Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsN22_12G006540 | OGI:04044150 | 16/16 | N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | Chr12:5453830-5460373 | ||||||||
Gene Symbol | - | ||||||||||
DNA seq | 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Protein seq | MDRCLQFPLEIGNRWTFIRIYFIDRIYDYLATLAAWPVTRNSRLFYFLMLAMYSGGSIFFLIGVLGMGLYGSNEPRLDLERLINQSYPATLEILFYFGFLIAYAVKLPIIPLHTWLPDTHGEAHYSTCMLLAGILLKMGAYGFDSDQYGIVTSCSLSIFPLVRAMQIIYAASTSLGQRNFKKRIAYSYVSHMGFIIIGIGSVTNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVYLEELGGVSIPMPKIFTMFSSFSMASLALPGMSGFVAELVMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVAKSAQFPLHVWLPDAMEGPTPISALIHAATMVASGIFLIARLLPLFISLPLIMSFISLIGTLALFLGATLALAQRDIKRSLAYSTMSQLGYMMLALGIGSYQAALFHLITHAYSKALLFLGSGYVIHSMEPLVGYSPDKSQNMVLMNLDLINSFVKGGSEKFFDKGVIDGITNGVGLASFCIGEEIKYEFPYLLPK |
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Function | NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:P0C325] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsN22_12G006540 | OsN22_12G006540_01 | Chr12 | 5454102 | 5460373 | - | NAM | ||
CDS seq | ATGGATAGATGTCTTCAATTTCCACTGGAGATTGGGAATCGATGGACTTTCATTAGGATCTATTTTATTGACAGGATTTATGACTATTTAGCTACTTTAGCAGCTTGGCCGGTTACCCGGAATTCCCGATTATTCTATTTCCTGATGCTAGCAATGTATAGCGGTGGTTCCATATTTTTCTTAATCGGAGTTCTAGGTATGGGCTTATACGGTTCCAACGAACCAAGATTAGATTTGGAAAGATTAATTAATCAATCATACCCTGCAACATTGGAAATACTATTTTATTTTGGCTTCCTTATTGCTTATGCTGTCAAATTGCCGATTATACCCCTACATACGTGGTTACCAGATACCCATGGGGAAGCGCATTACAGTACATGTATGCTTTTAGCGGGAATCCTATTAAAGATGGGAGCATACGGATTTGATTCGGATCAATATGGAATTGTTACCTCATGCTCATTATCTATTTTCCCCTTGGTTAGAGCGATGCAAATAATCTATGCAGCTTCAACTTCTCTTGGCCAACGCAATTTCAAAAAAAGAATAGCCTACTCCTACGTCTCTCACATGGGTTTCATTATTATAGGAATTGGTTCCGTAACCAACATTGGACTCAATGGAGCTATTTTACAAATATTATCCCATGGATTTATTGGGGCTACACTTTTTTTCTTAGCGGGAACGGCTTGTGATAGAATGCGCCTTGTTTATCTCGAAGAACTGGGAGGGGTTTCTATCCCAATGCCAAAAATTTTTACCATGTTTAGTAGCTTTTCAATGGCTTCTCTTGCCTTACCAGGAATGAGTGGTTTTGTTGCGGAATTAGTAATGTTCTATGGATACAAGCTATTTCATGTTCCAAACGAAAATTTTGAGGATTCCGGCCCGCGAGAACTCTTTCTTTTAATCTGTATCTTTTTACCAGTAATAGGAATCGTTGCGAAATCGGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACCCCCATTTCAGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTTCGGGGATTTTTCTTATAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCTTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAATAGGTACACTAGCACTTTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTATTCTTGGGATCCGGATATGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGAATTTGGATTTAATAAATTCCTTTGTAAAAGGGGGGTCCGAAAAATTTTTCGACAAGGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTAGGTCTTGCTAGTTTTTGTATAGGAGAAGAAATTAAATATGAATTCCCCTATCTCCTGCCTAAGTAG
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Protein seq | MDRCLQFPLEIGNRWTFIRIYFIDRIYDYLATLAAWPVTRNSRLFYFLMLAMYSGGSIFFLIGVLGMGLYGSNEPRLDLERLINQSYPATLEILFYFGFLIAYAVKLPIIPLHTWLPDTHGEAHYSTCMLLAGILLKMGAYGFDSDQYGIVTSCSLSIFPLVRAMQIIYAASTSLGQRNFKKRIAYSYVSHMGFIIIGIGSVTNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVYLEELGGVSIPMPKIFTMFSSFSMASLALPGMSGFVAELVMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVAKSAQFPLHVWLPDAMEGPTPISALIHAATMVASGIFLIARLLPLFISLPLIMSFISLIGTLALFLGATLALAQRDIKRSLAYSTMSQLGYMMLALGIGSYQAALFHLITHAYSKALLFLGSGYVIHSMEPLVGYSPDKSQNMVLMNLDLINSFVKGGSEKFFDKGVIDGITNGVGLASFCIGEEIKYEFPYLLPK
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|
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsN22_12G006540 | OsN22_12G006540_02 | Chr12 | 5453830 | 5456928 | - | IsoSeq | ||
CDS seq | ATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACCCCCATTTCAGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTTCGGGGATTTTTCTTATAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCTTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAATAGGTACACTAGCACTTTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGA |
|||||||
Protein seq | MVTRCYGRTHPHFSSYTRSNYGCFGDFSYSSTSSSFHIPTFDNEFHFFNRYTSTFLRSHFSSCSER |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 7.191193 | 4.047995 | 9.849236 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | NA | NA | NA | NA | NA |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0006700 | RBH | 23.914619 | 21.105518 | 66.116913 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_12g0006780 | RBH | 15.564863 | 8.975279 | 37.378174 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_12g0006780 | SBH | 4.496881 | 1.159165 | 2.466327 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_12g0006680 | SBH | 177.139481 | 1.660040 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0019970 | SBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |