Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsAzu_04g0027430 OGI:04093890 | 16/16 Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr04:30544335-30556861
Gene Symbol -
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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
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ATGGCAGAGTCGGTGGCCATCCGCGGTGCACAGTGGGTTGTGAGCAAGGCGCTGAGCCCGCTGTCCGATGGCTTGGTAGAGGCGTGGGCGGCCAGCTCGGCGCTCGGCCCCAACATCGAAGCTCTCAAGACAGAGCTTCTCTACGCACAGGCCATGCTCGACAATGCCCGTGGCAGGGAGATCCGAAGCCATGCTCTGGTGGAGTTGCTGCAGAAGCTACGGCGGCTAGCGTACAACGCCGAGGACGTGCTGGACGAGCTGGACTACTTCCGCATCCAGGACGAGCTCGAAGGCACCTTCGAGACCGTCGACCGTGGGTGCTTCCACGACCTCGTCCGTGATGCACGCCACACAACCAAGGCTGCTGCCAAGCAGCTCGAGTGCACCTCCTGCTTCTCTTCTTCGTCCATGCCAGAACATGGTGGCGCAAGAAGGCGGGTGCTGTGTGGCGCTTGGCTGTGCTGCGGCGCCGATGAGAAACAATCCTGCAAGTGCGCGTGCCAGCTCGTCAACCGTGCTAGCAGCACTGTCCGCGCTGTCGAAAGTTTGAGTGACTATAAGTGGCAAGTTCCAGTTGAGTACCTATCTATTTCTAGCTACCATGGAAGTGGGAAAGCATTGTCACAGGTTCTCTCTCATCTCCCAAAGCTCTCAGAGTTGACTCTTCGGGACTGCAACAAGATTACACGGATGTGTATAGCTGTAGAACAGCAGCAAACAACTGCTGTTGAGCTGGAGGATACACAAGCAGTCGAATCTATTCAGCAGCAGCAAGTAGCAGAGGATCTGGTGGAGGAAGAGGGAGTGGTACCCCAGCTAGCCATGGATCAAGAAGATGACGATGGGATGCTGATCTTCCCAGCACACCTCTCCAACTCTCTACAGCGACTAGATCTCTCCAGTTGCCCGGAGCTTATCCTAGATGTTGCTCGTCCTGTTCTTCCCACCAGCCACGAGGAAGGGACAGGAGGATGGGGGCTCCAATCCCTGCACTCCCTCCAGATACTATATATATGGCATTGCCCCAAGTTTCTCTCCACCTACAATGCCCCAGGCTGCCCTTTCCCGTCCTCCCTGCAATGCCTCAACATTGATGGCTGTATGGAGGGCGTGCAGACCCTGGATTTCATCTCAAACCTCAACTTCCTCACAGAACTACACATCGAAGATTGTGGGGAGGATTTGAGATGCGAGGGTCTGTGGCCTCTCCTCACCCAGGGTCAGCTCAGCGAATTAATAAGAGTCTATGGAACACCCAGATTCTTTGCTGGTTTGGATCCCATACTCGGGGGGCTGCAGGACGGACAAGAGCAGCAGCTTCCTCCTCCTCTTCAGTGTTCCTCCAAGCTGCAGGAGCTCAGGACGGATGACTTTGCAGGTGTCCTCGTGAAGCCCATCTGCAGACTCCTCTCTTCCTCCCTCACCAAGCTAGTCCTTGGATTCAACGGCGAGGTGGAGCGCTTCATGAAGGAGCAAGAGGAGGCCCTTCAGCTCCTCACCTCTCTCCGGGACCTCCAATTTTTGGCATGCAGGAAGTTGCAGTGCCTCCCTGCGGGGCTACATAGACTTACCAGCCTCAAGAGATTAGAGATCGTCAGCTGTCCATCCATCCGGTCGCTGCCCAAGGGTGGCCTCCCCAGTTCACTGCAAGAACTAGATGTCGGATACTGCAACAACGAGAAGCTCAAACAGCGATTTAGATCTGATTATTGGATTGCAAGACAGATGTGGCAGAAACACATCTTTGGAAACCAACAATGTGGCAGTTACGTGCTTGAAGACCATAATTTTCCGCTGCAGCGTTGTACAGGAGTCTTTGGAACACCCAGATTCTTTGCTGGTTTGGATCCCATACTCGGGGGGCTGCAGGACGGACAAGAGCAGCAGCTTTCTCCTCTTCAGTGTTCCTCCAAGCTGCAGGAGCTTCATACGGATGACTTCGCAGGTGTCCACGTGAAGCCCATCTGCAGACTCCTCTCTTCCTCCCTCACCAAGCTAGTCCTTGGATGGAACGACGAGGTGGAGCGTTTCACGAAGGAGCAAGAGGAGGCACTTCAGCTTCTCATCTCCCTCCAGGACCTCCATTTTTGGGGATGCACTAATCTGCAGTGCCTCCCTGCGGGGCTACATAGACTTACCAGCCTCAAGAGATTAGAGATCATCGGCTGTCCATCCATCCGGTCGCTGCCCAAGGGTGGCCTCCCCAGTTCACTGCAAGAACTAGATGTCAGAGCTAGCTGGAACGAGAAGTTCAAACAGCGGTGCAGGAAGCTAAAGGGAACCATCCCAGAAATCATACTAGACTAA

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Protein seq

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OsAzu_04g0027430.03OsAzu_04g0027430.02OsAzu_04g0027430.01AS30544235 bp30546000 bp30549000 bp30552000 bp30555000 bp30558000 bpAll AS eventsIsoSeq based ASRoot based ASLeaf based ASPanicle based AS
Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A3 Chr04 30555839 30555992 + OsAzu_04g0027430.01,OsAzu_04g0027430.02 OsAzu_04g0027430.02,OsAzu_04g0027430.03,OsAzu_04g0027430.01 All
A5 Chr04 30552731 30552843 + OsAzu_04g0027430.03 OsAzu_04g0027430.03,OsAzu_04g0027430.02,OsAzu_04g0027430.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.000000 2.896392 3.144222

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_04g0626500 RBH 1.449855 1.839052 2.533673
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g53496 RBH 0.332108 0.119212 0.141505
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os04g0626500 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_04g0027380 RBH 0.155781 1.581032 1.468144
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_04g0028110 RBH 0.000000 0.000000 0.769872
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_04g0027930 RBH 0.544536 1.443015 6.525374
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_04g0027670 RBH 0.015382 0.066013 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_04g0027950 SBH 1.853218 19.699261 5.510958
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_04G0503000 SBH 1.1102425 2.785596 3.067995
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_04g0026620 RBH 0.066260 0.133214 0.369819
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_04G0507000 SBH 0.2745435 0.2969485 0.9896195
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_04g0027030 RBH 0.000000 0.258998 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_04g0026890 RBH 0.093515 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_04g0026930 RBH 0.0 7.217812 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_04g0027460 RBH 1.428781 3.802756 1.482755
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_04g0027550 RBH 0.406676 3.068031 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_04G026840 RBH 0.173872 1.972238 1.368266
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_04g0026690 SBH 0.0 1.515105 0.351088
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