttgtagaattaaataaattatagatgattttgtatgtttgtatgaggttaaatatataattattgttagtgggtgatgatgcatgtgacatggttacatgttgagattcagaagttaggaggcattaactttatagtaagatagtattaacatatatctttttaaattatcagtctgttatattttcccagaattcttgctatcaacaccactcttaaatattgcaaattaattcttgattgagtaaattgtactcacgatagatgagtttacaggtggatacaaataggtgcaataacttacaaaacacttattactctgcaaacttggttagtccgtgcaaaattggttaaaacctgccactcccagcgaaatgattaattagatgacgctatctttcttatgattccaagttttcaacccatgctagcaggatagtacaaatttcttcttaaaaaaagcaggacagtacaaattgttctttttctgcaaaacccgtaacttgtagctttatatttaggccgggtttagttcctaatttttttttcaaaaacatcacatcgaatctttgaccacatgtatgtagcattaaatatagataaaaataactaattgcataatttgcatggacatcgcgagatgaatcttttaagcctaattagtccatgattagctataagtgctacagtaattcacatgtgctaatgacggtttaattagactcaaaagattcgtcttgcggtttctaggcgagttataaaattagttttttttatttgtgtccgaaaatcccttccgatatctggtcaaacatcctatgtgacacccaaaattttcctttcgctaagccttaaggtctctatattttccagtggctaattttgttttgggaatttactccatgctagtagttccagacttccagtgtggttccagcggatgaggctatccttgctttatgcagttttcagttgtgtgaagttgtgtgccattaacaaatcttttcactccaattcgttctcaccataactggtttataaaaaataatttataaaaaatgcttttatatatgtgtttttaatgagttaaaaataaagactAaaaaaaataaacatcatagaaaaaaaaatcctaaaatcaaactccaaatttaaattttatctgataagtcgatagacataagcatagtcagcctgctaacctgtttcggaatccacgcggtgtagcgcgtgaaatcttttctagtagctctaatacaaacaaatgcagtcgcgagatacgcgtacagttggaattaattgaagcaattaatatatgtgttgcattgttgcacggctgagaagatttagctggtcattatcgattgatcagagcaaatattaatgcatcactttgtgactttgtgagagaatttttgactccttaatatgttctgctactattaaagtattaatactatcctgctgaaaaagatataaggtgtacagccttcaatttgatacagtttccagtgttaaactttaatatcattaaaatttctaaatatattatcactaaccaggaaattaattgaaagtgatacaaatccaatacatggcacatatgtgatgctaaatatattacccgctccgttactgaacaatgcacaatcaaacttggcatgacctacagaattaatctttaactttaaatttctcatatattataatatttatgatcacaaatcataattataagaaagaaaattaaaatatcaatccaataatactattttcatcaaataaaatttaatttataataaaataattattgaccagatatttaaacaaactactcttataatcatgcatgcacgcagcggggggcaatatggcaattactcctatagtcctatttgcttggcatgcatatattgcattgtcctacatcgtgttgactgcagatgagtcgtcgcatgagcagacaccagatgatgaatccatttctgctggcggtagaggtacgccgccatgagggaaccggccgtacct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CDS seq

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Protein seq

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Function RING-H2 finger protein ATL73 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9FLC6]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_11g0001130 OsLiXu_11g0001130.01 Chr11 845864 856503 + NAM
CDS seq

atggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaattcttctctgttctttgttcttgccatagttcttgcagttaactgcaaggtggtggtcgccgtgattgtggtggcgatggtggttgcggcgccgggggcgtcggcggcgataacgtgcgggcaggtgggatcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggagcggcctcacgcagggatgctgcaacggagtgaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggcggcctgccgctgcctcaagagcctcgccggcagcatcaagtcgctcaacctcggcaccgtcgccggcgtccccggcaagtgcggcccagccatgcggcggctgggtgacgtcgtggaggcgccggcgctggtgctgacgccggcctccatgcagcaggccggcgggagggggagctccggcgccttggacgccagcatggtcgtcatcctcgccgcgctgctctgcgccgtcatctgcgccctcggcctcacctccctcatccgctgcgcgctccactgcgcccgcggcctctcccccaccacggcgacgccgacgccgtcggtgtcgacagctgctacggccgggctgaagaagacggagctgaggaggattccggtggaggtgtacggcgccaagcaggccggcgtccccgacggcgagtgcgccatctgcctgggcgacttcgccgacggcgacaaggtgcgcgtgctcccgaggtgccaccacggcttccacgtccgctgcatcgacacgtggctcgccgcgcacacgtcctgccctacttgccgggactccattctctccgtccatggagtcgtcgccggcggccaaacatag

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_11g0001130 OsLiXu_11g0001130.02 Chr11 855966 856608 + IsoSeq
CDS seq

agcttaactagaggtacctgcagccagccatgcggcggctgggtgacgtcgtggaggcgccggcgctgg

Protein seq

SLTRGTCSQPCGGWVTSWRRRRW

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 13.811701 0.0 12.057741

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_11g0116000 RBH 32.762730 30.514389 70.704391
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os11g02400 RBH 20.833406 19.083344 17.917612
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os11g0116000 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_11g0001120 RBH 1.369527 0.0 14.955258
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_11g0001140 RBH 13.196087 0.0 29.267920
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_11g0001140 RBH 7.679023 0.000000 58.632210
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_11g0001130 RBH 0.689854 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_11g0001130 RBH 379.719330 8.934269 266.842957
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_11G0014600 RBH 3.4002685 0.0090795 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_11g0001150 RBH 0.994117 0.0 6.343716
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_11G0016300 RBH 2.3695455 0 0.018098
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_11g0001030 RBH 2.329806 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_11g0001130 RBH 44.296913 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_11g0001150 RBH 43.432896 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_12g0001090 RBH 12.633897 0.0 5.563022
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_11g0001160 RBH 10.740695 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_11G001100 RBH 14.322742 0.0 15.171124
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_11g0001120 RBH 75.693802 0.0 185.052811
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