Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsNaBo_11g0001120 OGI:11002790 | 11/16 NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr11:826587-837260
Gene Symbol OsLTP1.12, OsLtpI.12, OsLTP1.13, OsLtpI.13, OsLTP1.19, OsLtpI.19
DNA seq

ctatttataccctccacccatcgaccgacgatccatcgatcaccggcgacgagagacactctcactgaacgaagctacctagcttaattacctagctactcgatcgatcatcagtctagatatggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaagtaaattaatcatccatgcatatgcatgctactttttttcaagttaattcaacttaatttactgactaatccactgtatatatgcatgattatttcattggtgcagggtcagctagatcgattaatcctgcttggaccgaccgatcgatatatcgatcgatgctggctcgcagttgatcaactagccaaaataatagctacagtaaaaataacagctggggcatatcaatgcagcgctggtcatctctctctctatctctgtatactttatgttgcacgctccgtgcgtgcatgctatcttaattttcttgactctgtacaccgctctgtgtacgtgtaatcctacgttgatgaattgcatcttgtccagacttggacctagctaactacgtactccagcttggcagcttcttgctgaggcaatctgtagtaatttccttgttacattcccctgtcccctctactccctctgtcccataaaaacaaacctaatatactaaatatgacacatatattctagtactataaatctggacagatatatatttagatttgttatactagaatatgtcacatccagtcttatgttcgTttttttggacggagagtatgtcatatgcaaaaattgataaatgcacattatgctccctagctctgcactttattattatttttaatttacatgacagctgtacacacatacacaccactatacacacaacattacactcgtacctccgtgaatgcgttctctaacacatgtttcaagagacaaaaacaacagcacatccctaatgtcactaaagtcatgttgaaatcctatccgcatctgtgtaatactcgtggccactctattacttgattgttcacaaggaagaatgatactctgaaattgattctaccgaaatatgaaaaatattatatattagaattgataaagagagaagaatgaacataaaaacagataataaatcattttctatcgtcggaatcacacatctccaacggatggtgtgtgatgttatagcctgatccaacggtttaaaatggtgataataagatctatgtctactagctagtagcactttcataagaaaacagctgggttatgactggatggatagacggttcggtcgttgtacacccaaactcaccagggataaagtactactatatatatgtttgaaactagtgttcactaattctaagagtacatagtggagtatatgtgcttattcagtggttatatatactcctccgtctagatattagcggtgaaaacggatgtgatagtttctgatccgatactctccgaatttgattggagcaagatatggtatatgtttctttaaatccctcggatgcgaattgtatggtgcaggtgtggatcggatgtggtattgcaaaaaatcagtggatataagttattcggtatttcgaacatattatccgatgaaccgtttagcaaattaaataatccgaatttttcagcccaccagctcactagccgactatctgcccatgaaaacggtaaattagctcaacccacaaattcaggacatcaattaacccttgaccttaactcaccatcttaacttctgtctatttcgcttgtgcatctcacggatgctgctgccatgcacaccaaaataatggagatcatgcatgtatatatgttatattgttactgtgttgatgtatgtacattatactgagtccgcaccatgtgaaaatgtagtgaggttgacacgtaggttgtagtattttatttctttattttgctactatctatttatattgattgttatcttgatgtcatcactactctggactctgtatatgttgacaccacgtcatcgataacgatcccagttcaggtacagagataaaacggaattaattggttatggatgggactaaaaatttttaggcgtcatgtcagatatttagacactaattataagtattacaagtagactattgacaaaatccattccataaccctgaactaattcgcgagacgaatctattgagcctaattaatccatgattagcctatgtgatgctacagtaaatatgtactaattatagattaattaggcttaaattttttttacacgaattagctatcaattatgtaattagtttcgtaagtagtctatgtttaatactccaaattagtgtccaaatatccgatatgacatggactaaaatttagtcccggatccaaacaccccccaacatcagaaagctaacaaagtactctcgtttctaaaatactaggtgatcctcgcactttgctgcgggaattactaagtaatttttaatattttttttcgattatcgagctaggattaaaaagaaaaaaaaatgaaacgtgagggttcatgaggacttatcataaaacaaacagatgatacccacgatttaacgtggaacatgtatatgttaaatattataaatgatagatatatttgttaaaatattgtggaaatgatgtgaagaataatgattagagatatacttgcatgctggtttgtagaattaaataaattatagatgattttgtatgtttgtatgaggttaaatatataattattgttagtgggtgatgatgcatgtgacatggttacatgttgagattcagaagttaggaggcattaactttatagtaagatagtattaacatatatctttttaaattatcagtctgttatattttcccagaattcttgctatcaacaccactcttaaatattgcaaattaattcttgattgagtaaattgtactcacgatagatgagtttacaggtggatacaaataggtgcaataacttacaaaacacttattactctgcaaacttggttagtccgtgcaaaattggttaaaacctgccactcccagcgaaatgattaattagatgacgctatctttcttatgattccaagttttcaacccatgctagcaggatagtacaaatttcttcttaaaaaaagcaggacagtacaaattgttctttttctgcaaaacccgtaacttgtagctttatatttaggccgggtttagttcctaatttttttttcaaaaacatcacatcgaatctttgaccacatgtatgtagcattaaatatagataaaaataactaattgcataatttgcatggacatcgcgagatgaatcttttaagcctaattagtccatgattagctataagtgctacagtaattcacatgtgctaatgacggtttaattagactcaaaagattcgtcttgcggtttctaggcgagttataaaattagttttttttatttgtgtccgaaaatcccttccgatatctggtcaaacatcctatgtgacacccaaaattttcctttcgctaagccttaaggtctctatattttccagtggctaattttgttttgggaatttactccatgctagtagttccagacttccagtgtggttccagcggatgaggctatccttgctttatgcagttttcagttgtgtgaagttgtgtgccattaacaaatcttttcactccaattcgttctcaccataactggtttataaaaaataatttataaaaaatgcttttatatatgtgtttttaatgagttaaaaataaagactaaaaaaaataaacatcatagaaaaaaaaatcctaaaatcaaactccaaatttaaattttatctgataagtcgatagacataagcatagtcagcctgctaacctgtttcggaatccacgcggtgtagcgcgtgaaatcttttctagtagctctaatacaaacaaatgcagtcgcgagatacgcgtacagttggaattaattgaagcaattaatatatgtgttgcattgttgcacggctgagaagatttagctggtcattatcgattgatcagagcaaatattaatgcatcactttgtgactttgtgagagaatttttgactccttaatatgttctgctactattaaagtattaatactatcctgctgaaaaagatataaggtgtacagccttcaatttgatacagtttccagtgttaaactttaatatcattaaaatttctaaatatattatcactaaccaggaaattaattgaaagtgatacaaatccaatacatggcacatatgtgatgctaaatatattacccgctccgttactgaacaatgcacaatcaaacttggcatgacctacagaattaatctttaactttaaatttctcatatattataatatttatgatcacaaatcataattataagaaagaaaattaaaatatcaatccaataatactattttcatcaaataaaatttaatttataataaaataattattgaccagatatttaaacaaactactcttataatcatgcatgcacgcagcggggggcaatatggcaattactcctatagtcctatttgcttggcatgcatatattgcattgtcctacatcgtgttgactgcagatgagtcgtcgcatgagcagacaccagatgatgaatccatttctgctggcggta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CDS seq

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Protein seq

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Function RING-H2 finger protein ATL73 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9FLC6]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_11g0001120 OsNaBo_11g0001120.01 Chr11 826587 827465 + NAM
CDS seq

atggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaaggtcagctag

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_11g0001120 OsNaBo_11g0001120.02 Chr11 826621 827440 + NAM
CDS seq

atggcggctttgaacggtaaggtggtggtggtggtgatggtggtggcgatggtggtggcggcgccgggggcgtcggcggcgatcacgtgcgggcaggtggggtcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggggcggcctcacccagggatgctgcaacggcgtcaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggccgcctgccgctgcctcaagaccctcgccggcaccatcaagtctctcaacctcggcgccgccgccggcatccccggcaagtgcggcgtcaacgtcggcttccccatcagcctctccactgactgcagcaagtaa

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Protein seq

MAALNGKVVVVVMVVAMVVAAPGASAAITCGQVGSAIAPCISYVTGRGGLTQGCCNGVKGLNNAARTTADRQAACRCLKTLAGTIKSLNLGAAAGIPGKCGVNVGFPISLSTDCSK

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_11g0001120 OsNaBo_11g0001120.03 Chr11 827214 837260 + NAM
CDS seq

atgctggctcgcattaactgcaaggtggtggtcgccgtgattgtggtggcgatggtggttgcggcgCcgggggcgtcggcggcgataacgtgcgggcaggtgggatcggcgatcgcgccgtgcatctcgtacgtgacggggaggagcggcctcacgcagggatgctgcaacggagtgaaggggctgaacaacgccgcccgcaccaccgccgaccgccaggcggcctgccgctgcctcaagagcctcgccggcagcatcaagtcgctcaacctcggcaccgtcgccggcgtccccggcaagtgcggcccagccatgcggcggctgggtgacgtcgtggaggcgccggcgctggtgctgacgccggcctccatgcagcaggccggcgggagggggagctccggcgccttggacgccagcatggtcgtcatcctcgccgcgctgctctgcgccgtcatctgcgccctcggcctcacctccctcatccgctgcgcgctccactgcgcccgcggcctctcccccaccacggcgacgccgacgccgtcggtgtcgacagctgctacggccgggctgaagaagacggagctgaggaggattccggtggaggtgtacggcgccaagcaggccggcgtccccgacggcgagtgcgccatctgcctgggcgacttcgccgacggcgacaaggtgcgcgtgctcccgaggtgccaccacggcttccacgtccgctgcatcgacacgtggctcgccgcgcacacgtcctgccctacttgccgggactccattctctccgtccatggagtcgtcgccggcggccaaacatag

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Protein seq

MLARINCKVVVAVIVVAMVVAAPGASAAITCGQVGSAIAPCISYVTGRSGLTQGCCNGVKGLNNAARTTADRQAACRCLKSLAGSIKSLNLGTVAGVPGKCGPAMRRLGDVVEAPALVLTPASMQQAGGRGSSGALDASMVVILAALLCAVICALGLTSLIRCALHCARGLSPTTATPTPSVSTAATAGLKKTELRRIPVEVYGAKQAGVPDGECAICLGDFADGDKVRVLPRCHHGFHVRCIDTWLAAHTSCPTCRDSILSVHGVVAGGQT

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsNaBo_11g0001120 OsNaBo_11g0001120.04 Chr11 826621 827438 + IsoSeq
CDS seq

atgcagcgctggtcatctctctctctatctctgtatactttatgttgcacgctccgtgcgtgcatgcta

Protein seq

MQRWSSLSLSLYTLCCTLRACML

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 75.693802 0.0 185.052811

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_11g0116200 RBH 14.356194 14.206342 79.737244
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os11g02424 RBH 7.946958 7.405935 16.940969
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os11g0116200 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_12g0000960 SBH 5.517438 0.0 34.921013
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_11g0001160 RBH 3.432532 0.0 42.035145
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_11g0001140 RBH 7.679023 0.000000 58.632210
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_11g0001130 RBH 0.689854 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_11g0001150 RBH 55.302402 0.0 156.949142
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_11G0014600 RBH 3.4002685 0.0090795 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_11g0001150 RBH 0.994117 0.0 6.343716
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_11G0016300 RBH 2.3695455 0 0.018098
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_12g0000980 SBH 7.257802 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_11g0001130 RBH 44.296913 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_11g0001150 RBH 43.432896 0.0 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_11g0001130 RBH 13.811701 0.0 12.057741
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_11g0001180 RBH 0.808108 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_11G001120 RBH 1.510429 0.0 3.862251
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_12g0002330 RBH 17.506363 0.0 238.453644
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