Rice Gene Index (RGI): a comprehensive pan-genome database for comparative and functional genomics of Asian rice.

Basic Info

Gene ID		OGI # \| Score			Accession \| Assembly \| Annotation			Location		Links
OsNip_02g0670700		OGI:02077090 \| 1/16			Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)			Chr02:27237052-27241155		Homologues MicroCollinearity RGI-JBrowse
Gene Symbol		-
DNA seq		AAAAGTAAATTCCTCACTAAATGCATATAACCAACCTAAACTAATCAAAAGTATCCATACATACCTTTTAAGATAGTAGAGTAAAAAATTCTCCAGCATATGCATCAAGCAATGCATACGGCCCTAATAACTAGATATATTCTTTTAGATAATATTGTAAGTACATTATTTAGAGCAATCCTTCTCCTTGGATCTTAAGTTGGGCGATGAGAATATAGCAGATGACACTCGAGGTTGCTGACTACGTCACTGCGATCAAGCTCCTCAAGATCAAACATGTTCTTCTCTGTCCAGTCCCAAGAATCCCAGTCCCCAACTTGAAGAGTTGTTTATCTCCAATGTGGCAGCATTAGTACCTCCAATCTCCTCAATATTATCTTTAAGATTGAAGGAAATGTTTTTAAGGGCATAACAAAACCAGAATGGACTAACTTTATGGTGAACGGTAATAAATAAGTGATACATACGGCAAATGTATTCCTGGCTGCTGTTCTTTTTAAAGTTATACTTGCTGCACGTGGAGAACTGGCCATAGCGAAGGAACCATTGTGGTGTCTTCTCTCCCATTTCTTGAACCATTGCCCAATTGCTCTCGGCTAAGTAACCTGATAGCAAAGTGATGGCCTGAATGGTTGAATATTGGTGAGGAAGAAACACCAAACGATTAGCTGTCAGTTCAAGAAATCAATTGTGAAAAAACAAATGAGAGCTTGAATAAATTGTTAATGTAAATACCGATTCAGCTAAAAACTACGACCATGCACCCACTACCTGAACAATCTTCAATGATTTTGCTGCTTGCATGCAAGCATCAGTTCTCGATTCCAGTCAGGCATCTGTAAGTTGAAACTTTAATGTTTCAAGTGTGCGTCCAGGGAGAGAAAATACAATACTCCCTCCGTCTCCAATATAAGGGATTTTGACCAGATGTGACACATCCTAGTACTACGAATCTAGATAGGGTAGGATGTGTCATATCTAGCTAAAATCCCTTATATTTTGGGATGAGGGAGTAGAAGGGAATGGGCACCTTATATAGGATGAAGCATGTTGGATTACTTGTTCTTTTCCCTCCAATGCAAGGATTCTGAAATTTATGATGCAATTCCTTAATTTTGCAGCTGAGTGAACCGGTTTTTGTGCCCAGTCATTGCATGAAATTCAACTAAACCAAAAGTTCATACAAACTGATCTACCTGAATCCTGCTACACTCAATCACAAATTGACTGTGCGTTTAATCAATCCGATAAAATTAATCCAATGAATGAATCTAAATCAATGCTAGGGTTTCACCCCAATGCTCGAGTCAACTACGGAAATATCAAAATGAGGACAATCAAGGGAGAGTACCTTCCTAGACGATGTCCACACGTCCCACGGAAAAACCTTTGATTTCAGGCCAATTTGAGAAGGATTTGAGAGGAGAGAGATGCGAGATGGGCAGTTGTGCGCTTCTGTTCTTCATGCAAAGGGAGGAGTCCATTCCTGCAATTAGTTTGCTATTAGTTATCTCATGGGCCCATTTGTAAAGTAAGAAGTTAAAAAGGGTCATAATGTATAGTTTACACACTATAAAGAGTAGCATGCCGTCCGCAGGCTCTTCGCTAACACATGCCTTGCTCCATTAATTCAATGAAACTAGAACCAGGATGTTTCTTTAACCCACTTAAATTAGCTCTGGCCCTTGTATTGGTAAATTCATTCCACTGCCCTTCCTGAGCATACACTTCTGAAATCAGAGCATAAATACCTGGTTTCTGTGGTCCATGCTCAAGGAGCTCTTTGCTAATAGCAAGTGCCAGTTGTGTATTTCTATGCGTTCTGCAAGCAGAGATCAAAACACAAAATATAGTGGATTTATCCTTCAAGGTAGATAGCTTTATAAATTTGTATCCATCTTCCAGATGCCCAGCACGACCCAATAAATCAACCATGCAACCATAATGCTCTTCCTGTGGAAGAACTGAATATACTGAGGTCATGGAATTGAACATACGCCAACCATCCTTGACAAGACCAGCATGGCTGCAAGCAGTAAGCACAGTAGAGAATGTTAACTCATCAGGCTGAATGTTTTCTTCTTCCATTTGCTTAAACATTTCAAGCATATTAATATAGAATCCATGCATCGCATAAGCACTGATAATTGCATTCCAAGTATCCAAGTTTCTGTATTCCAAACTAAAGAACAAACCTACTGACAAATCCAGTCTTCCACATTTGGCATATGCACTTATCAATGAATTTGCAGTAATCTTATCTTTCTCTAACAGGGAACGGTAAACAAAACAATGGATTTGTTTTAGACCATTTAGATGGCCAAGCTCAGAGACAGCTTGAACAGCAGTTACAAGAGACATGGAATCAGGTTTCTCCCCATGTTTCTGCATCAAGTGAAATAATTGAACCACCTCATCTCCATGTCCATAGGGTAAGCAACCCTTCATCATGGCTGTCCATGAAACCAAGCTTTTCTGTTCCAGTAAATCAAATATAACCCTTGCTGCTGCAGGTTTTCCGCAAACTGAGTACATATAAAGAATATGATTTTCAACGTCACCATCCGAACAAAACCCATGCCTAATCCCAAATCCATGGATCCACCTCCCTCTCACTAAATCTCTTTGATCAGCAAAAGCAGCAAGCAGACTAAGAACAGTTGCAAAATCTGGAACAATACCTTCTGCCATCATGTAATTGAGTAAGGAGGTGGCCTCATTGGCCATGCCGTTATGTAGGTAACCGTACATCATTGCATTATAGGAGACTGCATCTTTAACAATCAGTTGATTAAAGAGATGTCTTGATATCGTGATTTTTTTGCATTTGGAGTACACCTTAACAAGAGCAGTCGCCAAAACAACATCCAGAGGTATATATCTTCTTATTAAGTAGGTATGAATACTAGCAGCATAGCCGAAATAGCATACCTCAACACAAGCAGAAATCACGTTTGCGAAGGTGACAGAATCTGGAGTTATTTTATGCTCATGCAGCATCACAGACAAATAGTGGATTGCATCAAAACTCTGTCCAGCTCTAGTAAGACCAGAAAGCATAGCATTCCATGAAGCTGCAGTTCCCTTTGAATTCTGTAAAGTAGCAACTGCTGATTGATAAGCTCCACATCGAGTATACAAGTTCACAATGCAGGTCTCTAGAATATAATCTGAGACAACAAGTGCTCTCCTTATGGAATAGCAATGGAGTGATTTGCCCTCTTTAAGTGCTCCCAAATTCCCAGCTATTTGCAGTAAGCTTATCATAGTCACACGGTTTACTTCCAAGTTGCCCTGCAGCATATCAATGGCAATATCAAATGCATTCCATGCAACTGAATCCACAATTTCTGAATAACCAGTGATCATCGAAGTGTAAGCAACAACGTCCTTGTCAATGATCTCTTTAAACACTCCCTGTGAATCGTCCATCCTATGAAGCTTGGAGTACAACACAATGAGGGAGGAACCGATGAATTTATCCCCAGACAGACCAAATTTAAGTGAATCCACATGCATTCCTTTACCCAAGTACAGATTCTCAAGCTCAGTGCAGCTTTTCAAAACAAAAGTAATAGTTTTCCCATCCAAACCAATCTGGTGTAATTTCAACCTTTTGTACAAGATAATAACTTCCTCTGGATAACCAGCTCTAAAATAATCAACCATGGTTGAATTCCACAGGGAAAGCTCATCATTTACAATTTTCTGGAAAACAAGTCTTGACTCAGACAGGGCCCCTAAATTAGCATAACAACTCACAATCTTAGAGCCAAGAATCACATCCCAGCACAATCCATGTGTGAAAACATGACAATGGATCTTCTTTAGAGACCTAATATCTGCACAGCCTTGGAACAATGGAGCAAACTTGTCAAAATTAAGTATCTTATTAGAGCATGAATTTGCATCGGCAGTGGATGCTGATAGTCTCCAACGCAGCTTCAGCACTGCAATTTTATCAAACTTTGAACTAGTGTTTCCAGCTAAATTCCCCTCAAAAGAATTGGTAGCATCATCATGGTTGTTGACGCAAGAAAAACAAAAATAGGTAACTAATTGACTCCGAATTCATAGACATACGATGACAGTTCAGTTAAATGA More
CDS seq		ATGGTTGATTATTTTAGAGCTGGTTATCCAGAGGAAGTTATTATCTTGTACAAAAGGTTGAAATTACACCAGATTGGTTTGGATGGGAAAACTATTACTTTTGTTTTGAAAAGCTGCACTGAGCTTGAGAATCTGTACTTGGGTAAAGGAATGCATGTGGATTCACTTAAATTTGGTCTGTCTGGGGATAAATTCATCGGTTCCTCCCTCATTGTGTTGTACTCCAAGCTTCATAGGATGGACGATTCACAGGGAGTGTTTAAAGAGATCATTGACAAGGACGTTGTTGCTTACACTTCGATGATCACTGGTTATTCAGAAATTGTGGATTCAGTTGCATGGAATGCATTTGATATTGCCATTGATATGCTGCAGGGCAACTTGGAAGTAAACCGTGTGACTATGATAAGCTTACTGCAAATAGCTGGGAATTTGGGAGCACTTAAAGAGGGCAAATCACTCCATTGCTATTCCATAAGGAGAGCACTTGTTGTCTCAGATTATATTCTAGAGACCTGCATTGTGAACTTGTATACTCGATGTGGAGCTTATCAATCAGCAGTTGCTACTTTACAGAATTCAAAGGGAACTGCAGCTTCATGGAATGCTATGCTTTCTGGTCTTACTAGAGCTGGACAGAGTTTTGATGCAATCCACTATTTGTCTGTGATGCTGCATGAGCATAAAATAACTCCAGATTCTGTCACCTTCGCAAACGTGATTTCTGCTTGTGTTGAGGTATGCTATTTCGGCTATGCTGCTAGTATTCATACCTACTTAATAAGAAGATATATACCTCTGGATGTTGTTTTGGCGACTGCTCTTGTTAAGGTGTACTCCAAATGCAAAAAAATCACGATATCAAGACATCTCTTTAATCAACTGATTGTTAAAGATGCAGTCTCCTATAATGCAATGATGTACGGTTACCTACATAACGGCATGGCCAATGAGGCCACCTCCTTACTCAATTACATGATGGCAGAAGGTATTGTTCCAGATTTTGCAACTGTTCTTAGTCTGCTTGCTGCTTTTGCTGATCAAAGAGATTTAGTGAGAGGGAGGTGGATCCATGGATTTGGGATTAGGCATGGGTTTTGTTCGGATGGTGACGTTGAAAATCATATTCTTTATATGTACTCAGTTTGCGGAAAACCTGCAGCAGCAAGGGTTATATTTGATTTACTGGAACAGAAAAGCTTGGTTTCATGGACAGCCATGATGAAGGGTTGCTTACCCTATGGACATGGAGATGAGGTGGTTCAATTATTTCACTTGATGCAGAAACATGGGGAGAAACCTGATTCCATGTCTCTTGTAACTGCTGTTCAAGCTGTCTCTGAGCTTGGCCATCTAAATGGTCTAAAACAAATCCATTGTTTTGTTTACCGTTCCCTGTTAGAGAAAGATAAGATTACTGCAAATTCATTGATAAGTGCATATGCCAAATGTGGAAGACTGGATTTGTCAGTAGGTTTGTTCTTTAGTTTGGAATACAGAAACTTGGATACTTGGAATGCAATTATCAGTGCTTATGCGATGCATGGATTCTATATTAATATGCTTGAAATGTTTAAGCAAATGGAAGAAGAAAACATTCAGCCTGATGAGTTAACATTCTCTACTGTGCTTACTGCTTGCAGCCATGCTGGTCTTGTCAAGGATGGTTGGCGTATGTTCAATTCCATGACCTCAGTATATTCAGTTCTTCCACAGGAAGAGCATTATGGTTGCATGGTTGATTTATTGGGTCGTGCTGGGCATCTGGAAGATGGATACAAATTTATAAAGCTATCTACCTTGAAGGATAAATCCACTATATTTTGTGTTTTGATCTCTGCTTGCAGAACGCATAGAAATACACAACTGGCACTTGCTATTAGCAAAGAGCTCCTTGAGCATGGACCACAGAAACCAGGTATTTATGCTCTGATTTCAGAAGTGTATGCTCAGGAAGGGCAGTGGAATGAATTTACCAATACAAGGGCCAGAGCTAATTTAAGTGGGTTAAAGAAACATCCTGGTTCTAGTTTCATTGAATTAATGGAGCAAGGCATGTGTTAG More
Protein seq		MVDYFRAGYPEEVIILYKRLKLHQIGLDGKTITFVLKSCTELENLYLGKGMHVDSLKFGLSGDKFIGSSLIVLYSKLHRMDDSQGVFKEIIDKDVVAYTSMITGYSEIVDSVAWNAFDIAIDMLQGNLEVNRVTMISLLQIAGNLGALKEGKSLHCYSIRRALVVSDYILETCIVNLYTRCGAYQSAVATLQNSKGTAASWNAMLSGLTRAGQSFDAIHYLSVMLHEHKITPDSVTFANVISACVEVCYFGYAASIHTYLIRRYIPLDVVLATALVKVYSKCKKITISRHLFNQLIVKDAVSYNAMMYGYLHNGMANEATSLLNYMMAEGIVPDFATVLSLLAAFADQRDLVRGRWIHGFGIRHGFCSDGDVENHILYMYSVCGKPAAARVIFDLLEQKSLVSWTAMMKGCLPYGHGDEVVQLFHLMQKHGEKPDSMSLVTAVQAVSELGHLNGLKQIHCFVYRSLLEKDKITANSLISAYAKCGRLDLSVGLFFSLEYRNLDTWNAIISAYAMHGFYINMLEMFKQMEEENIQPDELTFSTVLTACSHAGLVKDGWRMFNSMTSVYSVLPQEEHYGCMVDLLGRAGHLEDGYKFIKLSTLKDKSTIFCVLISACRTHRNTQLALAISKELLEHGPQKPGIYALISEVYAQEGQWNEFTNTRARANLSGLKKHPGSSFIELMEQGMC
Function		Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9STE1]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsNip_02g0670700	OsNip_02t0670700-01	Chr02	27237052	27241155	-	RAP2018-11-26
CDS seq	ATGGTTGATTATTTTAGAGCTGGTTATCCAGAGGAAGTTATTATCTTGTACAAAAGGTTGAAATTACACCAGATTGGTTTGGATGGGAAAACTATTACTTTTGTTTTGAAAAGCTGCACTGAGCTTGAGAATCTGTACTTGGGTAAAGGAATGCATGTGGATTCACTTAAATTTGGTCTGTCTGGGGATAAATTCATCGGTTCCTCCCTCATTGTGTTGTACTCCAAGCTTCATAGGATGGACGATTCACAGGGAGTGTTTAAAGAGATCATTGACAAGGACGTTGTTGCTTACACTTCGATGATCACTGGTTATTCAGAAATTGTGGATTCAGTTGCATGGAATGCATTTGATATTGCCATTGATATGCTGCAGGGCAACTTGGAAGTAAACCGTGTGACTATGATAAGCTTACTGCAAATAGCTGGGAATTTGGGAGCACTTAAAGAGGGCAAATCACTCCATTGCTATTCCATAAGGAGAGCACTTGTTGTCTCAGATTATATTCTAGAGACCTGCATTGTGAACTTGTATACTCGATGTGGAGCTTATCAATCAGCAGTTGCTACTTTACAGAATTCAAAGGGAACTGCAGCTTCATGGAATGCTATGCTTTCTGGTCTTACTAGAGCTGGACAGAGTTTTGATGCAATCCACTATTTGTCTGTGATGCTGCATGAGCATAAAATAACTCCAGATTCTGTCACCTTCGCAAACGTGATTTCTGCTTGTGTTGAGGTATGCTATTTCGGCTATGCTGCTAGTATTCATACCTACTTAATAAGAAGATATATACCTCTGGATGTTGTTTTGGCGACTGCTCTTGTTAAGGTGTACTCCAAATGCAAAAAAATCACGATATCAAGACATCTCTTTAATCAACTGATTGTTAAAGATGCAGTCTCCTATAATGCAATGATGTACGGTTACCTACATAACGGCATGGCCAATGAGGCCACCTCCTTACTCAATTACATGATGGCAGAAGGTATTGTTCCAGATTTTGCAACTGTTCTTAGTCTGCTTGCTGCTTTTGCTGATCAAAGAGATTTAGTGAGAGGGAGGTGGATCCATGGATTTGGGATTAGGCATGGGTTTTGTTCGGATGGTGACGTTGAAAATCATATTCTTTATATGTACTCAGTTTGCGGAAAACCTGCAGCAGCAAGGGTTATATTTGATTTACTGGAACAGAAAAGCTTGGTTTCATGGACAGCCATGATGAAGGGTTGCTTACCCTATGGACATGGAGATGAGGTGGTTCAATTATTTCACTTGATGCAGAAACATGGGGAGAAACCTGATTCCATGTCTCTTGTAACTGCTGTTCAAGCTGTCTCTGAGCTTGGCCATCTAAATGGTCTAAAACAAATCCATTGTTTTGTTTACCGTTCCCTGTTAGAGAAAGATAAGATTACTGCAAATTCATTGATAAGTGCATATGCCAAATGTGGAAGACTGGATTTGTCAGTAGGTTTGTTCTTTAGTTTGGAATACAGAAACTTGGATACTTGGAATGCAATTATCAGTGCTTATGCGATGCATGGATTCTATATTAATATGCTTGAAATGTTTAAGCAAATGGAAGAAGAAAACATTCAGCCTGATGAGTTAACATTCTCTACTGTGCTTACTGCTTGCAGCCATGCTGGTCTTGTCAAGGATGGTTGGCGTATGTTCAATTCCATGACCTCAGTATATTCAGTTCTTCCACAGGAAGAGCATTATGGTTGCATGGTTGATTTATTGGGTCGTGCTGGGCATCTGGAAGATGGATACAAATTTATAAAGCTATCTACCTTGAAGGATAAATCCACTATATTTTGTGTTTTGATCTCTGCTTGCAGAACGCATAGAAATACACAACTGGCACTTGCTATTAGCAAAGAGCTCCTTGAGCATGGACCACAGAAACCAGGTATTTATGCTCTGATTTCAGAAGTGTATGCTCAGGAAGGGCAGTGGAATGAATTTACCAATACAAGGGCCAGAGCTAATTTAAGTGGGTTAAAGAAACATCCTGGTTCTAGTTTCATTGAATTAATGGAGCAAGGCATGTGTTAG More
Protein seq	MVDYFRAGYPEEVIILYKRLKLHQIGLDGKTITFVLKSCTELENLYLGKGMHVDSLKFGLSGDKFIGSSLIVLYSKLHRMDDSQGVFKEIIDKDVVAYTSMITGYSEIVDSVAWNAFDIAIDMLQGNLEVNRVTMISLLQIAGNLGALKEGKSLHCYSIRRALVVSDYILETCIVNLYTRCGAYQSAVATLQNSKGTAASWNAMLSGLTRAGQSFDAIHYLSVMLHEHKITPDSVTFANVISACVEVCYFGYAASIHTYLIRRYIPLDVVLATALVKVYSKCKKITISRHLFNQLIVKDAVSYNAMMYGYLHNGMANEATSLLNYMMAEGIVPDFATVLSLLAAFADQRDLVRGRWIHGFGIRHGFCSDGDVENHILYMYSVCGKPAAARVIFDLLEQKSLVSWTAMMKGCLPYGHGDEVVQLFHLMQKHGEKPDSMSLVTAVQAVSELGHLNGLKQIHCFVYRSLLEKDKITANSLISAYAKCGRLDLSVGLFFSLEYRNLDTWNAIISAYAMHGFYINMLEMFKQMEEENIQPDELTFSTVLTACSHAGLVKDGWRMFNSMTSVYSVLPQEEHYGCMVDLLGRAGHLEDGYKFIKLSTLKDKSTIFCVLISACRTHRNTQLALAISKELLEHGPQKPGIYALISEVYAQEGQWNEFTNTRARANLSGLKKHPGSSFIELMEQGMC More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.659337	0.605143	0.986855

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_04g0488200	RBH	0.579914	0.951808	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os02g44970	RBH	0.461674	0.265027	0.219815
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os02g0670700	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_02g0028480	RBH	0.149535	0.0	2.531000
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_02g0028570	RBH	0.245462	0.458988	0.433302
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_02g0028410	RBH	0.359493	0.000000	0.748973
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_02g0028030	RBH	0.000000	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_02g0006830	SBH	0.0	0.0	0.000000
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_02G0442500	RBH	0.3443265	1.124623	2.59598
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_02g0004830	SBH	0.037864	0.000000	0.037506
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_02G0470400	RBH	0.295882	0.3896925	1.9616845
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_02g0028310	RBH	0.070716	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_02g0004810	SBH	0.0	1.357607	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_02g0007080	SBH	0.0	3.798480	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_02g0032500	SBH	1.278907	0.034437	0.631546
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_02g0004840	SBH	0.067095	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_02G028450	RBH	0.267663	0.0	0.701373
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_02g0028220	RBH	0.539291	1.898682	0.228213

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