Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsARC_12g0006680 | OGI:08061490 | 16/16 | ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr12:5412910-5428800 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
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| Function | NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic [UniProtKB/Swiss-Prot:P0C386] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_12g0006680 | OsARC_12g0006680.01 | Chr12 | 5413182 | 5422290 | - | NAM | ||
| CDS seq | ATGTTCCCTATGGTAACTGGGTTCATGAGTTATGGTCAACAAACAATACGCGCAGCAAGGTACATTGGTCAAAGTTTCATAATTAGCTTATCCCACACAAATCGTTTACCTATAACGATTCACTACCCCTATGAAAAATCAATTACATCGGAGCGTTTCCGGGGGCGAATCCACTTTGAATTTGATAAATGTATTGCTTGTGAAGTATGTGTTCGCGTATGCCCTATAGATCTACCTCTTGTGGATTGGAGATTTGAAAAGGATATTAAAAGGAAACAATTGCTTAATTATAGTATTGATTTCGGAGTTTGTATATTTTGTGGTAATTGTGTTGAGTACTGTCCAACAAACTGTTTATCAATGACTGAAGAATATGAACTTTCTACTTATGATCGTCATGAATTGAATTACAATCAAATTGCTTTGAGTCGGTTACCAATCTCCATAATGGGAGATTACACAATTCAAACAATTAGGAATTCAACGCAAACTGTGGCACAACTTCTTATTTATGTGGGAGCTATAAATGTCTTGATCATATTTGCCGTAATCCGCCAATTAAAAGGAGACATTTTCGCAATTTTTGTTATAGCCCTTGCGGCTGCTGAAGTAGCTATTGGATTATCTATTCTTTCTTCCATCCATCGTGGTTCCATATTTTTCTTAATCGGAGTTCTAGGTATGGGCTTATACGGTTCCAACGAACCAAGATTAGATTTGGAAAGATTAATTAATCAATCATACCCTGCAACATTGGAAATACTATTTTATTTTGGCTTCCTTATTGCTTATGCTGTCAAATTGCCGATTATACCCCTACATACGTGGTTACCAGATACCCATGGGGAAGCGCATTACAGTACATGTATGCTTTTAGCGGGAATCCTATTAAAGATGGGAGCATACGGATTTGATTCGGATCAATATGGAATTGTTACCTCATGCTCATTATCTATTTTCCCCTTGATGTTCTATGGATACAAGCTATTTCATGTTCCAAACGAAAATTTTGAGGATTCCGGCCCGCGAGAACTCTTTCTTTTAATCTGTATCTTTTTACCAGTAATAGGAATCGTTGCGAAATCGGCACAATTCCCTCTTCACGTATGGTTACCCGATGCTATGGAAGGACCCACCCCCATTTCAGCTCTTATACACGCAGCAACTATGGTTGCTTCGGGGATTTTTCTTATAGCTCGACTTCTTCCTCTTTTCATATCCCTACCTTTGATAATGAGTTTCATTTCTTTAATAGGTACACTAGCACTTTTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAGAGAGATATTAAAAGAAGCTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAATTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATAGGTTCTTATCAAGCTGCTTTATTCCATTTGATCACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTATTATTCTTGGGATCCGGATATGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGAATTTGGATTTAATAAATTCCTTTGTAAAAGGGGGGTCCGAAAAAGAATTCCCCTATCTCCTGCCTAAGTAG
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| Protein seq | MFPMVTGFMSYGQQTIRAARYIGQSFIISLSHTNRLPITIHYPYEKSITSERFRGRIHFEFDKCIACEVCVRVCPIDLPLVDWRFEKDIKRKQLLNYSIDFGVCIFCGNCVEYCPTNCLSMTEEYELSTYDRHELNYNQIALSRLPISIMGDYTIQTIRNSTQTVAQLLIYVGAINVLIIFAVIRQLKGDIFAIFVIALAAAEVAIGLSILSSIHRGSIFFLIGVLGMGLYGSNEPRLDLERLINQSYPATLEILFYFGFLIAYAVKLPIIPLHTWLPDTHGEAHYSTCMLLAGILLKMGAYGFDSDQYGIVTSCSLSIFPLMFYGYKLFHVPNENFEDSGPRELFLLICIFLPVIGIVAKSAQFPLHVWLPDAMEGPTPISALIHAATMVASGIFLIARLLPLFISLPLIMSFISLIGTLALFLGATLALAQRDIKRSLAYSTMSQLGYMMLALGIGSYQAALFHLITHAYSKALLFLGSGYVIHSMEPLVGYSPDKSQNMVLMNLDLINSFVKGGSEKEFPYLLPK
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_12g0006680 | OsARC_12g0006680.02 | Chr12 | 5412910 | 5428800 | - | IsoSeq | ||
| CDS seq | ATGCTTATTCGAAAGCTTTATTATTCTTGGGATCCGGATATGTTATTCATTCAATGGAACCTCTTGTTGGATATTCACCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGTTG |
|||||||
| Protein seq | MLIRKLYYSWDPDMLFIQWNLLLDIHQIKVRIWFLWL |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 177.139481 | 1.660040 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os10g21398 | SBH | 43.116673 | 36.987282 | 7.396338 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0006710 | RBH | 39.312271 | 11.566991 | 69.041618 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_12g0006790 | RBH | 11.777254 | 1.219464 | 10.348128 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_12g0006780 | RBH | 4.496881 | 1.159165 | 2.466327 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0024450 | SBH | 33.845821 | 1.647359 | 14.975064 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0010080 | SBH | 38.506786 | 0.513389 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_04g0005620 | SBH | 43.970116 | 25.336077 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_Ung0021410 | RBH | 4.336936 | 0.0 | 2.542623 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_12G006550 | RBH | 9.211183 | 0.000000 | 9.065042 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0004710 | SBH | 106.379898 | 52.818497 | 150.241302 |
