Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsLiXu_11g0001130 | OGI:11002760 | 14/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:845864-856608 | ||||||||
Gene Symbol | OsLTP1.12, OsLtpI.12, OsLTP1.13, OsLtpI.13, OsLTP1.19, OsLtpI.19, OsLTP1.20, OsLtpI.20, LTP1.20, OsLTPL14, LTPL14 | ||||||||||
DNA seq | atcgatcaccggcgacgagagacactctcactgaacgaagctacctagcttaattacctagctactcgatcgatcatcagtctagatatggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaagtaaattaatcatccatgcatatgcatgctactttttttcaagttaattcaacttaatttactgactaatccactgtatatatgcatgattatttcattggtgcagggtcagctagatcgattaatcctgcttggaccgaccgatcgatatatcgatcgatgctggctcgcagttgatcaactagccaaaataatagctacagtaaaaataacagctggggcatatcaatgcagcgctggtcatctctctctctatctctgtatactttatgttgcacgctccgtgcgtgcatgctatcttaattttcttgactctgtacaccgctctgtgtacgtgtaatcctacgttgatgaattgcatcttgtccagacttggacctagctaactacgtactccagcttggcagcttcttgctgaggcaatctgtagtaatttccttgttacattcccctgtcccctctactccctctgtcccataaaaacaaacctaatatactaaatatgacacatatattctagtactataaatctggacagatatatatttagatttgttatactagaatatgtcacatccagtcttatgttcgtttttttggacggagagtatgtcatatgcaaaaattgataaatgcacattatgctccctagctctgcactttattattatttttaatttacatgacagctgtacacacatacacaccactatacacacaacattacactcgtacctccgtgaatgcgttctctaacacatgtttcaagagacaaaaacaacagcacatccctaatgtcactaaagtcatgttgaaatcctatccgcatctgtgtaatactcgtggccactctattacttgattgttcacaaggaagaatgatactctgaaattgattctaccgaaatatgaaaaatattatatattagaattgataaagagagaagaatgaacataaaaacagataataaatcattttctatcgtcggaatcacacatctccaacggatggtgtgtgatgttatagcctgatccaacggtttaaaatggtgataataagatctatgtctactagctagtagcactttcataagaaaacagctgggttatgactggatggatagacggttcggtcgttgtacacccaaactcaccagggataaagtactactatatatatgtttgaaactagtgttcactaattctaagagtacatagtggagtatatgtgcttattcagtggttatatatactcctccgtctagatattagcggtgaaaacggatgtgatagtttctgatccgatactctccgaatttgattggagcaagatatggtatatgtttctttaaatccctcggatgcgaattgtatggtgcaggtgtggatcggatgtggtattgcaaaaaatcagtggatataagttattcggtatttcgaacatattatccgatgaaccgtttagcaaattaaataatccgaatttttcagcccaccagctcactagccgactatctgcccatgaaaacggtaaattagctcaacccacaaattcaggacatcaattaacccttgaccttaactcaccatcttaacttctgtctatttcgcttgtgcatctcacggatgctgctgccatgcacaccaaaataatggagatcatgcatgtatatatgttatattgttactgtgttgatgtatgtacattatactgagtccgcaccatgtgaaaatgtagtgaggttgacacgtaggttgtagtattttatttctttattttgctactatctatttatattgattgttatcttgatgtcatcactactctggactctgtatatgttgacaccacgtcatcgataacgatcccagttcaggtacagagataaaacggaattaattggttatggatgggactaaaaatttttaggcgtcatgtcagatatttagacactaattataagtattacaagtagactattgacaaaatccattccataaccctgaactaattcgcgagacgaatctattgagcctaattaatccatgattagcctatgtgatgctacagtaaatatgtactaattatagattaattaggcttaaattttttttacacgaattagctatcaattatgtaattagtttcgtaagtagtctatgtttaatactccaaattagtgtccaaatatccgatatgacatggactaaaatttagtcccggatccaaacaccccccaacatcagaaagctaacaaagtactctcgtttctaaaatactaggtgatcctcgcactttgctgcgggaattactaagtaatttttaatattttttttcgattatcgagctaggattaaaaagaaaaaaaaatgaaacgtgagggttcatgaggacttatcataaaacaaacagatgatacccacgatttaacgtggaacatgtatatgttaaatattataaatgatagatatatttgttaaaatattgtggaaatgatgtgaagaataatgattagagatatacttgcatgctggtttgtagaattaaataaattatagatgattttgtatgtttgtatgaggttaaatatataattattgttagtgggtgatgatgcatgtgacatggttacatgttgagattcagaagttaggaggcattaactttatagtaagatagtattaacatatatctttttaaattatcagtctgttatattttcccagaattcttgctatcaacaccactcttaaatattgcaaattaattcttgattgagtaaattgtactcacgatagatgagtttacaggtggatacaaataggtgcaataacttacaaaacacttattactctgcaaacttggttagtccgtgcaaaattggttaaaacctgccactcccagcgaaatgattaattagatgacgctatctttcttatgattccaagttttcaacccatgctagcaggatagtacaaatttcttcttaaaaaaagcaggacagtacaaattgttctttttctgcaaaacccgtaacttgtagctttatatttaggccgggtttagttcctaatttttttttcaaaaacatcacatcgaatctttgaccacatgtatgtagcattaaatatagataaaaataactaattgcataatttgcatggacatcgcgagatgaatcttttaagcctaattagtccatgattagctataagtgctacagtaattcacatgtgctaatgacggtttaattagactcaaaagattcgtcttgcggtttctaggcgagttataaaattagttttttttatttgtgtccgaaaatcccttccgatatctggtcaaacatcctatgtgacacccaaaattttcctttcgctaagccttaaggtctctatattttccagtggctaattttgttttgggaatttactccatgctagtagttccagacttccagtgtggttccagcggatgaggctatccttgctttatgcagttttcagttgtgtgaagttgtgtgccattaacaaatcttttcactccaattcgttctcaccataactggtttataaaaaataatttataaaaaatgcttttatatatgtgtttttaatgagttaaaaataaagactAaaaaaaataaacatcatagaaaaaaaaatcctaaaatcaaactccaaatttaaattttatctgataagtcgatagacataagcatagtcagcctgctaacctgtttcggaatccacgcggtgtagcgcgtgaaatcttttctagtagctctaatacaaacaaatgcagtcgcgagatacgcgtacagttggaattaattgaagcaattaatatatgtgttgcattgttgcacggctgagaagatttagctggtcattatcgattgatcagagcaaatattaatgcatcactttgtgactttgtgagagaatttttgactccttaatatgttctgctactattaaagtattaatactatcctgctgaaaaagatataaggtgtacagccttcaatttgatacagtttccagtgttaaactttaatatcattaaaatttctaaatatattatcactaaccaggaaattaattgaaagtgatacaaatccaatacatggcacatatgtgatgctaaatatattacccgctccgttactgaacaatgcacaatcaaacttggcatgacctacagaattaatctttaactttaaatttctcatatattataatatttatgatcacaaatcataattataagaaagaaaattaaaatatcaatccaataatactattttcatcaaataaaatttaatttataataaaataattattgaccagatatttaaacaaactactcttataatcatgcatgcacgcagcggggggcaatatggcaattactcctatagtcctatttgcttggcatgcatatattgcattgtcctacatcgtgttgactgcagatgagtcgtcgcatgagcagacaccagatgatgaatccatttctgctggcggtagaggtacgccgccatgagggaaccggccgtacct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CDS seq | atggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaattcttctctgttctttgttcttgccatagttcttgcagttaactgcaaggtggtggtcgccgtgattgtggtggcgatggtggttgcggcgccgggggcgtcggcggcgataacgtgcgggcaggtgggatcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggagcggcctcacgcagggatgctgcaacggagtgaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggcggcctgccgctgcctcaagagcctcgccggcagcatcaagtcgctcaacctcggcaccgtcgccggcgtccccggcaagtgcggcccagccatgcggcggctgggtgacgtcgtggaggcgccggcgctggtgctgacgccggcctccatgcagcaggccggcgggagggggagctccggcgccttggacgccagcatggtcgtcatcctcgccgcgctgctctgcgccgtcatctgcgccctcggcctcacctccctcatccgctgcgcgctccactgcgcccgcggcctctcccccaccacggcgacgccgacgccgtcggtgtcgacagctgctacggccgggctgaagaagacggagctgaggaggattccggtggaggtgtacggcgccaagcaggccggcgtccccgacggcgagtgcgccatctgcctgggcgacttcgccgacggcgacaaggtgcgcgtgctcccgaggtgccaccacggcttccacgtccgctgcatcgacacgtggctcgccgcgcacacgtcctgccctacttgccgggactccattctctccgtccatggagtcgtcgccggcggccaaacatag
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Protein seq | MAALNGKVVVVVMVVAMVVAAPGASAAITCGQVGSAIAPCISYVTGRGGLTQGCCNGVKGLNNAARTTADRQAACRCLKTLAGTIKSLNLGAAAGIPGKCGVNVGFPISLSTDCSNSSLFFVLAIVLAVNCKVVVAVIVVAMVVAAPGASAAITCGQVGSAIAPCISYVTGRSGLTQGCCNGVKGLNNAARTTADRQAACRCLKSLAGSIKSLNLGTVAGVPGKCGPAMRRLGDVVEAPALVLTPASMQQAGGRGSSGALDASMVVILAALLCAVICALGLTSLIRCALHCARGLSPTTATPTPSVSTAATAGLKKTELRRIPVEVYGAKQAGVPDGECAICLGDFADGDKVRVLPRCHHGFHVRCIDTWLAAHTSCPTCRDSILSVHGVVAGGQT |
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Function | RING-H2 finger protein ATL73 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9FLC6] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsLiXu_11g0001130 | OsLiXu_11g0001130.01 | Chr11 | 845864 | 856503 | + | NAM | ||
CDS seq | atggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaattcttctctgttctttgttcttgccatagttcttgcagttaactgcaaggtggtggtcgccgtgattgtggtggcgatggtggttgcggcgccgggggcgtcggcggcgataacgtgcgggcaggtgggatcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggagcggcctcacgcagggatgctgcaacggagtgaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggcggcctgccgctgcctcaagagcctcgccggcagcatcaagtcgctcaacctcggcaccgtcgccggcgtccccggcaagtgcggcccagccatgcggcggctgggtgacgtcgtggaggcgccggcgctggtgctgacgccggcctccatgcagcaggccggcgggagggggagctccggcgccttggacgccagcatggtcgtcatcctcgccgcgctgctctgcgccgtcatctgcgccctcggcctcacctccctcatccgctgcgcgctccactgcgcccgcggcctctcccccaccacggcgacgccgacgccgtcggtgtcgacagctgctacggccgggctgaagaagacggagctgaggaggattccggtggaggtgtacggcgccaagcaggccggcgtccccgacggcgagtgcgccatctgcctgggcgacttcgccgacggcgacaaggtgcgcgtgctcccgaggtgccaccacggcttccacgtccgctgcatcgacacgtggctcgccgcgcacacgtcctgccctacttgccgggactccattctctccgtccatggagtcgtcgccggcggccaaacatag
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Protein seq | MAALNGKVVVVVMVVAMVVAAPGASAAITCGQVGSAIAPCISYVTGRGGLTQGCCNGVKGLNNAARTTADRQAACRCLKTLAGTIKSLNLGAAAGIPGKCGVNVGFPISLSTDCSNSSLFFVLAIVLAVNCKVVVAVIVVAMVVAAPGASAAITCGQVGSAIAPCISYVTGRSGLTQGCCNGVKGLNNAARTTADRQAACRCLKSLAGSIKSLNLGTVAGVPGKCGPAMRRLGDVVEAPALVLTPASMQQAGGRGSSGALDASMVVILAALLCAVICALGLTSLIRCALHCARGLSPTTATPTPSVSTAATAGLKKTELRRIPVEVYGAKQAGVPDGECAICLGDFADGDKVRVLPRCHHGFHVRCIDTWLAAHTSCPTCRDSILSVHGVVAGGQT
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsLiXu_11g0001130 | OsLiXu_11g0001130.02 | Chr11 | 855966 | 856608 | + | IsoSeq | ||
CDS seq | agcttaactagaggtacctgcagccagccatgcggcggctgggtgacgtcgtggaggcgccggcgctgg |
|||||||
Protein seq | SLTRGTCSQPCGGWVTSWRRRRW |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 13.811701 | 0.0 | 12.057741 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0116000 | RBH | 32.762730 | 30.514389 | 70.704391 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g02400 | RBH | 20.833406 | 19.083344 | 17.917612 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0116000 | RBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0001120 | RBH | 1.369527 | 0.0 | 14.955258 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0001140 | RBH | 13.196087 | 0.0 | 29.267920 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0001140 | RBH | 7.679023 | 0.000000 | 58.632210 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0001130 | RBH | 0.689854 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0001130 | RBH | 379.719330 | 8.934269 | 266.842957 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0014600 | RBH | 3.4002685 | 0.0090795 | 0 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0001150 | RBH | 0.994117 | 0.0 | 6.343716 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0016300 | RBH | 2.3695455 | 0 | 0.018098 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0001030 | RBH | 2.329806 | 0.0 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0001130 | RBH | 44.296913 | 0.0 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0001150 | RBH | 43.432896 | 0.0 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_12g0001090 | RBH | 12.633897 | 0.0 | 5.563022 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0001160 | RBH | 10.740695 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G001100 | RBH | 14.322742 | 0.0 | 15.171124 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0001120 | RBH | 75.693802 | 0.0 | 185.052811 |