Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsN22_12G006540 OGI:04044150 | 16/16 N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) Chr12:5453830-5460373
Gene Symbol -
DNA seq

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CDS seq

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Protein seq

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Function NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:P0C325]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_12G006540 OsN22_12G006540_01 Chr12 5454102 5460373 - NAM
CDS seq

ATGGATAGATGTCTTCAATTTCCACTGGAGATTGGGAATCGATGGACTTTCATTAGGATCTATTTTATTGACAGGATTTATGACTATTTAGCTACTTTAGCAGCTTGGCCGGTTACCCGGAATTCCCGATTATTCTATTTCCTGATGCTAGCAATGTATAGCGGTGGTTCCATATTTTTCTTAATCGGAGTTCTAGGTATGGGCTTATACGGTTCCAACGAACCAAGATTAGATTTGGAAAGATTAATTAATCAATCATACCCTGCAACATTGGAAATACTATTTTATTTTGGCTTCCTTATTGCTTATGCTGTCAAATTGCCGATTATACCCCTACATACGTGGTTACCAGATACCCATGGGGAAGCGCATTACAGTACATGTATGCTTTTAGCGGGAATCCTATTAAAGATGGGAGCATACGGATTTGATTCGGATCAATATGGAATTGTTACCTCATGCTCATTATCTATTTTCCCCTTGGTTAGAGCGATGCAAATAATCTATGCAGCTTCAACTTCTCTTGGCCAACGCAATTTCAAAAAAAGAATAGCCTACTCCTACGTCTCTCACATGGGTTTCATTATTATAGGAATTGGTTCCGTAACCAACATTGGACTCAATGGAGCTATTTTACAAATATTATCCCATGGATTTATTGGGGCTACACTTTTTTTCTTAGCGGGAACGGCTTGTGATAGAATGCGCCTTGTTTATCTCGAAGAACTGGGAGGGGTTTCTATCCCAATGCCAAAAATTTTTACCATGTTTAGTAGCTTTTCAATGGCTTCTCTTGCCTTACCAGGAATGAGTGGTTTTGTTGCGGAATTAGTAATGTTCTATGGATACAAGCTATTTCATGTTCCAAACGAAAATTTTGAGGATTCCGGCCCGCGAGAACTCTTTCTTTTAATCTGTATCTTTTTACCAGTAATAGGAATCGTTGCGAAATCGGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACCCCCATTTCAGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTTCGGGGATTTTTCTTATAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCTTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAATAGGTACACTAGCACTTTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTATTCTTGGGATCCGGATATGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGAATTTGGATTTAATAAATTCCTTTGTAAAAGGGGGGTCCGAAAAATTTTTCGACAAGGGTGTCATTGATGGAATTACCAATGGAGTAGGTCTTGCTAGTTTTTGTATAGGAGAAGAAATTAAATATGAATTCCCCTATCTCCTGCCTAAGTAG

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Protein seq

MDRCLQFPLEIGNRWTFIRIYFIDRIYDYLATLAAWPVTRNSRLFYFLMLAMYSGGSIFFLIGVLGMGLYGSNEPRLDLERLINQSYPATLEILFYFGFLIAYAVKLPIIPLHTWLPDTHGEAHYSTCMLLAGILLKMGAYGFDSDQYGIVTSCSLSIFPLVRAMQIIYAASTSLGQRNFKKRIAYSYVSHMGFIIIGIGSVTNIGLNGAILQILSHGFIGATLFFLAGTACDRMRLVYLEELGGVSIPMPKIFTMFSSFSMASLALPGMSGFVAELVMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVAKSAQFPLHVWLPDAMEGPTPISALIHAATMVASGIFLIARLLPLFISLPLIMSFISLIGTLALFLGATLALAQRDIKRSLAYSTMSQLGYMMLALGIGSYQAALFHLITHAYSKALLFLGSGYVIHSMEPLVGYSPDKSQNMVLMNLDLINSFVKGGSEKFFDKGVIDGITNGVGLASFCIGEEIKYEFPYLLPK

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsN22_12G006540 OsN22_12G006540_02 Chr12 5453830 5456928 - IsoSeq
CDS seq

ATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACCCCCATTTCAGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTTCGGGGATTTTTCTTATAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCTTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAATAGGTACACTAGCACTTTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGA

Protein seq

MVTRCYGRTHPHFSSYTRSNYGCFGDFSYSSTSSSFHIPTFDNEFHFFNRYTSTFLRSHFSSCSER

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 7.191193 4.047995 9.849236

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU NA NA NA NA NA
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db NA NA NA NA NA
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_12g0006700 RBH 23.914619 21.105518 66.116913
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_12g0006780 RBH 15.564863 8.975279 37.378174
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_12g0006780 SBH 4.496881 1.159165 2.466327
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_12g0006680 SBH 177.139481 1.660040 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU NA NA NA NA NA
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU NA NA NA NA NA
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_Ung0019970 SBH 0.000000 0.0 0.000000
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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