Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsNip_08g0451500 | OGI:08064470 | 1/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | Chr08:22054033-22067025 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | AT-rich interactive domain-containing protein 4 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6NQ79] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsNip_08g0451500 | OsNip_08t0451500-01 | Chr08 | 22054033 | 22067025 | - | RAP2018-11-26 | ||
| CDS seq | TTTCGGGCTTGTGTTAGAGGCCTTTGCAGGGTTCAGCGGTTGCGGATCTGTGGTGTTCTTTGTTCAACCATGCCTCATTTCCCGAGCGGCTCAAGGGTGAAGTGCACGATGCTCGCAGTGCTGTGCGGTAAGGTAGGCAAGCAGCGGATGCCACCTGATCCAGTGCCCGAGTCCCAGCGGCCGCGGCCGTCATTCCCATTCCCGGAGTTGATCTCATCCGGGAGGTTGGACGTGCACACGCTGATCAATCCTACGGTTGATCAATTTCTGGAGGCACAACGTGCTTTGCAGCCCCGCTTCATGTACTTCCAGGGTCAGCAGCTTGACAAGGAGGAAGAAATTGGTAGACTTGTCTGGGGCGATGCTGATGTATCGGATCCACAGATATTTTCTTCACTCATTTGTCCGCCTTTTCCTACCATAGTTTATTTGGAAGTTCCAAGTGGAGAAAAGATTGCTCAATCTCTTCAATCGAAGCATCTCATTTTCGCCATTCCTTGA
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| Protein seq | FRACVRGLCRVQRLRICGVLCSTMPHFPSGSRVKCTMLAVLCGKVGKQRMPPDPVPESQRPRPSFPFPELISSGRLDVHTLINPTVDQFLEAQRALQPRFMYFQGQQLDKEEEIGRLVWGDADVSDPQIFSSLICPPFPTIVYLEVPSGEKIAQSLQSKHLIFAIP |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.000000 | 0.882206 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_08g0451700 | RBH | 1.499492 | 1.491491 | 3.488993 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os08g35050 | SBH | 0.890544 | 0.930738 | 0.881747 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os08g0451500 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_08g0018130 | SBH | 0.231759 | 1.479577 | 6.358894 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_08g0018000 | SBH | 0.000000 | 0.000000 | 1.365136 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_08g0017940 | SBH | 0.000000 | 1.118082 | 2.507283 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_08g0018190 | SBH | 0.465441 | 0.533887 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_08g0018040 | SBH | 12.799436 | 5.637774 | 21.007769 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_08G0352900 | SBH | 8.334441 | 14.150129 | 12.079542 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_08g0017970 | SBH | 0.436620 | 0.657838 | 2.465963 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_08G0370100 | SBH | 9.0515035 | 15.4582955 | 14.557594 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_08g0017300 | SBH | 0.431156 | 0.220857 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_08g0017570 | SBH | 0.672360 | 0.450635 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_08g0017400 | SBH | 9.516006 | 23.129610 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_08g0018210 | SBH | 1.397239 | 1.263690 | 2.057820 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_08g0017610 | SBH | 0.610785 | 8.585841 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_08G017810 | SBH | 0.634735 | 2.763676 | 2.903577 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_08g0013130 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 2.921517 |
