Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsKYG_07g0001860		OGI:07004740 \| 16/16			KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr07:1508449-1599406		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		RLK, RLCK221, OsRLCK221, YK35, RLCK226, OsRLCK226
DNA seq		TTAGTCGCCGCTGGTTTCCTTAACACACACATCACTAGACACTGACTCTGACCAAGTTGCATCCATCTGCGTGCGACCTGCAACCTGCAAACATGAAACATCATGCTACATATTCATCGAGACAGTAATGCTCAAAAATGGAGAGACGAGTTGAAGGATCAGTCGCATCGAACCAACAGAAATACACACACAAATTAATATCTGTACACATAAATTTCAGGGACTGGAGCTGTCAAAGTTCATCTGCCATCGGTTGTGGCTACAGGGCAATGCCGACTGAAAACTAATTTACGGCCTTTTTAATTCGCGAACGAATATTTCTGACGTGTTCACATCGGATATACGGAGACATATTTAAAGTATTGAACGTGGACTAATAACAAAATAAATTACAGATTTCGCCTGAAAACTACGAGATGAATTTATTAAGCCTAATTAATCCGTTAGTAGCAAATGTTTACTGTAGCATCACATTATCAAATCATGGCGCAATTAGGATTAAAAGATTCGTCTCGCAATTTACATGCAATCTGTGTAATTATTTTTTTATCTATATTTAATACTCCATGGTGAAAATTTTTTGTTTGGAAACTAAACAGGGCCTTATTTTTTTCTTTCTTTCCATTAATTGCTCCCACAATCTGAGCACGAATATTTTCGTTATATTATGTCATGTCAATCACACAACTTGATTCATATCAACAGTGCTTGCACTGCTTATGAACAGTGCTGACAGTGACATGGAAACAGTACCGTGGGATCATTTGTGGAGATCTCACGGTGTTCTTTTTAGATTATGCCTCATATATTATGCGCCTGTTATGTGATTCGTGTCACCCTTTCAAAAAAGTACGATCTCTCTGAAAACTCACTAGGACATCAGTATTGCTCAGATAATTTATTTTAAGCTATTTTTCAGATTTATAATATATAAAATCTGCCAATCACCCGTAAAAAAAAAGTCATTGATCTAAGCCAGAACTAATAAGCAGCAGGCAGCACTCTACTGGTTCCTGAATTTATCTGCTTTTCATAAACTGTAATAATCTGAAAGAATTAACCAACACAGTTTACATCACTGAAACACTGCATCTTGTCACTGAAGGTATTCATCCTCGTGTCCTTATGGGCCGTAATGTTATTGCCATGCCTTGGCCCTTGTGGCTTGCTCATGGGCCACATAATCAGGGACCATTTGGGCTGGCGAAATAGGCTCAAAATGGGCCAAGATATGTTAATTTCTTTGGGCTGATCTCATCAGGCCCAATTCAATTTCAGCCTATGTTAGGTGGTGCCAATCCAATAACATTGGTATGATTAGAATGCTCAATCAACAAGAATCTGTCTCAACTATTTCTACTTGTAAATGGAAACATATAATCACAGCCGAGGAAAACTAGAGTTGATTTCAATTTGATTGTAACTAATAACATAGCATCCATTTTGCAATAGTTAAAAAAAAATCAAACCTGCCAATTACAGCATGAATTTGCAATAACATCAAACACTAGCAGTGTCATCGTCTACCTCGGGTGAGGTTTCAATGCTCACCACCGACGACAAAGACAGACATGGCAAGACATACGAGTCGAAGCCTTGGCCCTGCATGAGAGCCACCATGTTGAACTTCAGCTCCGACGGTGCCAACTCTGGCAGCGGCGCGTCGCCGTCGAGGTATCTCTGGACTTGACTCATGGTAGGCCTTTCCATGGCGATTGGGTGAGAACACAATAGACCTAGCTTCAGCACTAGACATGCCTCATCAACATTGTAGTTGCCCTGCAATCTTTTGTCTACTGTCTCAGGCAGTAATCCTTTCTGCCAGTGCTCAAGGACCCAATCAACCAGCATTGGGGGTTGATTATCTTGTTGATTGTTGTTGAGTGGCCTTTGTCCACAAGTGACTTCGAGAAGGAATACGCCAAAGGCAAATATGTCTGTGGCAGGAGATGCCTTGCCTGTGAACACTAGCTCTGGGGCTAGGTACCCCATTGTGCCTACCAGGTGCGTAGTTTGTGGGTCGGTTCCGTGGTCATATAATCTTGAGAGGCCAAAGTCACCTAATCGTGCATTCATATCTTTATCAAGAAGCACGTTGCTTGCCTTGATATCTCGGTGGATTACAATCTTCCCCCATTTCTCATGGAGGTAGAGTAGTCCTGACGTGACACCTTTGACAATGTTAAATCTCTGTGCCCAATCCAATGTTGGCTCGGTCAAATCACAATACAAATAGTTGTCAAGGCTACCGTTTGACATATAGTCATAGACCAGAAGGAGTTCACCTTTCCTCCTACAATAACCGAGCAACTGCACAAGGTTTCGGTGTCGAAGTTGACCGATACTGACAATCTCAGCAACAAACTCCTTCATACCTTGGCTCGACTCATGCGAAACACACTTCACGGCAACCACTTGTTTAGACACCGGAAGCACTCCCTTATACACCTTCCCAAATCCTCCGACACCAAGTAAGTTCTTATCCTTAAATCCTTCAGTGGCATCATACAGAACCTTGTATGAGAAACGATGCGGACCAAACTCAACCTCCCAATCTTCTTGAATCTCTGTGTACTTGAGTCGCCTCCGTACACAGAGAACAAGGAGAACACCAACAAGGAAAATCAATACAGCGGTTGCCACTGGTGATATGATTACCAAGATCCTAGAAGAATGGGACTTCTTGCTGCCAAGATTTGGCAGCTTGGGCAACCTGGAGACATCAATAGCTTGAGCAGGGCCATTCATCCTAAAGCTCCATCCAAGAACACAGTGTTTTGTGTTGACTACACCTCCAGTTGCAGCTGAGAAACCGATGTAGGCTGAATCTGCAACCACCGTTGAGAGGTCGTAGGTGACAGACAGTAGAGGTCTCTTGGGCTTGGCCAATCTGGCAGGAGCCAAGGTGACACTAATCTTCTTGGCATCACCATCATAATCAAACCAAACTTGCATTGCCTCATGGATGACAAGAGTAAGGTTCCTGAAGATGCCACTCCTGTCTTCATAGAAACCAGCATAGTGTGCATCCAAGGACTTCATGCTGTTGACATTGATCCCTACATGGTTGTCATCCATGTCTTGGAACTCCTTGTTTTGGAAGGTGTCGAGCTCGACGGCGAACAAATCGTTGCTTCTATTGCCATTGTTTTGGTTGTTGAGGAGGCCCAAATATTGTGCAGGCAATGATGCATCAGAGAAGTTCTTGCTTGGTGCTATGAAGAAGGCCATGCCATCGTTGCTCCGATTGGCATATTTTTGGAGGATGCTGAACACAAATGAAACCGAGAAAGATTGTACCATGTCGTTTGGCGACTTGCGAAAGCGCAACGGAGTTGGGTAGAACGCATGGCCTTCGATATTATTCGCGCCATTGGTGAGCTCAAGGAGCCCATCTTCGGTGATGGTGGCGGTGCCATCAACGACGAGGTTGCTGCCGGTGAAGCCGGAGAAGACAAACTGGTGCTCACTAGAAGTGACAAAGGATACAAGGCAAAGGAAGAGAAGAAAGGTGTATTTCATGGCAGGTGATGGAATGGGCTGTGAATTGAATTGCAGCAAATCAACAATGAACAATTAGAACTGCAGGGCAGCAATGTCTAGTTAGCTATTGTAATAGTTAGTGCAGAGAAAGTGACATTGTGAGCTACTGTATATAGTTTTGAGTTTTCTCCAGCATGCATTACAGACTTGAATTATTGAAACTTCCTCTCCCAAAAAGGTCAAAGTATAGTCTGGTAGCATCTAGCTTGGTCAAATTATATTTCGTGCACCTAACGAACATAATTAATTGCCACACGAAACTTCGTAGGAAAATTCCTTGTATGAAACATGTTGACGCCATGTTTGTACACATTCAAACTGGTTTACAGACATGTATATTAATACGTTCGTATTTTTTTTTTGGAAGTAACTTGTTTTTATTTCTTCTGTACCTAGCAGCTTGTCGGCAACAAATCTTCAATGCTTTATATGAGAGATTTTATGGTCCTCTTAAGTACCATGGCTATAGGTACTAAAATTATACACTAAAATTTTAATACCTCGAGATCGATAACCTAGTTTCTGTAGGTATCAAGTTTTGTATAAAATAATATGATACCTTTCGGTATTTTTTTTAAGGATGTTATAATTACCCATATAATATAGTTATATGAAAGATTTTTAATGAAAAATATGCTAATATCATTCTTACATATCAAATCTTAATATAGGTCTATATTTTGGTAATGTAAGATTTCAATATTTCACTACGTATATCTAAAAGGAAAAGTACTAATTACCCCCCTCCTGACTATCGCAGTCGACCAAATTACCCTCCCTAAACCCAAAAACCAGACATAGTTAACCCTAGACTTTTAATACCGGACAAATTACCCCTATCGACCCAATCCAGAACAGTTTTATCCTACGTGGTATTCCAATCACCATTTTGTTTATAAAAAAAAATGTGGGACCCACATGTCATACTCCTCTTCCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCACGGGTCGGCGGTGGGCGGCGCTGCGGGACGCGGAGGCGGTGGGTGACAAGGCACCGGTGGCGGCACGGGAGGCGGCGGCGACGGCGGGTGATGCGGGACGCAGAGGCGACAACGGCGGTCACGACGAGTAGCCGCCCCCTCGACGCGGGGACAGACAGAGGCAGGGTCGGGCCGCGGGTGGTGGGCGGGCGTGGACGGCGGACGCGGAGGCGGCACACACGGTGCCGCGGAGACCCTCCTGCGCCGGAGGGAGTTCGCCGAAGTTCTCTCCCGCTCCCTCACGAAGTTCGCCGCTCCCTCCTCTGTGTCCCGCCCCCATCACCGCTGCCTCCGCGTGAGAGAGAGGAAGAGTGAGTGAGTGAGAGAGAGAATGTGTGATCGATAGAGCAAGAGGAGTATGACATGTGGGTCTCACATTAAAGGAAAAAGTACGAATTACCCCCCCCCCCCGAACTATCGCGGTCGTCCGAATTACCCC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Function		L-type lectin-domain containing receptor kinase SIT2 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XUN6]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
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Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsKYG_07g0001860	OsKYG_07g0001860.04	Chr07	1553099	1555343	-	IsoSeq
CDS seq	AAAGGAACATGGCTTATGAAGTGCTCCACCCATGCATCTTCCTTGATCTTTTTGTTCAGGTTAGGCAAACATCTCACACAAAGTTTTTCTTTCTTTTCTTACTCGTTTCCTTTGGCATCAACTGTGCATCCTTCACCAATACAAGTGATGATCAACTCTTATACCTTGGGTTCACTGGTGCCAACCTCATCACTGATGATACTA More
Protein seq	KGTWLMKCSTHASSLIFLFRLGKHLTQSFSFFSYSFPLASTVHPSPIQVMINSYTLGSLVPTSSLMIL

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.094928	0.222106	None

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_07g0130800	SBH	0.533374	2.904041	1.312328
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os07g03870	RBH	0.369199	1.273551	0.271880
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os07g0262800	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_07g0001860	RBH	0.794274	0.468260	0.961358
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_07g0001920	RBH	0.0	0.0	0.0
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_07g0009620	RBH	0.268931	0.0	0.0
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_07g0001820	RBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_07g0001800	SBH	6.989861	2.384900	3.853860
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_07G0164400	RBH	0	0	0.0996465
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_07g0001980	RBH	0.043071	0.0	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_07G0025000	SBH	0.2704165	0.0333525	0.0345305
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_07g0001840	RBH	0.053163	0.000000	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_07g0001950	RBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_07g0010350	RBH	3.378243	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_07g0002020	RBH	0.0	0.0	0.154711
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_07g0001940	RBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_07G001980	RBH	0.155308	0.000000	0.175752
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_07g0009520	RBH	0.700873	0.0	0.456670

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