Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsCMeo_11g0004900 | OGI:11010520 | 16/16 | CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr11:3582233-3614095 | ||||||||
| Gene Symbol | RLCK354, OsRLCK354 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MISIANNRLQGHLPSSLGNLSSQLGMLHLGGNQISGVLPSDIENLSSLTYFRIDTNEITGVLPEWLGSLKHLQVLGLFNNNFTGFIPPSLSNLSQLCFPQQSSRWTTSCGNAKQLSKLSLASNKLSGDIPNTLGDFESLEYIDLSWNNFTGIIPASIGKITSLEVLKFSHNNLTGPIPSLLGDLHFLEQLDLSFNHLKGEVPMKGIFQNVTALSIGGNEGLCGGSRELHLLACPVISLVSSKHKKSILLKILIPVACLVSLAMVISIFFTWRGKRKRESLSLPSFGTNFPNFSYNNLFKATEGFSSSNLIGKGRYSYVYVGKLFQDNIVAVKVFSLETRGAHKSFMAECNALRNVRHRNLLPILTACSSIDSEGNDFKALVYEFMSQGDLHKFLYTTRDDINLSNLNHITLAQRIKCSHGGQVSTASDVYSFGVVVLEIFIRRRPTDDMFKDGLSIAKYAEINFPDRILEIVDPQLQLELDGQETPMAVKEKGLHYLHSVLNIGLCCTKMTPRGSCQAAWNQRCISQGKLKKQCSYLNDAMALTATKMKQPTMATRLAAGCTLSLELVMKITAIGLFLLVLIASCPVQIFCSSSYGNETDKLSLLEFKKAISLDPQQALISWNDTNHFCSWEGVLCRKKTPLRVISLDLSNRGLDGQISPSLANLTFLKFLYLDTNSFTGEIPLSLGHLHHLQTLYLSNNTLEGRIPDFTNCSSLEILLLNGNHLAGQLNNSFPSQLQNLILAENNLTGTIPSSLANITGLRGLSFMSNNIKGNIPNEFSKFVMMELLAVSGNMLSGRFPQPILNLSTLTNLYLTLNHLSGEVPSDLLDSLPNLQELLLGHNFFRGHIPLSLGNTSNLRLLDISNNNFTGIEISSGFFPSGIEHLSDLNSLGLDNNELTVIPSSVSNLSQLAVLGLYSNKLEGHIPSFVNLQMLQLLVISSNNLHVSIPKEIFSIPSIIAIDLSFNNLDGQLPTEIGNAKQLVSLGLSSNKLFGDIPNRLRKLDFTANNIKGNIPNEFSNFLMMEILLLGGNMLTGRFPQAILNLSTLTNLHLSFNHLSGELPSNFLYSLPNLQVLALDYNFFQGHIPSSLGNDSNIRVLDISRGNAISESFPSGIEHLSNLIALSVGTNDFTGTLPEWLGNLKQLQMLSLYDNYFTGFIPSSLSNLSQLVALTLQFNKLDGQIPSLGNQLQMLQIFNVLYNNLHGVIPNAIFSLPSLIQVDLSYNNLHGQLPIDIGNAKQLVSLKLSSNKLSGDILNALGDCESLEVIRLDRNNFSGSIPISLGNISSLRVLNLSLNNLTGSIPVSLSNLQYLEKLNLSFNHLKVEIPAKGIFKNATSFQIDGNQGLCGGPPALHLTTCPIVPLVSSKHNNLILLKVMIPLACMVSLATVISIIFIWRAKLKRESVSLPFFGSNFPRISYNALFKATEGFSTSSLIGRGRYGSVFVGKLFQENNVVAVKVFSLETRGAGKSFIAECNALRNVRHRNIVPILTACSSIDSKGNDFKALVYEFMSQGDLYNLLYTTRHDSNSSKLNHISLAQRTSIVLDVSSALEYLHHNNQGTIVHCDLNPSNILLDKNMIAHVGDFGLARFKIDSSSPSLGDSNLTSSLATRGTIGYIAPECSEGGQVSTASDVFSFGVVLLELFIRRRPIDDMFKDGLSIAKHVEMNFPDRILEIVDPQVQHELDLCQETPMAVKEKGIHCLRSVLNIGLCCTNPTPIQIMCTSLYGNETDQLSLIEFKKAISLDPQQALMSWNDSTYFCSWEGVLCRVKTPHRLISLNLTNQGLVGQISPSLGNLTFLKFLFLDTNSFTGEIPLSLGHLHHLRTIYLSNNTLEGAIPDFTNCSSLKALWLNGNHLVGQLINNFPPKLQVLTLASNNFTGTIPSSFANITELRNLNFASNNIKGNIPNEFSNFLMMEILILGGNMLTGRFPQAILNISTLIDLFLNFNHLSGEVPSNILYSLPNLQVLALDFNFLQGHIPSSLVNASNLRVLDISSNNFTGVVPSSIGKLSKLYWLSLEGNQLQTHKKEDWEFMNSLANCTRLQIFSMAYNRLEGHLPSSLSNFSTHLQRLHLYGNEISGFLPSGIEHLSNLIDLSLGTNDFTGTLPEWLGNLKQLQMLGLYENYFIGFIPSSLSNLSQLVYLGLHFNKFDGHIPSLGNLQMLEVLNISNNNLHCIIPTEIFSIMSIVQIDLSFNNLHRKFSTDIGNAKQLISLELSSNKLSGDIPNALGNCESLEYIMLGINSFSGSIPISLGNISNLKVLNLSHNNLTWSIPASLSNLQYLEQLDLSFNHLNGEVPVEGIFKNATAFQMDGNQGLCGGLPELHLPACPTVLLVTSKNKNSVILKLVIPLACMVSLALAISIYFIGRGKRKKKSISFPSLGRKFPKVSFNDLSNATDRFSTANLIGRGRFGSVYQAKLFQDNIVVAVKVFNLETSGSQESFIAECNALRNLRHRNLVPIFTLCGSIDAEGNDFKALVYELMPRGDLHKLLYSTGDDGDASNLNHITLA |
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| Function | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase EFR [UniProtKB/Swiss-Prot:C0LGT6] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_11g0004900 | OsCMeo_11g0004900.01 | Chr11 | 3582233 | 3586131 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgatggttattacaactggaaagattatcttgattttcttagcttgcactgcacatgtcgtcacctgcagttccttatatggaaacgagacagatcgagtggcactgcttgaattcaagcaggcagtccgtcttgatccaaaacaaaccttgatgtcctggaatgacagcatccacttttgcaattgggaaggcatcttgtgcagcttgaggattccatatcgtgtcacttctcttaatcttacaaatcgaggtttagtagggcaaatctctccttcacttggaaacctcacatttctatcaattctatcccttacagagaattcatttagtggacaaatccctgcatcccttggccacttgaaccacctccaaactctctggttgagtaacaacactctgcaaggagttataccagattttacaaattgttccagtatgaaggctctacggctgaatggcaataatctagttggaaaatttccgcagctgcctcatcgccttcaaagtctgcaactttcatacaatcatcttagtggaaccattcctgcttctcttgctaatatcacaaggctaaatgtgcttacctgcacatataataacatccagggcgatatcccacatgagatcggaaagttatccagcctgcaattcttgtatgtaggtgcaaataagttggttggcaggtttccacaagccatcttaaacctttctactcttattggtcttagccttgggtttaataatctaactggagaggcaccatccaatcttggtaattgtctacccaaccttcagctacttgaattagaagacaactgctttcaagggcaaatcccctcttcgttgataaatgcttccaagctatatcgtcttgagctagcaagcaataacttcaccggtgtggtgcctagatccattggcaaactaaccaagctatcttggttaaatcttcagtccaataaacttcaagctcgtaacaagcaagattgggagtttcttgacagcttagccaactgcactgagctgaaagctttctcgatagctagtaatcatctagaaggacatgtgccaacttcattaggtaacctttctgttcagcttgtacaattgtttttgagtggaaatcaattatcaggtggttttccttctggcatagcaaaccttccaaacctgatttatattggactggacaacaaccagtttactggtgcagtcccaaaatggcttggaactctcagtaatttacaacagatattgttacatgagaacatgtttactgggtttattccaacatccctttcaaatttatctgtactgggatctctctggctagactataacaaaattggaggacctttaccagcaagcttgggaaacctgcaaacgcttgaaacattgagcatttcaaacaacaaactccatggtagtgtaccaatggagatcttcagaatcccaacaatacggttaattgatttgtctttcaacaactttgatgggcagcttagtgccagggtaggaaatgctaagcaactcatgtatttatatctttcatccaacaatttatctggagatattcctagttcactgggcaattgtgaaagtttggaaggcatcaaattgggctcgaatattcttagtggaagcattcctacttcattaggcaacataagaagtctgaaagttctcaacttgtctcacaataacttaagtggatcaatacatgctaatcttggaaagttatggctccttgaacaagtagatttgtcatttaacaatctcagcggtgagataccaacagaaggaatattcttgaatgcaactgcagtgcacatcaatggaaatgagggtctttgtggcggggcactcaatttacacctacccacatgttatgtcatgcctttgaattcatctaggagtgaacgatctattttgctgtatttggtgatattatttgctagcctggtgtcagttatattcatatatctattattgctctggaggggaaaacagaagaaaaaatgtacatctttgaccccatttgatagcaaatttcccaaagtttcttacaatgatctcgccaaggcaactgaagggttttcagcatctaatataattggaagaggaatatacagtcatgtttacaaaggggaattgttccaaggcagagatgtggttgctgttaaagttttcagcctggagacagaaggagcagaacatagttttatcacggaatgcaatgctttgagaaaagtgcggcatcgcaatctagttcctatcttaactgtgtgctcaagtctggatactaagggaaatgatttcagagccctggtgtataagttaattccacaaggagacttgtattctctactgcactcaactagagatagtgagaatggtttcacttcgaacatcattacattttctcaaaggctaagcattgttgtggacatagcagatgcattggaatatcttcaccataacaaccaagaaactgttgttcattgtgacataaagcctagcaatattcttctggacaatgatatgaaagcttatgttggagatttcggtcttgcgaggctcaaagctgatgctgcagtaccatctgtcggtgactcaaactcaacttctatgattgcaataaaaggaaccattggatatgttgctcctgagtatgcatctggtggtcaagtttcaactgctgcggatgtttatagctttggaattgttctccttgaagtattcttacggaagggaccgacagatgatatgttcaaggatggtctggatattgcaaaattcgttagtatgaactttcctgacaagatactagatattgttgaccctgtattactacaagacgaactggattgctcaaaggaatctccagttgccatgaaggaaatcttttctgagggtttacattcagtgctaaacattggactttgctgcaccaagcagtccccgtacgagcgcatggacatgcgagaagtggctgcaaagctacatggaacaaggaggcatatctctgaggcaactaggtaa
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| Protein seq | MMVITTGKIILIFLACTAHVVTCSSLYGNETDRVALLEFKQAVRLDPKQTLMSWNDSIHFCNWEGILCSLRIPYRVTSLNLTNRGLVGQISPSLGNLTFLSILSLTENSFSGQIPASLGHLNHLQTLWLSNNTLQGVIPDFTNCSSMKALRLNGNNLVGKFPQLPHRLQSLQLSYNHLSGTIPASLANITRLNVLTCTYNNIQGDIPHEIGKLSSLQFLYVGANKLVGRFPQAILNLSTLIGLSLGFNNLTGEAPSNLGNCLPNLQLLELEDNCFQGQIPSSLINASKLYRLELASNNFTGVVPRSIGKLTKLSWLNLQSNKLQARNKQDWEFLDSLANCTELKAFSIASNHLEGHVPTSLGNLSVQLVQLFLSGNQLSGGFPSGIANLPNLIYIGLDNNQFTGAVPKWLGTLSNLQQILLHENMFTGFIPTSLSNLSVLGSLWLDYNKIGGPLPASLGNLQTLETLSISNNKLHGSVPMEIFRIPTIRLIDLSFNNFDGQLSARVGNAKQLMYLYLSSNNLSGDIPSSLGNCESLEGIKLGSNILSGSIPTSLGNIRSLKVLNLSHNNLSGSIHANLGKLWLLEQVDLSFNNLSGEIPTEGIFLNATAVHINGNEGLCGGALNLHLPTCYVMPLNSSRSERSILLYLVILFASLVSVIFIYLLLLWRGKQKKKCTSLTPFDSKFPKVSYNDLAKATEGFSASNIIGRGIYSHVYKGELFQGRDVVAVKVFSLETEGAEHSFITECNALRKVRHRNLVPILTVCSSLDTKGNDFRALVYKLIPQGDLYSLLHSTRDSENGFTSNIITFSQRLSIVVDIADALEYLHHNNQETVVHCDIKPSNILLDNDMKAYVGDFGLARLKADAAVPSVGDSNSTSMIAIKGTIGYVAPEYASGGQVSTAADVYSFGIVLLEVFLRKGPTDDMFKDGLDIAKFVSMNFPDKILDIVDPVLLQDELDCSKESPVAMKEIFSEGLHSVLNIGLCCTKQSPYERMDMREVAAKLHGTRRHISEATR
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_11g0004900 | OsCMeo_11g0004900.02 | Chr11 | 3589182 | 3614095 | + | NAM | ||
| CDS seq | 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More
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| Protein seq | MISIANNRLQGHLPSSLGNLSSQLGMLHLGGNQISGVLPSDIENLSSLTYFRIDTNEITGVLPEWLGSLKHLQVLGLFNNNFTGFIPPSLSNLSQLCFPQQSSRWTTSCGNAKQLSKLSLASNKLSGDIPNTLGDFESLEYIDLSWNNFTGIIPASIGKITSLEVLKFSHNNLTGPIPSLLGDLHFLEQLDLSFNHLKGEVPMKGIFQNVTALSIGGNEGLCGGSRELHLLACPVISLVSSKHKKSILLKILIPVACLVSLAMVISIFFTWRGKRKRESLSLPSFGTNFPNFSYNNLFKATEGFSSSNLIGKGRYSYVYVGKLFQDNIVAVKVFSLETRGAHKSFMAECNALRNVRHRNLLPILTACSSIDSEGNDFKALVYEFMSQGDLHKFLYTTRDDINLSNLNHITLAQRIKCSHGGQVSTASDVYSFGVVVLEIFIRRRPTDDMFKDGLSIAKYAEINFPDRILEIVDPQLQLELDGQETPMAVKEKGLHYLHSVLNIGLCCTKMTPRGSCQAAWNQRCISQGKLKKQCSYLNDAMALTATKMKQPTMATRLAAGCTLSLELVMKITAIGLFLLVLIASCPVQIFCSSSYGNETDKLSLLEFKKAISLDPQQALISWNDTNHFCSWEGVLCRKKTPLRVISLDLSNRGLDGQISPSLANLTFLKFLYLDTNSFTGEIPLSLGHLHHLQTLYLSNNTLEGRIPDFTNCSSLEILLLNGNHLAGQLNNSFPSQLQNLILAENNLTGTIPSSLANITGLRGLSFMSNNIKGNIPNEFSKFVMMELLAVSGNMLSGRFPQPILNLSTLTNLYLTLNHLSGEVPSDLLDSLPNLQELLLGHNFFRGHIPLSLGNTSNLRLLDISNNNFTGIEISSGFFPSGIEHLSDLNSLGLDNNELTVIPSSVSNLSQLAVLGLYSNKLEGHIPSFVNLQMLQLLVISSNNLHVSIPKEIFSIPSIIAIDLSFNNLDGQLPTEIGNAKQLVSLGLSSNKLFGDIPNRLRKLDFTANNIKGNIPNEFSNFLMMEILLLGGNMLTGRFPQAILNLSTLTNLHLSFNHLSGELPSNFLYSLPNLQVLALDYNFFQGHIPSSLGNDSNIRVLDISRGNAISESFPSGIEHLSNLIALSVGTNDFTGTLPEWLGNLKQLQMLSLYDNYFTGFIPSSLSNLSQLVALTLQFNKLDGQIPSLGNQLQMLQIFNVLYNNLHGVIPNAIFSLPSLIQVDLSYNNLHGQLPIDIGNAKQLVSLKLSSNKLSGDILNALGDCESLEVIRLDRNNFSGSIPISLGNISSLRVLNLSLNNLTGSIPVSLSNLQYLEKLNLSFNHLKVEIPAKGIFKNATSFQIDGNQGLCGGPPALHLTTCPIVPLVSSKHNNLILLKVMIPLACMVSLATVISIIFIWRAKLKRESVSLPFFGSNFPRISYNALFKATEGFSTSSLIGRGRYGSVFVGKLFQENNVVAVKVFSLETRGAGKSFIAECNALRNVRHRNIVPILTACSSIDSKGNDFKALVYEFMSQGDLYNLLYTTRHDSNSSKLNHISLAQRTSIVLDVSSALEYLHHNNQGTIVHCDLNPSNILLDKNMIAHVGDFGLARFKIDSSSPSLGDSNLTSSLATRGTIGYIAPECSEGGQVSTASDVFSFGVVLLELFIRRRPIDDMFKDGLSIAKHVEMNFPDRILEIVDPQVQHELDLCQETPMAVKEKGIHCLRSVLNIGLCCTNPTPIQIMCTSLYGNETDQLSLIEFKKAISLDPQQALMSWNDSTYFCSWEGVLCRVKTPHRLISLNLTNQGLVGQISPSLGNLTFLKFLFLDTNSFTGEIPLSLGHLHHLRTIYLSNNTLEGAIPDFTNCSSLKALWLNGNHLVGQLINNFPPKLQVLTLASNNFTGTIPSSFANITELRNLNFASNNIKGNIPNEFSNFLMMEILILGGNMLTGRFPQAILNISTLIDLFLNFNHLSGEVPSNILYSLPNLQVLALDFNFLQGHIPSSLVNASNLRVLDISSNNFTGVVPSSIGKLSKLYWLSLEGNQLQTHKKEDWEFMNSLANCTRLQIFSMAYNRLEGHLPSSLSNFSTHLQRLHLYGNEISGFLPSGIEHLSNLIDLSLGTNDFTGTLPEWLGNLKQLQMLGLYENYFIGFIPSSLSNLSQLVYLGLHFNKFDGHIPSLGNLQMLEVLNISNNNLHCIIPTEIFSIMSIVQIDLSFNNLHRKFSTDIGNAKQLISLELSSNKLSGDIPNALGNCESLEYIMLGINSFSGSIPISLGNISNLKVLNLSHNNLTWSIPASLSNLQYLEQLDLSFNHLNGEVPVEGIFKNATAFQMDGNQGLCGGLPELHLPACPTVLLVTSKNKNSVILKLVIPLACMVSLALAISIYFIGRGKRKKKSISFPSLGRKFPKVSFNDLSNATDRFSTANLIGRGRFGSVYQAKLFQDNIVVAVKVFNLETSGSQESFIAECNALRNLRHRNLVPIFTLCGSIDAEGNDFKALVYELMPRGDLHKLLYSTGDDGDASNLNHITLA
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.055700 | 1.280922 | 0.881881 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0172300 | RBH | 0.0 | 0.236650 | 1.571608 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g07160 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0172300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0004880 | RBH | 0.073252 | 1.695642 | 1.332235 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0004890 | SBH | 0.042299 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0004950 | RBH | 0.351912 | 0.244407 | 1.702016 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0023840 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0004690 | SBH | 1.542370 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0060700 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0004740 | SBH | 0.672363 | 0.0 | 0.642639 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0061300 | SBH | 0 | 0.0977345 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0004700 | RBH | 0.672407 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0004790 | SBH | 0.000000 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0004800 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0004780 | SBH | 0.152264 | 0.0 | 0.102352 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0004820 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G004890 | SBH | 0.838538 | 0.000000 | 0.368926 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0004770 | SBH | 0.000000 | 2.348453 | 0.000000 |
