Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsARC_07g0025160 | OGI:07074680 | 16/16 | ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:26777489-26789793 | ||||||||
| Gene Symbol | qHMS7 ORF1 | ||||||||||
| DNA seq | atgtcccacatcttgtcacgccctttcgatctcctgggtgcgcacatatgcgaattctccgcccaattccgcatcttccccgatgctctaacgccgccacctgatctcctgccccgatgcaccgcctcatctcttctccctctctcatggcatctgcagcggctagctggtggtcaccattgcttgctcgaggaggacctgtccgtcgtgtttccggtgtgttttcttgtcactcgacgatttcaatcctgactgatggtaccatcttatttattttagatgttgactaggtaggtgtctgtgcgttgcaacgggtaaaaaatatacaccaatttaaaatcacaaagtaaaatgatgttgaataattaaatttgttaggatgaaaaccttattattgcacgaacaataatttcatcacatccttataagttttcacaggttagtaatacaaacagccaaaaaattcaagaatagaatggcacaataggtctcttagggcacgttcaacggttgagcccgccatggactcttgaataggctatgtcagagaaaaacaatagttctataaagggaaagcgtctctccactaatatgcagtaattaaatttttgtagcaatggtgccgtaattttctgcattttggatctaaatacgtgacttttcttgaagatggactatacaacggccattggttatctcgtctgctcgtgtttatctcattgtgagccgatgtcaggccgattgcatgcaaaacatcgatgcatctccattcttttttctctctcttccacatcatcaaacctgcttccatggcaataaagagagcccactaattaatacctttgtacatgccctagtacctcctggccctcttccatagatcctgcacgcacaaataaatgaagaataactgtgcagtaatgcaggaagtaaattaagctgaatcaagttgtatagatgagataggtttatttaaaccatcaagattaatatttgtagcatcatggttgcatgatcttccaaattcaacctgtagcttcgatcgaaaccaaacctgtacaaatggtcttcccagttaaagaaatttcaggctgtgctacttatttcaaactgaaaatttccaacctttgaaaaatatactaatttaaatgagacaaccgatttaagtggttcatagctagaaacaccataccttgatttttcctaataattatgtaatagactaatagttaacagattgagccacaaaactctattgtaataaattgctagattccccaaatttaatcactaagtgcattagttacttgtaacggactcaatttcaggggaaaaatttttgcgaaatattttagttgcactcttctcaattcttcttttgaagtgatcttgccttctcttaatttcttttaacttggatttagactttatttgcaaagttaatcgcgctcttttaaattttgcaaaacatttctattattttctttaatctctaactttggctctagattatttttcctttgaatccattcccgaacatctccaacaaatactatttcaattcccactcaaccatctctagagtacaggaaatgttgatacctttcctttggacccccaaatatttcccctttgaaatcacgttcatctaaattatccattcaagattttaaagtctactatttagcttgggccaataattcccgattgaccggactctttgttatattccattaaccattttatccttgggactaaaccagtataatttcctttttgctggaatttattctagatcaaacccttgatctagacctatctttagaaatccttgttctctttcatacaacaccttccacaaactcctctagatgttccacttcttctatctataaattaaaccgccagtttgattcccaaggtttgattctttctagcacaagaataatatttctagaataattgttcttgtgctaataaaccttttcaatccctcctattcaaaaggtccaaatctcctttaaaacctatttaaaaccctcccgtcaaaattcccttagttttcaattccttaaattctatttaaatttcttgtccaaaattcaaaaggttcacaaatatcttcctttataatttttcccctttgaattctagtcaaattcaaaaagtccacaaacatttcttcctatagatttcatctcctttgaattccattcaaaatcctctacacaaaaattccaaaggtttctattcaaatcgggctgaaattcctttttcttctcccctcagcccatctccctcctcagcccaagcgacccagccccagctgagccgcctccttcctcttccctgtgggcctgccgccgccgccgtctgcaaccacagcgtcgtcgccgtctcgccccttccagatgtgccgccgccgacgccgtgctcctcttctccacgccaccgtcaccgtggccaagtcgccgactgccttcgcaaccgtcattcgccaccgcctctcaccgcctatataagaagacgaaccccctccattttccacacatcaatcgagctcttcgagctctgcctctctctctcctgccatgtccggctgccacctaccgtcggccgatctccctcaccggaattccactaattaaatccttgcgccatcgggtttgcctcgacgaggtgaactcattttcctagtttccccttcctttacccttccgaaaccaaccaccacagccacctcctcttgttgccagagctatactcttgcctgcgccgttccggccatctccttcactccctttgccaaccaccgacttccccggatgcgcatcgttcgggaacaccatcctctaccggcgcagtcatatcttagccaccacagcatcggcgcccttcctctcctcctctcggttccctggctaacagagaggaagaaaacgaagcaaggagagaagaacaggaggaagaagaagagacatatgacatgcgggccccacttctataaagtaaatctttttcctttaatttccatttcaatcttcaagcacccatgtctctccaaccacagatccaatcccagtgagaccttgacctaaattcttctaatttcaaactcttttgttttgatatcaaattcctattttaaaattttatttaaatttctttatttgaatacctttttaatttaaacctatttgatttatcttaaatacctttaattttaaatttcttattttatttaaaaaccttttccttatttatttatttatttatttactttctaattttaaattattttaattaacctttaaaaattattttacatccctttaattttaaatttcttgttttatttaaaaacctttttaaattttaattatcctttagtttctttaaatacccttttctttaccattttaaattttatttatttaatctatttaaaacccctttttaatttaaattcctttgatttatttaaataccctttttatttctaaatcattcccataccatcccttagccactaaaaatccgccgatagaactttacgccttccatggagacgttcgtgtggtctcaaaccccgatgtcaaaccgttggtcgtaaatcccggcataacctaatcctaaggtcgaagtgttgctcttcgcaccctacgcctcaacgcgtacagtggtgagagcctcactactccctcgacctctacagcatgccacacactagctttcggattctgtgcgatccaagccgctctgctgccactcacggctgtagggtaacactttccacccacaaacctacataaaccctcccaactctctagtcgttgtgccacttgattgtagcatcgactagatgggccgatatttagccgttatgccttaacatcggctaaccactccaaatatctagccgttgtgctgcgttactctaggaccgactagaaaaccaaatccaccaaataaaccctacctatccattctatcctttctttgtttttatttgattcccaacctatagaaaccaaaaacctctcttttgttttcaaattaaaatttattttgaactcattcctttttcctctcgcctcgctccaattttatttattccttggctttatcatttctttgtagcaatttgcttataggctttatttgttatcttttcgtattcgtacattagaccgtacagtaagttttatcagcatccaaggagctgatgtggacccagatggctacgctgaagccgcgggaaatcttaaggcgcaaggcaagacataactaaaattttgatcatatagaaaccttgatataatcttcatatttaaatttgatgcatgatatttactcttttaacatctcataggtagatgttatacttcagaataacattgtgttattctggtaattattaatgctttctgcattgttacatgaggttattgaaagatgcattggacatcattgtatgtggtttattattcaaatatctttacaaacttaggaatccggttaaaatgggcatttatgaattgagtttgtgaatattgtgattatgaatgttgttgaatgatgaagacggtgtggggagtttggaaagttttgggtggtttaaccggattataattacccccttataccatggaaatgacatagttgcgtccatccacacgatcaagtaattggacttagccaagtacattgtcccactacatgaaagactgttgggtagctctatgagcagttttggggtgaacttgcgtaccttgcctaggcctggcaagagttcgaccactatgatgaaccaagaccccactgtgcagtaactagtagtaagtgggaccttcgaacagctctggtgtcctcagccttgcaaactgttgacatcgggtgggtaaagctggacagtctttgtagaggtgaattaaatcattcgaatgtaccgtgctcccggttctggagttgtgtcatcagggtgattcctactcctgaagtataagtagttttaaaaattaaaatgttgaagataaagatgatttatggttttattattcctttactttattattgttttatttattcatatctcttcacctttaattgtttataatatgtcttgctgagtacataagtactcactcttgcataatttaacatatagaggatcgtgctaaccagaagaccagaggatagcgaaatctacagcaacgatgagtttatctaggctagtctacactcgagcttttgcctgtggattttctttggagtttattaattgtagttttagtagttgaagaatttaggagtttagtagtctagaactttggattttcttgtacttcaaatatggatatattagtttggatcttttcaccctttaacagttgtataattagcttgtatgaacaaatttgtataattactcgaaagttgttctgtatatcaatctgtgcgtgatcgaaatcctcgacgatcacgagtggatttcggggcaccaagcctaaattggatgtcccgacattactgaagatggcaaaggacccgcctttcttagagaggaaataatggatctagaaagaaaaggctagcagcctgagccaacggtatcatcatacagtagaaaaaacatgaagagcaaactgactgctacactatcaaagcactaccacatctgcaaattcagatgaagagtttagattatcaaaaattgtgaagactactctttatctggcaaaaaacacagcatatttatggtatgttgcagttcctaacagaccatcaatcagtacaatctcaattttgcctaaatcttaatgtcgtcttttatggactttttactgcacgtacagatttaaatcaagtgagattcaatgtcaataaccatgattccaggcatcatttttacagcttcgtacatcgacagagtgcaccaattcatgagcaccgcgttcaaaggaattaagtggcaaatcataggcatgtagtggattgaaggaaaaaaatgactctaaatggtgcatgatacatattcatatatttatcaattgatgtatactttaatgatagattttcttgggaacctcggaacatgaccaccatcagtcaagtaaaaggggacgagtctagtaaaccatacaggcggcttccatcctaggagaagaagcatactgcgatcactcaaggtttgaaaaccattgacaccagggccacaattgtatcggccgtattggcaatcggctccatcaacctcgatcaactcacacttcgttttcagccgatacaacatccaaccgatgcgtggtccgactccaaatcctactcgattcaacaccaaatccacttcgattttctcccttctttcgttgttaacgttgttaacgcttagatgtcagctgcacacacaaaataataaaaaatgatatgtcagctgcacacacaaaataataaaaaatgatgaggcccatgcggccccaatgtcatcctcactactccccttctctctccttgcaagaagacgggcacagcggcgggacggagcgggcggccggagagggccagcggagcggggagggtggcagtgcccgctctactcccctctctcttcccttttcggcatgtgggtggtggagggcgcagaacggtgaggtggagcggcgacggctagagtaggtcggcggagtggagcgggacgaacgacggccgacggcaggcggggtgaagcgctggcagacgccggagagatgggcgcggcggggccaacgggcggaggaagttcaacgagctgtgggccttccccttctctccacaagctaccgctgtcggtggtgaacccttgttcgcagtaaggaggaagaagaagggatcaggtctccgcgcgcggcgccgctttgtagcggagtcagcctccactgcgcgccgcacgaccgccatcgtcacgggcgtcgtcttctcgctgtcctcctcatcgtcgtccccttcgacgccgtcctcccagttggcatcgcgggcccgatctggcgaggtggtggtgggaggcctaggcgagggggtggaagcaaatgtggccggggaggtcgaggaaggcacagaaagagtcgccggggagtgtgtagtgggcgtagaaggcgaggaggtggtaggtgatgaagccaatgagtgcgtgggaggcggcgttggaggactccggaggctacaaagaggagcaggacgaggatgcggtcggtcatggcagcgggcaacgacaatccaccaactccactccatccccgccaacatccagatctgccggcccgagctcccggcgtcgggatcctctttggcgtccgttgcggcgcgctcactaccgcctgcatgtacctcgtgtggtatgtcctcaccggcgccgacgccgcgccctccccctacggcgttgaggacgaggaggcgccgtctccgcctcgtccctctatgcgcgcgcttgccggtggagagaggagacaaaggtagaggatgtgggtcccactattttatcttcttgattgacttatgggccaattttttaatttttaattttgcccttttttgttggatcaaactgcaacgttagcgcaacgtcaataccacgtaggataaatatctagtcaaaggagccacatagacgcgtcgtaatccgaaaccaagcaacaatactgccgagggatcttgtttgcactgttttgtaagttgggggatgcgttgtatccggttttgcggttcagggatgaatttcggactcggagataaattgagggacatatcatgaacttattcctttagctgaccaagtccaaccaggggcaattatgtccatccacatgatgcaggtgaggcaaaaatatccttaccgaaacccgtcttctgatgatgacagaattccccacgcaacacacaccacggctattccccctccctacccccgccgcctccccgtccgccgccgcgatgcgaattctccgccccattccgcgtcttccccgacgctctaacgccgccacctctcctgccccgatgcaccggctgatctcttctccctctttcatggcatctgcagcggctagctggtggtcaccattgcttgctcgtggaggacccgtccgtcgtgtttcccggtgtgttttcttgtgctgatgctaaagtctgcacctttacttggttattactacagttttggcatgattttcgtaggcagattccttgttctaatgctaaagtttgcgtcttttgccacagtttttggatctgcgatcaactttgggttttgttttcatttgttcgaaggtagatgcggaaaataagtttctttaaactaattcgaaacaaagacaaaggagatcgagaaaaaaaatttagaaatcgttatctcaggcttaggttaaaaaaaaatagaaatcgattatcgatttcagggttagataatgtcacttcacgatttcaatcctgactgatggtaccatcttatttattttagatgttgatattgggtctctcattctctttaatgatagatttccttgggaacctcggaacatcaccaccatcagtcgagtaaaaggcgacgagtcatacaggcggcttccatcccaggaaaagaatcatactgcgatcactcaaggtatgaaaaccattgacaccaggggcacaatcttggaggttagagctggagatgagaaaagtaataaagatgcggcgtcctcagaggttttatatgtcaaatatgatatactggggcaaagtgcgaagcatgatggctgtgatgcggaggaccgaaggagtgaaacagaggaacatgtggggggaatagttgtcagtgaggaggatgaagttcttgatcctgaagaatatactgtgaacaatatacttccaaaaagtagacaccgtgatggctctatatatatggacatcatggacacaccgtggaaaaaggagtttcatattgcagaccgtaatgagagtaagctatcttttctctatctttatttgctatagtattttttattagagataatttgtttccttgaacatagcgaatctttttccatatctataaataatttattgtgatcctagagatcattgtatatgtggtgctatgcagcactgccagaattttacccgccttacactcttttcagctatgagataattgtactggaggtccttaaacgtggaggagagtaacacttccaccccaagccttgtactttacttttactggcccttcagcttagcaccatttgcatacatagcaatctgcgccacagcctgatgggagggactgaggttgcatgtagagttctgatgacatggattaggaccttattccatgccatttaattacataaatgtccaaagtactttatccctgaactttgcaacacggtgatcacacagcctttgagcatgtatttcaatggcagaatacacaagaaaatgacaactataagtgcaaataataatctaaatatgacatctacactgttgtaattgccattaggtttaaattctccatacatgcagccacaaactgtcagtaatacaacttttccaagcatgcaaggagcaacaacaagcaataacagaaagtactcaggcagttcacatactatatacccctgtttaacatgaggagtgggttgccagtttccaaaatgtagaccacttcccaaaacatgtacttagctagcaaaattgtacttggttttctgtagaggtaaaaggctggtacaggaaagaatatacctggttttctatagaggtagtctgcccttgagtttttttttttcttgtagttgatactaggacagatgttgctctcctagtaaaaagaacataggttgtttctactttgtagatgaaaaggAaaaaaattccaataaggccatataatcgtcaaatatcacatgtacttttcaaatgtcaagtgtttgttcactgtattaatttccagttacaaacttacattatgactttactttttttgaagctcagttggaggcaatgaagttttcgaatcccacaaattgtgtcattcgcagaaatggaacttgcatgtcacattatcatcgctgcatgctgcaaattttatcattggagttggctaaaattacactggatggtggttcagtagagttgtatggatacatagctgtgcgggatgatctggatccgttgcttaattatatcgtcaattgtagcagggatgatccaatcattgtggagcaggtacacatccatatttatctagaaatattccatgtataagtctatctgaaaccctttaatattgaggtttgcccacttagctccctcaagtatagaatcaccttggggctgttttggtggtggtttcacccacatggcttgttatattgactctgccatttgggcaaaccagcaccgaagccacaccaagagaatcatttaggtggtagatctaaatgttatggaaaaaaaattggtttgggggggggggggggggggggggggggttatgaaccttggtacttgatggggtttagtggtcttatttcttattatttcgaattaaattactcatttcataatgtaaggcatactaaaactgctattctcttttacatcattaaggttggggtagattgtgaatgttttatcaacctcttgaattatttagtatatatacaaaaaaaaataagtttgctctcttgatttctgtaataactagaaataggattagtttgttgttgttgttccatgaatatatattgttttatacctcccatgtgatattttgctgcaaaaaaatgtttcgtgtgattaatctgtccaaaagtagcagattgtacaatactttggattgtataagccactactaccttcatccaaggtgtattttgatttggaaaattcatacttcatgagttttggcaaaaattcgtcaaattattggtactcgaattacttttaagatgttaattttattgcaattggcgatatattgatagagaaattaatggtcaaaatctacttttcaagaatttctcctgccaaaacgcaccttacatagggagtgtactctatattatgaaatgatgatttactatgagaacagatttaaattatgaaactaaggaacacatgtattccaaAGaaaaaaatcatgttaaatagttttggacactttgttgctgcttagtaccctacataaattgtatttttgttgtttcatacatgatgaagatcttggtagttgtaaaatattccttttaagtaaatgctgttacaagtgaaacaacataagcaagcatccacttttagatatttcttacttttatacgaagagcaactaaataaaataattttgtagggttcgctcatcaacatagaaggccctaagcgaggaatagacatgagggattatgctctaattgaatatgacatgaggatcaagacaggcaaacaagaaaaagatgacctacagctgattgatggtgcatcaatgataggccctgcaggcctatggaatcggccagaaacaatttgcattcctggcgattacggtgcagttgacataactttatcacgtttttattgttcagctgaggccaccgtacagattcttatatcagaagtgcaaagcagtttcaatttgttgctcggttgtttaaccagtaacttggataaggaaatccgtctctttgatggtgtcatcagtgagtcacgtggtttaaagaggtcggtggttgctgtaaggagggattctttcatagatttgaagttcgaagtgggcgcgtttccatccagtttcgaccagcattatgtttccttcaaggagaaaatccatggctatgatactcaagaaataaagactgattttgcgttaatctcagtaaaggtgacttggtcagctttgctttctggactagagtgatacctctgtttctgtaacagagtgggccaagagtggctaaaaacctgcggcttactaaacctaggtgcggcaaacttggatagtaaagtattgtaataaatctgtcattgtaattaagccctccgtccctgaaaaaaagtacttttagtaatgcatctgaataagtgtttgttgagatgcatagtcggtcaatctctccgtccctgaaaaactgaacaagaacttttagacatgcataattagtttcgtctctgtattattacttcagcactaggggttatattaattatatggaggaatcttcaaggcacaaccgtagagtggcttctctgtgatttctgcatttctgaatcgtatgttttgtggttatagt
More
|
||||||||||
| CDS seq | atgtcccacatcttgtcacgccctttcgatctcctgggtgcgcacatatgcgaattctccgcccaattccgcatcttccccgatgctctaacgccgccacctgatctcctgccccgatgcaccgcctcatctcttctccctctctcatggcatctgcagcggctagctggtgaattccccacgcaacacacaccacggctattccccctccctacccccgccgcctccccgtccgccgccgcgatgcgaattctccgccccattccgcgtcttccccgacgctctaacgccgccacctctcctgccccgatgcaccggctgatctcttctccctctttcatggcatctgcagcggctagctggtggtcaccattgcttgctcgtggaggacccgtccgtcgtgtttcccgatttccttgggaacctcggaacatcaccaccatcagtcgagtaaaaggcgacgagtcatacaggcggcttccatcccaggaaaagaatcatactgcgatcactcaaggtatgaaaaccattgacaccaggggcacaatcttggaggttagagctggagatgagaaaagtaataaagatgcggcgtcctcagaggttttatatgtcaaatatgatatactggggcaaagtgcgaagcatgatggctgtgatgcggaggaccgaaggagtgaaacagaggaacatgtggggggaatagttgtcagtgaggaggatgaagttcttgatcctgaagaatatactgtgaacaatatacttccaaaaagtagacaccgtgatggctctatatatatggacatcatggacacaccgtggaaaaaggagtttcatattgcagaccgtaatgagactcagttggaggcaatgaagttttcgaatcccacaaattgtgtcattcgcagaaatggaacttgcatgtcacattatcatcgctgcatgctgcaaattttatcattggagttggctaaaattacactggatggtggttcagtagagttgtatggatacatagctgtgcgggatgatctggatccgttgcttaattatatcgtcaattgtagcagggatgatccaatcattgtggagcagggttcgctcatcaacatagaaggccctaagcgaggaatagacatgagggattatgctctaattgaatatgacatgaggatcaagacaggcaaacaagaaaaagatgacctacagctgattgatggtgcatcaatgataggccctgcaggcctatggaatcggccagaaacaatttgcattcctggcgattacgctgaggccaccgtacagattcttatatcagaagtgcaaagcagtttcaatttgttgctcggttgtttaaccagtaacttggataaggaaatccgtctctttgatggtgtcatcagtgagtcacgtggtttaaagaggtcggtggttgctgtaaggagggattctttcatagatttgaagttcgaagtgggcgcgtttccatccagtttcgaccagcattatgtttccttcaaggagaaaatccatggctatgatactcaagaaataaagactgattttgcgttaatctcagtaaaggtgacttggtcagctttgctttctggactagagtga
More
|
||||||||||
| Protein seq | MSHILSRPFDLLGAHICEFSAQFRIFPDALTPPPDLLPRCTASSLLPLSWHLQRLAGEFPTQHTPRLFPLPTPAASPSAAAMRILRPIPRLPRRSNAATSPAPMHRLISSPSFMASAAASWWSPLLARGGPVRRVSRFPWEPRNITTISRVKGDESYRRLPSQEKNHTAITQGMKTIDTRGTILEVRAGDEKSNKDAASSEVLYVKYDILGQSAKHDGCDAEDRRSETEEHVGGIVVSEEDEVLDPEEYTVNNILPKSRHRDGSIYMDIMDTPWKKEFHIADRNETQLEAMKFSNPTNCVIRRNGTCMSHYHRCMLQILSLELAKITLDGGSVELYGYIAVRDDLDPLLNYIVNCSRDDPIIVEQGSLINIEGPKRGIDMRDYALIEYDMRIKTGKQEKDDLQLIDGASMIGPAGLWNRPETICIPGDYAEATVQILISEVQSSFNLLLGCLTSNLDKEIRLFDGVISESRGLKRSVVAVRRDSFIDLKFEVGAFPSSFDQHYVSFKEKIHGYDTQEIKTDFALISVKVTWSALLSGLE |
||||||||||
| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_07g0025160 | OsARC_07g0025160.02 | Chr07 | 26785375 | 26789793 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgacagaattccccacgcaacacacaccacggctattccccctccctacccccgccgcctccccgtccgccgccgcgatgcgaattctccgccccattccgcgtcttccccgacgctctaacgccgccacctctcctgccccgatgcaccggctgatctcttctccctctttcatggcatctgcagcggctagctggtggtcaccattgcttgctcgtggaggacccgtccgtcgtgtttcccgatttccttgggaacctcggaacatcaccaccatcagtcgagtaaaaggcgacgagtcatacaggcggcttccatcccaggaaaagaatcatactgcgatcactcaaggtatgaaaaccattgacaccaggggcacaatcttggaggttagagctggagatgagaaaagtaataaagatgcggcgtcctcagaggttttatatgtcaaatatgatatactggggcaaagtgcgaagcatgatggctgtgatgcggaggaccgaaggagtgaaacagaggaacatgtggggggaatagttgtcagtgaggaggatgaagttcttgatcctgaagaatatactgtgaacaatatacttccaaaaagtagacaccgtgatggctctatatatatggacatcatggacacaccgtggaaaaaggagtttcatattgcagaccgtaatgagactcagttggaggcaatgaagttttcgaatcccacaaattgtgtcattcgcagaaatggaacttgcatgtcacattatcatcgctgcatgctgcaaattttatcattggagttggctaaaattacactggatggtggttcagtagagttgtatggatacatagctgtgcgggatgatctggatccgttgcttaattatatcgtcaattgtagcagggatgatccaatcattgtggagcagggttcgctcatcaacatagaaggccctaagcgaggaatagacatgagggattatgctctaattgaatatgacatgaggatcaagacaggcaaacaagaaaaagatgacctacagctgattgatggtgcatcaatgataggccctgcaggcctatggaatcggccagaaacaatttgcattcctggcgattacggtgcagttgacataactttatcacgtttttattgttcagctgaggccaccgtacagattcttatatcagaagtgcaaagcagtttcaatttgttgctcggttgtttaaccagtaacttggataaggaaatccgtctctttgatggtgtcatcagtgagtcacgtggtttaaagaggtcggtggttgctgtaaggagggattctttcatagatttgaagttcgaagtgggcgcgtttccatccagtttcgaccagcattatgtttccttcaaggagaaaatccatggctatgatactcaagaaataaagactgattttgcgttaatctcagtaaaggtgacttggtcagctttgctttctggactagagtga
More
|
|||||||
| Protein seq | MTEFPTQHTPRLFPLPTPAASPSAAAMRILRPIPRLPRRSNAATSPAPMHRLISSPSFMASAAASWWSPLLARGGPVRRVSRFPWEPRNITTISRVKGDESYRRLPSQEKNHTAITQGMKTIDTRGTILEVRAGDEKSNKDAASSEVLYVKYDILGQSAKHDGCDAEDRRSETEEHVGGIVVSEEDEVLDPEEYTVNNILPKSRHRDGSIYMDIMDTPWKKEFHIADRNETQLEAMKFSNPTNCVIRRNGTCMSHYHRCMLQILSLELAKITLDGGSVELYGYIAVRDDLDPLLNYIVNCSRDDPIIVEQGSLINIEGPKRGIDMRDYALIEYDMRIKTGKQEKDDLQLIDGASMIGPAGLWNRPETICIPGDYGAVDITLSRFYCSAEATVQILISEVQSSFNLLLGCLTSNLDKEIRLFDGVISESRGLKRSVVAVRRDSFIDLKFEVGAFPSSFDQHYVSFKEKIHGYDTQEIKTDFALISVKVTWSALLSGLE
More
|
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_07g0025160 | OsARC_07g0025160.01 | Chr07 | 26777489 | 26789420 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgtcccacatcttgtcacgccctttcgatctcctgggtgcgcacatatgcgaattctccgcccaattccgcatcttccccgatgctctaacgccgccacctgatctcctgccccgatgcaccgcctcatctcttctccctctctcatggcatctgcagcggctagctggtgaattccccacgcaacacacaccacggctattccccctccctacccccgccgcctccccgtccgccgccgcgatgcgaattctccgccccattccgcgtcttccccgacgctctaacgccgccacctctcctgccccgatgcaccggctgatctcttctccctctttcatggcatctgcagcggctagctggtggtcaccattgcttgctcgtggaggacccgtccgtcgtgtttcccgatttccttgggaacctcggaacatcaccaccatcagtcgagtaaaaggcgacgagtcatacaggcggcttccatcccaggaaaagaatcatactgcgatcactcaaggtatgaaaaccattgacaccaggggcacaatcttggaggttagagctggagatgagaaaagtaataaagatgcggcgtcctcagaggttttatatgtcaaatatgatatactggggcaaagtgcgaagcatgatggctgtgatgcggaggaccgaaggagtgaaacagaggaacatgtggggggaatagttgtcagtgaggaggatgaagttcttgatcctgaagaatatactgtgaacaatatacttccaaaaagtagacaccgtgatggctctatatatatggacatcatggacacaccgtggaaaaaggagtttcatattgcagaccgtaatgagactcagttggaggcaatgaagttttcgaatcccacaaattgtgtcattcgcagaaatggaacttgcatgtcacattatcatcgctgcatgctgcaaattttatcattggagttggctaaaattacactggatggtggttcagtagagttgtatggatacatagctgtgcgggatgatctggatccgttgcttaattatatcgtcaattgtagcagggatgatccaatcattgtggagcagggttcgctcatcaacatagaaggccctaagcgaggaatagacatgagggattatgctctaattgaatatgacatgaggatcaagacaggcaaacaagaaaaagatgacctacagctgattgatggtgcatcaatgataggccctgcaggcctatggaatcggccagaaacaatttgcattcctggcgattacgctgaggccaccgtacagattcttatatcagaagtgcaaagcagtttcaatttgttgctcggttgtttaaccagtaacttggataaggaaatccgtctctttgatggtgtcatcagtgagtcacgtggtttaaagaggtcggtggttgctgtaaggagggattctttcatagatttgaagttcgaagtgggcgcgtttccatccagtttcgaccagcattatgtttccttcaaggagaaaatccatggctatgatactcaagaaataaagactgattttgcgttaatctcagtaaaggtgacttggtcagctttgctttctggactagagtga
More
|
|||||||
| Protein seq | MSHILSRPFDLLGAHICEFSAQFRIFPDALTPPPDLLPRCTASSLLPLSWHLQRLAGEFPTQHTPRLFPLPTPAASPSAAAMRILRPIPRLPRRSNAATSPAPMHRLISSPSFMASAAASWWSPLLARGGPVRRVSRFPWEPRNITTISRVKGDESYRRLPSQEKNHTAITQGMKTIDTRGTILEVRAGDEKSNKDAASSEVLYVKYDILGQSAKHDGCDAEDRRSETEEHVGGIVVSEEDEVLDPEEYTVNNILPKSRHRDGSIYMDIMDTPWKKEFHIADRNETQLEAMKFSNPTNCVIRRNGTCMSHYHRCMLQILSLELAKITLDGGSVELYGYIAVRDDLDPLLNYIVNCSRDDPIIVEQGSLINIEGPKRGIDMRDYALIEYDMRIKTGKQEKDDLQLIDGASMIGPAGLWNRPETICIPGDYAEATVQILISEVQSSFNLLLGCLTSNLDKEIRLFDGVISESRGLKRSVVAVRRDSFIDLKFEVGAFPSSFDQHYVSFKEKIHGYDTQEIKTDFALISVKVTWSALLSGLE
More
|
|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_07g0025160 | OsARC_07g0025160.03 | Chr07 | 26785379 | 26789557 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | cagaattccccacgcaacacacaccacggctattccccctccctacccccgccgcctccccgtccgccgccgcgatgcgaattctccgccccattccgcgtcttccccgacgctctaacgccgccacctctcctgccccgatgcacc |
|||||||
| Protein seq | QNSPRNTHHGYSPSLPPPPPRPPPRCEFSAPFRVFPDALTPPPLLPRCT |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.694508 | 0.142098 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_07g0646300 | SBH | 4.650752 | 5.683068 | 11.366956 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g45195 | SBH | 2.903098 | 3.401609 | 2.690468 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os07g0646600 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0025390 | SBH | 4.494284 | 19.975655 | 17.351009 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0025310 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0025290 | SBH | 5.052930 | 5.726491 | 22.455086 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_07g0025310 | RBH | 1.124307 | 0.675823 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0025330 | SBH | 26.414890 | 9.363059 | 24.355761 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0442700 | RBH | 4.5853915 | 3.4709785 | 3.309221 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0025970 | SBH | 0.488104 | 0.743422 | 2.358422 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_07G0454400 | SBH | 0 | 7.5595935 | 5.5632465 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_07g0025140 | SBH | 1.286270 | 0.195170 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0025220 | SBH | 2.122537 | 4.930574 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0025150 | SBH | 22.263231 | 6.016223 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_07g0025350 | SBH | 2.708338 | 0.958452 | 1.230944 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0025060 | SBH | 2.100840 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G025060 | SBH | 1.634967 | 3.474146 | 3.776428 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0025070 | SBH | 6.176726 | 17.886311 | 9.603145 |
