Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_09g0272900 | OGI:09016760 | 11/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr09:5471858-5491310 | ||||||||
| Gene Symbol | RPS2, OsRPS2 | ||||||||||
| DNA seq | 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Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_09g0272900 | OsNip_09t0272900-01 | Chr09 | 5471858 | 5491310 | - | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | ATGGCACAAATTTTGGGTGGTCTAGTCAACATTGTTGTAACACCGATCTATAATGCTATATTCAAACATGCATTGTATCCATTCAAAGTTACCAGAAATGTGGAGAATCTCGAGAAGGCTACAAAGAAATTGATTGCTAAACGTGATGATGTTGAGAACAAGATTAGTAACGATGAGAGAAGCGGCATGAGAATAAAAAGTGAAGCAAGAAGATGGTTGGAGGACGTCAATACCACCATATCTGAAGAAGCGGATATTAATCAGAAATATGAAAGCAGGGGAATGACTTTCGGCGGATGCTCCATGAATTGCTGGTCAAACTACAAAATCAGCAAGCGTGCATCGCAGAAGCTCCTTGAAGTGAAGGAGCATTATATAGCTGATATGAGTGTCGTTGGAGATCAACCATCGCCAGAACCTGTTCAAAAGATCCCTATTCCCTGTGATCATGTAATGGACAATGATAACAATCTTCGTGAAGCTCTGGACTATATCAAGAACGATCCAGTTGGGATAATTGGGATATGGGGTGTAGGTGGAGTTGGCAAGACCCATCTCCTGAACAAGATCAACAATTCATTTCTTGGGGACTCTTCCTTTCATTCTATCATCTATGTTATTGCCTCTAAAGAGTGTTCTGTGCAGAAGATCCAAGCTGAGATTGTCAAGAAACTTAACCTACGGAAAGATGACGATGTAAAATTCCAAGCCCACATCATTTCTGAATTTCTCGACGGAAAAAATTTTCTGTTATTGTTGGATGACCTCTGGGAGAGGATTGATCTTCTGGAAGTTGGCATACCAACACTAGGAATTGAAAACAACCTCAAGAGGAAGGTGGTCCTCACAACAAGATCACAGGATGTATGTGGTCAAATGGAGGTGAGGAAACAGATAAAAGTTGCTTGTTTACGAGATGAGGAAGCATGGAAACTATTTCTGGAGAAGGTCGATGAAGAAACTCTCCCTTCCAGTTCTCTAATTGAACTTGCAAAACAAGTAGTGAAGGAACTCAAGGGCTTGCCATTGGCTCTTGTAACTGTCGGAAGGGCAATGTACGCCAAAAGGGACCCGGTGCTATGGGAGCATACCATTGATTACATGAAAGGGGCATGTCGTGATAAGGACGGTCCCCTCTCTATGGAAACTGTTTTCAGGCAACTTAAGTTCAGTTATGATAGTTTACGGAATGACACCCTGAAACGTTGTTTCTTGACTTGTGCATTGTGGCCAGAGGATGTGTTCATAGCTACAGATGAACTCGACCAATGTTGGATGGGCTTAGGTCTGGTGGACAAGGATGATATACAAAGTTCCTACAGAGAAGCATGTAACGTAAGAAGTGAACTTCAATCTGCCTGTTTGTTGGAGAGCTGGCATACTTCTCGTGTAATCACAATGCATGATGTGGTTCGTGACATGGCTCTATGGATCTGTTGCGGTTGCAGTGAAAAGAACGACAACTGGGTTGTCCATGCACAAGTTGGCAAAAATTTATCAAGAAGAACCATCCCATGGAGCAAAGCTGAATGCGTCTCCTTGATGTGGAATCGCATTGAAGAATTGCCTCCCATGGATTCAAATTATTTTCCCGCAAAACTCAGGACATTATGTCTTCAAGGCAATCGTTTGGATGGAAGGATAGTTGAAACTCTTAAGAATTTCACTGCACTCACATATCTGGATTTATGCTCGAATTCCCTCACTAACATACCAGGGGAGATATGTGCCTTGGCCAATTTGGAGTATCTCGATTTGGGATATAATTCAGGAATATGCGAAGTCCCCACCTGCTTTAGAGAACTCAGTAAGCTCAAATTCTTGTATCTGTCATGCACTAACGTATGGAGAATTCCAGAGGATGTCATATCTAGCCTTAAAGCACTGCAGGTCATAGACTTGACGCCAAAACCCAAACCTTGGAATCGGTACGGTAACAGAGAAAACCACGCGGATCATATGCCTTCAGTAGTACTAATCCAAGAGTTAACCAAACTAAGTAAGTTAAAAGCAGTTGGCATTACTGTTGAAAGTGTTTCTAGTTATGAAGCACTTAAGGAATATCCTAACCTACCTATTAGGAGACTTGTTCTAAATATAGAGGAACGAGAGTCAGTGTTCTATCTACTGACTGGTCCTTTGTCAGATCACTTGGCTCAAATGACCTTACATAAGTTGGAAATTTATCGCAGCAGCATGGAGGAAATAATAATAGAGAGACACGAGAGTGGTGGCCATTTGGAACAAAACTATAGTTTTGACGCTCTGAATCAGCTGGACTTACAATTTTTGGAAAACCTGAAAGTTATTACGTGGAAAGGAATACGTCCGGAATTGCTTTTCCATAGGCTCACCGTTCTGTATACCATTGACTGCGACCAGCTGGAAGATATCTCGTGGGCGCTGCATTTACCTTTTCTGGAAGAACTATGGGTGCAAGGTTGTGGCAAGATGAGACATGCCATTCGGAACATATCAAAGCAAGAGAGCTCAATGCAATCGATTGATACATTCCCGCGCCTCGTTTCTATGCTATTTGCAAATAACGATGGGTTGGTCAGCATATGTGATTCAGATGTGACATTCCCATCCCTAAAGAGCCTGAGGGTCACAAATTGTGAAAATCTTAAGAGGCTTCCTTTTCGGCGGCAGCAGAGCTTGCCACCCAAGTTGCAGGTTATATACTCCGATAGTGTTGAATGGTGGGATAATCTTGAATGGGAAGAAGAAGGTATCAGACCAATGCTGGAGCCCCTTCTTAAAATCGTGTCATAA
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_09g0272900 | OsNip_09t0272900-02 | Chr09 | 5471990 | 5482721 | - | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | GTATGTGGTCAAATGGAGGTGAGGAAACAGATAAAAGTTGCTTGTTTACGAGATGAGGAAGCATGGAAACTATTTCTGGAGAAGGTCGATGAAGAAACTCTCCCTTCCAGTTCTCTAATTGAACTTGCAAAACAAGTAGTGAAGGAACTCAAGGGCTTGCCATTGGCTCTTGTAACTGTCGGAAGGGCAATGTACGCCAAAAGGGACCCGGTGCTATGGGAGCATACCATTGATTACATGAAAGGGGCATGTCGTGATAAGGACGGTCCCCTCTCTATGGAAACTGTTTTCAGGCAACTTAAGTTCAGTTATGATAGTTTACGGAATGACACCCTGAAACGTTGTTTCTTGACTTGTGCATTGTGGCCAGAGGATGTGTTCATAGCTACAGATGAACTCGACCAATGTTGGATGGGCTTAGGTCTGGTGGACAAGGATGATATACAAAGTTCCTACAGAGAAGCATGTAACGTAAGAAGTGAACTTCAATCTGCCTGTTTGTTGGAGAGCTGGCATACTTCTCGTGTAATCACAATGCATGATGTGGTTCGTGACATGGCTCTATGGATCTGTTGCGGTTGCAGTGAAAAGAACGACAACTGGGTTGTCCATGCACAAGTTGGCAAAAATTTATCAAGAAGAACCATCCCATGGAGCAAAGCTGAATGCGTCTCCTTGATGTGGAATCGCATTGAAGAATTGCCTCCCATGGATTCAAATTATTTTCCCGCAAAACTCAGGACATTATGTCTTCAAGGCAATCGTTTGGATGGAAGGATAGTTGAAACTCTTAAGAATTTCACTGCACTCACATATCTGGATTTATGCTCGAATTCCCTCACTAACATACCAGGGGAGATATGTGCCTTGGCCAATTTGGAGTATCTCGATTTGGGATATAATTCAGGAATATGCGAAGTCCCCACCTGCTTTAGAGAACTCAGTAAGCTCAAATTCTTGTATCTGTCATGCACTAACGTATGGAGAATTCCAGAGGATGTCATATCTAGCCTTAAAGCACTGCAGGTCATAGACTTGACGCCAAAACCCAAACCTTGGAATCGGTACGGTAACAGAGAAAACCACGCGGATCATATGCCTTCAGTAGTACTAATCCAAGAGTTAACCAAACTAAGTAAGTTAAAAGCAGTTGGCATTACTGTTGAAAGTGTTTCTAGTTATGAAGCACTTAAGGAATATCCTAACCTACCTATTAGGAGACTTGTTCTAAATATAGAGGAACGAGAGTCAGTGTTCTATCTACTGACTGGTCCTTTGTCAGATCACTTGGCTCAAATGACCTTACATAAGTTGGAAATTTATCGCAGCAGCATGGAGGAAATAATAATAGAGAGACACGAGAGTGGTGGCCATTTGGAACAAAACTATAGTTTTGACGCTCTGAATCAGCTGGACTTACAATTTTTGGAAAACCTGAAAGTTATTACGTGGAAAGGAATACGTCCGGAATTGCTTTTCCATAGGCTCACCGTTCTGTATACCATTGACTGCGACCAGCTGGAAGATATCTCGTGGGCGCTGCATTTACCTTTTCTGGAAGAACTATGGGTGCAAGGTTGTGGCAAGATGAGACATGCCATTCGGAACATATCAAAGCAAGAGAGCTCAATGCAATCGATTGATACATTCCCGCGCCTCGTTTCTATGCTATTTGCAAATAACGATGGGTTGGTCAGCATATGTGATTCAGATGTGACATTCCCATCCCTAAAGAGCCTGAGGGTCACAAATTGTGAAAATCTTAAGAGGCTTCCTTTTCGGCGGCAGCAGAGCTTGCCACCCAAGTTGCAGGTTATATACTCCGATAGTGTTGAATGGTGGGATAATCTTGAATGGGAAGAAGAAGGTATCAGACCAATGCTGGAGCCCCTTCTTAAAATCGTGTCATAA
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| Protein seq | VCGQMEVRKQIKVACLRDEEAWKLFLEKVDEETLPSSSLIELAKQVVKELKGLPLALVTVGRAMYAKRDPVLWEHTIDYMKGACRDKDGPLSMETVFRQLKFSYDSLRNDTLKRCFLTCALWPEDVFIATDELDQCWMGLGLVDKDDIQSSYREACNVRSELQSACLLESWHTSRVITMHDVVRDMALWICCGCSEKNDNWVVHAQVGKNLSRRTIPWSKAECVSLMWNRIEELPPMDSNYFPAKLRTLCLQGNRLDGRIVETLKNFTALTYLDLCSNSLTNIPGEICALANLEYLDLGYNSGICEVPTCFRELSKLKFLYLSCTNVWRIPEDVISSLKALQVIDLTPKPKPWNRYGNRENHADHMPSVVLIQELTKLSKLKAVGITVESVSSYEALKEYPNLPIRRLVLNIEERESVFYLLTGPLSDHLAQMTLHKLEIYRSSMEEIIIERHESGGHLEQNYSFDALNQLDLQFLENLKVITWKGIRPELLFHRLTVLYTIDCDQLEDISWALHLPFLEELWVQGCGKMRHAIRNISKQESSMQSIDTFPRLVSMLFANNDGLVSICDSDVTFPSLKSLRVTNCENLKRLPFRRQQSLPPKLQVIYSDSVEWWDNLEWEEEGIRPMLEPLLKIVS
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr09 | 5472608 | 5480772 | - | OsNip_09t0272900-02 | OsNip_09t0272900-01,OsNip_09t0272900-02 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.327070 | 0.223322 | 0.306165 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0332600 | RBH | 0.117646 | 0.241830 | 0.354971 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os09g10054 | RBH | 0.217939 | 0.148001 | 0.077657 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os09g0272900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_09g0003380 | RBH | 1.616687 | 100.798714 | 2.374515 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_09g0005540 | SBH | 0.0 | 0.704537 | 0.480539 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_09g0005680 | SBH | 0.220727 | 0.487780 | 2.033234 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_09g0005060 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_09g0003460 | RBH | 0.0 | 2.647015 | 1.885429 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_09G0092200 | RBH | 0.4843275 | 13.3511525 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_09g0003370 | RBH | 0.0 | 0.095639 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_09G0092400 | RBH | 0.5646145 | 6.0194635 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_09g0003400 | RBH | 0.0 | 0.080804 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_09g0003420 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_09g0003430 | RBH | 0.0 | 3.712296 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_09g0003330 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.067307 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_09g0003150 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_09G007020 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_09g0003450 | RBH | 4.853796 | 92.027611 | 1.864229 |
