Basic Info |
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsZS97_11G0357400 | OsZS97_11T0357400.1 | Chr11 | 25558388 | 25572620 | + | makerRMon | ||
| CDS seq | ATGGAGTTCATATTGGGGGCAACGCGGCCTCTCCTTTTCAAGCTCGGGAAGCTGCTCAAGGAGGAGTATGGCCTAGAGAAGAAGGTGAGGAAAGGCATCGAGTCACTCCAAGATGAGCTGGAGATGATGTACAGCGTCCTCGACAAGGTGGACAGTGTGCCGTGGGATCAGCTTGACGAGCAAGTGAGGGTTTGGGCAAGCATGTTGAGGGAGCTGTCCTACAACATGGAGGATGCTATCGATGCCTTCATGGTGCGCGTGGAGAAGGGCCCTGAGCCCGCTGCCGAAAACAATCTGAACAATAAAGTCACGAAATTCATCAAGAGGATTGTCCGCTTGTTCACAAAGAGCAAGGATCTCCATCAGATCTCCCACGCCATCGAAGAAGCACAAGAGCTCGCCAAACAGTATGGCGAGCTACAACAAAGGTACATGTTTGACTTTAGCTCCGTCAGGGACGTCGACGATGGTGCTACCCTTGATCCTCGTGTGCTGGCTCTGTACAAGGATGCAAGAGAGCTCGTTGGCATCGAACACCCCAAGGACGAGATAATCGAGAAGCTATTTAATGGGGATGAAGAGTCCAAGCTGCAATTGAGAAAAATCTCAATCGTTGGGTTTCCTGGGCTCGGCAAGACAACTCTCGCCAAAGCAGTGTATGAAAATATAAAATCACAGTTTGATTGTGATGCTTTTGTTTCAGTTTCTCAGACTCCTGACATAACAAGGGTTTTCAAGAAGATGCTCTACGGACTTGACAAGCAAAAGTTTGCAAATATCAATGAAGCAACTAGAGATGAAGTGCAACTTATCGATGAATTGAGAAACTTCCTTCAAGATAAAAGGTATTTGATAATTGTCGATGACATATGGCAGAAATCAATATGGGAACGGATTAAATGTGCTTTGGTTGATAGTAATTGTGGAAGTAGAGTGATCACGACAACTCGTATTCATAATGTTGCCAAACAAGTTGGTGATGTTTACCCCATGGAGAAACTTTCTGATGAAAACTCAAAGAGACTATTCGACAAAAGAGTGCTTGGTACTGAATACAGAAGTGTGTCCAGTAATCAATCGAAGGAGGTGACTAAAAAAATACTAAAGAAATGTGATGGTGTACCATTGTCAATAATTACAATAGCTAGTGTGTTGGTTCATAAAGATGACTGGTCCGAGGTCTATGATTCAGTTGGTTTCGGGCCTGAAGATGGGAATGAAGTTGTTCACAACACAAAGAAGATACTTTCATTTAGCTACTATGATCTACCTTCGTACCTACAACGTTGTCTATTGTACCTAAGCATCTATCCAGAAGATGATTCAATAGAGAAGGATTGTTTGATTTGGAAATGGATAGCCGAAGGTTTTGTCTATGAGAAACAAGGGAAGCAGTTACTTGAGGTTGGAGAGACATACTTCAATGAGCTTATAAATAGAAGCATGGTACAGCCTATAGAAGGCCAGATCAACCTCGGCACCGTGGAAGGCTGCCGCATCAATGACACGATGTTGTATCTCATCCGCGACCTATCAATGGAAGTAGACTTTGTAAAAATATTGGATAGAGCATGTGAGGAGCATGATTATTGTTTGCAGAGCAGTACTATCCACAGGATAGTGGTACATCATGGAATGAGACAAGATCAAAACAATAACATAGCCTTGCGCATGGCACGGTTGAGGTCATTAAATGCCATTGGGTGTCCTATTAGCATGCTGCCCCCTGTTGAGAGCTTCCAGGCTCTACGCGTTCTAGCAATAGAATATTACGATGTCAGCACAAGGGGATGCCAATTGAAGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTCTATGTCAGTTGAGGTACCTAGGACTGAGATACACACCTGTTGTTGAGCTTCCAAGGGAAATAGGAGACCTTGTGCACCTTCAAACACTGGATATTAGAGATACTGGCTTGGAGGAACTGCCAGCGACCGTTGGCAAGCTTAGCAAACTGATGCGCCTTTGCACCGGTGAAGATACAAGGCTTCCTTTCGGTGTTGGGAACATGACATCCCTCCAAGAGTTGTCGCTGTTTACTCTAACTGCAGACTGCTGCCCAAACTTCAGTGTGGAGCTGCGCAAGCTAACGAACCTGAGGGTGCTTTATATTCTTGAGGTTGGTAATATAAACAGTAGCTCGCTAAAGACTTTGGTGGAGTCTTTTTGCAGTTTGCGCAGAATCCAGCAGCTGGAATTGTATTTCTCTTCACATCTGGGGATAACCAGCTTGGAAGGCTGGGAGCCCCCGTTGCAGCTTCGCATTTTCTCTATTGCTGGCGTCAGTATCGCTCGGCTGCCTGCATGGGGGAGCTGCAAGCACATCTCCAATCTGTGCTTTACTGTGCTGGAGTTGGAAACATGGGACCTGGAGATCCTTGCTAATATGTCGGAGCTCCACTCTCTCGCCATTTACATCGTGGGGAGATTTTCATGGACCATCGCTGGTGGCGGACTGTTCCCCAGCCTAAGAGACTTCGTCACGGACATAACAGTCACCTTTCTAGAGGGAGCGATGCCGATGCTCACTGAGATTTACCTCAAGCTACAGGTGTCAAAGGGTGATGCCGCCAAACACGTTGGCTTGGGGAACCTCCTGCAGCTCAATACGGTCACTATTGACCTCGAGTGCAGGGGTGCAACAAGAAGGGAGGTGAAGGAAGCGGAGGTGGCGGTGAGACGCATGGTCGACGGCCACCCCAACTGTCCCCGCATTCATATCAACAAAGAAGAAGAAGATCTGATGGAAGCAGACGAAGATGATGGTGATGATGAGGAGATGTCAGATTCGGATGAAGCCGAGAGCGATGATGATGAGGAGGAAGAGATTTCAGATACGGATGAAGAGCCTGATAGTGGCACGAGCAAAGGGCAGAAGAGGCTGCGCACCAGTAGTCCACAAACTCTCTCTACACAAGTGCAGCATCTGAGGAATGAAGACGAAGATGATGAGATGATGTCAGCTAACGAAGTTGACGGAAATGATCATGACGAGAACATTTCAGCTACGGACCAAGAGTGTCAGCAGGACGACGGTGCAGCCAAAGTGGAAGAGGCTAGGCGACATTCTTGA
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| Protein seq | MEFILGATRPLLFKLGKLLKEEYGLEKKVRKGIESLQDELEMMYSVLDKVDSVPWDQLDEQVRVWASMLRELSYNMEDAIDAFMVRVEKGPEPAAENNLNNKVTKFIKRIVRLFTKSKDLHQISHAIEEAQELAKQYGELQQRYMFDFSSVRDVDDGATLDPRVLALYKDARELVGIEHPKDEIIEKLFNGDEESKLQLRKISIVGFPGLGKTTLAKAVYENIKSQFDCDAFVSVSQTPDITRVFKKMLYGLDKQKFANINEATRDEVQLIDELRNFLQDKRYLIIVDDIWQKSIWERIKCALVDSNCGSRVITTTRIHNVAKQVGDVYPMEKLSDENSKRLFDKRVLGTEYRSVSSNQSKEVTKKILKKCDGVPLSIITIASVLVHKDDWSEVYDSVGFGPEDGNEVVHNTKKILSFSYYDLPSYLQRCLLYLSIYPEDDSIEKDCLIWKWIAEGFVYEKQGKQLLEVGETYFNELINRSMVQPIEGQINLGTVEGCRINDTMLYLIRDLSMEVDFVKILDRACEEHDYCLQSSTIHRIVVHHGMRQDQNNNIALRMARLRSLNAIGCPISMLPPVESFQALRVLAIEYYDVSTRGCQLKYSLRPKISLCQLRYLGLRYTPVVELPREIGDLVHLQTLDIRDTGLEELPATVGKLSKLMRLCTGEDTRLPFGVGNMTSLQELSLFTLTADCCPNFSVELRKLTNLRVLYILEVGNINSSSLKTLVESFCSLRRIQQLELYFSSHLGITSLEGWEPPLQLRIFSIAGVSIARLPAWGSCKHISNLCFTVLELETWDLEILANMSELHSLAIYIVGRFSWTIAGGGLFPSLRDFVTDITVTFLEGAMPMLTEIYLKLQVSKGDAAKHVGLGNLLQLNTVTIDLECRGATRREVKEAEVAVRRMVDGHPNCPRIHINKEEEDLMEADEDDGDDEEMSDSDEAESDDDEEEEISDTDEEPDSGTSKGQKRLRTSSPQTLSTQVQHLRNEDEDDEMMSANEVDGNDHDENISATDQECQQDDGAAKVEEARRHS
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.014978 | 13.5441255 | 0.0063985 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0590700 | SBH | 0.000000 | 0.133840 | 0.418338 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os11g37870 | SBH | 0.186851 | 0.0 | 0.195428 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0590700 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0018790 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0018930 | RBH | 0.0 | 0.895418 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0018700 | RBH | 0.0 | 0.784291 | 0.236042 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0018420 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0018740 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0344300 | RBH | 0 | 2.21536 | 0.0045615 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0019270 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0358000 | SBH | 0.4338155 | 4.4828455 | 0.036291 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0019140 | SBH | 0.137511 | 0.276715 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0019300 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0018710 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0018450 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0018600 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G018760 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0019010 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
