Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLaMu_01g0023350 | OGI:01013090 | 16/16 | LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr01:24982026-24992746 | ||||||||
| Gene Symbol | OsSTA22, - | ||||||||||
| DNA seq | 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| CDS seq | atgattgctcccacgctccttgcgcaaagagccactgctactgcaatcctcgtgttCttttttgtctccctagcacaatccgcgtcttctttccatcctgcaaacacgacgacacggcccgccgtcagcgggagttgcattccgagtgagcggaaggcgctcctgaccttcaaggatagcttttgggatcgtgctggtcgtctttattcatggcggggcgaagactgctgccggtggaagggagtccgatgcgacaacacaactgagcatgtcgtcaagctcgacctccgcaacacagacgattggcgctatcggttgagcttgacaacaagtgagatgagcccttccattgttgatttgcatcacttgagtaccgtctctactctatctcattccaatctcacacatcttgaagtcctagatttaacatccaactggtttagctctcctcttgcacgcaactggttttgggatctcactacacttaaaaagctctttctatatgattgtgcctggtctgggccaattcctgatgcattaggaaacatgtctgcccttgagtccatagatctgcatgacaccgatttattgggtaacataccgacaacaatgaaaaatctgtgtaatttacaagagctgaatttatacaacattaatattaacagtttcatatcagaactgatggagagattaccgaagtgttcatggaataagttgcgtaagatggacctgcattctgcaaatttgacaggggaactaccaacttggataggaaatctagcaagtctcagttatcttgatctttctgagaacatgattgttggttctgtacctgatggaatgggaaatcttacaaatctcaactatcttgacctctcgcagaacatgttggttggtcatttgcctgttggaatgggacaattgacaggcctcacctttcttgacctctctcagaacttgctggttggccatatacctgttgggattggcgcatttggcaacttgactagcttgaaccttggccaaaatagcttcagtggtgtgctcacagaacaccattttgcagctctagaaagactggaatatttgaacctctcaaggaactcgctgaaattagatttacatgaagcttggattcccccgtttaaattaacggagggatattttgagtcatgtgacttggggcctcaattcccttcatggctaagatggcaaactggcatagttttccttgatatttcaaatacaagcataaaggatgacttgcctggctggttttggactattttatctaatgcttatgaattgtacctgtcaagcaatcaactgggtggagctttaccagagaaattggaactgccatcaatgcaagcaatggatctctccgataattatttgtcagggaagttaccagcaaatctcactgttcccaatctaatgacactgcatcttcaccacaatcaaattggaggcactattccagcttgtttgtgtcaactgcggagtttgagagtaataaatctgtcatacaatcaactaacaggggaaatcccacaatgttcagtggatcaatttggtttctcattcttggttatagatatgaagaataacaatctatctggtgaattccctagcttccttcaaaatgctggttggttattatttcttgacctttcatataacaagttgtctggaaatgtcccaacatggattgcacagagaatgccttacctggaagttttgattctaagatcgaacatgttttgtggtaacctttctaaccaattaaacaagcttgatcaacttcattttctcgatgtagcacataacaacatatcaggaagtatatattcatctataagaagcttgacagccatgaaatattcacacacatcagggttggacaactacactggtgctagcatatccatgtccataaaagaccaggagcttaactatacctttcaatccacaaataatattatgttgattgacatgtcgtacaatagtttcactggacctattccaagagaattaactctactcaaggggcttcaaagtttgaatctatcaggcaatcaattaagtggaacaattccaaatgatattggcattttaaggagattggagtccctggacctatcctacaatgatttagttggtgaaatcccctcgagtttatcagaccttacttttttgagctgcttaaacttgtcctacaacaatctatcaggaagaatcccctcaggacaacaactacaaacacttaataatctttacatgtacatcggcaatcctggactttgtggacttcctctttccaccaattgttccacgaacagaacaaacaaaattgtccagaatgaacatgatgacgcatcacatgatacaacatatttgtacatcagcacaagtgcagggtttgtggtggggctctggatagtgttctgcaccatcctgttcaagaaatcatggaggatcgcttattttcagttttttgatcagatatatgacaagatatatgtgcaagcagctatcagtaaggctgttttgataagaaaattcctatgcatccacgttctaatagccttagccttgcttttgttcaccccaatcatctccaaggaggcctcagccagtgccaatagcacaggtggttgtattccaagtgagagatctgcacttatcagcttcaaatcaggattattagaccctggaaacctcctttcgtcatgggagggtgacgattgttttcaatggaatggcgtgtggtgcaacaacgagaccgggcatattgttgagctaaatctcccaggaggtagctgcaacatcttgcccccatgggttccgctggaaccaggactcggaggcagcataggcccctcgttgcttggcttaaagcaactggagcatctcgacctcagctgcaacaatttcagtgggacgctaccggagttcttgggttctctccacaacctgagatctctcgacctatcctggtcgacattcgttgggacagtgccaccgcagctgggtaatctctccaacttgcgctacttcagtcttggttctaatgataattctagcttatattcaacggacgtatcctggttgtcacggttatcttctctcgagcatctagacatgagccttgtgaatctcagtgcggttgtggactgggtttcggtggtgaacaagcttccatctcttagatttctccgtttgtttggatgccagcttagcagcacggtcgattctgttccgaacaacaacctaacatctcttgaaactctggacctttcacttaataatttcaacaagaggattgcacccaattggttttgggatttaactagtcttaaacttctagatatctcagatagtggtttctatggaccatttccaaacgagataggcaatatgacctctattgtggatattgatttatcagtcaataatcttgtgggaatgataccatttaacctgaagaacctatgtaacttggagaaatttaatgttgctggaaccaacatcaatgggaatataacggaaatattcaatagattgcctagatgctcatggaataagttacaagtgttgtttctaccggactgcaacttgactggaagcctaccaacaacactagaacccttgagcaatttgagcatgcttgagcttggtaataacaatatcacaggtcccatcccactttggataggagagctcagtaatctaacaatgttgggcctcagctccaacaatctagatggggtcatacatgaaggccatttatcaggcctagaaagtctagatttgttgatcttgtctgataataaccacatagccatcaaggtgaattctacctgggttccttctttcaagcaaataacagatattgaacttcggtcctgtcagttagggcctaaattcccaacatggctcaggtatctaacagatgtatacaatcttgatatctcaaacacaagcatatcagacaaggttcctgactggttttggaaagcagcatcatcagtaacacatttaaatatgagaaacaatcagattgcaggtgcccttccatctacattggaatacatgagaacgatcgtaatggatctcagttctaataagtttagtggtctaatacccaagcttcctgtcagtctaaccagcttagacttctcaaagaacaatttatccgggcctctaccatcagacataggagcgtcagctctagtatcacttgttctgtatggcaactccctttctggttcaattccatcttatttgtgcaagatgcattctctggaactgttggatatatcaagaaacaagataactgggccaatttctgattgtgcaatcgattcaagctcagcaaactacacatgtacgaatattatcaatataagcttaagaaaaaataacctctcagggcaatttccttcgttctttaagaactgcaaaaaccttgtttttctggatcttgctgaaaatcaattctctgggacactgcctgaatggattggggaaaaattaccttctttggtattcttacggctgcgttctaatagctttagtggtcatattccaattgaacttaccagtctggcgggtcttcaaatatttagaccttgcacataa
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| Function | Receptor-like protein EIX1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6JN47] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLaMu_01g0023350 | OsLaMu_01g0023350.01 | Chr01 | 24982026 | 24992746 | - | NAM | ||
| CDS seq | atgattgctcccacgctccttgcgcaaagagccactgctactgcaatcctcgtgttCttttttgtctccctagcacaatccgcgtcttctttccatcctgcaaacacgacgacacggcccgccgtcagcgggagttgcattccgagtgagcggaaggcgctcctgaccttcaaggatagcttttgggatcgtgctggtcgtctttattcatggcggggcgaagactgctgccggtggaagggagtccgatgcgacaacacaactgagcatgtcgtcaagctcgacctccgcaacacagacgattggcgctatcggttgagcttgacaacaagtgagatgagcccttccattgttgatttgcatcacttgagtaccgtctctactctatctcattccaatctcacacatcttgaagtcctagatttaacatccaactggtttagctctcctcttgcacgcaactggttttgggatctcactacacttaaaaagctctttctatatgattgtgcctggtctgggccaattcctgatgcattaggaaacatgtctgcccttgagtccatagatctgcatgacaccgatttattgggtaacataccgacaacaatgaaaaatctgtgtaatttacaagagctgaatttatacaacattaatattaacagtttcatatcagaactgatggagagattaccgaagtgttcatggaataagttgcgtaagatggacctgcattctgcaaatttgacaggggaactaccaacttggataggaaatctagcaagtctcagttatcttgatctttctgagaacatgattgttggttctgtacctgatggaatgggaaatcttacaaatctcaactatcttgacctctcgcagaacatgttggttggtcatttgcctgttggaatgggacaattgacaggcctcacctttcttgacctctctcagaacttgctggttggccatatacctgttgggattggcgcatttggcaacttgactagcttgaaccttggccaaaatagcttcagtggtgtgctcacagaacaccattttgcagctctagaaagactggaatatttgaacctctcaaggaactcgctgaaattagatttacatgaagcttggattcccccgtttaaattaacggagggatattttgagtcatgtgacttggggcctcaattcccttcatggctaagatggcaaactggcatagttttccttgatatttcaaatacaagcataaaggatgacttgcctggctggttttggactattttatctaatgcttatgaattgtacctgtcaagcaatcaactgggtggagctttaccagagaaattggaactgccatcaatgcaagcaatggatctctccgataattatttgtcagggaagttaccagcaaatctcactgttcccaatctaatgacactgcatcttcaccacaatcaaattggaggcactattccagcttgtttgtgtcaactgcggagtttgagagtaataaatctgtcatacaatcaactaacaggggaaatcccacaatgttcagtggatcaatttggtttctcattcttggttatagatatgaagaataacaatctatctggtgaattccctagcttccttcaaaatgctggttggttattatttcttgacctttcatataacaagttgtctggaaatgtcccaacatggattgcacagagaatgccttacctggaagttttgattctaagatcgaacatgttttgtggtaacctttctaaccaattaaacaagcttgatcaacttcattttctcgatgtagcacataacaacatatcaggaagtatatattcatctataagaagcttgacagccatgaaatattcacacacatcagggttggacaactacactggtgctagcatatccatgtccataaaagaccaggagcttaactatacctttcaatccacaaataatattatgttgattgacatgtcgtacaatagtttcactggacctattccaagagaattaactctactcaaggggcttcaaagtttgaatctatcaggcaatcaattaagtggaacaattccaaatgatattggcattttaaggagattggagtccctggacctatcctacaatgatttagttggtgaaatcccctcgagtttatcagaccttacttttttgagctgcttaaacttgtcctacaacaatctatcaggaagaatcccctcaggacaacaactacaaacacttaataatctttacatgtacatcggcaatcctggactttgtggacttcctctttccaccaattgttccacgaacagaacaaacaaaattgtccagaatgaacatgatgacgcatcacatgatacaacatatttgtacatcagcacaagtgcagggtttgtggtggggctctggatagtgttctgcaccatcctgttcaagaaatcatggaggatcgcttattttcagttttttgatcagatatatgacaagatatatgtgcaagcagctatcagtaaggctgttttgataagaaaattcctatgcatccacgttctaatagccttagccttgcttttgttcaccccaatcatctccaaggaggcctcagccagtgccaatagcacaggtggttgtattccaagtgagagatctgcacttatcagcttcaaatcaggattattagaccctggaaacctcctttcgtcatgggagggtgacgattgttttcaatggaatggcgtgtggtgcaacaacgagaccgggcatattgttgagctaaatctcccaggaggtagctgcaacatcttgcccccatgggttccgctggaaccaggactcggaggcagcataggcccctcgttgcttggcttaaagcaactggagcatctcgacctcagctgcaacaatttcagtgggacgctaccggagttcttgggttctctccacaacctgagatctctcgacctatcctggtcgacattcgttgggacagtgccaccgcagctgggtaatctctccaacttgcgctacttcagtcttggttctaatgataattctagcttatattcaacggacgtatcctggttgtcacggttatcttctctcgagcatctagacatgagccttgtgaatctcagtgcggttgtggactgggtttcggtggtgaacaagcttccatctcttagatttctccgtttgtttggatgccagcttagcagcacggtcgattctgttccgaacaacaacctaacatctcttgaaactctggacctttcacttaataatttcaacaagaggattgcacccaattggttttgggatttaactagtcttaaacttctagatatctcagatagtggtttctatggaccatttccaaacgagataggcaatatgacctctattgtggatattgatttatcagtcaataatcttgtgggaatgataccatttaacctgaagaacctatgtaacttggagaaatttaatgttgctggaaccaacatcaatgggaatataacggaaatattcaatagattgcctagatgctcatggaataagttacaagtgttgtttctaccggactgcaacttgactggaagcctaccaacaacactagaacccttgagcaatttgagcatgcttgagcttggtaataacaatatcacaggtcccatcccactttggataggagagctcagtaatctaacaatgttgggcctcagctccaacaatctagatggggtcatacatgaaggccatttatcaggcctagaaagtctagatttgttgatcttgtctgataataaccacatagccatcaaggtgaattctacctgggttccttctttcaagcaaataacagatattgaacttcggtcctgtcagttagggcctaaattcccaacatggctcaggtatctaacagatgtatacaatcttgatatctcaaacacaagcatatcagacaaggttcctgactggttttggaaagcagcatcatcagtaacacatttaaatatgagaaacaatcagattgcaggtgcccttccatctacattggaatacatgagaacgatcgtaatggatctcagttctaataagtttagtggtctaatacccaagcttcctgtcagtctaaccagcttagacttctcaaagaacaatttatccgggcctctaccatcagacataggagcgtcagctctagtatcacttgttctgtatggcaactccctttctggttcaattccatcttatttgtgcaagatgcattctctggaactgttggatatatcaagaaacaagataactgggccaatttctgattgtgcaatcgattcaagctcagcaaactacacatgtacgaatattatcaatataagcttaagaaaaaataacctctcagggcaatttccttcgttctttaagaactgcaaaaaccttgtttttctggatcttgctgaaaatcaattctctgggacactgcctgaatggattggggaaaaattaccttctttggtattcttacggctgcgttctaatagctttagtggtcatattccaattgaacttaccagtctggcgggtcttcaaatatttagaccttgcacataa
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| Protein seq | MIAPTLLAQRATATAILVFFFVSLAQSASSFHPANTTTRPAVSGSCIPSERKALLTFKDSFWDRAGRLYSWRGEDCCRWKGVRCDNTTEHVVKLDLRNTDDWRYRLSLTTSEMSPSIVDLHHLSTVSTLSHSNLTHLEVLDLTSNWFSSPLARNWFWDLTTLKKLFLYDCAWSGPIPDALGNMSALESIDLHDTDLLGNIPTTMKNLCNLQELNLYNININSFISELMERLPKCSWNKLRKMDLHSANLTGELPTWIGNLASLSYLDLSENMIVGSVPDGMGNLTNLNYLDLSQNMLVGHLPVGMGQLTGLTFLDLSQNLLVGHIPVGIGAFGNLTSLNLGQNSFSGVLTEHHFAALERLEYLNLSRNSLKLDLHEAWIPPFKLTEGYFESCDLGPQFPSWLRWQTGIVFLDISNTSIKDDLPGWFWTILSNAYELYLSSNQLGGALPEKLELPSMQAMDLSDNYLSGKLPANLTVPNLMTLHLHHNQIGGTIPACLCQLRSLRVINLSYNQLTGEIPQCSVDQFGFSFLVIDMKNNNLSGEFPSFLQNAGWLLFLDLSYNKLSGNVPTWIAQRMPYLEVLILRSNMFCGNLSNQLNKLDQLHFLDVAHNNISGSIYSSIRSLTAMKYSHTSGLDNYTGASISMSIKDQELNYTFQSTNNIMLIDMSYNSFTGPIPRELTLLKGLQSLNLSGNQLSGTIPNDIGILRRLESLDLSYNDLVGEIPSSLSDLTFLSCLNLSYNNLSGRIPSGQQLQTLNNLYMYIGNPGLCGLPLSTNCSTNRTNKIVQNEHDDASHDTTYLYISTSAGFVVGLWIVFCTILFKKSWRIAYFQFFDQIYDKIYVQAAISKAVLIRKFLCIHVLIALALLLFTPIISKEASASANSTGGCIPSERSALISFKSGLLDPGNLLSSWEGDDCFQWNGVWCNNETGHIVELNLPGGSCNILPPWVPLEPGLGGSIGPSLLGLKQLEHLDLSCNNFSGTLPEFLGSLHNLRSLDLSWSTFVGTVPPQLGNLSNLRYFSLGSNDNSSLYSTDVSWLSRLSSLEHLDMSLVNLSAVVDWVSVVNKLPSLRFLRLFGCQLSSTVDSVPNNNLTSLETLDLSLNNFNKRIAPNWFWDLTSLKLLDISDSGFYGPFPNEIGNMTSIVDIDLSVNNLVGMIPFNLKNLCNLEKFNVAGTNINGNITEIFNRLPRCSWNKLQVLFLPDCNLTGSLPTTLEPLSNLSMLELGNNNITGPIPLWIGELSNLTMLGLSSNNLDGVIHEGHLSGLESLDLLILSDNNHIAIKVNSTWVPSFKQITDIELRSCQLGPKFPTWLRYLTDVYNLDISNTSISDKVPDWFWKAASSVTHLNMRNNQIAGALPSTLEYMRTIVMDLSSNKFSGLIPKLPVSLTSLDFSKNNLSGPLPSDIGASALVSLVLYGNSLSGSIPSYLCKMHSLELLDISRNKITGPISDCAIDSSSANYTCTNIINISLRKNNLSGQFPSFFKNCKNLVFLDLAENQFSGTLPEWIGEKLPSLVFLRLRSNSFSGHIPIELTSLAGLQIFRPCT
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.050005 | 0.167608 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_01g0601700 | RBH | 0.294044 | 0.0 | 1.347924 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os01g41780 | SBH | 0.188767 | 0.0 | 0.329391 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os01g0601700 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_01g0012610 | SBH | 3.314848 | 19.322317 | 18.064363 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_01g0023870 | RBH | 0.0 | 0.871613 | 0.333286 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_01g0024360 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_01g0023540 | SBH | 0.025093 | 0.039633 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_01g0012200 | SBH | 16.795937 | 24.858669 | 37.170464 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_01G0567200 | SBH | 27.6827515 | 138.289467 | 124.8638875 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_01g0012130 | SBH | 1.553266 | 1.584764 | 2.542441 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_01G0384700 | SBH | 0.309498 | 0.2416125 | 0.5060555 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_01g0012140 | SBH | 0.391875 | 0.322095 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_01g0036330 | SBH | 1.919805 | 83.656090 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_01g0012120 | SBH | 5.845068 | 31.972692 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_01g0012280 | SBH | 2.698003 | 2.435953 | 4.170121 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_01g0023370 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_01G023570 | SBH | 0.038315 | 0.0 | 0.000000 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_01g0023280 | SBH | 0.000000 | 0.449103 | 0.089174 |
