Basic Info

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Function Putative disease resistance protein RGA1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q7XA42]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsZS97_02G0175800 OsZS97_02T0175800.1 Chr02 10550644 10566397 + makerRMon
CDS seq

ATGGACTTTTCGAAGATTGTGGGGGCTATTAATGGCATCAATGAGATTTCCACTTTATGTAAAATGGTCAAAGATATCATTAAATCTTGCTGGAGTGGCATACGGGAGCAGGAGCTGCAAGACAAAGTAATGAAGTTGGAGAATGACTTGGAACGTTTCAGAGATATTCTTCCTGCAATGTACAACCTCATTGATCGAGCGGAATGGACGATCCACAAAGACCATGTGCCAGAGCTTCTTCTGAAACTCAAGGATGCAGTTTATGATGCTGAGGACCTTCTTGATGAGTTGAAATGGCATGAACTGAAGGTGGCCATGGAGGGCTCCGCAAACAAATCTCCTCTTATTGACTTCCTTGATAGTGTCATTCAAGGTAGTTTCAACAAAGTGAGTGGTACCTATGAAAAACTGAATAATGTTTCTAGTCTGCTGGAGAAGATGGGGTTACATGAAGTTACACAACACTTTGACAAATCCTTCAGGCCCGAGACTACCTCTTTCCCAACTGAAACAGAAATGTTTGGTCGTGACAATGAATTGGAGCAGGTGATGCAATCGCTTGGAGTACCTGCTAAAGGTAGCCGGGTCCTTTCCAAACGCAAGAAACCAAGCAGTGCAATTAATGCATCACCAAGCACATCAAAAACAAAACAACATAACGGTACACAAATGAGTGATGAATCAGGAATCACATGTATTCCTGTTCTGCCTATATATGGAATTGGGGGTGTTGGAAAGACCACTTTGGCCCAGCATATCTGCCACGATTCACGGGTCATGTCTCACTTTGACCCGATTATTTGGATTTGTGTTTCAGATGACTTTGATGTGAAGAGGTTAACTAAAGAAGCCATACAATCCTGTTCTACAAAAGAAGCTGATAATTTGGATTATCTTCAGCGTGCTCTTTCAGAAGAAGTGATGAACAAAAGGTTATTGATCATACTTGATGACATGTGGGGTGATGTCTTGAGGGAGAGTGGACACTGTTGGAAGAGGTTTTGTGCACCTTTGACGAATGCGCTACAAGGAAGTATGATGTTAGTCACCACTAGATCTCCAGATGTTGCTCGTGAGGTGCAAACAATGGAGCCCATCCGATTAGAAGGATTGCAGGATGATGTCTTTTGGGATTTCTTCAAATTATGTGCATTTGGATCTAAGAATTCTGAAAATTACCCAGAGTTAGTGCACATCGGTAAAAGCATAGTCCAAAAGTTGAAGGGTGTACCTTTGGCCGCCAAAACTCTAGGACGCCTATTAAGAATGAGCCTTGACACTGAATACTGGAATAGGATACTAAAAAGTGAACTATGGGAGCTGAAACAAAATAATACTGAAATTTTGCCAGCGCTTAGATTGAGCTACCTGTATTTACCAACCCACTTGAAGAGATGCTTCTCATTCTGTGCTGTTTACCCAAAAGATCACAAATTCGAAGAGGATAATTTAGCTGAAATTTGGATTGCAGAAGGCTTTGTGCAACCTGAAGGTAACACTCTAATTCTAGATACTGGCAAACAGTACTTTGAAGACCTTGTAAACCGGTCTTTCTTTCAGAGTGTTGGTGTTTCAAAGGATGACTGCTTCATTTTAAAAGACAAGGATGATTTTGAGAAGGGAGTCGGACTTACATTGATGAAGAACGTGAACCAAATTTGTGGAGGAGTGACGATAAATAATCTTGGTGCAACAAGCAAGGATATTGCAGCAGAAAGTGCGATAAAGAACAAGAAAAATCTTGACAGACTGAACTTGAAATGGTCTTCTGTGAGATCGCAAGACCATAATGACATCGAGGTTCTTCAAGTCCTAATTCCTCCTACCAGTCTCAAGTGTCTGACCCTCTATGGTTATCTAGGTCAATCTCTTCCAAATTGGTTTTATCCTCATAATCTGCCAAGCTTAAAATCCCTTGAGTTTCATGATTGTCATAGACTTTGTAGCTTACCATTTTATGGTATATCACCACCGTGCATCAACCTAAATGAGGTACCCGAGGTTCCAATTGAGAACGGTATGGGTAGCATTGGCGTATTCTCATCCCTGGTCGACCTAAAGATTGTGAAGTGCGATTACTTATCAAACCTCGACAAATTTATACAACCAGCTTGTATACCGGCTATCAAGCGAATCACATTACAAAGATTAACATACACAAAGACAAAGGTATTGCCTCTACCAATTGGTAAATTTGATTGCCTCGAAGAATTGGACGTGGCTGGTTACCAGATATTCAATGCTTCAGAAAGTCTGTCCATGCGCACTCTCAAGGAGCTCAAGCTATGCAATTCTGGGGACCTCCCATGCTTTTTTGAGTTCCCCTCCCTTACCAACATGTTCTTAGTCGTCTTGCCTGTAACGTCCATTCCACTACGAGTGTGGTGCAGTAACCTTCCAGCTCTACTTCGATTAAAAATTTATAGCTGTGCGAACCTTGAATTTATTGGGGAATCAGTCTTCACTGGCAATCGTCCTCAAAGAGACAGTTGCAGCACTACAACATTCGCATCCCTTATTTCCCTAGAAATTTGTGGCTGCGAAAAGCTGACAAGCATTGATGACCTCGTAACGCCTGAGTATCTTCCTGCTATTGAGAAAATTGATGTTAGCTCTTGTGTCAAGCTATCGTCCCTGCCAGGTGAAAGATTTGGGAATTTCTCAGCTCTAAAGCATCTGCGTATTTCTTATTGTGGAAAACTCAAATGGAAGGGACTTGTTTTACCATCGACCCTCCAAAGCCTCTGCTTAAGTTATTGTGGGGATATCTCTCCCTGGGTTCCCAGTTGCCTGGAGAACCTTGCCTCCTTGGTGCGCCTGCTGATTAACTCTTGCCAACATGTACAATACATTCCCAGTTCACTATGGAGCAGCAATCTCTCATCACTCCAGGATTTGCGTATTTTCAATTGTAGTGACCTTGTATCAATTGGTGGAGCAGATGCAATTGTGAAAATAAACAAGAACATGATTGAGCATTTGATCCGCAAGTCGCACAAAATATTATATTTCCACCAGATTCGCATCGCATTTGACATTTAA

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Protein seq

MDFSKIVGAINGINEISTLCKMVKDIIKSCWSGIREQELQDKVMKLENDLERFRDILPAMYNLIDRAEWTIHKDHVPELLLKLKDAVYDAEDLLDELKWHELKVAMEGSANKSPLIDFLDSVIQGSFNKVSGTYEKLNNVSSLLEKMGLHEVTQHFDKSFRPETTSFPTETEMFGRDNELEQVMQSLGVPAKGSRVLSKRKKPSSAINASPSTSKTKQHNGTQMSDESGITCIPVLPIYGIGGVGKTTLAQHICHDSRVMSHFDPIIWICVSDDFDVKRLTKEAIQSCSTKEADNLDYLQRALSEEVMNKRLLIILDDMWGDVLRESGHCWKRFCAPLTNALQGSMMLVTTRSPDVAREVQTMEPIRLEGLQDDVFWDFFKLCAFGSKNSENYPELVHIGKSIVQKLKGVPLAAKTLGRLLRMSLDTEYWNRILKSELWELKQNNTEILPALRLSYLYLPTHLKRCFSFCAVYPKDHKFEEDNLAEIWIAEGFVQPEGNTLILDTGKQYFEDLVNRSFFQSVGVSKDDCFILKDKDDFEKGVGLTLMKNVNQICGGVTINNLGATSKDIAAESAIKNKKNLDRLNLKWSSVRSQDHNDIEVLQVLIPPTSLKCLTLYGYLGQSLPNWFYPHNLPSLKSLEFHDCHRLCSLPFYGISPPCINLNEVPEVPIENGMGSIGVFSSLVDLKIVKCDYLSNLDKFIQPACIPAIKRITLQRLTYTKTKVLPLPIGKFDCLEELDVAGYQIFNASESLSMRTLKELKLCNSGDLPCFFEFPSLTNMFLVVLPVTSIPLRVWCSNLPALLRLKIYSCANLEFIGESVFTGNRPQRDSCSTTTFASLISLEICGCEKLTSIDDLVTPEYLPAIEKIDVSSCVKLSSLPGERFGNFSALKHLRISYCGKLKWKGLVLPSTLQSLCLSYCGDISPWVPSCLENLASLVRLLINSCQHVQYIPSSLWSSNLSSLQDLRIFNCSDLVSIGGADAIVKINKNMIEHLIRKSHKILYFHQIRIAFDI

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.364924 1.3956875 1.058471

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_02g0282500 RBH 0.162010 0.084188 0.000000
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os02g18140 RBH 0.242170 0.231566 0.000000
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os02g0282500 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_02g0012490 RBH 0.0 0.873837 0.724572
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_02g0012660 RBH 0.064168 0.355739 0.424259
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_02g0012510 RBH 0.139777 0.0 0.867802
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_02g0012330 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_02g0012240 RBH 2.157324 6.630253 4.801873
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_02G0163100 SBH 0.105279 0.4797575 0.327369
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_02g0012060 SBH 0.064375 0.426873 0.041000
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_02G0175400 SBH 0.234382 0.59623 0.059391
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_02g0012620 SBH 0.110557 0.274318 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_02g0012210 SBH 0.0 2.002438 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_02g0012640 RBH 1.408212 13.718182 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_02g0012490 SBH 0.000000 0.476903 0.253674
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_02g0012270 RBH 0.069400 1.657854 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_02G012650 RBH 0.052209 0.295199 0.000000
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_02g0012410 RBH 0.000000 0.0 0.280461
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